View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18761_high_8 (Length: 385)
Name: NF18761_high_8
Description: NF18761
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18761_high_8 |
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| [»] scaffold0952 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0717 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold1562 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold1158 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 373
Target Start/End: Original strand, 20534757 - 20535115
Alignment:
| Q |
15 |
atagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgt |
114 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
20534757 |
atagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattagaggaatagttaacaacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgt |
20534856 |
T |
|
| Q |
115 |
taaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctataatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgta |
214 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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| T |
20534857 |
taaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctataatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctataacgta |
20534956 |
T |
|
| Q |
215 |
gcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgctatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattatatatccat |
314 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
20534957 |
gcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgctatttattccacaacattgttaaggagtaagatggaaaaatgagccattattatatatccat |
20535056 |
T |
|
| Q |
315 |
cgtttatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgcttaatatggatttgttgcccta |
373 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
20535057 |
cgtttatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgcttaatatggatttgttgcccta |
20535115 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 358
Target Start/End: Original strand, 29105922 - 29105967
Alignment:
| Q |
313 |
atcgtttatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgcttaatat |
358 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |
|
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| T |
29105922 |
atcgtttatagatcctaaacttgaatggaggaagcctgctaaatat |
29105967 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0952 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: scaffold0952
Description:
Target: scaffold0952; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 19 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 2952 - 2599
Alignment:
| Q |
19 |
ttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgttaaa |
118 |
Q |
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|
| T |
2952 |
ttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaacccttaaa |
2853 |
T |
|
| Q |
119 |
caattaccaattcccattgaatacggtaatctataatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgtagcgg |
218 |
Q |
| |
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|
| T |
2852 |
caattatcaattcccattgtatacggtaatctataatactttgataccgctaccgctatat-cagagatatcacggtgatatagctctataacatagcgg |
2754 |
T |
|
| Q |
219 |
aatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgctatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattatatatccatcgtt |
318 |
Q |
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|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2753 |
aatttgaacaaatcaatattgttctgcgatttgctatttatttcaaaacattgttaaggactaagacggaaaaatgagccattattatatatccatcgtt |
2654 |
T |
|
| Q |
319 |
tatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgcttaatatggatttgttgcccta |
373 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2653 |
tatagatcctaaacttgaaaggaagaagcctgcttaatatggatttgttgcccta |
2599 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0717 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0717
Description:
Target: scaffold0717; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 15 - 307
Target Start/End: Original strand, 2407 - 2686
Alignment:
| Q |
15 |
atagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgt |
114 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
2407 |
atagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctat-atatttctgaaccgt |
2505 |
T |
|
| Q |
115 |
taaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctataatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgta |
214 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
2506 |
taaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctataatactttga------tactgatatatacaaagatatcacaatgata------tataacgta |
2593 |
T |
|
| Q |
215 |
gcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgctatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattata |
307 |
Q |
| |
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||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
2594 |
gcgaaatttgaacaaatcagtattgttccgcgatttgctatttatttcacaatattgttaaggagtaaaacggaagaatgagcaattattata |
2686 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1562 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold1562
Description:
Target: scaffold1562; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 307
Target Start/End: Original strand, 1130 - 1410
Alignment:
| Q |
15 |
atagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgt |
114 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
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|
| T |
1130 |
atagctgaaacattgaaagtatacaatcaattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttatgaaccgt |
1229 |
T |
|
| Q |
115 |
taaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctataatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgta |
214 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||| || || |
|
|
| T |
1230 |
taaacaattactaattcacattgaatacggtaatctataatactttga------tactgctatatacaaagatatcacagtgata------tataactta |
1317 |
T |
|
| Q |
215 |
gcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgctatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattata |
307 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
1318 |
tcgaaatttgaacaaatcagtattgttccgcgatttgctatttatttcacaatattgttaaggagtaagacggaagaatgagtcattattata |
1410 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1158 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold1158
Description:
Target: scaffold1158; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 1463 - 1183
Alignment:
| Q |
15 |
atagttgaaacattgaaagtatacaatcgattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttctgaaccgt |
114 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
1463 |
atagctgaaacattgaaagtatacaatcaattaagaggattcattagaggaatagttaacgacattatagtgatatagctctataatatttatgaaccgt |
1364 |
T |
|
| Q |
115 |
taaacaattaccaattcccattgaatacggtaatctataatactttgataccgctaccgctatatacagagatatcacggtgatatagctctatgacgta |
214 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||| || || |
|
|
| T |
1363 |
taaacaattactaattcacattgaatacggtaatctataatactttga------tactgctatatacaaagatatcacagtgata------tataactta |
1276 |
T |
|
| Q |
215 |
gcggaatttgaacaaatcaatactgttccgcgatttgctatttattccacaacattgttaaggagtaagacggcaaaatgagccattattata |
307 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
1275 |
tcgaaatttgaacaaatcagtattgttccgcgatttgctatttatttcacaatattgttaaggagtaagacggaagaatgagtcattattata |
1183 |
T |
|
Back To:
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