View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18796_low_12 (Length: 463)

Name: NF18796_low_12
Description: NF18796
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18796_low_12
NF18796_low_12
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (49-439)||(23619647-23620033)
chr7 (49-428)||(23607371-23607744)
chr7 (288-439)||(23625456-23625605)
chr7 (75-237)||(23578756-23578917)
chr7 (288-413)||(23614704-23614829)
chr7 (290-397)||(23584733-23584840)
chr7 (62-229)||(23614944-23615107)
chr7 (50-229)||(23625722-23625902)
chr7 (299-406)||(23578480-23578587)
chr7 (87-261)||(23584976-23585149)
chr7 (353-433)||(23600060-23600140)
chr7 (364-428)||(23566130-23566194)
chr7 (164-234)||(23606225-23606293)
chr7 (314-347)||(23572943-23572976)
chr7 (352-428)||(23572834-23572910)
chr7 (314-347)||(23566238-23566271)
chr7 (352-428)||(23589926-23590001)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 23620033 - 23619647
Alignment:
Q  49 acatattgattgagacattttgttaggaacaagtgatctatatacttttcaggaaagcagtcaagttaagaatcttnnnnnnntgattgccaaatccaat 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       ||||||||||| |||||    
T  23620033 acatattgattgagacattttgttaggaacaagtgatctatatacttttcaggaaagcagtcaagtgaagaatcttaaaaaaatgattgccaaaaccaat 23619934  T
Q  149 catagtcgaatatatttgaagcacaatataaattcctatgatgatacagatgaatctcaatcaaacctaactcaagcattcctcccttatattgtttgct 248  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23619933 cataatggaatatatttgaagcacaatataaactcctatgatgatacagatgaatctcaatcaaacctaactcaagcattcctcccttatagtgtttgct 23619834  T
Q  249 cattctctctctttctttaatttcttgtactcccatgcctgttgaatgatgatatattgggatttgatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaac 348  Q
    ||||||||    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23619833 cattctct----ttctttaatttcttgtactcccatacctgttgaatgatgatatattgggatttgatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaac 23619738  T
Q  349 aaatgcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattatctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttgacagttcccatt 439  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23619737 aaatgcgtaattatatctaagccttggaatgcagattatctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttgacagttcccatt 23619647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 49 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23607744 - 23607371
Alignment:
Q  49 acatattgattgagacattttgttaggaacaagtgatctatatacttttcaggaaagcagtcaagttaagaatcttnnnnnnntgattgccaaatccaat 148  Q
    ||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  ||| |||||    
T  23607744 acatattgaatgtgacattttgtccggaacaagtgatctatatacttttcaggaaagcggtcaagttaagaatcttaaaaaaatgattggtaaaaccaat 23607645  T
Q  149 catagtcgaatatatttgaagcacaatataaattcctatgatgatacagatgaatctcaat---caaacctaactcaagcattcctcccttatattgttt 245  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||    
T  23607644 cataatcgaatatatttgaagcacaatataaactcctatggtgatgcagatgaatctcaataatcaaacctaactcaagcattcttcccttagaatgttt 23607545  T
Q  246 gctcattctctctctttctttaatttcttgtactcccatgcctgttgaatgatgatatattgggatttgatgggataatctgcatcctgaggtttagaac 345  Q
     ||||| |||| |         |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23607544 tctcatgctcttt---------atttcttgtactcctatacttgttgaatgatgatatattgggattcgattggataatctgcatcctgaggtttagaac 23607454  T
Q  346 aacaaatgcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattatctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttga 428  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23607453 aacagatgcgtaattctatctaagccttgggatgctgattatctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttga 23607371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 288 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 23625605 - 23625456
Alignment:
Q  288 tgttgaatgatgatatattgggatttgatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaacaaatgcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattat 387  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23625605 tgttgaatgaggatatattgggatcagatgagataatctgcatcctgaggtttagaacaaccgatgcgtcactgtgtctaagccttggaatgcagattat 23625506  T
Q  388 ctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttgacagttcccatt 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||| |||||    
T  23625505 ctcttccttatcaccaatgcaaaac--tgaaatcaacttgatagtttccatt 23625456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 75 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 23578917 - 23578756
Alignment:
Q  75 gaacaagtgatctatatacttttcaggaaagcagtcaagttaagaatcttnnnnnnntgattgccaaatccaatcatagtcgaatatatttgaagcacaa 174  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||       ||||||| ||  ||||||  | |||||||||| ||||||||||    
T  23578917 gaacaagtgatctatatacttttctggaaagcggtcaagttaagaatcttgaaaaaatgattgc-aaccccaatctaaatcgaatatatatgaagcacaa 23578819  T
Q  175 tataaattcctatgatgatacagatgaatctcaatcaaacctaactcaagcattcctccctta 237  Q
    |||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  23578818 tataaactcctatgatgatgcagacgactctcaatcaaacccaactcaagcattcttccctta 23578756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 288 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 23614829 - 23614704
Alignment:
Q  288 tgttgaatgatgatatattgggatttgatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaacaaatgcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattat 387  Q
    ||||||| || |||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  23614829 tgttgaacgaggatagattgggatcagatgagataatctgcatcctgaggtttagaacaatcgatgcgtaactgtatctaagccttagaatgcagattat 23614730  T
Q  388 ctcttccttatcaccaatgcaaaact 413  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||    
T  23614729 ctcttccttatcaccaatgcagaact 23614704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 290 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 23584840 - 23584733
Alignment:
Q  290 ttgaatgatgatatattgggatttgatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaacaaatgcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattatct 389  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23584840 ttgaatgaggatatattgggtttggatggggtaatctgcatcctgaggtttagaataacagctgcgtaattgtatctaagccttggagtgcagattatct 23584741  T
Q  390 cttcctta 397  Q
    ||||||||    
T  23584740 cttcctta 23584733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 62 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 23615107 - 23614944
Alignment:
Q  62 gacattttgttaggaacaagtgatctatatacttttcaggaaagcagtcaagttaagaatcttnnnnnnntgattgccaaatccaatcatagtcgaatat 161  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||         ||||||     ||||||| || ||||||||    
T  23615107 gacattttgtcaagaacaagtgatctttatacttttcaggaaagcggtcaagttaagaatccaaaaaaaatgattgg----tccaatcttaatcgaatat 23615012  T
Q  162 atttgaagcacaatataaattcctatgatgatacagatgaatctcaatcaaacctaactcaagcattc 229  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  23615011 atttgaagcacaatataaactcctatgatgatgcagatgactctcaatcaaacctaactaaagtattc 23614944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 50 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 23625902 - 23625722
Alignment:
Q  50 catattgattgagacattttgttaggaacaagtgatctatata--cttttcaggaaagcagtcaagttaagaatcttnnnnnnntgattgccaaatccaa 147  Q
    |||||||| || |||| ||||| | ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |       |||||| ||| |||||    
T  23625902 catattgaatgtgacaatttgtcaagaacaagtgatttatatatacttttcaggaaagcggtcaagttaagaatcctaaaaaaatgattggcaa-tccaa 23625804  T
Q  148 tcatagtcgaatatatttgaagcacaatataaattcctatgatgatacagatgaatctcaatcaaacctaactcaagcattc 229  Q
    || || | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  23625803 tcttaatggaatatatttgaagcacaatataaactcctatgatgatgcagatgactctcaatcaagcctaactcaagtattc 23625722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 299 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 23578587 - 23578480
Alignment:
Q  299 gatatattgggatttgatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaacaaatgcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattatctcttccttat 398  Q
    ||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  23578587 gatatattgagtttggataggataatctgcatcctgaggtttagaataacagctgcgtaattgtatctaagccttggagtgcagattatctcttccttaa 23578488  T
Q  399 caccaatg 406  Q
    ||||||||    
T  23578487 caccaatg 23578480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 87 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 23585149 - 23584976
Alignment:
Q  87 tatatacttttcaggaaagcagtcaagttaagaatcttnnnnnnntgattgccaaatccaatcatagtcgaatatatttgaagcacaatataaattccta 186  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||        ||||||| | | |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23585149 tatatacttttcaagaaagtggtcaagttaagaatctaaagaaaatgattgcaaca-ccaatcttaatcgaatatatatgaagcacaatataaattccta 23585051  T
Q  187 tgatgatacagatgaatctcaatcaaacctaactcaagcattcctcccttatattgtttgctcattctctctctt 261  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || | |||| | ||| ||||| |||||||||    
T  23585050 tgatgatgcagatgactctcaatcaaacctaactctagcattcttctcatatagtattttctcatgctctctctt 23584976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 353 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 23600140 - 23600060
Alignment:
Q  353 gcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattatctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttgacagtt 433  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||    
T  23600140 gcgtaattgtttctaagccttggagtgcagattatcttttccttatcaccaatgcataataatgaaatcaatatgatagtt 23600060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 364 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23566194 - 23566130
Alignment:
Q  364 tctaagccttggaatgcagattatctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttga 428  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||    
T  23566194 tctaagccttggagtgcagattatcttttccttatcacctatgcagaataatgaaatcaatttga 23566130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 23606293 - 23606225
Alignment:
Q  164 ttgaagcacaatataaattcctatgatgatacagatgaatctcaatcaaacctaactcaagcattcctccc 234  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  23606293 ttgaagcacaatataaactcctatgatgatgctgatga--ctcaatcaaacctaactccagcattcttccc 23606225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 314 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 23572976 - 23572943
Alignment:
Q  314 gatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaa 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23572976 gatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaa 23572943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23572910 - 23572834
Alignment:
Q  352 tgcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattatctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttga 428  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| | ||||||| || ||||||| ||  || ||||||||||||    
T  23572910 tgcgtaattgtttctaagccttggattgtagattattttttccttaacatcaatgcagaataattaaatcaatttga 23572834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 23566271 - 23566238
Alignment:
Q  314 gatgggataatctgcatcctgaggtttagaacaa 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23566271 gatgggataatctgcatcctgaggtttaaaacaa 23566238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 352 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23590001 - 23589926
Alignment:
Q  352 tgcgtaattgtatctaagccttggaatgcagattatctcttccttatcaccaatgcaaaactatgaaatcaatttga 428  Q
    |||||||| || ||||||||| ||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||  |||||||||| ||||    
T  23590001 tgcgtaatcgtttctaagcctcggagtgcggattatcttttcct-atcaccaatgcagaataatgaaatcaaattga 23589926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University