View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18793_low_3 (Length: 731)

Name: NF18793_low_3
Description: NF18793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18793_low_3
NF18793_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-713)||(26567444-26568150)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 26568150 - 26567444
Alignment:
Q  7 gcagcacagacaattcatattgaactcgtgtccggtgtctgagtctgacacgtgttaatgtctaaaacttacacttgtgactgcatttaattattcgatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26568150 gcagcacagacaattcatattgaactcgtgtccggtgtctgagtctgacacgtgttaatgtctaaaacttacacttgtgactgcatttaattattcgatt 26568051  T
Q  107 tttcaaaattttaaccgctatcaatatctcagtgccgtgtgtctagtgtttatgtttgtatccaactaagaggataaagtagaaatgaacctgagatatc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26568050 tttcaaaattttaaccgctatcaatatctcagtgccgtgtgtctagtgtttatgtttgtatccaactaagaggataaagtagaaatgaacctgagatatc 26567951  T
Q  207 ttagggaggtcagaaagatttctgtcctttgcaatggctcggatcaaatctcttttttcttgtacatactccctgcacattgtctactcaaattcatcag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567950 ttagggaggtcagaaagatttctgtcctttgcaatggctcggatcaaatctcttttttcttgtacatactccctgcacattgtctactcaaattcatcag 26567851  T
Q  307 ttttagcacaatgtggcctctttattttcaacaccatagtttagttattaaaagttgcagctgaaacatatcatattcaaccataacatagacacaacac 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26567850 ttttagcacaatgtggcctctttattttcaacaccatagtttagttattaaaagttgcagctgaaacatatcttattcaaccataacatagacacaacac 26567751  T
Q  407 attctttttaaccaacaaacatgcttcaggatactatggtagacaaattcaactgtttcatgtaaaatgaagcaatatgtgaaaagaatcaagtcaatta 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26567750 attctttttaaccaacaaacatgcttcaggatactatggtagacaaattcaactgtttcatgtaaaatgaagcaatatgagaaaagaatcaagtcaatta 26567651  T
Q  507 caagtttatacagattcagtttaagaactaaaatatattactgaacaatacagattgtgacatgatgctaactagctaaagtagctaaaattgaccaagt 606  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567650 caagtttatccagattcagtttaagaactaaaatatattactgaacaatacagatagtgacatgatgctaactagctaaagtagctaaaattgaccaagt 26567551  T
Q  607 tacctttggctcaggtttatatcctaaagtctgagtttggagaagcatactccctaaacatgattttacaaaacataatcatgattattttcctataatc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567550 tacctttggctcaggtttatatcctaaagtctgagtttggagaagcatactccctaaacatgattttacaaaacataatcatgattattttcctataatc 26567451  T
Q  707 atgttag 713  Q
    |||||||    
T  26567450 atgttag 26567444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University