View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18788_high_2 (Length: 535)

Name: NF18788_high_2
Description: NF18788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18788_high_2
NF18788_high_2
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-506)||(22990246-22990753)
chr4 (1-506)||(28948729-28949236)
chr4 (86-506)||(22714557-22714979)
chr4 (205-511)||(22696864-22697172)
chr4 (205-526)||(46956533-46956859)
chr4 (1-91)||(22703364-22703454)
chr4 (452-526)||(28949216-28949290)
chr4 (452-526)||(22714959-22715033)
chr4 (452-526)||(22990192-22990266)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (1-506)||(200345-200862)
scaffold0009 (452-526)||(200842-200916)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (122-526)||(20087585-20087992)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (205-511)||(19646298-19646606)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (205-511)||(4344211-4344518)
chr1 (122-197)||(5928144-5928219)
chr1 (98-126)||(5928350-5928378)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (205-511)||(22808084-22808392)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (205-498)||(23362369-23362651)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 22990753 - 22990246
Alignment:
Q  1 cccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagtcgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22990753 cccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagccgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgttacaaaaaa 22990654  T
Q  101 cataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnn 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       
T  22990653 cataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagtgaacaacaaatccgaagcaaa 22990554  T
Q  201 nnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataa 300  Q
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990553 aaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataa 22990454  T
Q  301 gagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990453 gagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttctt 22990354  T
Q  401 aatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatag-tac--atcctagcttagattacttcttaattcatagtactt 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  || ||  | ||||||||||||||||||||||||| |    
T  22990353 aatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactaatact-tcctagattacttcttaattcatagtacat 22990255  T
Q  498 cctagctta 506  Q
    |||| ||||    
T  22990254 cctatctta 22990246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 506
Target Start/End: Original strand, 28948729 - 28949236
Alignment:
Q  1 cccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagtcgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948729 cccccaaccgtagcaggttagcaggccaggaacagcagctgaagccgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaa 28948828  T
Q  101 cataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnn 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||       
T  28948829 cataagaaatcatggcattacaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttaaggaggataagtgaacaacaaatccgaagcaaa 28948928  T
Q  201 nnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataa 300  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28948929 aaaacaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatagaaacattacataagttatttgtacttcataa 28949028  T
Q  301 gagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28949029 gagtacttcatagttactagcactttttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttctt 28949128  T
Q  401 aatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttc 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28949129 aatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactattacttcctagattacttcttaattcatagtacatc 28949228  T
Q  499 ctagctta 506  Q
    ||||||||    
T  28949229 ctagctta 28949236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 86 - 506
Target Start/End: Original strand, 22714557 - 22714979
Alignment:
Q  86 gaatgtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaa 185  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22714557 gaatgttacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagtgaacaa 22714656  T
Q  186 caaatccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagtt 285  Q
    ||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22714657 caaatccgaagcaaaaaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatagaaacattacataagtt 22714756  T
Q  286 actggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtactt 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714757 actggtacttcataagagtacttcatagttactagcactttttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtactt 22714856  T
Q  386 cctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatag-tac--atcctagcttagattacttct 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  || ||  | ||||||||||||    
T  22714857 cctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactaatact-tcctagattacttct 22714955  T
Q  483 taattcatagtacttcctagctta 506  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||    
T  22714956 taattcatagtacatcctatctta 22714979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 205 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 22697172 - 22696864
Alignment:
Q  205 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 304  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22697172 caacataagtgaaccataaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataagagt 22697073  T
Q  305 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 404  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22697072 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacagtacttcaaagttaccggtacttcctagattacttcttaatt 22696973  T
Q  405 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 502  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22696972 taaagacaacagagcattacaacattaaagactaaacaaaatagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 22696873  T
Q  503 cttacttcc 511  Q
     ||| ||||    
T  22696872 gttaattcc 22696864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 205 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 46956859 - 46956533
Alignment:
Q  205 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 304  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  46956859 caacataagtgaacaaaaaatacaagcataattatcacacaacataagccttcattaaggtatagaaacattacataagttactagtacttcataatagt 46956760  T
Q  305 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  46956759 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattaaaaggcaaaacataacagtacttgatagttactagtacttcctagattacttcttaatt 46956660  T
Q  405 taaagacaacggaacattacaacattaaagacta---aacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcc 499  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||   || |||||| | |||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46956659 taaagataatggaacattacaacattaaagactaaataatataacagtgcttcatagttactagtacttcctagattacttcttaattcatagtactttc 46956560  T
Q  500 tagcttacttcctagtcacacaggttc 526  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  46956559 tagcttacttcctagtcacacaggttc 46956533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 91
Target Start/End: Original strand, 22703364 - 22703454
Alignment:
Q  1 cccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagtcgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgt 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703364 cccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagccgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgt 22703454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 452 - 526
Target Start/End: Original strand, 28949216 - 28949290
Alignment:
Q  452 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28949216 ttcatagtacatcctagcttagattgcttcttaactcatagtacttcctagcttacttcctagtcacataggttc 28949290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 452 - 526
Target Start/End: Original strand, 22714959 - 22715033
Alignment:
Q  452 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 526  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  22714959 ttcatagtacatcctatcttagattacttcttaattcatagtacttcctaacttacttcctaatcacagaggttc 22715033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 452 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 22990266 - 22990192
Alignment:
Q  452 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 526  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  22990266 ttcatagtacatcctatcttagattacttcttaattcatagtacttcctaacttacttcctaatcacagaggttc 22990192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 506
Target Start/End: Original strand, 200345 - 200862
Alignment:
Q  1 cccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagtcgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  200345 cccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagctgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgttacaaaaaa 200444  T
Q  101 cataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnn 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       
T  200445 cataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatatagtttatggaggataagtgaacaacaaatccgaagcaaa 200544  T
Q  201 nnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataa 300  Q
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200545 aaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataa 200644  T
Q  301 gagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataac----------agtacttcatagttacaggtacttcctag 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||    
T  200645 gagtacttcatagttactagcacttcttagattaattcctaattgaaaggaaaaacataacagtacttcatagtacttcatagttacaggtacttcctag 200744  T
Q  391 attacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattc 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||    
T  200745 attacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactattacttcctagattacttcttaattc 200844  T
Q  489 atagtacttcctagctta 506  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  200845 atagtacatcctagctta 200862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 452 - 526
Target Start/End: Original strand, 200842 - 200916
Alignment:
Q  452 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 526  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  200842 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctaatcacagaggttc 200916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 122 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 20087992 - 20087585
Alignment:
Q  122 aaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnnnnnn-caacataagtgaacca 220  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||| ||||         ||||||||||||||||    
T  20087992 aaatagagcttatatataaccagttaaaactgaaatatagagcttatggaggacaggtgaacaacaaatctgaaggaaaaaaaacaacataagtgaacca 20087893  T
Q  221 aaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactag 320  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20087892 aaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataatagtacttcatagttactag 20087793  T
Q  321 cacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaaca 420  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20087792 tacttcttagattacttcctaattaaaaggcaaaacataacagtacttcatagttactagtactttctagattacttcttaatttaaagataacggaaca 20087693  T
Q  421 ttacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcac 518  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   |  ||   | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  20087692 ttacaacattaaagactaaatataacagtacttcatagttactagtacttcctagattacttcttaattcataagacttcctagcttacttcctagtcac 20087593  T
Q  519 acaggttc 526  Q
    ||| ||||    
T  20087592 acaagttc 20087585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 205 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 19646606 - 19646298
Alignment:
Q  205 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19646606 caacataagtgaaccaaaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaatattacataagttactggtacttcataagagt 19646507  T
Q  305 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 404  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19646506 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacaatacttcaaagttaccggtacttcctagattacttcttaatt 19646407  T
Q  405 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 502  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19646406 taaagacaacagaacattacaacattaaagattaaacataagagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 19646307  T
Q  503 cttacttcc 511  Q
    |||| ||||    
T  19646306 cttaattcc 19646298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 205 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 4344518 - 4344211
Alignment:
Q  205 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 304  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4344518 caacataagtgaacaaaaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataagagt 4344419  T
Q  305 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 404  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4344418 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacaatacttcaaagttactggtacttcctagattacttcttaatt 4344319  T
Q  405 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 502  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4344318 taaagacaacgaaacatta-aacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 4344220  T
Q  503 cttacttcc 511  Q
    |||| ||||    
T  4344219 cttaattcc 4344211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 122 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 5928219 - 5928144
Alignment:
Q  122 aaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagc 197  Q
    ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||    
T  5928219 aaatagagcttatatagaaccacttaaaactgaaatatagagtttattgaggataagtgcacaacaaatctgaagc 5928144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 98 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 5928378 - 5928350
Alignment:
Q  98 aaacataagaaatcatggcattgcaaata 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5928378 aaacataagaaatcatggcattgcaaata 5928350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 205 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 22808392 - 22808084
Alignment:
Q  205 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22808392 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggataaaaaaattacataagttactagtacttcataagagt 22808293  T
Q  305 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 404  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  22808292 acttcatggttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaagaaaaatataatagtacttcatagttactagtacttcctagattacttcttaatt 22808193  T
Q  405 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 502  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22808192 taaagataacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagttactagtacttcatagattacttcttaatttatagtacttcctag 22808093  T
Q  503 cttacttcc 511  Q
    |||| ||||    
T  22808092 cttaattcc 22808084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 205 - 498
Target Start/End: Original strand, 23362369 - 23362651
Alignment:
Q  205 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||             |||    
T  23362369 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggataaaaacattacataagttact-------------agt 23362455  T
Q  305 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 404  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  23362456 acttcatggttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacagtacttcatagttattagtacttcctagattacttcttaatt 23362555  T
Q  405 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttc 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362556 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttaatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttc 23362651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University