View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18761_low_5 (Length: 446)

Name: NF18761_low_5
Description: NF18761
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18761_low_5
NF18761_low_5
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (16-428)||(5197157-5197569)
chr4 (16-428)||(5215302-5215714)
chr4 (18-428)||(4840696-4841106)
chr4 (16-428)||(5174416-5174828)
chr4 (13-428)||(5183758-5184173)
chr4 (52-428)||(5161475-5161853)
chr4 (18-428)||(4855204-4855612)
chr4 (309-360)||(7143689-7143740)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5197569 - 5197157
Alignment:
Q  16 tcaataaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatg 115  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  5197569 tcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatgcacaacactgttatg 5197470  T
Q  116 aaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatg 215  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||   || ||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  5197469 aaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatg 5197370  T
Q  216 atggtgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcc 315  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| || ||    
T  5197369 atggtggaggctcgacacgttcacactttcgactgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttatcctcatcaaagtttgcaaactggcc 5197270  T
Q  316 tgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagtta 415  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  5197269 tatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtca 5197170  T
Q  416 ttgtatgataagt 428  Q
    |||||||||||||    
T  5197169 ttgtatgataagt 5197157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5215714 - 5215302
Alignment:
Q  16 tcaataaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatg 115  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  5215714 tcaatacaatggaaacgttggaaaaattttacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgacgcacaacactgttatg 5215615  T
Q  116 aaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatg 215  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215614 aaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatg 5215515  T
Q  216 atggtgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcc 315  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||  | |||| |||||    
T  5215514 aaggtgaagactcgacacgttcacacttttgatagaggagtggtccacaaagaccgggattacctctgtaactgtcctcatcaaaacctccaaactgtcc 5215415  T
Q  316 tgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagtta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  5215414 tgtactaggtggtgttccagaaaagttgttgtatgatacattgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagtta 5215315  T
Q  416 ttgtatgataagt 428  Q
    |||||||||||||    
T  5215314 ttgtatgataagt 5215302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 18 - 428
Target Start/End: Original strand, 4840696 - 4841106
Alignment:
Q  18 aataaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaa 117  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  4840696 aatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaa 4840795  T
Q  118 ggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgat 217  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||    | |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  4840796 ggctaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgat 4840895  T
Q  218 ggtgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctg 317  Q
    | |||||||||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||   | ||||||||||||    
T  4840896 gctgaagactcgacatgttcacactttcgattgaggaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctg 4840995  T
Q  318 tactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttatt 417  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  4840996 tactaggtggtgttccagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttatt 4841095  T
Q  418 gtatgataagt 428  Q
    |||||||||||    
T  4841096 gtatgataagt 4841106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5174828 - 5174416
Alignment:
Q  16 tcaataaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatg 115  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  5174828 tcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaacttactgatataataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaaaactgttatg 5174729  T
Q  116 aaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatg 215  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||    | |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  5174728 agggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatg 5174629  T
Q  216 atggtgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcc 315  Q
    ||| |||||||||| || |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||   | ||||||||||    
T  5174628 atgctgaagactcgacatgttcacactttcgattgacgaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcc 5174529  T
Q  316 tgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagtta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  5174528 tgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtca 5174429  T
Q  416 ttgtatgataagt 428  Q
    |||||||||||||    
T  5174428 ttgtatgataagt 5174416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5184173 - 5183758
Alignment:
Q  13 tcatcaataaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgtt 112  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||    
T  5184173 tcatcaatataatggaaaagatggaaagaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcccaacacagtt 5184074  T
Q  113 atgaaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtg 212  Q
    ||||||||||| | |||||| || ||||||| | ||||||||||||||||||||||| | |||||    | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  5184073 atgaaggccaatagtattgtaatataagatgttatgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtg 5183974  T
Q  213 atgatggtgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattg 312  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||    
T  5183973 atgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgatttaggagttgtccgcaaagaccgggattacctctgtagttgtactcatcaaagtttgcaaattg 5183874  T
Q  313 tcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaag 412  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||| || |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5183873 tcttgtgctaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactcaag 5183774  T
Q  413 ttattgtatgataagt 428  Q
    ||||||||||||||||    
T  5183773 ttattgtatgataagt 5183758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 52 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5161853 - 5161475
Alignment:
Q  52 aaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaaggccaacaatattgttatgtaagatgctgt-gaa 150  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5161853 aaacttactaatgtaataaaaccaagccatacgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtagaa 5161754  T
Q  151 ac-tccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgatggtgaagactcgtcacgttcacacttccgatt 249  Q
    || ||||||||||||||||| | |||||    | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| || |     
T  5161753 acctccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacactttcggtc 5161654  T
Q  250 gaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtat 349  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161653 gaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgtagctgtcctcaacgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtat 5161554  T
Q  350 gacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagt 428  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161553 gacacgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagt 5161475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 18 - 428
Target Start/End: Original strand, 4855204 - 4855612
Alignment:
Q  18 aataaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaa 117  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||  |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||  |||||||||||||    
T  4855204 aatacaatggaaaagttggaaaaaagatacctacaaacttactaatgtaataaaaccaggccaaacgccaacgtggattgatgca--acactgttatgaa 4855301  T
Q  118 ggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgat 217  Q
    || ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||    | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  4855302 ggtcagtagtattgttatgtaagatggtgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgat 4855401  T
Q  218 ggtgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctg 317  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||| || | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||   || |||||||| |||||||    
T  4855402 ggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagatcgggattacctctgtagctgtcctcaatgaaggttgcaaactgtcctg 4855501  T
Q  318 tactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttatt 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855502 tactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggtatcttaccactcaagttatt 4855601  T
Q  418 gtatgataagt 428  Q
    |||||||||||    
T  4855602 gtatgataagt 4855612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 309 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 7143740 - 7143689
Alignment:
Q  309 attgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaa 360  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7143740 attgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtaagacacattgaa 7143689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University