View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18804_low_1 (Length: 869)

Name: NF18804_low_1
Description: NF18804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18804_low_1
NF18804_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (22-854)||(43408095-43408929)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 774; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 774; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 854
Target Start/End: Original strand, 43408095 - 43408929
Alignment:
Q  22 aatggaatgcactgctccagcagcaaatcatgatgatcagcaggaaagtggttttgttgttgggaagagatggtggattgggcctagggcaaatccaggt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408095 aatggaatgcactgctccagcagcaaatcatgatgatcagcaggaaagtggttttgttgttgggaagagatggtggattgggcctagggcaaatccaggt 43408194  T
Q  122 ccaacaacatctgtcaaagaaagattagtggttgctgttggttacttaaaagagtacacaaagaactcatccaacaacgtccttattcagatatgggtac 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408195 ccaacaacatctgtcaaagaaagattagtggttgctgttggttacttaaaagagtacacaaagaactcatccaacaacgtccttattcagatatgggtac 43408294  T
Q  222 ctatgaggaggagatcagccctaattcacactcaaaaccactaccttcagcaggagtcatcatctgcacctgtttctgtgaatccaaacatgaacgttca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408295 ctatgaggaggagatcagccctaattcacactcaaaaccactaccttcagcaggagtcatcatctgcacctgtttctgtgaatccaaacatgaacgttca 43408394  T
Q  322 tgttcgtttctttagaagccacgactatccgcgtcatcagcagcaacagcaatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggaca 421  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408395 tgttcgtttctttagaagccatgactatccgcgtcatcagcagcaacagcaatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggaca 43408494  T
Q  422 tgccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctcatcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtatatatgtttg 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||    
T  43408495 tgccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctcatcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgagg----tatgtttg 43408590  T
Q  522 ttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacatacatgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtag 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408591 ttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacatacatgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtag 43408690  T
Q  622 tcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggta---agcaaaca---atcatcagatcatagtactggatttgattaaatcaacaaaaactaaataaaa 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  43408691 tcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggtaattagcaaacaatcatcatcagatcatagtactggatttgattagatcaacaaaaactatataaaa 43408790  T
Q  716 ttgtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttgaagagctatatgaagcagccgtgaacgagataatggaagtgttggcttcagtgtgcaa 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43408791 ttgtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttgaagagctatatgaagcagcggtgaacgagataatggaagtgttggcgtcagtgtgcaa 43408890  T
Q  816 gacgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttg 854  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408891 gacgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttg 43408929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University