View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1876_low_1 (Length: 747)

Name: NF1876_low_1
Description: NF1876
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1876_low_1
NF1876_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-631)||(1252047-1252661)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-700)||(42018824-42019519)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 631
Target Start/End: Original strand, 1252047 - 1252661
Alignment:
Q  19 ctatgtgctccagcggcagcttcaaacaacacactctcactgactgcctgtgtactgccggcaactgctttaccagcagttcagctcctgccacactgac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1252047 ctatgtgctccagcggcagcttcaaactccacactctcgctggctgcctgtgtgctgccggcaactgctttaccagcagttcagctcctgccacactgac 1252146  T
Q  119 actgtgtgcatcacggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagatgatcgtcgtaataattctccccc 218  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1252147 accgtgtgcatcgcggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagatgatcgtcgtaataattctccccc 1252246  T
Q  219 atatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatgcaatcattgtccaagtcannnnnnnnaccattgttatcatcaaacatccctttaaaac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1252247 atatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatgcaatcattgtccaagtcattttttttaccattgttatcatcaaacatccctttaaaac 1252346  T
Q  319 atgtcaaaataagtttatcaagcaatttttgaaaagatgtttttcaattgatattggcatatagttttttaatttacttaaaaagatttgtcttataaaa 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||    
T  1252347 atgtcaaaataagtttatcaagcaatttttaaaaagatgtttttcaattaatattggcatatagttttttaatttacttcaa--gatttgtcttgtaaaa 1252444  T
Q  419 gataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaactcagtcaaacaagcactttgataccaagtaccatcatatggttgttccag 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1252445 gataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaacacagtcaaacaagcactttgataccaagtaccatcatatggttgttccag 1252544  T
Q  519 gtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgattctca---atgacccatagtacatagaaggaagaacc-tt 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  1252545 gtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgattctcaattatcacccatagaacatagaaggaagaaccttt 1252644  T
Q  615 attcataaaataataca 631  Q
    |||||||||||||||||    
T  1252645 attcataaaataataca 1252661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 700
Target Start/End: Original strand, 42018824 - 42019519
Alignment:
Q  19 ctatgtgctccagcggcagcttcaaacaacacactctcactgactgcctgtgtactgccggcaactgctttaccagcagttcagctcctgccacactgac 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  42018824 ctatgtgctccagcagcagcttcaaactccacactc--actggctgcctgtgtgctgccggcaactgctttac-agcagttcagctcctgccaca-tgac 42018919  T
Q  119 actgtgtgcatcacggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagatgatcgtcgtaataattctccccc 218  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  42018920 accgtgtgcatcgcggtaactgcaagtctgcaacttcttctcttacagcgtaagcctagtggtcggtttcaacagatgatcgttgaaataattctccccc 42019019  T
Q  219 atatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatgcaatc----------attgtccaagtcannnnnnnnaccattgttatcatcaaacatc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          |||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  42019020 atatcgtcacccagaaaactttcagcatcatattcccacatgcaatccttcacaatcattgtccaagtcattttttttaccattgttatcatcaaacatc 42019119  T
Q  309 cctttaaaacatgtcaaaataagtttatcaagcaatttttgaaa-------agatgtttttcaattgatattggcatatagttttttaatttacttaaaa 401  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42019120 cctttaaaacatgccaaaataagtttatcaagcaatttttaaaatttttaaagatgtttttcaattaatattggcatatagttttttaatttacttaaaa 42019219  T
Q  402 agatttgtcttataaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaactcagtcaaacaagcactttgataccaagtacca 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  42019220 agatttgtcttataaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaacacatt--aacaagcactttgataccaagtacca 42019317  T
Q  502 tcatatggttgttccaggtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgattctca---atgacccatagtaca 598  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||| |||    
T  42019318 tcatatggttgttccaagtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgattctcaattatcacccatagaaca 42019417  T
Q  599 tagaaggaagaaccttattcataaaataatacagaggaaggaaccttgcatgattaggtggtgacaaacaactcaatgttagagaagatgagacatgtga 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42019418 tagaaggaagaaccttattcataaaataatacagaggaaggaactttgcatgattaggtggtgacaaacaacccaatgttagagaagatgagacatgtga 42019517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University