View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18775_low_1 (Length: 985)
Name: NF18775_low_1
Description: NF18775
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18775_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 891; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 891; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 973
Target Start/End: Original strand, 27670936 - 27671890
Alignment:
| Q |
19 |
acctatgatatggcttgcaatatattgtttgacatagatgaacaaacaagggaggttttgtatgaagattttatcttagcatttaaagcaattcactctc |
118 |
Q |
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| T |
27670936 |
acctatgatatggcttgcaatatattgtttgacatagatgaacaaacaagggaggttttgtatgaagattttatcttagcatttaaagcaattcattctc |
27671035 |
T |
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| Q |
119 |
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218 |
Q |
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| T |
27671036 |
ttcccatcaatttccctggaacctcactttggaaaggcctaaaggctagagaaagaattgtggacaaaatacttccaattatgaacaaaagaagggagga |
27671135 |
T |
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| Q |
219 |
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318 |
Q |
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| T |
27671136 |
attgtcaaaaggagttctaagctctactaacgatatgatttcatgccttcttgcaataagggatgaaaataatcaacctttagatgaagaaatgattgtt |
27671235 |
T |
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| Q |
319 |
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418 |
Q |
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| T |
27671236 |
ggcacttttatttttatatttgttgcaggtcatgacacatctgctactcttatgaccttgatgatatggaagttatctagagatcaagaggtttacaata |
27671335 |
T |
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| Q |
419 |
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518 |
Q |
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| T |
27671336 |
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27671435 |
T |
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| Q |
519 |
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618 |
Q |
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| T |
27671436 |
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27671535 |
T |
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| Q |
619 |
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718 |
Q |
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| T |
27671536 |
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27671635 |
T |
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| Q |
719 |
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818 |
Q |
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| T |
27671636 |
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27671735 |
T |
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| Q |
819 |
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918 |
Q |
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| T |
27671736 |
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27671835 |
T |
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| Q |
919 |
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973 |
Q |
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| T |
27671836 |
caggtaggtgatgtttcttccaaggttttaaatcgcagtcacgatattttatatt |
27671890 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 27675319 - 27674888
Alignment:
| Q |
20 |
cctatgatatggcttgcaatatattgtttgacatagatgaacaaacaagggaggttttgtatgaagattttatcttagcatttaaagcaattcactctct |
119 |
Q |
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| T |
27675319 |
cctatgatatggcatgcaatgtattgtttgacatagatgatcacacaagggaaattctgtttgaggattttaccacagcatttaaagcaattcactctct |
27675220 |
T |
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| Q |
120 |
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219 |
Q |
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| T |
27675219 |
tccaatcaatttccctggcacctcattttggggaggccaaaaggctagggcaagaattgtggcaaagatacttcctattatgaacaaaagaagggaggat |
27675120 |
T |
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| Q |
220 |
ttgtcaaaaggagttctaagctctactaatgatatgatttcatgccttcttgcaataagggatgaaaataagcaacctctagatgatgaaatgattgttg |
319 |
Q |
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| T |
27675119 |
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27675020 |
T |
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| Q |
320 |
gcacttttatttttatatttgttgcaggtcatgacatatctgctattcttatgaccttgatgatatggaagttatctagagatcaagaggtttacaataa |
419 |
Q |
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| T |
27675019 |
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27674920 |
T |
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| Q |
420 |
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451 |
Q |
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| T |
27674919 |
agttttagaaggtaatactaatttttttttta |
27674888 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 722 - 949
Target Start/End: Complemental strand, 27674587 - 27674364
Alignment:
| Q |
722 |
tttatgtagaacaaatggaaatcacaaagcaaagggaaggaaatgaagacaggctaacatggggagagatacaaaatatgaaatacacatggagagttgc |
821 |
Q |
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| T |
27674587 |
tttatgcagaacaaatggaaattttaaagcaaagggaagcaaatgaagaggggctaacatggggagagatacaaaagatgaaatacacatggagagttgc |
27674488 |
T |
|
| Q |
822 |
tcaggagttgatgaggatgatccctcctttgtttggggcctttaggaaaacaatcgaagatactagttacgaaggatatgacataccaaaagggtggcag |
921 |
Q |
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| T |
27674487 |
tcaagaattgatgaggatgatccctcccttgtttggtgcatttaggaaagcacttaaagatacttgctaccaaggatatgacataccaaaagggtggcaa |
27674388 |
T |
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| Q |
922 |
gtaggtgatgtttcttccaaggttttaa |
949 |
Q |
| |
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| T |
27674387 |
gta----atgtttcttccaaagttttaa |
27674364 |
T |
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