View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1876_low_2 (Length: 733)

Name: NF1876_low_2
Description: NF1876
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1876_low_2
NF1876_low_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (12-595)||(14784941-14785530)
chr2 (594-718)||(14785559-14785683)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (19-589)||(48898465-48899049)
chr7 (274-389)||(34184079-34184194)
chr7 (274-389)||(34204668-34204783)
chr7 (151-213)||(34184264-34184326)
chr7 (151-213)||(34204853-34204915)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (147-589)||(38061701-38062157)
chr5 (12-372)||(31116304-31116673)
chr5 (435-504)||(31116193-31116262)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (618-716)||(50182409-50182507)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (446-589)||(25661726-25661873)
chr3 (446-589)||(25668131-25668278)
chr3 (446-589)||(25674536-25674683)
chr3 (446-589)||(25681210-25681357)
chr3 (446-589)||(25689514-25689661)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Original strand, 14784941 - 14785530
Alignment:
Q  12 tcatcagatgaatgacgcttttcttacgaagatgctttggaatgttataaccaaacttgatgacctttggtgcaagattctttatagtaagtgtgggagt 111  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14784941 tcatcagatgaatgatgcttttcttacgaagatgctttggaatgttataaccaaacttgatgacctttggtgcaaggttctttatagtaagtgtgggagt 14785040  T
Q  112 aataaagatcttagagtaaccatagattctcaattatatgattctc--ctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgt 209  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14785041 aataaagatcttagagaaaccatagattctcaatcatatgattctctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgt 14785140  T
Q  210 gtggtggctgagcaatggtaacaatattaatttttgggtggataaataaacttctagtggaacttccatcactaatcaaactagtattgacacaactcta 309  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14785141 gtggtagctgagcaatgataacaatattaatttttggatggataaataaacttctactggaacttccatcactgatcaaactagtattgacacaactcta 14785240  T
Q  310 tatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtgggattataagttccttacttctaacttactatgtacatttgctttataggttcttgctat-ccta 408  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  14785241 tatgcgagggatgtggtaacctcctaagaagagtgggattataagttccttacttctaacttactatgtacatttgctttacaggttcttgctatcccta 14785340  T
Q  409 cacctatagaaacaaatgggtatgaaaatattggttagggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattctagagc 508  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  14785341 cacgtatagaaacaaatggatatgaaaatattggctagggaggaaccaacactagggatttcataattcaaagtgcctatgattctcaaaattctagatc 14785440  T
Q  509 tcagtccataaaaggagatt---aggacttttgagttggaaatgaccacataaaattcaaatatttatgtggatggcgactcattagagg 595  Q
    |||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14785441 tcagtccataaagggagattggaaggacttttgagttggaaatgaccacatagaattcaaatatttatgtggatggcggctcattagagg 14785530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 594 - 718
Target Start/End: Original strand, 14785559 - 14785683
Alignment:
Q  594 gggttgctcactccatcatttatcgtcactcgagcaaaggacaccctcaatgacttgtgttacatgcagcgagcaaaggcaccgattcaccatgcaattt 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14785559 gggttgctcactccatcatttatcgtcactcgagcaaaggacaccctcaatgacttgtgttacatgcagcgagcaaaggcaccgattcaccatgcaatgt 14785658  T
Q  694 ctactcacgcttggaccaaaccttt 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  14785659 ctactcacgcttggaccaaaccttt 14785683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 48899049 - 48898465
Alignment:
Q  19 atgaatgacgcttttcttacgaagatgctttggaatgttataaccaaacttgatgacctttggtgcaagattctttatagtaagtgtgggagtaataaag 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | || ||||| | | ||||||| ||||| ||| |||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  48899049 atgaatgacgcttttcttatgaagatgttttggaatctaatcaccaagcctaatgacctatggtgtaaggttctctatagtaagtatgggaggaataaag 48898950  T
Q  119 atcttagagtaaccatagattctcaattatatgattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtggtggct 218  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||||||||||||  | |    
T  48898949 atcttagggtagccatagattctaaatcatatgattctcctttatggaaagctttaacaggttattgggaacaatttcaacaaaatattgtgtggcagtt 48898850  T
Q  219 gagcaatggtaacaatattaatttttgggtggataaataaacttctagtggaacttc---------catcactaatcaaactagtattgacacaactcta 309  Q
    | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||   || |||||||||||||         ||| |||||||||| || |||||||||||||||     
T  48898849 gggcgatggtaataatattaatttttggatggataaatgggctcctagtggaacttctcttatgtccattactaatcaaaatattattgacacaactctc 48898750  T
Q  310 tatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtgggattataagttccttacttctaacttactatgtacatttgctttataggttcttgctat-ccta 408  Q
     |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||| ||||||||||||| |||     
T  48898749 catgtgagggacgtggtaaccccctaaggagagtgggattttaatttccttacttctaacttaccgtctacctttgctttacaggttcttgctatccctg 48898650  T
Q  409 cacctatagaaacaaatgggtatgaaaatattggttagggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattctagagc 508  Q
    |||||| ||| ||  ||||   ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48898649 cacctaaagacactgatggacttgacaatattggttggggaggaaccaacactagggatttcacaattcaaagtgtctatgattctcaaaattctagagc 48898550  T
Q  509 tcagtccataaaaggagatt---aggactt-ttgagttggaaatgaccacataaaattcaaatatttatgtggatggcgactcat 589  Q
    |||  ||||  | |||||||    || ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  48898549 tcaacccatccagggagattggacggccttgtggagttggaaatgaccacatagaattcaaaattttatgtggatggcggctcat 48898465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 274 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 34184194 - 34184079
Alignment:
Q  274 tccatcactaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtgggattataagttccttacttctaacttac 373  Q
    |||||||||||||||| |  | |||||||||| || ||||| | ||| ||||||||| | |||  ||| || |||||||| ||  |||||||||||||||    
T  34184194 tccatcactaatcaaaattatgttgacacaaccctctatgttaaggatgtggtaaccccttcaagagattgagattataattttattacttctaacttac 34184095  T
Q  374 tatgtacatttgcttt 389  Q
     || ||| ||||||||    
T  34184094 catttacctttgcttt 34184079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 274 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 34204783 - 34204668
Alignment:
Q  274 tccatcactaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtgggattataagttccttacttctaacttac 373  Q
    |||||||||||||||| |  | |||||||||| || ||||| | ||| ||||||||| | |||  ||| || |||||||| ||  |||||||||||||||    
T  34204783 tccatcactaatcaaaattatgttgacacaaccctctatgttaaggatgtggtaaccccttcaagagattgagattataattttattacttctaacttac 34204684  T
Q  374 tatgtacatttgcttt 389  Q
     || ||| ||||||||    
T  34204683 catttacctttgcttt 34204668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 151 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 34184326 - 34184264
Alignment:
Q  151 gattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtgg 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| || |||||  | |||||||||||||||||||||    
T  34184326 gattctcctttgtggaaagcattattaggcatttgggaaaattttcagcaaaatattgtgtgg 34184264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 151 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 34204915 - 34204853
Alignment:
Q  151 gattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtgg 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| || |||||  | |||||||||||||||||||||    
T  34204915 gattctcctttgtggaaagcattattaggcatttgggaaaattttcagcaaaatattgtgtgg 34204853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 147 - 589
Target Start/End: Original strand, 38061701 - 38062157
Alignment:
Q  147 atatgattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtggtggctgagcaatggtaacaatattaatttttgg 246  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||  | || || ||||||| ||||||||||||||     
T  38061701 atatgattctcctttatggaaagctttaacatgtatttgggaacgatttcagcaaaatattgtgtggcagttgggcgatggtaataatattaatttttga 38061800  T
Q  247 gtggataaataaacttctagtggaacttc---------catcactaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcag 337  Q
     |||||||||   || |||||||||||||         ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  38061801 atggataaatgggctcctagtggaacttctcttatgtccattactaatcaaactattattgacataactctccatgtgagtgacgtggcaaccccctcag 38061900  T
Q  338 aagagtgggattataagttccttacttctaacttactatgtacatttgctttataggttcttgctat-cctacacctatagaaacaaatgggtatgaaaa 436  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||| ||  ||||   ||| ||    
T  38061901 gagagtgggattttaatttccttacttctaacttaccgtctacctttgctttacaggttctttctatccctgcacctaaagacactgatggacttgacaa 38062000  T
Q  437 tattggttagggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattctagagctcagtccataaaaggagatt---aggac 533  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||  | |||||||   ||| |    
T  38062001 tattggttggggaggaaccaacactagggatttcacaatttaaagtgtctatgattctcaaaattctagagctcaacccatccagggagattggaaggcc 38062100  T
Q  534 tt-ttgagttggaaatgaccacataaaattcaaatatttatgtggatggcgactcat 589  Q
    || | |||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  38062101 ttgtggagttggaaaggaccacatagaattcaaacttttatgtggatggcggctcat 38062157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 31116673 - 31116304
Alignment:
Q  12 tcatcagatgaatgacgcttttcttacgaagatgctttggaatgttataaccaaacttgatgacctttggtgcaagattctttatagtaagtgtgggagt 111  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| | || ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||     
T  31116673 tcatcatatgaaagacgtttttcttatgaagatgcttttgaatctgatcaccaagcttgatgacctatggtgtaagcttctttatagtaagtatgggagg 31116574  T
Q  112 aataaagatcttagagtaaccatagattctcaattatatgattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgt 211  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  31116573 aataaagatcttagggtaaccatagattctaaatcatatgattcccctttgtggaaagctttaacaagtatttgggattaatttaagcaaaatattgtgt 31116474  T
Q  212 ggtggctgagcaatggtaacaatattaatttttgggtggataaataaacttctagtggaacttc---------catcactaatcaaactagtattgacac 302  Q
    ||  |||  ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||   || | |||||||||||         ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  31116473 ggcagcttggcaatggtaacaatattaacttttggatcgataaatgtgctcccagtggaacttctcttatgttcatcactaatcaaacaagtatttacac 31116374  T
Q  303 aactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtgggattataagttccttacttctaactta 372  Q
     |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  31116373 gactctccatgtgagggacgtggtagccttctcaggagagtgggactataatttccttacctctaactta 31116304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 435 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 31116262 - 31116193
Alignment:
Q  435 aatattggttagggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattcta 504  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  31116262 aatattggttgcggtggaaccaacactagggatttcacaattcaaagtgcctataattctcaaaattcta 31116193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 618 - 716
Target Start/End: Original strand, 50182409 - 50182507
Alignment:
Q  618 gtcactcgagcaaaggacaccctcaatgacttgtgttacatgcagcgagcaaaggcaccgattcaccatgcaatttctactcacgcttggaccaaacct 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  50182409 gtcactcgagcaaaggacaccctcaacgaatggtgttacatgcagcgagcaaaggtacctgttcaccatgcaatttctgctcacacttggatcaaacct 50182507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 446 - 589
Target Start/End: Original strand, 25661726 - 25661873
Alignment:
Q  446 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattctagagctcagtccataaaaggagatt---aggactt-ttgagt 541  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||| |||   |||||||||||| ||  | ||||| |   ||| ||| | ||||    
T  25661726 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatgaatctctaaacaatagagctcagtctatcgagggagaatggaaggccttgtggagt 25661825  T
Q  542 tggaaatgaccacataaaattcaaatatttatgtggatggcgactcat 589  Q
    |||||| | || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  25661826 tggaaaggccctcatagaattcaaacttttatgtggatggcggctcat 25661873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 446 - 589
Target Start/End: Original strand, 25668131 - 25668278
Alignment:
Q  446 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattctagagctcagtccataaaaggagatt---aggactt-ttgagt 541  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||| |||   |||||||||||| ||  | ||||| |   ||| ||| | ||||    
T  25668131 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatgaatctctaaacaatagagctcagtctatcgagggagaatggaaggccttgtggagt 25668230  T
Q  542 tggaaatgaccacataaaattcaaatatttatgtggatggcgactcat 589  Q
    |||||| | || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  25668231 tggaaaggccctcatagaattcaaacttttatgtggatggcggctcat 25668278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 446 - 589
Target Start/End: Original strand, 25674536 - 25674683
Alignment:
Q  446 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattctagagctcagtccataaaaggagatt---aggactt-ttgagt 541  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||| |||   |||||||||||| ||  | ||||| |   ||| ||| | ||||    
T  25674536 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatgaatctctaaacaatagagctcagtctatcgagggagaatggaaggccttgtggagt 25674635  T
Q  542 tggaaatgaccacataaaattcaaatatttatgtggatggcgactcat 589  Q
    |||||| | || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  25674636 tggaaaggccctcatagaattcaaacttttatgtggatggcggctcat 25674683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 446 - 589
Target Start/End: Original strand, 25681210 - 25681357
Alignment:
Q  446 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattctagagctcagtccataaaaggagatt---aggactt-ttgagt 541  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||| |||   |||||||||||| ||  | ||||| |   ||| ||| | ||||    
T  25681210 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatgaatctctaaacaatagagctcagtctatcgagggagaatggaaggccttgtggagt 25681309  T
Q  542 tggaaatgaccacataaaattcaaatatttatgtggatggcgactcat 589  Q
    |||||| | || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  25681310 tggaaaggccctcatagaattcaaacttttatgtggatggcggctcat 25681357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 446 - 589
Target Start/End: Original strand, 25689514 - 25689661
Alignment:
Q  446 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatgattctcaaaattctagagctcagtccataaaaggagatt---aggactt-ttgagt 541  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||| |||   |||||||||||| ||  | ||||| |   ||| ||| | ||||    
T  25689514 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatgaatctctaaacaatagagctcagtctatcgagggagaatggaaggccttgtggagt 25689613  T
Q  542 tggaaatgaccacataaaattcaaatatttatgtggatggcgactcat 589  Q
    |||||| | || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  25689614 tggaaaggccctcatagaattcaaacttttatgtggatggcggctcat 25689661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University