View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18783_low_1 (Length: 928)

Name: NF18783_low_1
Description: NF18783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18783_low_1
NF18783_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-922)||(43348689-43349593)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 874; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 874; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 922
Target Start/End: Original strand, 43348689 - 43349593
Alignment:
Q  20 ctaccaacaactcctaagagatcaaaaagattgctatgaagaaaatttggtcttaaagggtcaaaggaatagcttttcatctatacaaaatggaaagaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43348689 ctaccaacaactcctaagagatcaaaaagattgctatgaagaaaatttggtcttaaagggtcaaaggaatagcttttcatctatacaaaatggaaagaaa 43348788  T
Q  120 acaagaaaagaattagaagatgaagaggttccaatggatttattgtgggaggttttcaatgaggatgtggttgagtatagatccttaacaattgataata 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43348789 acaagaaaagaattagaagatgaagaggttccaatggatttattgtgggaggttttcaatgaggatgtggttgagtatagatccttaacaattgataata 43348888  T
Q  220 ccaacaatgctcttattcaaaccaagaacaagcctagtatgttggtgatgttgaaggttttaaagaaacttttttccatcaacaattctcatggtaaacc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43348889 ccaacaatgctcttattcaaaccaagaacaagcctagtatgttggtgatgttgaaggttttaaagaaacttttttccatcaacaattctcatggtaaacc 43348988  T
Q  320 aagaagaagaatactctaattctatcattatgttggtgatcatgctattggcttttgggtaagcgtgcttattcatgctttcttttattttagaagaaga 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  43348989 aagaagaagaatactctaattctatcattatgttggtgatcatgctattggcttttgggtaagagtgcttattcatgttttcttttattttataagaaga 43349088  T
Q  420 aaattgtcttgttaattatatataattagtagtatagaattgtttttattctatgaggagcttatatgtaaaagtaaattaaaattatagagaaactttc 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349089 aaattgtcttgttaattatatataattagtagtatagaattgtttttattctatgaggagcttatatgtaaaagtaaattaaaattatagagaaactttc 43349188  T
Q  520 tttgattcatgcaagttcaatatatatgtacctttgttttgtgagacagacacacttttgttttgttcttaaatattttggcattgccaattgatgagtg 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349189 tttgattcatgcaagttcaatatatatgtacctttgttttgtgagacagacacacttttgttttgttcttaaatattttggcattgccaattgatgagtg 43349288  T
Q  620 atgccataattcaattgattatgcatatctgtgcagtggtttcttgtatttggtattgtttttctttgattaagaataatttcttttgctaataataatt 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349289 atgccataattcaattgattatgcatatctgtgcagtggtttcttgtatttggtattgtttttctttgattaagaataatttcttttgctaataataatt 43349388  T
Q  720 gattattagttcctataggcttgggataagtaataattataaatgttgaaattgtatttgtcaaagtccttagaaaagatggttcaacttgtttgttggg 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349389 gattattagttcctataggcttgggataagtaataattataaatgttgaaattgtttttgtcaaagtccttagaaaagatggttcaacttgtttgttggg 43349488  T
Q  820 tagctgggatggactc--ttttaaatatgaaaaattcaacctaaaaaatgcaagtaactatctccaaagtaaccactactgttgtggcttcttcatattc 917  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43349489 tagctgggatggactctgttttaaatatgaaaaattcaacctaaaaaatgcaagtaactatctccaaagtaaccactactgttgtggcttcttcatattg 43349588  T
Q  918 ttcga 922  Q
    |||||    
T  43349589 ttcga 43349593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University