View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18796_low_17 (Length: 429)

Name: NF18796_low_17
Description: NF18796
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18796_low_17
NF18796_low_17
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (1-421)||(27632422-27632842)
chr3 (1-410)||(34517225-34517634)
chr3 (49-410)||(34505638-34506002)
chr3 (49-410)||(27616853-27617217)
chr3 (129-410)||(34526410-34526694)
chr3 (24-166)||(34462898-34463036)
chr3 (24-166)||(34477940-34478079)
chr3 (22-226)||(34511903-34512105)
chr3 (92-337)||(34488996-34489239)
chr3 (96-251)||(27624432-27624586)
chr3 (22-179)||(27626178-27626333)
chr3 (236-345)||(34469305-34469414)
chr3 (44-112)||(34375769-34375837)
chr3 (104-216)||(34473965-34474077)
chr3 (96-151)||(27628562-27628617)
chr3 (212-303)||(34486923-34487013)
chr3 (9-51)||(34526708-34526750)
chr3 (92-181)||(34469428-34469517)
[»] scaffold1215 (1 HSPs)
scaffold1215 (24-105)||(807-888)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (24-105)||(10533622-10533703)
chr2 (24-69)||(10526843-10526888)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-83)||(15741262-15741341)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (4-83)||(1575035-1575114)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 27632842 - 27632422
Alignment:
Q  1 aactcaatcttccaaatctcacaaaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27632842 aactcaatcttccaaatctcacaaaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttga 27632743  T
Q  101 ttcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacggagtctcacatgttcattgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27632742 ttcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacggagtctcacatgttcattgg 27632643  T
Q  201 gaattgcatgacaagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacatgaaccagtgcctgattcaatttcgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27632642 gaattgcatgacaagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacatgaaccagtgcctgattcaattttgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaa 27632543  T
Q  301 gcttgaatgatatgctctcagatgaagaagataccatcagcaatgcctcagatgttgtcattgcagaagacacatccattccaaaaaggtatgatccttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27632542 gcttgaatgatatgctctcagatgaagaagataccatcagcaatgcctcagatgttgtcattgcagaagacacatccattccaaaaaggtatgatccttt 27632443  T
Q  401 gcagtctatactcttcatctc 421  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  27632442 gcagtctatactcttcgtctc 27632422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 34517634 - 34517225
Alignment:
Q  1 aactcaatcttccaaatctcacaaaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34517634 aactcaatcttccaaatctcacaaaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttga 34517535  T
Q  101 ttcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacggagtctcacatgttcattgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34517534 ttcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacggagtctcacatgttcattgg 34517435  T
Q  201 gaattgcatgacaagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacatgaaccagtgcctgattcaatttcgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34517434 gaattgcatgacaagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacatgaaccagtgcctgattcaattttgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaa 34517335  T
Q  301 gcttgaatgatatgctctcagatgaagaagataccatcagcaatgcctcagatgttgtcattgcagaagacacatccattccaaaaaggtatgatccttt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34517334 gcttgaatgatatgctctcagatgaagaagataccatcagcaatgcctcagatgttgtcattgcagaagacacatccattgcaaaaaggtatgatccttt 34517235  T
Q  401 gcagtctata 410  Q
    ||||||||||    
T  34517234 gcagtctata 34517225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 49 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 34506002 - 34505638
Alignment:
Q  49 atttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttc 148  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34506002 atttatgtgctttaattgtaaaatagctcagtttctgcgtagaagtatttgattcttatctaacccaatttattatgctgatataacgatgtatgctttc 34505903  T
Q  149 tacataggggatttggaaccctcggagaaa---cggagtctcacatgttcattgggaattgcatgacaagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacat 245  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| | |||   |||  |||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  34505902 tacatagtggatttggaagcctcgaaaaaaaaacggcatctcacatattcattgggcattgcatcataagaaagatgcttcctgggaacacaacaaacac 34505803  T
Q  246 gaaccagtgcctgattcaatttcgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaagcttgaatgatatgctctcagatgaagaagataccatcagcaatg 345  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34505802 gaaccaatgcctgattcaatttcgcctgcgtttatggacaatgtgtatcttccaagcttgaatgatattctctcagatgaagaagatacaatcagaaatg 34505703  T
Q  346 cctcagatgttgtcattgcagaagacacatccattccaaaaaggtatgatcctttgcagtctata 410  Q
    |||||||||||||| ||| | | |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  34505702 cctcagatgttgtcgttgaaaacgacacatccattgcaaaaaggtatggtcctttgaagtctata 34505638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 49 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 27617217 - 27616853
Alignment:
Q  49 atttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttc 148  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27617217 atttatgtgctttaatagtaaaatagctcagtttctgcgtagaagtatttgattcttatctaacccaatttattatgctgatataacgatgtatgctttc 27617118  T
Q  149 tacataggggatttggaaccctcggagaaa---cggagtctcacatgttcattgggaattgcatgacaagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacat 245  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| | |||   |||  |||||||| ||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  27617117 tacatagtggatttggaagcctcgaaaaaaaaacggcatctcacatattcattgagcattgcatcataagaaagatgcttcctgggaacacaacaaacac 27617018  T
Q  246 gaaccagtgcctgattcaatttcgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaagcttgaatgatatgctctcagatgaagaagataccatcagcaatg 345  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27617017 gaaccaatgcctgattcaatttcgcctgcgtttaaggacaatgtgtatcttccaagcttgaattatattctctcagatgaagaagatacaatcagaaatg 27616918  T
Q  346 cctcagatgttgtcattgcagaagacacatccattccaaaaaggtatgatcctttgcagtctata 410  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  27616917 cctcagatgttgtcgttgaaaaagacacatccattgcaaaaaggtatggtcctttgaagtctata 27616853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 129 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 34526694 - 34526410
Alignment:
Q  129 atataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaa---cggagtctcacatgttcattgggaattgcatgacaagaaagatgctt 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||   ||| ||   | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  34526694 atataacgatgtatgctttctacatagtggatttggaaacctcggaaaaaaaacggcgtacaaaatgttcattgggaagtgcatggcaagaaagatgctt 34526595  T
Q  226 cctgggaacccaacaaacatgaaccagtgcctgattcaatttcgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaagcttgaatgatatgctctcagatga 325  Q
    |  |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||    
T  34526594 ctagggaacacaacaaacatgaacaaatgcctgattcaatttcgccagcgtttagggagaatgtgtatcttcaaagcttgaattatatactttcagatga 34526495  T
Q  326 agaagataccatcagcaatgcctcagatgttgtcattgcagaagacacatccattccaaaaaggtatgatcctttgcagtctata 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  34526494 agaagataccatcagcaatgcctcagatgatgtcgttgcaaacgacacatccattgcaaaaaggtattgtcctttgcattctata 34526410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 34463036 - 34462898
Alignment:
Q  24 aaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattcttatataacccaattcatta 123  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | |||| ||||   ||||||| |||||||| |||  ||||||||||    
T  34463036 aaaggtatctgttgcttatcttgtgatgtatgtgctttaattgtaacatagctcattttc-gcat---agtatttaattcttatctaaatcaattcatta 34462941  T
Q  124 tgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaa 166  Q
    || |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34462940 tggtgatattacaatgtatgctttctacatagggcatttggaa 34462898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 34478079 - 34477940
Alignment:
Q  24 aaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattcttatataacccaattcatta 123  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||   ||  | |||||||||||||||| |||  ||||||||||    
T  34478079 aaaggtatctgttgcttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaacatagctcagttt---cagtgtagtatttgattcttatctaaatcaattcatta 34477983  T
Q  124 tgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaa 166  Q
    || || |||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  34477982 tggtggtataaaaatgtatgcttcctacatagggaatttggaa 34477940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34512105 - 34511903
Alignment:
Q  22 caaaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattcttatataacccaattcat 121  Q
    |||||||||| |||  ||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||| || ||| |  ||| |||||| ||||||||| ||||  |||||||    
T  34512105 caaaaggtatatgttgcttatctcgtgatttatgt--tttaattgtaaaatagctcagcttccgggtaggagtattggattcttatgtaacttaattcat 34512008  T
Q  122 tatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacggagtctcacatgttcattgggaattgcatgacaagaaagat 221  Q
    | || | |||||| ||||| | |||||||||||| | | ||||||| | |||| |||||| |||||   ||||||||||| ||||||||| ||| || ||    
T  34512007 tttgttaatataatgatgtgtactttctacatagcgcaattggaacacgcggaaaaacggtgtctccattgttcattgggcattgcatgaaaaggaacat 34511908  T
Q  222 gcttc 226  Q
    |||||    
T  34511907 gcttc 34511903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 92 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 34489239 - 34488996
Alignment:
Q  92 agtatttgattcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacggagtctcacat 191  Q
    ||||||||||||| || |||| ||||||| |||| |||||||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||  ||||  |     
T  34489239 agtatttgattctcatctaactcaattcaatatgttgatataatgatgcataatttctacatagcggatttggaacccgcggaaaaacggtatctcgaac 34489140  T
Q  192 gttcattgggaattgcatgacaagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacatgaaccagtgcctgattcaatttcgccagcgtctagggacaatgtgt 291  Q
    ||| |||||| ||| |||  ||||||||| || || |||| |  |||||||||||||||| |   |||||||||||   || | | |||| |||||  ||    
T  34489139 gttgattgggcattacatctcaagaaagacgcatcttggggaaacaacaaacatgaaccaatctttgattcaattt--tcaccatttaggaacaattcgt 34489042  T
Q  292 atcttccaagcttgaatgatatgctctcagatgaagaagataccat 337  Q
    ||||||||||||  |||||| |  | |||||||||||| |||||||    
T  34489041 atcttccaagctccaatgattttgtttcagatgaagaaaataccat 34488996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 96 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 27624586 - 27624432
Alignment:
Q  96 tttgattcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacggagtctcacatgttc 195  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| ||| |||||| || |||| |||| |||| ||||| | || || |||| | |||||| |||||     
T  27624586 tttgattcatatctaactcaattcattatgttgataaaacaatgtatactctctaaatagcggatatggaatcttcagaaaaacagtgtctcaaatgttg 27624487  T
Q  196 attgggaattgcatgacaagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacatgaacca 251  Q
    |||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  27624486 attgggtattacatg-caagaaatatgcttcctgggaaaacaacaaacaagaacca 27624432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 27626333 - 27626178
Alignment:
Q  22 caaaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattcttatataacccaattcat 121  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| || ||| |  ||| |||||| ||||||||| ||||  |||||||    
T  27626333 caaaaggtatatgttgcttatcttgtgatttatgt--tttaattgtaaaatagctcagcttccgggtaggagtattggattcttatgtaacttaattcat 27626236  T
Q  122 tatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaac 179  Q
    | |  | |||||| ||||| | |||||||||||| | | ||||||||| |||| ||||    
T  27626235 tttcttaatataatgatgtgtactttctacatagcgcaattggaacccgcggaaaaac 27626178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 236 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 34469414 - 34469305
Alignment:
Q  236 caacaaacatgaaccagtgcctgattcaatttcgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaagcttgaatgatatgctctcagatgaagaagatacc 335  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||  ||| | | ||||||| |||||||| || ||||||  |||||| |  | |||||||||||| |||||    
T  34469414 caacaaacatgaaccaatctctgattcaatttttccaccatttagggacgatgtgtatttttcaagctccaatgattttgtttcagatgaagaaaatacc 34469315  T
Q  336 atcagcaatg 345  Q
    | ||||||||    
T  34469314 accagcaatg 34469305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 112
Target Start/End: Original strand, 34375769 - 34375837
Alignment:
Q  44 ttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattcttatataac 112  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||||||| | | | |||||||||||||| ||||    
T  34375769 ttgtgatttatgttctttgattgtaaaatagctcagtttctgcgtcggaatatttgattcttatctaac 34375837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 34474077 - 34473965
Alignment:
Q  104 ttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacggagtctcacatgttcattgggaa 203  Q
    |||| |||| |||||| || || | ||||| |||||||| |||||||||| | | ||||| ||| | |||| |||||| |||||  ||||| |||||| |    
T  34474077 ttatgtaactcaattcgttgtgttaatatatcgatgtatactttctacatggcgcatttgaaactcgcggaaaaacggtgtctccgatgttgattgggca 34473978  T
Q  204 ttgcatgacaaga 216  Q
    |||||||||||||    
T  34473977 ttgcatgacaaga 34473965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 27628617 - 27628562
Alignment:
Q  96 tttgattcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctac 151  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  27628617 tttgattcatacctaactcaattcattatgttgatataacgatgtatactttctac 27628562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 212 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 34487013 - 34486923
Alignment:
Q  212 caagaaagatgcttcctgggaacccaacaaacatgaaccagtgcctgattcaatttcgccagcgtctagggacaatgtgtatcttccaagct 303  Q
    ||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||  | |||||||||||  |||| | | ||||||||||||||||  ||||||||    
T  34487013 caagaaagatgcttcttggggaaacaacaaacatgaacca-agtctgattcaattctgccaccatttagggacaatgtgtatgatccaagct 34486923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 34526750 - 34526708
Alignment:
Q  9 cttccaaatctcacaaaaggtatctgtaacttatcttgtgatt 51  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  34526750 cttcccaatctcacagaaggtatctgtaaattatcttgtgatt 34526708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 34469517 - 34469428
Alignment:
Q  92 agtatttgattcttatataacccaattcattatgctgatataacgatgtatgctttctacataggggatttggaaccctcggagaaacgg 181  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||  ||| ||||| |  |||||||||||  |||| ||||||    
T  34469517 agtatttgattcttttctaactcaattcaatatgatgatataacgatgaataatttatacattgcagatttggaacctgcggaaaaacgg 34469428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1215 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold1215
Description:

Target: scaffold1215; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 888 - 807
Alignment:
Q  24 aaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattctt 105  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||| |  ||| ||||| ||||||||    
T  888 aaaggtatctgttacttgtcttgtgatttatgtgcttaaattgtaacataggttagtttcagtgtaggagtatctgattctt 807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 10533703 - 10533622
Alignment:
Q  24 aaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttctgcatagaagtatttgattctt 105  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||| |  ||| ||||| ||||||||    
T  10533703 aaaggtatctgttacttgtcttgtgatttatgtgcttaaattgtaacataggttagtttcagtgtaggagtatctgattctt 10533622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 10526888 - 10526843
Alignment:
Q  24 aaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaa 69  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10526888 aaaggtatctgttacttgtcttgtgatttatgtgcttaaattgtaa 10526843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 83
Target Start/End: Original strand, 15741262 - 15741341
Alignment:
Q  4 tcaatcttccaaatctcacaaaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttc 83  Q
    |||| ||||| |||||| | |||||||| ||| || | ||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||    
T  15741262 tcaagcttcccaatctcgccaaaggtatttgttacctgtcttgtgatttatgtgcttaaattgtaacataggttagtttc 15741341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 1575114 - 1575035
Alignment:
Q  4 tcaatcttccaaatctcacaaaaggtatctgtaacttatcttgtgatttatgtgctttaattgtaaaattgcttagtttc 83  Q
    |||| ||||| |||||| | |||||||| ||| || | ||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||    
T  1575114 tcaagcttcccaatctcgccaaaggtatttgttacctgtcttgtgatttatgtgcttaaattgtaacataggttagtttc 1575035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University