View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18753_low_1 (Length: 740)

Name: NF18753_low_1
Description: NF18753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18753_low_1
NF18753_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (18-728)||(38299509-38300219)
chr8 (18-493)||(38305663-38306138)
chr8 (18-507)||(38320475-38320964)
chr8 (33-452)||(38313023-38313445)
chr8 (37-505)||(38316379-38316850)
chr8 (18-478)||(38325251-38325714)
chr8 (18-504)||(38308385-38308866)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-505)||(38850476-38850966)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 38300219 - 38299509
Alignment:
Q  18 aaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300219 aaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatc 38300120  T
Q  118 agttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaa 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300119 agttttaaaatgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccgtcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaa 38300020  T
Q  218 ttttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300019 ttttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatac 38299920  T
Q  318 agtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgtta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299919 agtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgtta 38299820  T
Q  418 gattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcctcaaaataaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299819 gattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcctcaaaataaa 38299720  T
Q  518 gctcgacaacgtcaggaggaggcaaaacaatatcttgacataaccactccatgatgttcttcattgagtcgtactcgcaatgacgaaaggaataatcaga 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299719 gctcgacaacgtcaggaggaggcaaaacaatatcttgacttaaccattccatgatgttcttcattgagtcgtactcgcaatgacgaaaggaataatcaga 38299620  T
Q  618 tgaaaggatcatggatgcacaagtttttactaaccgtgatatcttttgctccattgtctcgttatcagagtccagtaaatctaccgcgcaatcggattcc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38299619 tgaaaggatcatggatgcacaagtttttactaaccgtgattccttttgctccattgtctcgtcatcagagtccagtaaatctacctcgcaatcggattcc 38299520  T
Q  718 atattttcttg 728  Q
    |||||||||||    
T  38299519 atattttcttg 38299509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 18 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 38306138 - 38305663
Alignment:
Q  18 aaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatc 117  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| | || | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38306138 aaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatc 38306039  T
Q  118 agttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| |||| |||  ||  || | |||||||||||    
T  38306038 agttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatttcaactgttcttgcaaaa 38305939  T
Q  218 ttttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatac 317  Q
    | || | ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  38305938 tgttgtccttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcggctac 38305839  T
Q  318 agtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgtta 417  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305838 agtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcagcagtgtta 38305739  T
Q  418 gattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctctt 493  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||  || ||||||||||    
T  38305738 gattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctattaggaatggtagccaattcttgtttaagcttcagtttctctt 38305663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 38320964 - 38320475
Alignment:
Q  18 aaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatc 117  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| | |||||||||  |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38320964 aaatttttgccttcgactctttgaatccctaaaaaacaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatc 38320865  T
Q  118 agttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaa 217  Q
    | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||  |||  |||||||||||    
T  38320864 aattttaaaacacgtgcataacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaa 38320765  T
Q  218 ttttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatac 317  Q
    | | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  38320764 tgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctcc 38320665  T
Q  318 agtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgtta 417  Q
    ||||||   ||||  ||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||       
T  38320664 agtgggatcaacagtacagaaggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcat 38320565  T
Q  418 gattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcc 507  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |  |||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||    
T  38320564 gattcccacagatcaacagttaaagatatcctattaggaatggtagccaaatcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatcc 38320475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 33 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 38313445 - 38313023
Alignment:
Q  33 actctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgt 132  Q
    |||||| |||||||| |||||||  ||||| ||||| || ||||| |  |||  |  ||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||     
T  38313445 actcttggaatgccttacaaacaaaatgctctctctgatcttacagacaacactctcaactagttttaacccttcatcaacaatcaggtttaaaacgcgg 38313346  T
Q  133 gcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatg 232  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||| | |||    
T  38313345 gcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatg 38313246  T
Q  233 aatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagt----gggtaaaa 328  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||    |||| |||    
T  38313245 aatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggt-aaa 38313147  T
Q  329 caagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacag 428  Q
    |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||     
T  38313146 caagacagaagttgagaactttactatttaacttccaattcgcatcaacgaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtattagattcccacaa 38313047  T
Q  429 atcaaaagttaaagatatcctatt 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  38313046 atcaaaagttaaagatatcctatt 38313023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 37 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 38316850 - 38316379
Alignment:
Q  37 tttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaa 136  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||  | ||| | || | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38316850 tttgaattcctcacaaacatgatgctgtctcgaattccatacacggcaccactaactagttttaacccctcttcagcaatcagttttaaaacgcatgcaa 38316751  T
Q  137 aacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatc 236  Q
    |||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||  |||| |||| ||| ||  ||||||| |||||||||    
T  38316750 aacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatc 38316651  T
Q  237 ttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagataca----gtgggtaaaacaag 332  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||  | ||||| | | ||    | |||| |||||||    
T  38316650 atctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggt-aaacaag 38316552  T
Q  333 acagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatca 432  Q
    ||  || || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  38316551 acgaaagttgagaaccttactattcaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagctgtcaaacaaatataagtctcagtggtgttagattcccacaaatca 38316452  T
Q  433 aaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | ||||||||  || ||||||||||  ||||||||||    
T  38316451 aaagttaaagatatcctattaggaatgctagccaattcttgtttaagctttagtttctctttcgtgtacaaat 38316379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 38325714 - 38325251
Alignment:
Q  18 aaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatc 117  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38325714 aaatttctcccttctactctttgaatgcctcacaaacatgatgctctctctaatttttgacacggcatcactaactagtttcaacccgtcttcaacaatc 38325615  T
Q  118 agttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaa 217  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||  ||  |||| |||||| | ||    
T  38325614 agatttaaaacacgtgcaaaacagtgcccgtgaaagaactctccatcacacaacaacccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaa 38325515  T
Q  218 ttttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatac 317  Q
      |||||||  | |||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||    |    
T  38325514 cattattctcgactgaatcatctaaagtaagagaaaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctcaccacc 38325415  T
Q  318 agtg---ggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtg 414  Q
    ||||   ||  | |||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||| |  || ||||    
T  38325414 agtgtcagggtagacactacagaaattgagaaccttactatttaccttccaattcgcgtcaacaaaatgagcggtcagacaaatgtaaggcatagtagtg 38325315  T
Q  415 ttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaa 478  Q
      ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  38325314 caagattcccacaaatcaaaagttaaagataccctattaggaatggtagccaattgttgtttaa 38325251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 38308866 - 38308385
Alignment:
Q  18 aaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatc 117  Q
    ||||||||||||   |||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||| | || | |||||||||||  |||||||||||||||||    
T  38308866 aaatttttccctgtgactctttgatcgcctcacaaacatgatgctctttctaatcttatacacggcaccactaactagtttacacccctcttcaacaatc 38308767  T
Q  118 agttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaa 217  Q
    |||||||||||  |||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||||||| | |  |||| || ||||| ||    
T  38308766 agttttaaaacatgtgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaa 38308667  T
Q  218 ttttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatac 317  Q
      ||||||| ||||||||| |||||||| |  || |||||||||| ||||| |||||||||||        |||||||||||||||||||| |  | | |    
T  38308666 cattattctcaaatgaatcatctaaagtaaatgaaaaaatctttttctctactccccaatcat--------tcaaccattctctcacacatataggctcc 38308575  T
Q  318 agt---gggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtg 414  Q
    |||    || ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||  ||| |||     
T  38308574 agtaggagggaaaacaagacagaaattgaaaagcttactatttaacttccaatccgcgccaacaaaatgagcggataaacaaatataagtgccagtagta 38308475  T
Q  415 ttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaa 504  Q
      |||||||||||  ||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||| |  ||  |||||||||| |||||||||    
T  38308474 caagattcccacaactcaaaggttaaagatatcttataaggaatggtagccagttgttgtttgagcttatgtttctcttccgtgtacaaa 38308385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 18 - 505
Target Start/End: Original strand, 38850476 - 38850966
Alignment:
Q  18 aaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatc 117  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||  ||   ||   ||||||||||| ||| | |||||||| |||    
T  38850476 aaatttttccctcctactctttgaatgcctcacaaacatgatactctctctgatcttatgcacaccacagctaactagttttaacgcttcttcaactatc 38850575  T
Q  118 agttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaa 217  Q
     | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||    
T  38850576 tgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaa 38850675  T
Q  218 ttttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatct---caga 314  Q
    | | ||||| | ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||      
T  38850676 tctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccact 38850775  T
Q  315 tacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtg 414  Q
       ||  ||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  38850776 agtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtg 38850875  T
Q  415 ttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaat 505  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |  ||||||||||  ||  |||||||||  ||||||||||    
T  38850876 ttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttaggtttctctttcgtgtacaaat 38850966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University