View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18755_low_3 (Length: 498)
Name: NF18755_low_3
Description: NF18755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18755_low_3 |
 | |
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| [»] scaffold0458 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0458 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0458
Description:
Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 483
Target Start/End: Original strand, 4053 - 4514
Alignment:
| Q |
18 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
117 |
Q |
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| T |
4053 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
4152 |
T |
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| Q |
118 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
217 |
Q |
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| T |
4153 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
4252 |
T |
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| Q |
218 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggatttaattaattaattaatttg |
317 |
Q |
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| T |
4253 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggat----ttaattaattcatttg |
4348 |
T |
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| Q |
318 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
417 |
Q |
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| T |
4349 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
4448 |
T |
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| Q |
418 |
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483 |
Q |
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| T |
4449 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
4514 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0458; HSP #2
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 483
Target Start/End: Original strand, 13371 - 13832
Alignment:
| Q |
18 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
117 |
Q |
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| T |
13371 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
13470 |
T |
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| Q |
118 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
217 |
Q |
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| T |
13471 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
13570 |
T |
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| Q |
218 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggatttaattaattaattaatttg |
317 |
Q |
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| T |
13571 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggat----ttaattaattcatttg |
13666 |
T |
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| Q |
318 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
417 |
Q |
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| T |
13667 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
13766 |
T |
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| Q |
418 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
483 |
Q |
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| T |
13767 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
13832 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 39449568 - 39449107
Alignment:
| Q |
18 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
117 |
Q |
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| T |
39449568 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
39449469 |
T |
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| Q |
118 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
217 |
Q |
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| T |
39449468 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
39449369 |
T |
|
| Q |
218 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggatttaattaattaattaatttg |
317 |
Q |
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| T |
39449368 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggatttaatt----aattcatttg |
39449273 |
T |
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| Q |
318 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
417 |
Q |
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| T |
39449272 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
39449173 |
T |
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| Q |
418 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
483 |
Q |
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| T |
39449172 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
39449107 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 39459678 - 39459217
Alignment:
| Q |
18 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
117 |
Q |
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| T |
39459678 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
39459579 |
T |
|
| Q |
118 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
217 |
Q |
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| T |
39459578 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
39459479 |
T |
|
| Q |
218 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggatttaattaattaattaatttg |
317 |
Q |
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| T |
39459478 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggatttaatt----aattcatttg |
39459383 |
T |
|
| Q |
318 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
417 |
Q |
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| T |
39459382 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
39459283 |
T |
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| Q |
418 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
483 |
Q |
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| T |
39459282 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
39459217 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 39470440 - 39469979
Alignment:
| Q |
18 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
117 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
39470440 |
agcttaaggtgcatggcttgtagggtttatatagatttaagatcaagattttaatttgtcgtattataatcattagtgggaatgttggaaagtcaactag |
39470341 |
T |
|
| Q |
118 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
217 |
Q |
| |
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|
| T |
39470340 |
tttgttagaatgaatttgaatatattgtctccttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgtacgtgaatgaatgcattcaccaagtacctaccaac |
39470241 |
T |
|
| Q |
218 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggatttaattaattaattaatttg |
317 |
Q |
| |
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| T |
39470240 |
caacatgatattgtgatatatttaattttatgaggaaacattcatcaagttcaatctaaagtggatgtattccctgggatttaatt----aattcatttg |
39470145 |
T |
|
| Q |
318 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggtggggttggttcccagcaatca |
417 |
Q |
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| T |
39470144 |
tttacatctttttaaggaataatatacgacttaccttatagccatgaaatataaaattatagcatgttaacggcagggaggggttggttcccagcaatca |
39470045 |
T |
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| Q |
418 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
483 |
Q |
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|
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| T |
39470044 |
ctagacacaaaaatacaaaacgaaagattttctacgagacgacatcaacgtgggtgcaatgtatat |
39469979 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 150 - 182
Target Start/End: Original strand, 24062836 - 24062868
Alignment:
| Q |
150 |
ttgtatctttgatgttgatattgtggctaccgt |
182 |
Q |
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| T |
24062836 |
ttgtatctttgatgttgatattttggctaccgt |
24062868 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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