View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18796_low_2 (Length: 754)

Name: NF18796_low_2
Description: NF18796
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18796_low_2
NF18796_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-739)||(40001323-40002053)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 739
Target Start/End: Original strand, 40001323 - 40002053
Alignment:
Q  10 aagaaaatggcaaagaaaatatggattgagtgaggctgagataatgtcagctaggtaagggaagttaaacaagtaatgaaggttaaattatgatgaatgg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40001323 aagaaaatggcaaagaaaatatggattgagtgaggctgagataatgtcagctaggtaagggaagttaaacaagtaatgaaggttaaattatgatgaatgg 40001422  T
Q  110 aagaagttttgatcttttaaagacaatgacttgatcatggagagaagatattggaagaccatcctctcctttctacccacttttaaaatctttcttattt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40001423 aagaagttttgatcttttaaagacaatgacttgatcatggagagaagatattggaagaccatcctctcctttctacccacttttaaaatctttcttattt 40001522  T
Q  210 ctacgaaatccatagctcctcatatcatatttacttaagacgcacaacttaacagggaaaataaagacttccttcacttttcaaggaatctgagctgcaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40001523 ctacgaaatccatagctcctcatatcatatttacttaagacgcacaacttaacagggaaaataaagactcccttcacttttcaaggaatctcagctgcaa 40001622  T
Q  310 aaaccaactatatttttaacgtgctctacacactaaacttgagttcttatttctttgcaacattcactttcttcttggttccaattacggttgttagtag 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40001623 aaaccaactatatttttaacgtgctctacacactaaacttgagttcttatttctttgcaacattcactttcttcttcgttccaattacggttgttagtag 40001722  T
Q  410 taataagcacaaacatatgtttaataaattggaagtataatatatattcgtattttataaccaaatgactaaagtaaaatttagtgatccaattattaca 509  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40001723 taataaggacaaacatatgtttaataaattggaagtataatatatattcgtattt--taaccaaatgactaaagtaaaatttagtgatccaattattaca 40001820  T
Q  510 tcatgttcatgcaattgtattgaggtttgatacagattgatcaaattaaatcttgcatatcagttcaagtgcagatgctcaaatctcaactgataaaata 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40001821 tcatgttcatgcaattgtattgaggtttgatacagattgatcaaattaaatcttgcatatcagttcaagtgcagatgctcaaatctcaactgataaaata 40001920  T
Q  610 attttagttttgaaacagaaaaatatattgaaactcgaacacaagcacaagtggtacccgggtaaagccaaaaattacaacgctcactatact---agca 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  40001921 attttagttttgaaacagaaaaatatattgaaactcgaacacaagcacaagtggtacccgggtaaagccaaaaattacaacgctcactatactagcagca 40002020  T
Q  707 gggagtgttcaatcaagattaacccaccatatt 739  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40002021 gggagtgttcaatcaagattaacccaccatatt 40002053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University