View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18762_high_6 (Length: 402)

Name: NF18762_high_6
Description: NF18762
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18762_high_6
NF18762_high_6
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (16-402)||(4711046-4711427)
chr7 (16-402)||(4844969-4845355)
chr7 (88-402)||(4696210-4696521)
chr7 (91-402)||(4654248-4654559)
chr7 (84-402)||(4637606-4637924)
chr7 (161-402)||(4782934-4783175)
chr7 (161-402)||(4815363-4815604)
chr7 (84-402)||(4673455-4673776)
chr7 (84-399)||(4864680-4864998)
chr7 (60-341)||(4644505-4644781)
chr7 (135-402)||(4663442-4663715)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 402
Target Start/End: Original strand, 4711046 - 4711427
Alignment:
Q  16 caacttcaagcatcctaacactcaacaagaaaaacaaaatctactcttcttcactctattctcacacaacacaactatggcaaaatccataaacgaaaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  4711046 caacttcaagcatcctaacactcaacaagaaaaacaaaatctactcttcttcactctattttc-----acataactatggcaaactccataaacgaaaaa 4711140  T
Q  116 tttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711141 tttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggct 4711240  T
Q  216 tctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaaccc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711241 tctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaaccc 4711340  T
Q  316 atctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactc 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711341 atctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactc 4711427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 16 - 402
Target Start/End: Original strand, 4844969 - 4845355
Alignment:
Q  16 caacttcaagcatcctaacactcaacaagaaaaacaaaatctactcttcttcactctattctcacacaacacaactatggcaaaatccataaacgaaaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  4844969 caacttcaagcatcctaacaatcaacaagaaaaacaaaatctagtcttcttcactctattctcacacaacacaactatgccaaactccataaacaaaaaa 4845068  T
Q  116 tttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggct 215  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4845069 tttcacactaaaatcaccctactatctatctatttggttttgttccctctagttattaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggtt 4845168  T
Q  216 tctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaaccc 315  Q
     ||||||||||| |  |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4845169 cctcaacaaacaatgttgccttagataaacgaatttggattggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaatcc 4845268  T
Q  316 atctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactc 402  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  4845269 atcttttaaatcatctcctaattccctttccaatatccaaattccattcacaaccgcgcatatctctttctcaaatttcacatactc 4845355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 88 - 402
Target Start/End: Original strand, 4696210 - 4696521
Alignment:
Q  88 aactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccct 187  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  4696210 aactatggcaaactccagaaacaaaaaatttcacactaaaatcatcctgctatctctcattttgctattgttccctctagttgctacctcatacgaccct 4696309  T
Q  188 gattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctcttta 287  Q
      |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||   |||| || |  ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||     
T  4696310 atttacaatttagccatcaattgtggctcctcatcagacacta---ccttcgacaaacgaatatgggttggtgataataatgataacacaaaactctttt 4696406  T
Q  288 ccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctc 387  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||  |||| || |||||| | |||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  4696407 ccttcaatgaaccaaaaaccacaaacacatctcttacaataccacctaacaccctctcaaatatccaaattccattcacaaccgcacgtgtctctctctc 4696506  T
Q  388 aaatttcacatactc 402  Q
    |||||||||||||||    
T  4696507 aaatttcacatactc 4696521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 91 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 4654559 - 4654248
Alignment:
Q  91 tatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccctgat 190  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||  || |||| ||||| | | |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  4654559 tatggcaaactccataaacaaaaacatttacacaaaaatgagcatactatctctctttttgctattgttccctctaattgcttactcatacaaccctgat 4654460  T
Q  191 tacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttacct 290  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| |  |||| |||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| |    
T  4654459 tacaatttagctatcgattgtggctccctaacagacactactaccttagataaacgaatttggattggtgagaatattgataacaaaaatatctttactt 4654360  T
Q  291 tcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaa 390  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||| || |||||| || ||||   | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |    
T  4654359 tcattgaaccaaaaaccacgaacccatctcttacaacaccacgtagttccctctcaaatactcaaattccattcacaaccgcacgtatctctctctcata 4654260  T
Q  391 tttcacatactc 402  Q
    ||||||||||||    
T  4654259 tttcacatactc 4654248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 84 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 4637924 - 4637606
Alignment:
Q  84 acacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaa 183  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| ||||  || |||| ||||| | | ||||||| |||| ||||||  | |||||| |||||||||||||||||||    
T  4637924 acacagctatggcaaactccataaacaaaaacatttacacaaaaatcagcatactatccctctttttgctacttttccctttagttgctaactcatacaa 4637825  T
Q  184 ccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctc 283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  4637824 ccctgattacaatttagccatcaattgtggctccttaaccgacaatactgccttagataaacgaatttgggttggtgataatattaataacaaaaatctc 4637725  T
Q  284 tttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctc 383  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |  | |||||||||| || |||||| |  |||||  ||||  ||| ||| | ||||    
T  4637724 tttactttcattgaaccaaaaaccacaaacccatcttttaatgtacaagctaattccctctcaaatatccaagttccatacacacacgcacgtgtttctc 4637625  T
Q  384 tctcaaatttcacatactc 402  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4637624 tctcaaatttcacatactc 4637606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 161 - 402
Target Start/End: Original strand, 4782934 - 4783175
Alignment:
Q  161 cctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtg 260  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||    
T  4782934 cctctaattgctatttcatacaaccctgattacagtttagccatcagttgtggctcctcaacaaacactactgcctttgatggacgaatttgggttgttg 4783033  T
Q  261 ataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattcc 360  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||  |||||||||||| || |||||| | |||||    
T  4783034 ataacattgataactctaatctcttttccttcattgaaccaaaaaatacaaacccatctcttaaaacaaaacctaattccctctcaaatatccaaattcc 4783133  T
Q  361 actcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactc 402  Q
    | |||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4783134 attcacaaccgtacgtgcctctctctcaaatttcacatactc 4783175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 161 - 402
Target Start/End: Original strand, 4815363 - 4815604
Alignment:
Q  161 cctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtg 260  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||    
T  4815363 cctctaattgctagttcatacaaccctgattacagtttagccatcagttgtggctcctcaacaaacactactgcctttgatggacgaatttgggttgttg 4815462  T
Q  261 ataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattcc 360  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||  |||||||||||| || |||| | | |||||    
T  4815463 ataacattgataactctaatctcttttccttcattgaaccaaaaaatacaaacccatctcttaaaacaaaacctaattccctctcaaatacccaaattcc 4815562  T
Q  361 actcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactc 402  Q
    | |||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4815563 attcacaaccggacgtgcctctctctcaaatttcacatactc 4815604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 84 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 4673776 - 4673455
Alignment:
Q  84 acacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaa 183  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||  | |||| ||||| ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4673776 acacagctatggcaaactccataaacaaaaaaaattacacaaaaatcaccctactaccgctcattttgctcttgttccctctagttgctacctcatacaa 4673677  T
Q  184 ccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgat---aatattgataactcaaat 280  Q
     ||   |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | || |||| ||||  ||||| ||||||||||||   |||||| ||||| |||||    
T  4673676 accaatttacaatttagccatcaattgtggttcctcaacaaacaatgctaccttcgataaccgaatgtgggttggtgataataatattaataacacaaat 4673577  T
Q  281 ctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatct 380  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||  |||||||||||| || |||||| |  |||||  ||||  ||| ||| | |    
T  4673576 ctctttactttcattgaaccaaaaaccacatacccatctcttacaacacaacctaattccctctcaaatatccaagttccatacacacacgcacgtgttt 4673477  T
Q  381 ctctctcaaatttcacatactc 402  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  4673476 ctctctcaaatttcacatactc 4673455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 84 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4864998 - 4864680
Alignment:
Q  84 acacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactca----- 178  Q
    |||||||||||||||| || |||||| | ||| || |||||||||| |||||||||||||||  ||| || || ||   | |||| ||||| |||         
T  4864998 acacaactatggcaaactcgataaacaagaaactttacactaaaatcaccctactatctctccttttcctattcttttttttagtagctaaatcaatagc 4864899  T
Q  179 -tacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactca 277  Q
     |||| |||||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  4864898 atacagccctgatttcagtttagccatcggttgtggctcctcaacaaatactac---cttagataaacgaatttgggttggtgataatattgataacaaa 4864802  T
Q  278 aatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgta 377  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||| || ||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  4864801 aatctctttactttcattgaacaaaaaaccacaaacccatctcttaaaacatcacctagttccgcttcaaacatcgaaattccatacacaaccgcgcgta 4864702  T
Q  378 tctctctctcaaatttcacata 399  Q
    |||||||||||| |||||||||    
T  4864701 tctctctctcaagtttcacata 4864680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 60 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 4644781 - 4644505
Alignment:
Q  60 tcttcttcactctattctcacacaacacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgtt 159  Q
    ||||||||||||| ||||||||     |||||||||||||  |||||||| |||||  | |||| ||||| | | |||| ||||||  ||||||  ||||    
T  4644781 tcttcttcactctcttctcaca-----caactatggcaaacaccataaacaaaaaaaattacacaaaaatcagcatactttctctcattttgctactgtt 4644687  T
Q  160 ccctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggt 259  Q
    ||||||| | |||| ||||||||| ||   ||||||| ||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4644686 ccctctactagctacctcatacaatccaatttacaatatagccattagttgtggctcctcaacgaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggt 4644587  T
Q  260 gataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccc 341  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||| ||| ||||    
T  4644586 gataataatgataacacaaaactctttactttcattgaaccaaaaaccactaatccatctcctaaaacatcacttaaatccc 4644505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 135 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 4663715 - 4663442
Alignment:
Q  135 tactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgc 234  Q
    |||||||||||  |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||| | |   | ||||| |||||     
T  4663715 tactatctctcattttgctattgttccctctaattgctacctcatacaacccaatttacaatttagccatcagttgtggttccgatataaacaatactga 4663616  T
Q  235 cttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatca--- 331  Q
    ||  ||     ||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||| | ||| |||| |||||||| | ||| |||||||||||||  |||       
T  4663615 ctcggacgaaggaatttgggttggtgataataatgataacacagaactcttttctttccttgagccaaaaacaaaaaatccatctcttaaattgtcacta 4663516  T
Q  332 ---cctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactc 402  Q
       | | ||| |||||| ||||||   |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4663515 ccccatgattacctttcaaatatcccaattccactcaaaaccgcacgtatctcgctctcaaatttcacatactc 4663442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University