View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18804_high_2 (Length: 781)

Name: NF18804_high_2
Description: NF18804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18804_high_2
NF18804_high_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (7-770)||(9042523-9043280)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 770
Target Start/End: Original strand, 9042523 - 9043280
Alignment:
Q  7 aaaatgaactgacaaaccaaacaaacagagattcaaagaaacagtttttgcatctaatggaataaactttaacttaaaattgaaccaaaaacacaagggg 106  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||     
T  9042523 aaaatgaactgaataaccaaaaaaacaaagtttcaaagaagcagtttttgcatctaaaggtataaactttgaactaaaattgaaccaaaaacaaaagggt 9042622  T
Q  107 tagaacagaacatacctggagagaggaatcaatatctaaacagaacaagtttctttgatgtttgtaacagagacacttttacaaacaaaaagcatgcatt 206  Q
    |||||||||||||||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9042623 tagaacagaacatacctggaaagtgaaatcaatatcaaaacagaacaagtttctttgatgtttgtaacagagacacttttacaaacaaaaagcatgcatt 9042722  T
Q  207 ttttgaaaaggggtttaaagggtggttgaaaattggtcccnnnnnnnnnnnngagcaagatcagtgttcaaagggaatcaatgctacagaacagatgctc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9042723 ttttgaaaaggggtttaaagggtggttgaaaattggtcccaaaaagaaaaaagagcaagatcagtgttcaaagggaatcaatgctacagaacagatgctc 9042822  T
Q  307 cacaaacacaggatcatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnntcataagctaattatgcatgtcacttctcctctatagactctatagacactattgagggta 406  Q
    ||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  9042823 cacaaacacaggatcatagtttgagagagagagagag--tcataagctaattatgcatgtcatttctcctctatagactctatagacactatagatggta 9042920  T
Q  407 tctatgtccggtgtctgacatgtatcgatattagacactaaaacatgtgattgcatatatgtgtcaccgacacaaatgattatttttggttttaaatttt 506  Q
    | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9042921 tgtgtgcccggtgtctgacatgtatcgatattagacactaaaacatgtgattacatatatgtgtcagtgacacaaatgattatttttgtttttaaatttt 9043020  T
Q  507 tatcgtatcaatgtgtctttgtcagtatcttgtccgatatcggtgtgtactagtgtgcatataatttcttccaattctatcatcatcgctatgcatgaca 606  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9043021 tatcgtatcaatgtgtctttgtcaatattgtgtccgatgtcggtgtgtacta--gtgcatataatttcttccaattctatcatcatcactatgcatgaca 9043118  T
Q  607 tttctcttctatagacaccgttgataaatgtgtccggtgtctaacaagtgttgatatcagacattgacatatgtgtttacgtatgtattttagtgacaca 706  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9043119 tttcacttctatagacactattgataaatgtgtccggtgtctgatacgtgttgatatcaggcattgacgcatgtgtttacgtatatattttagtgacaca 9043218  T
Q  707 aatgactannnnnnnncaaatttgtttctgtattgacgcgtctgtatcaatgtcgtatttgatg 770  Q
    |||||||         ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9043219 aatgact--tttttttcaaatttgtttctgtatcgacgcgtctgtatcaatgtcgtatctgatg 9043280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University