View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18760_high_1 (Length: 969)

Name: NF18760_high_1
Description: NF18760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18760_high_1
NF18760_high_1
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-859)||(24136567-24137424)
chr6 (1-834)||(24134253-24135077)
chr6 (857-953)||(24137447-24137543)
chr6 (62-197)||(24134080-24134216)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (42-859)||(45148475-45149295)
chr8 (43-817)||(45164878-45165655)
chr8 (859-951)||(45148358-45148450)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 779; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 779; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 859
Target Start/End: Original strand, 24136567 - 24137424
Alignment:
Q  1 ggaatgggtgaagggcggaaaggacaacatagcggaccccagtcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24136567 ggaatgggtgaagggcggaaaggacaacatagcgtacccctgtcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccagcaca 24136666  T
Q  101 tgtgcttaaagcaaacataaggtagatctatttaaatttttgtcgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttac 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24136667 tgtgcttaaggcaaacataaggtagatctatttaaatttttgccgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttag 24136766  T
Q  201 cctaacccgcaataattgcttcccaagatgcgcaatcgcgttgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagcc 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24136767 cctaaccagcaataattgcttcccaagatgcacaatcgcgttgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagcc 24136866  T
Q  301 gttgatcatggtttccaggaacctacattccgacaaggcattgcctcatacaattcccttgccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24136867 gttgatcatggtttccaggaacctacattctgacaaggcattacctcatacaattccctt-ccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatca 24136965  T
Q  401 tcacattgtatgtcatctttctttttcccggcatttcatcgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgttgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24136966 tcacattgtatgtcatctttctttttcccggcatttcatcgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgttgt 24137065  T
Q  501 tcacgtgaaaacaccccgcaccggagactcctcaaacaatctcccagctagaaacaaatctccatccgggccataaccgaaaatcatggtattccaagaa 600  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24137066 ccacgtgaaaacaccctgcaccggagactcctcaaacaatctcccagctagaaacaaatctccatctgggccataaccgaaaattatggtattccaagaa 24137165  T
Q  601 attacatccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaatagcatcacccaacatcttccttttacatacctacccatcaaacaattccacgaaatcaattc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24137166 attacatccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaatagcatcacccaacatcttcctcttacatacctacccatcaaacaattccacggaatcaattc 24137265  T
Q  701 ccaatccaccttcgactcaaacaatcgacgagcctcctcaagtctcccattctgaacatacactgcaagcaatccattccaagagatggaatccttataa 800  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24137266 ccaaaccaccttcgactcaaacaatcgacgagcctcctcaagtctcccattctgaacatacactgcaagcaatccattccaagagatggaatccttataa 24137365  T
Q  801 agcatgttatcaaaaactagtttagcctcgtcaacgcaacctctctgaacataaccaga 859  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24137366 agcatgttatcaaaaactagtttagcctcgtcaacgcaacctctctaaacataaccaga 24137424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 834
Target Start/End: Original strand, 24134253 - 24135077
Alignment:
Q  1 ggaatgggtgaagggcggaaaggacaacatagcggaccccagtcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacaca 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  24134253 ggaatgggtgaagggtggaaaggacaacataccaggcccctgtcttcaccgcctatccatgaagttgtttccttaacaccaaagcagccataccagcaca 24134352  T
Q  101 tgtgcttaaagca-aacataaggtagatctatttaaatttttgtcgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtctta 199  Q
    |||||| |||  | ||||||| ||| |||||  |||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |    
T  24134353 tgtgctcaaatgacaacataatgtatatctacataaactttcgccatcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttcttcataatgaccagtctga 24134452  T
Q  200 ccctaacccgcaataattgcttcccaagatgcgcaatcgcgttgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagc 299  Q
     |||||||  ||||||||||  |||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| | | |||||| ||||||    
T  24134453 gcctaaccaccaataattgccacccaagatacacaatcgcggttagccatcatgtcaaacaatttgccaacttgagcaatatttcctttctgatcatagc 24134552  T
Q  300 cgttgatcatggt-ttccaggaacctacattccgacaaggcattgcctcatacaattcccttgccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaat 398  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    ||     
T  24134553 cgttgatcatggtattccacgaacctacattccaacatggcattgcctcaaacaattcccttgccatatccatttgcttgtattgcacatttcccttaac 24134652  T
Q  399 catcacattgtatgtcatctttctttttcccggcatttcatcgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgtt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  24134653 catcacattgtatgtcatctttcattttcccggcatttcatcgaaaactcttctcgcatgatccaacattccactctgcacatatgcaaacatcattgtt 24134752  T
Q  499 gttcacgtgaaaacaccccgcaccggagactcctcaaacaatctcccagctagaaacaaatctccatccgggccataaccgaaaatcatggtattccaag 598  Q
    || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||| |||  |||| |||||||||| |||||||||||    
T  24134753 gtccacctgaaaacatcccgcaccggagactcctcaaacaatctcctagcttgtaacaaatatccattcggtgcatatccgaaaatcagggtattccaag 24134852  T
Q  599 aaattacatccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaatagcatcacccaacatcttcct-tttacatacctacccatcaaacaattccacgaaatcaa 697  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24134853 aaattacatccctaacaagcatatgatcaaaaaatctcctagcatcacccaacatcctcctcttcacattcctacccatcaaacaattccacaaaatcaa 24134952  T
Q  698 ttcccaatccaccttcgactcaaacaatcgacgagcctcctcaagtctcccattctgaacatacactgcaagcaatccattccaagagatgg-aatcctt 796  Q
    ||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||    
T  24134953 ttcccaatccacct-------------tcgacgagcctcctcaagtctcccattttgaacatacactacaagcaatccattccaaaagatggaaatactt 24135039  T
Q  797 ataaagcatgttatcaaaaactagtttagcctcgtcaa 834  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24135040 ataaggcatgttatcaaaaactagtttagcctcatcaa 24135077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 857 - 953
Target Start/End: Original strand, 24137447 - 24137543
Alignment:
Q  857 agatccttttgaggcattaaatcaaacaagttgtgggcatcgatgagtctgcggtttttgacgtagccaatgagcattaagttcaaggaaaacaaac 953  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24137447 agatccttttgaggcattaaatcaaacaagttgtgggcatcgatgagtctgcggtttttgacgtagccaatgagcattaagttcaaggaaaacaaac 24137543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 62 - 197
Target Start/End: Original strand, 24134080 - 24134216
Alignment:
Q  62 aagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacacatgtgcttaaagcaa-acataaggtagatctatttaaatttttgtcgtcccttttcatcttc 160  Q
    |||| ||||||||| ||  ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||    
T  24134080 aagttgtttccctagcatgaaagcagccttacgaacacatgtgctcaaagcaccacataaggtagatctatttacactttcgccgtcccttttcatcttc 24134179  T
Q  161 accagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtct 197  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  24134180 accagcatgtccataacttcttcatagtgatcagtct 24134216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 45149295 - 45148475
Alignment:
Q  42 gtcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacacatgtgcttaaagca-aacataaggtagatctatttaaatttt 140  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||    
T  45149295 gtcttcaccgcctgtccatgaacttgtttccctaacaccaaagcagccataccagcacatgtgctcaaagcacaacaaaaggtagatctatttaaacttt 45149196  T
Q  141 tgtcgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttaccctaacccgcaataattgcttcccaagatgcgcaatcgcg 240  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||    
T  45149195 tgccgtcccttttcatcttcaccagcatgtgcataactttttcatagtgaccagtctgagcataaccagcaataattgccgcccaagatacacaatcgcg 45149096  T
Q  241 ttgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagccgttgatcatggt-ttccaggaacctacattccgacaaggc 339  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  45149095 ctgagtcatcatgtcaaacaattccctagcttgagcaatatctccgttctgaccatagccgctgataatggtattccatgaacctacattccgacaaggc 45148996  T
Q  340 attgcctcatacaattcccttgccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatcatcacattgtatgtcatctttctttttcccggcatttcat 439  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  45148995 attgcctcaaacaattcccttgccatatccattttcttgtattgcacatatcctgcaatcatcacattgtatgccatctctctttttcccggcatttcat 45148896  T
Q  440 cgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgttgttcacgtgaaaacaccccgcaccggagactcctcaaacaa 539  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45148895 cgaaaactcttctcgcttcatccaacattccactctgcacatatgcaaacaccattgctgtccacgtgaaaacatcccgcaccggagactcctcaaacaa 45148796  T
Q  540 tctcccagctagaaacaaatctccatccgggccataaccgaaaatcatggtattccaagaaattacatccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaata 639  Q
     ||||  ||| | ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||  ||    
T  45148795 cctcctggcttgtaacaaatctccatcccgggcataaccggaaatcatggtattccaagagattgcattcctaacaggcatatgatcaaaaagtctccta 45148696  T
Q  640 gcatcacccaacatcttcct-tttacatacctacccatcaaacaattccacgaaatcaattcccaatccaccttcgactcaaacaatcgacgagcctcct 738  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45148695 gcatcacccaacatcttcctcttcacatacccacccatcaaacaattccacgaaatcaattcccaatccaccttcgactcaaacaatcgacgagcctctt 45148596  T
Q  739 caagtctcccattctgaacatacactgcaagcaatccattccaagagatggaatccttataaagcatgttatcaaaaactagtttagcctcgtcaacgca 838  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45148595 caagtctcccattctgaacatacactgcaagcaatccattccaagagatggaatccttataaggcatgttatcaaaaactagtttagcctcatcaacgca 45148496  T
Q  839 acctctctgaacataaccaga 859  Q
    ||| ||| |||||||||||||    
T  45148495 accactccgaacataaccaga 45148475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 43 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 45165655 - 45164878
Alignment:
Q  43 tcttcaccacctgtccatgaagtcgtttccctaacaccaaagcagccataccaacacatgtgcttaaagca-aacataaggtagatctatttaaattttt 141  Q
    |||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||| |||||||||| ||| || |||||||||| |||||| |||  || ||||  ||||||||| |||     
T  45165655 tcttcaccgcctgcccatgaatttgtttccccaactccaaagcagcaatatcagcacatgtgctcaaagcacaaccaaaagtagccctatttaaactttc 45165556  T
Q  142 gtcgtcccttttcatcttcaccagcatgtccatagcttattcatagtgaccagtcttaccctaacccgcaataattgcttcccaagatgcgcaatcgcgt 241  Q
      ||||   ||| ||||  || | ||||| || ||||| ||||||||||||  ||| | | ||||| |||||||| ||  |||||||| | || || ||     
T  45165555 tccgtcttgttttatctctacaaacatgttcagagcttcttcatagtgaccgctctgagcataaccagcaataatagccgcccaagatacacagtcacgc 45165456  T
Q  242 tgagccatcatgtcaaacaatttcctagcttgagcaatatcttcgttctgaccatagccgttgatcatggt-ttccaggaacctacattccgacaaggca 340  Q
    || | |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |  |||||||||||||  | |||||||| ||||| |||| || ||||||||| ||||    
T  45165455 tgtggcatcatatcaaagaattttctagcctgagcaatgtctccaatctgaccatagcctgtaatcatggtattccatgaacttatattccgacagggca 45165356  T
Q  341 ttgcctcatacaattcccttgccatatccattttcttgttttgcacatatcatgcaatcatcacattgtatgtcatctttctttttccc-ggcatttcat 439  Q
    | | |||| |||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||| |  ||||||||  |||||||||  | |||  |||||| | |||||||| |    
T  45165355 tagactcaaacaactcccttgcgatgtccattttcttagtttgcacataacccgcaatcattgcattgtatgaaa-cttcatttttctcaggcatttcgt 45165257  T
Q  440 cgaaaactcctctcgcttcatccaacattccactatgcacatatgcaaacaccattgttgttcacgtgaaaacaccccgcaccggagactcctcaaacaa 539  Q
    | ||||    | | |||||||||| ||||||| | ||||||||| || ||||||| | ||| || ||||| ||  ||||    |||||||| ||||||||    
T  45165256 caaaaaaagttttagcttcatccagcattccattctgcacatatccagacaccatagctgtccatgtgaacacgtcccgtgttggagactcgtcaaacaa 45165157  T
Q  540 tctcccagctagaaacaaatctccatccgggccataaccgaaaatcatggtattccaagaaattacatccctaacaagcacatgatcaaaaagtctaata 639  Q
    |||||  ||  |  ||||| ||||| || |  |||||||  ||||||| || ||||| || ||| ||||||||||| |||  | ||||||||| |   ||    
T  45165156 tctcctcgcctgtgacaaacctccaccctgagcataacctgaaatcatagtgttccacgagattgcatccctaacaggcattttatcaaaaagccaccta 45165057  T
Q  640 gcatcacccaacatcttcctt-ttacatacctacccatcaaacaattccacgaaatcaattcccaatccaccttcgactcaaacaatcgacgagcctcct 738  Q
    |||||||| ||| ||||  |  ||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||   || |||||||||||  ||| |||||| |    
T  45165056 gcatcacctaacttctttttccttacaaacccacccatcaaacagttccatgaaatcaagtcccaatccgatttagactcaaacaagagacaagcctctt 45164957  T
Q  739 caagtctcccattctgaacatacactgcaagcaatccattccaagagatggaatccttataaagcatgttatcaaaaac 817  Q
    ||| ||||||||| ||||||||  | ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| | | |||| |||||||||||    
T  45164956 caattctcccattgtgaacataggcggcaagaaggccattccaagagatggaattcttttcaggcatattatcaaaaac 45164878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 859 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 45148450 - 45148358
Alignment:
Q  859 atccttttgaggcattaaatcaaacaagttgtgggcatcgatgagtctgcggtttttgacgtagccaatgagcattaagttcaaggaaaacaa 951  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  45148450 atccttttgaggcattaaatcaaacaagttgcgggcatcaacgagtctgcgatttttgacatagccagtgagcattaagttccaggaaaacaa 45148358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University