View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18786_low_3 (Length: 693)

Name: NF18786_low_3
Description: NF18786
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18786_low_3
NF18786_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (33-680)||(33759004-33759650)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 680
Target Start/End: Original strand, 33759004 - 33759650
Alignment:
Q  33 ttataacatgcagcaacattttttacgtacaaaaatgcatttcaattacagatcagttcaatcctatctatgttaaataagaaataaattaaatttgtaa 132  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33759004 ttataacatgcaggaacattttttacgtacaaaaatgcatttcaattacagatcagttcaatcctatctatgttaaataagaaataaattaaatttgtaa 33759103  T
Q  133 nnnnnnnagctcaacttccttaaaattgtacttggatttattttacccgagagattaaggagtatcggaattagtataagtgtaatatattattttatag 232  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33759104 tttttttagctcaacttccttaaaattgtacttggatttattttacccgagagagtaaggagtatcggaattagtataagtgtaatatattattttatag 33759203  T
Q  233 tagtataaatagagattaggctatagatgaaaaggaaaagcaattaatattttccatgtgtcaaaagcgatatggtatatgtctttagtagctctcattc 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33759204 tagtataaatagagattaggctatagatgaaaaggaaaagcaattaatattttccatgtgtcaaaagcgatatggtatatgtctttagtagctctcattc 33759303  T
Q  333 atcatttttgtttctcataaaaatatgatctgatttgtttgtatcaaatcatttaattatatttcactatgaagatgccttttttgttattatcatatta 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  33759304 atcatttttgtttctcataaaaatatgatctgatttgtttgtatcaaatcatttaattatatttcactgtgatgat-ccttttttgttattatcatatta 33759402  T
Q  433 gtagtttgattctatcttcaatatgtggtcgaactcgaatgtttgattcagatctcatgcttatgatcaaattcactatttgaaaaaggcaattcataga 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33759403 gtagtttgattctatcttcaatatgtggtcgaactcgaatgtttgattcagatctcatgcttatgatcaaattcactatttgaaaaaggcaattcataga 33759502  T
Q  533 tgcatttcaggtcatcggaagaaaatagtctttagagttgaacatagatattatgtggtaatttgataatcactctgctggtaatctctgcttttattct 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33759503 tgcatttcaggtcatcggaagaaaatagtctttagagttgaacatagatattatgtggtaatttgataatcactctgctggtaatctctgcttttattct 33759602  T
Q  633 gagtggattatggaactagttttctgccgatgtcggtagtgacttgtg 680  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33759603 gagtggatggtggaactagttttctgccgatgtcggtagtgacttgtg 33759650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University