View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18778_low_1 (Length: 1141)

Name: NF18778_low_1
Description: NF18778
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18778_low_1
NF18778_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (102-1125)||(38936439-38937462)
chr7 (102-1125)||(39305490-39306513)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 951; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 951; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 102 - 1125
Target Start/End: Complemental strand, 38937462 - 38936439
Alignment:
Q  102 ggtcccattcctgaagagtttggaaacttaaaggaaatgacagagttagacctttcaggaaaccatttctctggtccaattccaccaaccatttggaatc 201  Q
    ||||| || ||||| ||| | |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  38937462 ggtccaatccctgatgagataggaaacttgaaggtaatgacagggttagacctttcaggaaaccacttctctggtccaattccatcaaccatatggaatc 38937363  T
Q  202 tcacaaacataacagtcataaatcnnnnnnncaacaacctctctggtaacattccagtggatattggaaacttaacctcactgcaaacttttgatgtcaa 301  Q
    ||||||||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38937362 tcacaaacataaccgtcataaatcttttcttcaacaacctctctggtaacattccagtggatattggaaacttaacctcactgcaaacttttgatgtcaa 38937263  T
Q  302 caataataacttggatggagaattgccacgcacaatttctcatctaacttccttaacttatttttccgtgttcaccaataacttctcaggtaacatttcc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38937262 caataataacttggatggagaattgccacgcacaatttctcatctaacttccttaacttatttttccgtgttcaccaataacttctcaggtaacatttcc 38937163  T
Q  402 agagactttggaaagaatagtccttctttgactcatgtctacttttcaaacaatagtttctcaggagaacttccttctgacatgtgcaatggcctaaaac 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38937162 agagactttggaaagaatagtccttctttgactcatgtctacttttcaaacaatagtttctcaggagaacttccttctgacatgtgcaatggcctaaaac 38937063  T
Q  502 tacttgttttggcagtaaataacaacagcttttcagggtcattgccgaaatctttgagaaattgttcatcttttataagaattaggcttgacgataacca 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38937062 tacttgttttggcagtaaataacaacagcttttcagggtcattgccgaaatctttgagaaattgttcatcttttataagaattaggcttgatgataacca 38936963  T
Q  602 gttcaatggaaatatcacagaagcatttgggattcatccaaatcttagtttcatctcacttagcagaaatcgcctcattggttatctctctccagattgg 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38936962 gttcaatggaaatatcacagaagcatttgggattcatccaaatcttagtttcatctcacttagcagaaatcgcctcattggttatctctctccagattgg 38936863  T
Q  702 ggtaaatgtatcagcttaactgagatggaaatgagtggaaacaaactttctggaaaaattccaatcgacctaaataagttgagtaaattacaatttctta 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38936862 ggtaaatgtatcagcttaactgagatggaaatgagtggaaacaaactttctggaaaaattccaatcgacctaaataagttgagtaaattacaatttctta 38936763  T
Q  802 gcctgcactccaacgaattcaccggaaatatcccacatgaaattggaaatataagtctgctcttcatgttgaacttgagcaggaaccatttatcgggaga 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38936762 gcctgcactccaacgaattcaccggaaatatcccacatgaaattggaaatataagtctgctcttcatgttgaacttgagcaggaaccatttatcgggaga 38936663  T
Q  902 aatcccaaagagtattggaagattagctcaacttaatattgttgatttatcagataataacttcagtggaagcattcctaatgagctcggtaattgtaat 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38936662 aatcccaaagagtattggaagattagctcaacttaatattgttgatttatcagataataacttcagtggaagcattcctaatgagctcggtaattgtaat 38936563  T
Q  1002 cggttactaagcatgaacttaagtcataacgatctatctggcatgataccgtatgaactaggcaatttgtactcactccaatccttgttagatctgagca 1101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38936562 cggttactaagcatgaacttaagtcataacgatctatctggcatgataccgtatgaactaggcaatttgtactcactccaatccttgttagatctgagca 38936463  T
Q  1102 gcaacaacctttcaggagaaattc 1125  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  38936462 gcaacaacctttcaggagaaattc 38936439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 102 - 1125
Target Start/End: Original strand, 39305490 - 39306513
Alignment:
Q  102 ggtcccattcctgaagagtttggaaacttaaaggaaatgacagagttagacctttcaggaaaccatttctctggtccaattccaccaaccatttggaatc 201  Q
    ||||| || ||||| ||| | |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  39305490 ggtccaatccctgatgagataggaaacttgaaggtaatgacagggttagacctttcaggaaaccacttctctggtccaattccatcaaccatatggaatc 39305589  T
Q  202 tcacaaacataacagtcataaatcnnnnnnncaacaacctctctggtaacattccagtggatattggaaacttaacctcactgcaaacttttgatgtcaa 301  Q
    ||||||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |    
T  39305590 tcacaaacataaccgtcataaatcttttcttcaacaacctctctggaaatattccaatggatattggaaacttaacttcactgcaaatttttgatgtcga 39305689  T
Q  302 caataataacttggatggagaattgccacgcacaatttctcatctaacttccttaacttatttttccgtgttcaccaataacttctcaggtaacatttcc 401  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  39305690 caataataacttggaaggagaattgccagacacaattgctcatctaactgccttaacttctttttctgtgttcaccaataacttctcaggaagcatttcc 39305789  T
Q  402 agagactttggaaagaatagtccttctttgactcatgtctacttttcaaacaatagtttctcaggagaacttccttctgacatgtgcaatggcctaaaac 501  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||  || |    
T  39305790 agagattttggaaagaacagtccttctttgactcatgtctacttttcaaacaatagtttctcaggagaacttccttctgaattatgcagtggccacaatc 39305889  T
Q  502 tacttgttttggcagtaaataacaacagcttttcagggtcattgccgaaatctttgagaaattgttcatcttttataagaattaggcttgacgataacca 601  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || | |||| |||||||||| |||||| |    
T  39305890 tagttgttttggccgtaaataacaacagcttttcaggatcattgccaaactccttgagaaattgttcatccttaacaagagttaggcttgatgataacaa 39305989  T
Q  602 gttcaatggaaatatcacagaagcatttgggattcatccaaatcttagtttcatctcacttagcagaaatcgcctcattggttatctctctccagattgg 701  Q
    ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||  ||||||  |   ||||  |||||||||||   |||    
T  39305990 gttcagtggaaacatcacagaatcatttgggattcatacaaatcttattttcatctcgctaagtcgaaatcatcgtgttggccatctctctccaatgtgg 39306089  T
Q  702 ggtaaatgtatcagcttaactgagatggaaatgagtggaaacaaactttctggaaaaattccaatcgacctaaataagttgagtaaattacaatttctta 801  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  39306090 ggtaaatgtatcagcttaactgcgatggaaatgagtggaaacaaactttctggaaaaatcccatccgagctaagtaagttgagtaaattacagtttctta 39306189  T
Q  802 gcctgcactccaacgaattcaccggaaatatcccacatgaaattggaaatataagtctgctcttcatgttgaacttgagcaggaaccatttatcgggaga 901  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39306190 gcttgcactccaacgaattctccggaaatatcccacctgaaattgaaaatctcagtctgctcttcatgttgaacttgagcaggaaccatttatcaggaga 39306289  T
Q  902 aatcccaaagagtattggaagattagctcaacttaatattgttgatttatcagataataacttcagtggaagcattcctaatgagctcggtaattgtaat 1001  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  39306290 aattccaaagattattggaagattagctcaacttaatattgttgatttatcagataataacttcagtggaagcattcctaaagagcttagtaattgtaat 39306389  T
Q  1002 cggttactaagcatgaacttaagtcataacgatctatctggcatgataccgtatgaactaggcaatttgtactcactccaatccttgttagatctgagca 1101  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||| |||||| | | ||| ||||||| | ||||||| || ||||    
T  39306390 cggttactaagcctgaacttaagtcataacaatctatctggtgtgataccatatgaacttggcaatctattctccctccaatacctgttagaccttagca 39306489  T
Q  1102 gcaacaacctttcaggagaaattc 1125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||    
T  39306490 gcaacaatctttcaggagaaattc 39306513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University