View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18772_low_1 (Length: 719)
Name: NF18772_low_1
Description: NF18772
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18772_low_1 |
 | |
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| [»] scaffold0026 (2 HSPs) |
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|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 25803146 - 25802440
Alignment:
| Q |
19 |
ggcagcactttgtattacttatgttgtagatagttctgacttctgacagataagtttgcattttgaagcatgtgatcagtttgtgcttatttctctttgg |
118 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
25803146 |
ggcagcactttgtattacttatgttgtagatagttctgacttctgacagataagtttgcattttgaagcatgtgatcagtttgtgcttatttctctttgg |
25803047 |
T |
|
| Q |
119 |
atttctagcaaacttttcatcttttgcctttgtggttgtgtttctcaattcgtgtgttttggccaaaaatctcttaaatatagcaatagaggtagtacca |
218 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25803046 |
atttttagcaaacttttcatcttttgcctttgtggttgtgtttctcaattcgtgtgttttggccaaaaatctcttaaatatagcaatagaggtagtacca |
25802947 |
T |
|
| Q |
219 |
tttataccctatttattatgtnnnnnnnccacatttaatttatattccttacattacattgttatggagacacatcatcatcatca------------tg |
306 |
Q |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
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|
| T |
25802946 |
tttataccctatttattatgtaaaaaaaccacatttaatttatattccttacattacattgttatggagacacatcatcatcatcaccatcatcatcatg |
25802847 |
T |
|
| Q |
307 |
tggtactaaacaaaactaacatacacgtcacaacaaaagacaaaagatagattctgttatgttccatgatattcaagccctagacatgagtgccccaaca |
406 |
Q |
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|
|
| T |
25802846 |
tggtactaaacaaaactaacatacacgtcacaacaaaagacaaaagatagattctgttatattccatgatattcaagccctagacatgagtgccccaaca |
25802747 |
T |
|
| Q |
407 |
acaccagcaatgagagtcgtaggatcacccaaaacagctgaaatcacaatctgcaccgcaaatccagcaatctcacaacactttttcaccttctttcctt |
506 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25802746 |
acaccagcaatgagagtcgtaggatcacccaaaaccgctgaaatcacaatctgcaccgcaaatccagcaatctcacaacactttttcaccttctttcctt |
25802647 |
T |
|
| Q |
507 |
tacttcctctacttcctctgcaattatgtgcagcgtacaatgtattctgtaaactaggaatagtggcgtcaagtttcctgctacttcctttaccatgtcc |
606 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
25802646 |
tacttcctctacttcctctgcaattatgtgcagcgtacaatgtattctgtaaactaggaatagtggcctcaagtttcctgctacttcctttaccatgtcc |
25802547 |
T |
|
| Q |
607 |
catatataagttgtaccaattttccaccagcatttccctcacacaagccacatgcaaattgtaactcttacagttcgatctataactccaactacgtcct |
706 |
Q |
| |
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|
| T |
25802546 |
catatataagttgtaccaattttccaccagcatttccctcacacaggccacatgcaaattgtaactcttacagttcgatctataactccagctacgtcct |
25802447 |
T |
|
| Q |
707 |
ttgcttc |
713 |
Q |
| |
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|| |||| |
|
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| T |
25802446 |
tttcttc |
25802440 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 589 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 25816607 - 25816521
Alignment:
| Q |
589 |
acttcctttaccatgtcccatatataagttgtaccaattttccaccagcatttccc--tcacacaagccacatgcaaattgtaactc |
673 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25816607 |
acttcctttaccatgttccatatataaattgagccaattctccaccaacatttccctataacacaagcaacatgcaaattgtaactc |
25816521 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0026 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0026
Description:
Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 542
Target Start/End: Original strand, 105314 - 105845
Alignment:
| Q |
19 |
ggcagcactttgtattacttatgttgtagatagttctgacttctgacagataagtttgcattttgaagcatgtgatcagtttgtgcttatttctctttgg |
118 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
105314 |
ggcagcactttgtattacttatgttatagatagttctgacttctgacagataagtttgcattttgaagcatgtgatcagtttgtgcttatttctctttgg |
105413 |
T |
|
| Q |
119 |
atttctagcaaacttttcatcttttgcctttgtggttgtgtttctcaattcgtgtgttttggccaaaaatctcttaaatatagcaatagaggtagtacca |
218 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
105414 |
atttatagcaaacttttcatcttttgcctttgtggttgtgtttctcaattcgtgtgttttggccaaaaatctcttaaatatagcaatagaggtagtacca |
105513 |
T |
|
| Q |
219 |
tttataccctatttattatgtnnnnnnnccacatttaatttatattccttacattacattgttatggagacacat------catcatcatcatgtggtac |
312 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
105514 |
tttataccctatttattatgtaaaaaaaccacatttaatttatattccttacattacattgttatggagacacatcatcaccatcatcatcatgtggtac |
105613 |
T |
|
| Q |
313 |
taaacaaaactaacatacacgtcacaacaaaagacaaaagatagattctgttatgttccatgatattcaagccctagacatgagtgccccaacaacacca |
412 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
105614 |
taaacaaaactaacatacacgtcacaacaaaagacaaaagatagattctgttatgttccatgatattcaagccctagacatgagcgccccaacaacacca |
105713 |
T |
|
| Q |
413 |
gcaatgagagtcgtaggatcacccaaaacagctgaaatcacaatctgcaccgcaaatccagcaatctcacaacac--tttttcaccttctttcctttact |
510 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
105714 |
gcaatgagagtcgtaggatcacccaaaaccgctgaaatcacaatctgcaccgcaaatccagcaatctcacaacactttttttcaccttctttcctttact |
105813 |
T |
|
| Q |
511 |
tcctctacttcctctgcaattatgtgcagcgt |
542 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
105814 |
tcctctacttcctctgcaattatgtgcagcgt |
105845 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0026; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 537 - 708
Target Start/End: Original strand, 108620 - 108791
Alignment:
| Q |
537 |
cagcgtacaatgtattctgtaaactaggaatagtggcgtcaagtttcctgctacttcctttaccatgtcccatatataagttgtaccaattttccaccag |
636 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
108620 |
cagcgtacaatgtattctgtaaactaggaataatggcctcaagtttcctgctacttcctttaccatgtcccatatataagttgtaccaattttccaccag |
108719 |
T |
|
| Q |
637 |
catttccctcacacaagccacatgcaaattgtaactcttacagttcgatctataactccaactacgtccttt |
708 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
108720 |
catttccctcacacaagccacatgtaaattgtaactcttacagttcgatctataactccagctacgtgcttt |
108791 |
T |
|
Back To:
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