View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18776_high_11 (Length: 470)

Name: NF18776_high_11
Description: NF18776
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18776_high_11
NF18776_high_11
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (17-465)||(29806-30254)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (17-465)||(26397521-26397969)
chr2 (42-449)||(26459756-26460173)
chr2 (35-455)||(25830088-25830508)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (17-465)||(276916-277364)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (20-465)||(56108079-56108524)
chr4 (40-449)||(20646280-20646672)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-465)||(26013846-26014291)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-455)||(33002077-33002500)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-465)||(6965351-6965796)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (42-362)||(845527-845847)
chr1 (91-460)||(30399994-30400363)
chr1 (91-460)||(30406551-30406920)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-243)||(13863556-13863782)


Alignment Details
Target: scaffold0182 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 30254 - 29806
Alignment:
Q  17 atattaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgcca 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30254 atattagaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttgatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgcca 30155  T
Q  117 tagaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacgga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30154 tagaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacgga 30055  T
Q  217 ggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctgg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30054 ggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgttgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctgg 29955  T
Q  317 agtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29954 agtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcatgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaa 29855  T
Q  417 gggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgctact 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  29854 gggtagagatgattataaagtgtttggagatgtgatttcctttgatact 29806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 26397969 - 26397521
Alignment:
Q  17 atattaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgcca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26397969 atattaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccatgcca 26397870  T
Q  117 tagaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacgga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397869 tagaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacgga 26397770  T
Q  217 ggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctgg 316  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  26397769 agatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaaggcaatgctgt 26397670  T
Q  317 agtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397669 agtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaa 26397570  T
Q  417 gggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgctact 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  26397569 gggtagagatgattataaagtgtttggagatgtgatttcctttgatact 26397521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 42 - 449
Target Start/End: Original strand, 26459756 - 26460173
Alignment:
Q  42 atgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccatagaacaatcaataaagctcaacag 141  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  26459756 atgggtgatccatgaattcatcaaagatcacaatcatgatctttttccagcatatgcgcattattttccttgccatagaagaatcaataaagctcaaaag 26459855  T
Q  142 aattgtatt-------gaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggt 234  Q
     | ||||||       |||||||||||||||||||| |||| | |||||||| | ||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26459856 caatgtattgattattgaaactttgcaacatgttggtgtgaaaccaagcaaattttttgccacacttgcgaaacaacacggagggtatgagaaagttggt 26459955  T
Q  235 tgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgc 334  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| | || || || |||||    
T  26459956 tgcttggagaaagatattaaaaatcttttagataaggatcgtcgtttgactttggaatcaggagatgcaaatgcaatgttggaatgttgtacgcttatgc 26460055  T
Q  335 aagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttg---gatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgatta 431  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||  | ||||||   ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||    
T  26460056 aaaaacaaaatccaagattcttttatgcgatggatttggatgatgatgatggtcgtctgaaaaatgtattttggatggatgcaaatggtatagatgatta 26460155  T
Q  432 taaagtgtttggagatgt 449  Q
     |||| ||||||||||||    
T  26460156 caaagagtttggagatgt 26460173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 35 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 25830508 - 25830088
Alignment:
Q  35 atggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccatagaacaatcaataaagc 134  Q
    ||||||||||| | || ||| |||| || ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||  |    
T  25830508 atggaaaatggattgttcatagcttaattaaagatcacaatcataaggtttttccaacatatgcacattatttttcttgtcatagaagaatcaataagtc 25830409  T
Q  135 tcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggt 234  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| | |||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  || |     
T  25830408 tcaaaagaactgtattgaaactttacaacatgttggggtgaaaacaaccgaaattttcgccacaatggccaaacaacatggagggtatgaaaacattagc 25830309  T
Q  235 tgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgc 334  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    |||||||||   ||||| || ||||| ||||   ||||| |||||| |||||||| |||||    
T  25830308 tgcttggagaaagacattagaaatcatttagataaaagtcgtcgtttggcattagagtcgggagaagcaacaacaatgttggagtgttttatgcttatgc 25830209  T
Q  335 aagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataa 434  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  25830208 aagaagaaaatcctagatttttttatgcaattgatttggatgatgaagatcgtgtaagaaatgtgttttggatggatgcaaaaggtagagatgattataa 25830109  T
Q  435 agtgtttggagatgtaatttc 455  Q
    ||  ||||||||||| |||||    
T  25830108 agaatttggagatgtgatttc 25830088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 277364 - 276916
Alignment:
Q  17 atattaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgcca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  277364 atattaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttaatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccatgcca 277265  T
Q  117 tagaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacgga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277264 tagaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacgga 277165  T
Q  217 ggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctgg 316  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  277164 agatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaaggcaatgctga 277065  T
Q  317 agtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaa 416  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277064 agtattttatacgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaa 276965  T
Q  417 gggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgctact 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  276964 gggtagagatgattataaagtgtttggagatgtgatttcctttgatact 276916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 465
Target Start/End: Original strand, 56108079 - 56108524
Alignment:
Q  20 ttaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccatag 119  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| | || ||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  56108079 ttaaaagaatttgtgatggaaaatggattgttcatagcttcattaaagaccacaatcacgaactttttccagcatatgcacattattttccttgccatag 56108178  T
Q  120 aacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacggagga 219  Q
    |  |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||    
T  56108179 aggaatcaataaagctcaaaagcattctattgaaactttgcaccatgttggagtgagaacaagcaaaatttttgccacaatggccaaagaatatggagga 56108278  T
Q  220 tatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagt 319  Q
    ||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |  || ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| | || |    
T  56108279 tatgaaaacattggttgcttggagaaagatgtaagaaaccatttagataaaggtcggcgtttggctttagaatctggagatgcaaatgcaatgttagatt 56108378  T
Q  320 attttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaaggg 419  Q
     ||||||||  ||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  56108379 gttttatgctcatgcaagaagaaagtccaggattcttttatgcaattgatatggatgatgagggtcgcatgaaaaatgtattttgggtggatgcaaaagg 56108478  T
Q  420 tagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgctact 465  Q
    |||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  56108479 tagagaagactatcaagagtttggagatgtgatttcatttgatact 56108524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 40 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 20646672 - 20646280
Alignment:
Q  40 aaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccatagaacaatcaataaagctcaac 139  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||     
T  20646672 aaatgggtgatccatgactttatcaaagatcacaatcatgatctttttccagcatatgcgcattattttccttgccatagaagaatcaatcaagctcaaa 20646573  T
Q  140 agaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgctt 239  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||                 ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20646572 aacaatgtattgaaactttgcaacatgttggtgtgagaccaac----------------atg-cgaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgctc 20646490  T
Q  240 ggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaa 339  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||    
T  20646489 ggagaaagatattagaaatcttttagataaggatcatcgtttgactttggaatcaggagatgcaaatgcaatgttggagtgttttacgcttatgcaagaa 20646390  T
Q  340 gaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgt 439  Q
     ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||    
T  20646389 aaaaattcaagattcttttatgcgatggatttggatgatgatggtcgtctgaaaaatgtattttgggtggatgcaaatggtatagatgattacaaagagt 20646290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 20 - 465
Target Start/End: Original strand, 26013846 - 26014291
Alignment:
Q  20 ttaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccatag 119  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| | || ||| ||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26013846 ttaaaagaatttgtgatggaaaatggattgttcatagcttcattaaagaccacaatcacaaactttttccagcatatgcacattattttccttgccatag 26013945  T
Q  120 aacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacggagga 219  Q
    |  |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | ||||||    
T  26013946 aggaatcaataaagctcaaaagcattctattgaaactttgcaccatgttggagtgagaacaagcaaattttttgccacaatggccaaagaatatggagga 26014045  T
Q  220 tatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagt 319  Q
    ||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |  || ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |    
T  26014046 tatgaaaacattggttgcttggagaaagatgtaagaaaccatttagataaaggtcggcgtttggctttagaatctggagatgcaaatgcaatgttggatt 26014145  T
Q  320 attttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaaggg 419  Q
     ||||||||  ||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  26014146 gttttatgctcatgcaagaagaaagtccaggattcttttatgcaattgatatggatgatgagggtcgcatgaaaaatgtattttgggtggatgcaaaagg 26014245  T
Q  420 tagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgctact 465  Q
    |||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  26014246 tagagaagactatcaagagtttggagatgtgatttcatttgatact 26014291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 31 - 455
Target Start/End: Original strand, 33002077 - 33002500
Alignment:
Q  31 tgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccatagaacaatcaata 130  Q
    ||||||||||||||| | || ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33002077 tgtgatggaaaatggattgttcatagcttcattaaagatcacaatcatgaggtttttccaacatatgcacattattttccttgccatagaagaatcaata 33002176  T
Q  131 aagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagt 230  Q
    |  ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  |    
T  33002177 agtctcaaaagaactgtattgaaactttacaacatgttggggtgaaaacaaccaaaattttcgccacaatggccaaacaacatggagggtatgaaaacat 33002276  T
Q  231 tggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgt 330  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    |||||||||   ||||| || ||||||||||   ||||| |||||| |||||||| |    
T  33002277 tggatgcttggagaaagacattagaaatcatttagataaaagtcgtcgtttggcattagagtcgggagatgcaacaacaatgttggagtgttttatgctt 33002376  T
Q  331 atgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgatt 430  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  33002377 atgcaagaagaaaatcctagatt-ttttatgcaattgatttggatgatgaagatcgtgtaagaaacgtattttgggtggatgcaaaaggtagagatgatt 33002475  T
Q  431 ataaagtgtttggagatgtaatttc 455  Q
    || |||  ||||||||||| |||||    
T  33002476 atcaagaatttggagatgtgatttc 33002500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 20 - 465
Target Start/End: Original strand, 6965351 - 6965796
Alignment:
Q  20 ttaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccatag 119  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| | || ||| ||||||| ||||| |||||||   ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6965351 ttaaaagaatttgtgatggaaaatggattgttcatagcttcattaaagaccacaatcccaaactttttctagcatatgcacattattttccttgccatag 6965450  T
Q  120 aacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacggagga 219  Q
    |  |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | ||||||    
T  6965451 aggaatcaataaagctcaaaagcattctattgaaactttgcaccatgttggagtgagaacaagcaaattttttgccacaatggccaaagaatatggagga 6965550  T
Q  220 tatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagt 319  Q
    ||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |  || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  6965551 tatga-aacattggttgcttggagaaagatgtaagaaaccatttagataaaggtcggcgtttggctttagaatcaggagatgcaaatgcaatgttggatt 6965649  T
Q  320 attttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttgggt-ggatggaaagg 418  Q
     ||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| | ||| ||| |    
T  6965650 gttttatgctcatgcaagaagaaaatccaggattcttttatgcaattgatatggatgatgagggtcgcatgaaaaatgtattttgggtcgcatgcaaaag 6965749  T
Q  419 gtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgctact 465  Q
    |||||||  | ||| ||| |||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  6965750 gtagagaacactatcaagagtttggagatgtgatttcatttgatact 6965796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 42 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 845847 - 845527
Alignment:
Q  42 atgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccatagaacaatcaataaagctcaacag 141  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  845847 atgggtgatccatgacttcatcaaagatcacaatcatgatctttttccagcatatgcgcattattttctttgccatagaagaatcaatcaagctcaaaag 845748  T
Q  142 aattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttgg 241  Q
     | ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  845747 caatgtattgaaactttgcaacatattggtgtgagaccaagcaaaatttttgccacacttgcgaaacaacacggagggtatgagaaagttggttgctcgg 845648  T
Q  242 agaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaaga 341  Q
    | |||||| ||| ||||  |||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||| |    
T  845647 aaaaagatattataaatcttttagataaggatcgtcgtttgactttgaaatcaggagatgcaaatgcaatgttggagtgttttacgcttatgcaagaaca 845548  T
Q  342 aaattcaagattcttttatgc 362  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  845547 aaattcaagattcttttatgc 845527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 91 - 460
Target Start/End: Original strand, 30399994 - 30400363
Alignment:
Q  91 acatatgcacattattttccttgccatagaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatct 190  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |    
T  30399994 acatatgcacattattttccttgtcatagaagaatcaataa-gctcaaaagaattgtattgaaactttgcaacatgttggggtgaaaacaaccaaaattt 30400092  T
Q  191 ttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttg--aattta 288  Q
      | || |  | |||||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    |||| ||||    ||||    
T  30400093 acgtcatagcgaccaaacaacatggatgatatgaaaacattggttgcttggagaaagacattagaaatcatttagataaaagtcgtcatttggcttttta 30400192  T
Q  289 gaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtg 388  Q
    || || ||||| |||| ||||||| ||||||  ||||||| |||||||||| |||||   ||||| |||| ||   ||||||| |||||||| | |||||    
T  30400193 gagtcgggagacgcaactgcaatgttggagt-gtttatgcttatgcaagaataaaatcttagatttttttgtgtgattgatttagatgatgaggatcgtg 30400291  T
Q  389 taaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttg 460  Q
    ||| |||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||| ||| ||||||  |||| ||||| ||||    
T  30400292 taagaaatgtattttgagtagatgtaaaaggtagagatgaatatcaagagtttgggaatgtgatttcgtttg 30400363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 91 - 460
Target Start/End: Original strand, 30406551 - 30406920
Alignment:
Q  91 acatatgcacattattttccttgccatagaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatgttggagtgagaacaagcaaaatct 190  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |    
T  30406551 acatatgcacattattttccttgtcatagaagaatcaataa-gctcaaaagaattgtattgaaactttgcaacatgttggggtgaaaacaaccaaaattt 30406649  T
Q  191 ttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttg--aattta 288  Q
      | || |  | |||||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    |||| ||||    ||||    
T  30406650 acgtcatagcgaccaaacaacatggatgatatgaaaacattggttgcttggagaaagacattagaaatcatttagataaaagtcgtcatttggcttttta 30406749  T
Q  289 gaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtg 388  Q
    || || ||||| |||| ||||||| ||||||  ||||||| |||||||||| |||||   ||||| |||| ||   ||||||| |||||||| | |||||    
T  30406750 gagtcgggagacgcaactgcaatgttggagt-gtttatgcttatgcaagaataaaatcttagatttttttgtgtgattgatttagatgatgaggatcgtg 30406848  T
Q  389 taaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttg 460  Q
    ||| |||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||| ||| ||||||  |||| ||||| ||||    
T  30406849 taagaaatgtattttgagtagatgtaaaaggtagagatgaatatcaagagtttgggaatgtgatttcgtttg 30406920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 243
Target Start/End: Original strand, 13863556 - 13863782
Alignment:
Q  18 tattaaaagaagatgtgatggaaaatgggtggtccatggcttcatcaaagatcacaatcatgaactttttccaacatatgcacattattttccttgccat 117  Q
    |||||||| ||  |||||||  |||||| | || ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  13863556 tattaaaaaaaattgtgatgcgaaatggattgttcatagcttcattaaagaccacaatcacgaacttttttcagcatattcacattattttccttgccat 13863655  T
Q  118 agaacaatcaataaagctcaacagaattgtattgaaactttgcaacatg-ttggagtgagaacaagcaaaatctttgccacaatggccaaacaacacgga 216  Q
    |||  |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | | |    
T  13863656 agagaaatcaataaagctcaaaagcattctattgaaactttgcaccatgtttggagtgagaacaagcaaattttttgccacaatggccaaagaatatgaa 13863755  T
Q  217 ggatatgagaaagttggttgcttggag 243  Q
     ||||||| ||  ||||||||||||||    
T  13863756 agatatgaaaacattggttgcttggag 13863782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University