View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18802_low_6 (Length: 400)

Name: NF18802_low_6
Description: NF18802
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18802_low_6
NF18802_low_6
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (13-381)||(2797786-2798156)
chr3 (17-367)||(2790749-2791101)
chr3 (20-381)||(2769501-2769864)
chr3 (17-362)||(2807696-2808043)
chr3 (17-367)||(2837957-2838309)
chr3 (17-367)||(2818986-2819338)
chr3 (17-367)||(2855167-2855519)
chr3 (17-367)||(2759643-2759995)
chr3 (17-381)||(5413315-5413681)
chr3 (14-381)||(2749421-2749790)
chr3 (211-264)||(3356828-3356881)
chr3 (212-264)||(3310095-3310147)
chr3 (213-257)||(22648016-22648060)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (17-381)||(5495-5861)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 381
Target Start/End: Original strand, 2797786 - 2798156
Alignment:
Q  13 catcatcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797786 catcatcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacaacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgg 2797885  T
Q  113 gaactcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797886 gaactcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgtccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagc 2797985  T
Q  213 tacccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttggg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797986 tacccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaactgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttggg 2798085  T
Q  311 acgtaatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagccttcctttttacttga 381  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798086 acgcaatgcccatttaactagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagccttcctttttacttga 2798156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 367
Target Start/End: Original strand, 2790749 - 2791101
Alignment:
Q  17 atcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaac 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2790749 atcaccactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcttttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgacaccaaacaaagcatgggaac 2790848  T
Q  117 tcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2790849 tcttctgcaagaaagcattcagatttgagcttggtgggcattgtccaccagagcttaagttcatgtcaaaagaaattgttcgaaaatgcaagcagctacc 2790948  T
Q  217 cctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgt 314  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2790949 cctggcaattgtagccgtcagtggtctactttcaacaaaagctaaaaccgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaacctgaacctggagttgggacgt 2791048  T
Q  315 aatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagcct 367  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  2791049 aatgcccatttatctagtctaacaaagattttatctctgagttatgatagcct 2791101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 20 - 381
Target Start/End: Original strand, 2769501 - 2769864
Alignment:
Q  20 accacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaactct 119  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   || ||||||||||| | || |||||| ||||||||||||    
T  2769501 accacaagaatgatgcatgttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcttaacatgcaacttttgcctcctaacaaagcatgggaactct 2769600  T
Q  120 tctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacccct 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| || |||||||||||| | |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  2769601 tctgcaagaaagcattcagatttgaacttgatgggcaatgtccaccagagcttcagtccatgtctaaagaaattgttcgaaaatgcaagcagctacctct 2769700  T
Q  220 ggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgtaat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    |||   ||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  2769701 ggcaattgtagccattggtggtctattttcaacaaaatctaaaacaagaactgaatggcaaaaggtgagtcaaaagctaaacctggagttgggacgtaat 2769800  T
Q  318 gcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagccttcctttttacttga 381  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||  |||||||    
T  2769801 gcccatttatctagtctaacaaagattttgtctcttagttatgatggccttccttactacttga 2769864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Original strand, 2807696 - 2808043
Alignment:
Q  17 atcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaac 116  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  2807696 atcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaac 2807795  T
Q  117 tcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacc 216  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||  ||| |||||| || ||||| |||||| |  | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  2807796 tcttctgcaagaaagtatttagattcgatcttgatgggcactgtccaccggagcttgaggctatgtcaatagatattgttcgaaaatgcaagcagctacc 2807895  T
Q  217 cctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgt 314  Q
      ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||  ||||||  | |     ||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  2807896 tttggcaattgtagctattggcggtctactttcaacaaaatataaaacaataatggaatgggaaaaggtgagtcaaaatctgagcttggagttgggacgt 2807995  T
Q  315 aatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgat 362  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  2807996 aatgcccatttaacaagtctaacaaagattttatcactgagttacgat 2808043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 2838309 - 2837957
Alignment:
Q  17 atcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaac 116  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |  |||| ||||  || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  2838309 atcactactagaatgatgcatgttgcagaatttttcaagaaatcctttctaactcatattcataacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaac 2838210  T
Q  117 tcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacc 216  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||  |  |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  2838209 tcttctgtaagaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccaccagagcttaaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaaatgcaagcagctacc 2838110  T
Q  217 cctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgt 314  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  ||| |   ||| |||  |||||| ||||| |||  ||||| |||||||||    
T  2838109 tctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaacgtgagtgaaaatatgagactggaattgggacgt 2838010  T
Q  315 aatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagcct 367  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  2838009 aatgcccatttaactagtctaacaaagattttatctctcagttatgacagcct 2837957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 367
Target Start/End: Original strand, 2818986 - 2819338
Alignment:
Q  17 atcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaac 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  2818986 atcaccacaagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcatttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaac 2819085  T
Q  117 tcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacc 216  Q
    ||||||||||||||| ||| || | |||| ||||||| | ||| ||||| || ||| |     || ||| |||||| |||| ||||| ||||||  ||||    
T  2819086 tcttctgcaagaaagtatttaggtctgagcttggtggtcgttgtccaccggaacttgaggttgtggcaaaagaaattgttcaaaaattcaagcaattacc 2819185  T
Q  217 cctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgt 314  Q
      ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  |||     ||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  2819186 tttggcaatcgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaaccatgatcgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcctggagttggaacgt 2819285  T
Q  315 aatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagcct 367  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||||    
T  2819286 aatgcccatttaacgagtctaacaaagattttgtcgcttagttatgatggcct 2819338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 2855519 - 2855167
Alignment:
Q  17 atcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaac 116  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |  |||| ||||  || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  2855519 atcactactagaatgatgcatgttgcagaatttttcaagaaatcctttctaactcatattcataacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaac 2855420  T
Q  117 tcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacc 216  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||| |  |  |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  2855419 tcttctgtaagaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccaccagagcttgaggctgtgtcaaaagaaattgttctaaaatgcaagcagctacc 2855320  T
Q  217 cctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgt 314  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  ||| |   ||| |||  |||||| ||||| |||   |||| |||||||||    
T  2855319 tctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaacgtgagtgaaaatatgagattggaattgggacgt 2855220  T
Q  315 aatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagcct 367  Q
    |||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  2855219 aatgcccatttaaccaatctaacaaagattttatctctcagttatgacagcct 2855167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 367
Target Start/End: Original strand, 2759643 - 2759995
Alignment:
Q  17 atcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaac 116  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  2759643 atcaccactagaattatgcaagttgcagattttttcaagaaatcatttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaac 2759742  T
Q  117 tcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacc 216  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||  |||| |||| ||| ||||| |||||| |  |  || ||| |||||| || | ||| | |||||| |||||    
T  2759743 tcttctgcaagaaagtatttagatatgatcttggagggcgttgtccaccggagcttgaggctgtggcaaaagaaattgtgcaaaagttcaagcaactacc 2759842  T
Q  217 cctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgt 314  Q
     || |||||||| ||| ||| ||||||| |||| |||||| |||||||  ||| |   ||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||    
T  2759843 tcttgcaattgtggccgttgctggtctactttcaacaaaatctaaaaccatgattgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcctggagttggggtgt 2759942  T
Q  315 aatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagcct 367  Q
    ||| |||||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||||    
T  2759943 aatacccatttaacgagtctaacaaagattttgtcgcttagttatgatggcct 2759995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 381
Target Start/End: Original strand, 5413315 - 5413681
Alignment:
Q  17 atcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaac 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||  |||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  5413315 atcaccactagaatgatgcaagttgcggattttttcaaaaaatcctttctagtatatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaac 5413414  T
Q  117 tcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacc 216  Q
    | | ||||||||| |  ||  |||||||  |||||||| |||| ||| | |||||| |     | || | |||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  5413415 tttactgcaagaaggtgtttggatttgaacttggtgggaattgtccatcggagcttcaggatgtatcgaaagaaattgttcgaaaatgcaagcagcttcc 5413514  T
Q  217 cctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgt 314  Q
     || | |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  | | |   ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  5413515 tctagaaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaattattgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcctggaattaggacgt 5413614  T
Q  315 aatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagccttcctttttacttga 381  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||||||| | || |||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  5413615 aatgcccatttaacgagtctaacaaagattctgtcacttagttacgatggccttccttactacttga 5413681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 381
Target Start/End: Original strand, 2749421 - 2749790
Alignment:
Q  14 atcatcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatggg 113  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |  |||| ||||| || ||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  2749421 atcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatggg 2749520  T
Q  114 aactcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagct 213  Q
    |||| |||||||||| || ||| |||| |||| ||||||| ||||| ||| |||| ||| |  |  |||||| |||||| |||| ||| |||| ||||||    
T  2749521 aacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggcagct 2749620  T
Q  214 acccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttggga 311  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| |||||||  ||| |   ||| ||| ||||||| |||||||||  ||||| || |||    
T  2749621 acctctagcaattgtagctattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaattagga 2749720  T
Q  312 cgtaatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagccttcctttttacttga 381  Q
    ||||||||||||||| |  ||||   ||||||| |||| |||||||| ||| | ||||||| ||||||||    
T  2749721 cgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatgatggacttccttattacttga 2749790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 211 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 3356881 - 3356828
Alignment:
Q  211 gctacccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac 264  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  3356881 gctaccactggctattgtggccattggtggtcttttgtcgacaaaagctaaaac 3356828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 212 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 3310147 - 3310095
Alignment:
Q  212 ctacccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac 264  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||    
T  3310147 ctaccactggcaattgtggccattggaggtcttttgtcaacaaaagctaaaac 3310095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 213 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22648060 - 22648016
Alignment:
Q  213 tacccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaag 257  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  22648060 taccgctggcaattgttgccattggtggtctattgtctacaaaag 22648016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5861 - 5495
Alignment:
Q  17 atcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacgacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaac 116  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |  ||||||| ||| | |||||||||  ||||||||    
T  5861 atcaccacaagaatgatgcttgttgccgaatttttcaagaaatcctttatagttcatgttcacaaactgcaactcttgcctccaaacaaagtatgggaac 5762  T
Q  117 tcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgaccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacc 216  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||   |||||||||||| ||||  |||||| |  |  | |||| |||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  5761 tcttctgcaaaaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccacttgagcttgaggctgtatcaaaagaaattgttaaaaaatgcaagcagctacc 5662  T
Q  217 cctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaac--tgactccttggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgt 314  Q
     || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  ||  |   ||| ||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||    
T  5661 tcttgcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatggttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcctagagttggaacgt 5562  T
Q  315 aatgcccatttatctagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagccttcctttttacttga 381  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||  |||||||    
T  5561 aatgcccatttaacgagtctaacaaagattttgtcacttagttatgatggcctgccttactacttga 5495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University