View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18787_low_3 (Length: 519)

Name: NF18787_low_3
Description: NF18787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18787_low_3
NF18787_low_3
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (23-500)||(34593830-34594307)
chr6 (23-500)||(34738077-34738554)
chr6 (48-500)||(34621839-34622291)
chr6 (48-500)||(34749276-34749730)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 34594307 - 34593830
Alignment:
Q  23 gacccaaagacgagccaaatcattcaaagacaaaaccaaatccaaatcttcctcttcagaaattttactacaacaaatactcataaacccaagaatcata 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34594307 gacccaaagacgagccaaatcattcaaagacaaaaccaaatccaaatcttcctcttcagaaattttactacaacaaatactcataaacccaagaatcata 34594208  T
Q  123 tcaaccaaagatttcacttccttcattactttcttttcccttttcaattcaaaaagttccttaacaacactatgtatcataaaaacaacaggagcaagta 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34594207 tcaaccaaagatttcacttccttcattgctttcttttcccttttcaattcaaaaagttccttaacaacactatgtatcataaaaacaacaggagcaagta 34594108  T
Q  223 aagcaatactctttgaaccaccaacagaagctgaacaagcagaaatcagctgaaaaagtgcttttgcagctgaaatttgttccaagttatcacctttaag 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34594107 aagcaatactctttgaaccaccaacagaagctgaacaagcagaaatcagctgaaaaagtgcttttgcagctgaaatttgttccaagttatcacctttaag 34594008  T
Q  323 agattttctgcaaccaaatttgattgcagaatagacccatatcacatcaaaaggtgggtcaactttggtttgcatcagttcatgtaatgcatcaatggaa 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34594007 agattttctgcaaccaaatttgattgcagaatagacccatatcacatcaaaaggtgggtcaactttggtttgcatcagttcatgtaatgcatcaatggaa 34593908  T
Q  423 tgagaaaattcaggggattctttgggaagttttgatagaatttcttgcatggtgtttttcagcctgagggtgtagttt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34593907 tgagaaaattcaggggattctttgggaagttttgatagaatttcttgcatggtgtttttcagcttgagggtgtagttt 34593830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 34738554 - 34738077
Alignment:
Q  23 gacccaaagacgagccaaatcattcaaagacaaaaccaaatccaaatcttcctcttcagaaattttactacaacaaatactcataaacccaagaatcata 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34738554 gacccaaagacgagccaaatcattcaaagacaaaaccaaatccaaatctttctcttcagaaattttactacaacaaatactcataaacccaagaatcata 34738455  T
Q  123 tcaaccaaagatttcacttccttcattactttcttttcccttttcaattcaaaaagttccttaacaacactatgtatcataaaaacaacaggagcaagta 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34738454 tcaaccagagatttcacttccttcattactttcttctcctttttcacttcaaaaagttccttaacaacactatgtattataaaaacaacaggagcaagta 34738355  T
Q  223 aagcaatactctttgaaccaccaacagaagctgaacaagcagaaatcagctgaaaaagtgcttttgcagctgaaatttgttccaagttatcacctttaag 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34738354 aagcaatactctttgaaccaccaacaaaagctgaacaagcagaaatcagctgaaaaagtgcttttgcagctgaaatttgttccaagatatcacctttaag 34738255  T
Q  323 agattttctgcaaccaaatttgattgcagaatagacccatatcacatcaaaaggtgggtcaactttggtttgcatcagttcatgtaatgcatcaatggaa 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34738254 agattttctgcaaccaaatttgattgcagaatagacccatatcacatcaaaaggtgggtcaactttggtttgcatcagttcatgtaatgcatcactggaa 34738155  T
Q  423 tgagaaaattcaggggattctttgggaagttttgatagaatttcttgcatggtgtttttcagcctgagggtgtagttt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  34738154 tgagaaaattcaggggattctttgggaagttctgatagaatttcttgcattgtgtttttcagcttgagggtgtagttt 34738077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 34622291 - 34621839
Alignment:
Q  48 aaagacaaaaccaaatccaaatcttcctcttcagaaattttactacaacaaatactcataaacccaagaatcatatcaaccaaagatttcacttccttca 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34622291 aaagacaaaaccaaatccaaatctttctcttcagaaattttactacaacaaatactcataaacccaagaatcatatcaaccaaagatttcacttccttca 34622192  T
Q  148 ttactttcttttcccttttcaattcaaaaagttccttaacaacactatgtatcataaaaacaacaggagcaagtaaagcaatactctttgaaccaccaac 247  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34622191 ttgctttcttttcccttttcaattcaaaaagttccttaacaacactatgtatcataaaaacaacaggagcaagtaaagcaatactctttgaaccaccaac 34622092  T
Q  248 agaagctgaacaagcagaaatcagctgaaaaagtgcttttgcagctgaaatttgttccaagttatcacctttaagagattttctgcaaccaaatttgatt 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34622091 agaagctgaacaagcagaaatcagctgaaaaagtgcttttgcagctgaaatttgttccaagatatcacctttaagagattttctgcaaccaaatttgatt 34621992  T
Q  348 gcagaatagacccatatcacatcaaaaggtgggtcaactttggtttgcatcagttcatgtaatgcatcaatggaatgagaaaattcaggggattctttgg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34621991 gcagaatagacccatatcacatcaaaaggtgggtcaactttggtttgcatcagttcatgtaatgcatcactggaatgagaaaattcaggggattctttgg 34621892  T
Q  448 gaagttttgatagaatttcttgcatggtgtttttcagcctgagggtgtagttt 500  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  34621891 gaagttctgatagaatttcttgcattgtgtttttcagcttgagggtgtagttt 34621839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 34749730 - 34749276
Alignment:
Q  48 aaagacaaaaccaaatccaaatcttcctcttcagaaattttactacaacaaatactcataaacccaagaatcatatcaaccaaagatttcacttccttca 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34749730 aaagacaaaaccaaatccaaatctttctcttcagaaattttactacaacaaatactcataaacccaagaatcatatcaaccaaagatttcacttccttca 34749631  T
Q  148 ttactttcttttcccttttcaattcaaaaagttccttaacaacactatgtatcataaaaacaacaggagcaagtaaagcaatactctttgaaccaccaac 247  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34749630 ttgctttcttttcccttttcaattcaaaaagttccttaacaacactatgtatcataaaaacaacaggagcaagtaaagcaatactctttgaaccaccaac 34749531  T
Q  248 agaagctgaacaagcagaaatcagctgaaaaagtgcttttgcagctgaaatttgttccaagttatcacctttaagagattttctgcaaccaaatttgatt 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34749530 agaagctgaacaagcagaaatcagctgaaaaagtgcttttgcagctgaaatttgttccaagatatcacctttaagagattttctgcaaccaaatttgatt 34749431  T
Q  348 gcagaatagacccatatcacatcaaaa-ggtgggt-caactttggtttgcatcagttcatgtaatgcatcaatggaatgagaaaattcaggggattcttt 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34749430 gcagaatagacccatatcacatcaaaagggtgggtccaacttgggtttgcatcagttcatgtaatgcatcactggaatgagaaaattcaggggattcttt 34749331  T
Q  446 gggaagttttgatagaatttcttgcatggtgtttttcagcctgagggtgtagttt 500  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  34749330 gggaagttctgatagaatttcttgcattgtgtttttcagcttgagggtgtagttt 34749276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University