View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18755_high_2 (Length: 616)

Name: NF18755_high_2
Description: NF18755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18755_high_2
NF18755_high_2
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (14-601)||(42474032-42474610)
chr7 (75-586)||(42479582-42480093)
chr7 (21-555)||(42467416-42467949)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (172-334)||(26046498-26046660)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 42474610 - 42474032
Alignment:
Q  14 gaaatgctctacacaaaactgattatataaatgctaacttgctctgctaannnnnnnnacgtccaaccagcaaagtcttttggtggttcaatccataagt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||        |||         ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474610 gaaatgctctacacaaaactgattatataaatgcttacttgctctgctaattttttttacg---------caaagtcttttggtggttcaatccataagt 42474520  T
Q  114 tctcaaaagcatttggttctaccaagtcaagacactgtttagtgggataatatctgtggtcatcgagagagaatgatatgcaacgctttccatagaaacg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474519 tctcaaaagcatttggttctaccaggtcacgacactgcttggtgggataatatctatggtcatcaagagagaatgatatgcaacgctttccatagaaacg 42474420  T
Q  214 gactttagggaagtagactatgtttctcattattccagtgacgtaagtcctagaatgagatgacaaaaaaccagcaaaatgtgtcactccatctagtgtt 313  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42474419 gactttagggaagtagactctgtttctcattattccagtgacgtaagtcctagaatgagatgacaaaaaaccagcaaaaagtgtcactccatctagtgtt 42474320  T
Q  314 ctcacttctttccattccattagtgtcagatctaacttgaaaattattgggtcctcaccacaacatatatgaaccacaaatatatttcctttgtgctcta 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474319 ctcacttctttccattccattagtgtcagatctaacttgaaaattattgggtcctcaccacaacatatatgaaccacaaatatatttcctttgtgctcta 42474220  T
Q  414 tcataaatttctctttcgaccagtttttggaagtagaactttctactaggcatttgggcggaggtacttcgagaacactccaagtgcaatcaagtgggtc 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474219 tcataaatttctctttcgaccagtttttggaagtagaactttctactaggcatttgggcggaggtacttcgagaacactccaagtgcaatcaagtgggtc 42474120  T
Q  514 aaacacccctagccaacctgtgtggctaagacaataaaataatccgttcgaaatgataagcttatcgcacatgatgctacaggagagt 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42474119 aaacacccctagccaacctgtgtggctaagacaataaaataatccgttcgaaatgataagcttattgcacatgatgctacaggagagt 42474032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 75 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 42480093 - 42479582
Alignment:
Q  75 tccaaccagcaaagtcttttggtggttcaatccataagttctcaaaagcatttggttctaccaagtcaagacactgtttagtgggataatatctgtggtc 174  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||| | | |||||||||||||  ||||    
T  42480093 tccagccagtaaagtcttttggtggttcaatccagaagttctcaaaagtatttggttctaccttgtcacgacactgctcactgggataatatctacggtc 42479994  T
Q  175 atcgagagagaatgatatgcaacgctttccatagaaacggactttagggaagtagactatgtttctcattattccagtgacgtaagtcctagaatgagat 274  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42479993 atcaagagagaatgatatgcaacgttttccatagaaacggactttagggaagtagacactgtttctcattattccagtggcgtaagtcctagaatgagat 42479894  T
Q  275 gacaaaaaaccagcaaaatgtgtcactccatctagtgttctcacttctttccattccattagtgtcagatctaacttgaaaattattgggtcctcaccac 374  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42479893 gacaaaaaactagcaaaaagtgttactccatttagtgatctcacctctttccattccattagtgtcagatctaacttgaaaattattgggtcctcaccac 42479794  T
Q  375 aacatatatgaaccacaaatatatttcctttgtgctctatcataaatttctctttcgaccagtttttggaagtagaactttctactaggcatttgggcgg 474  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  42479793 aacatatatgaactacaaatatatttcctttgtgctctatcataaatttccctttcgaccaatttttggcagtagaactctctgctaggcatttgggcgg 42479694  T
Q  475 aggtacttcgagaacactccaagtgcaatcaagtgggtcaaacacccctagccaacctgtgtggctaagacaataaaataatccgttcgaaatgataagc 574  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| || || |||| || ||||    
T  42479693 aggtactttgaaaacagtccaagtacgttcaagtgggtcaaacacccctagccaacctctgtcgctcagacaataaaataacccattagaaaagacaagc 42479594  T
Q  575 ttatcgcacatg 586  Q
    ||||||||||||    
T  42479593 ttatcgcacatg 42479582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 42467949 - 42467416
Alignment:
Q  21 tctacacaaaactgattatataaatgcta-acttgctctgctaannnnnnnnacgtccaaccagcaaagtcttttggtggttcaatccataagttctcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||        || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42467949 tctacacaaaactgattatataaatgctttacttgctccgctaattttttttacatccagccagcaaagtcttttggtggttcaatc-ataagttctcaa 42467851  T
Q  120 aagcatttggttctaccaagtcaagacactgtttagtgggataatatctgtggtcatcgagagagaatgatatgcaacgctttccatagaaacggacttt 219  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  42467850 aagcatttggttctac-aagtcaagacactgtttagtgggataatatctatggtcatcgagagagaatgatatgcaacgctttccatagaaatgggcttt 42467752  T
Q  220 agggaagtagactatgtttctcattattccagtgacgtaagtcctagaatgagatgacaaaaaaccagcaaaatgtgtcactccatctagtgttctcact 319  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  42467751 agggaagtagacgctgtttctcataattccagtgacgtaagtcctagaatgagatgacaaaaaactagcaaaaagtgtcactccatctagtgttctcacc 42467652  T
Q  320 tctttccattccattagtgtcagatctaacttgaaaattattgggtcctcaccacaacatatatgaaccacaaatatatttcctttgtgctctatcataa 419  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42467651 tcttttcattccattagtgtccgatctaatttgaaaattattgggtcctcaccacaacatatatgaatgacaaatatatttcctttgtgatctatcataa 42467552  T
Q  420 atttctctttcgaccagtttttggaagtagaactttctactaggcatttgggcggaggtacttcgagaacactccaagtgcaatcaagtgggtcaaacac 519  Q
    |  ||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||  | |||| ||||||||||||    
T  42467551 agctctctttcgccgagtttttggcagtagaactctctaataggcatttgggcggaggtacaacgagaacgctccaagtatattcaattgggtcaaacac 42467452  T
Q  520 ccctagccaacctgtgtggctaagacaataaaataa 555  Q
    || ||| ||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  42467451 ccgtagacaaccagtgtggcttaaacaataaaataa 42467416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 51; Significance: 6e-20; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 172 - 334
Target Start/End: Original strand, 26046498 - 26046660
Alignment:
Q  172 gtcatcgagagagaatgatatgcaacgctttccatagaaacggactttagggaagtagactatgtttctcattattccagtgacgtaagtcctagaatga 271  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||   |||| |||||  |||||  || || |||||| ||||||    
T  26046498 gtcatcaagagagaatgatatgcaacgctttccataaaaacgaactttagagaagtagatactgttcctcatatttccaaggaggtcagtccttgaatga 26046597  T
Q  272 gatgacaaaaaaccagcaaaatgtgtcactccatctagtgttctcacttctttccattccatt 334  Q
    || ||||| |||| ||||||  | ||  |||||||||||||| | |  |||| ||||||||||    
T  26046598 gaagacaagaaactagcaaatagagttgctccatctagtgtttttagctcttcccattccatt 26046660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University