View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18808_low_6 (Length: 398)
Name: NF18808_low_6
Description: NF18808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18808_low_6 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 11119817 - 11119442
Alignment:
| Q |
13 |
atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatg |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
11119817 |
atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacctcaagccattcagtaatgatactgatg |
11119718 |
T |
|
| Q |
113 |
caactacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgctgatgt |
212 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |
|
|
| T |
11119717 |
caactgcaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatggtataaatgttgctgattt |
11119618 |
T |
|
| Q |
213 |
tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggt |
312 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11119617 |
tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaacgatgatggagatgttagtagtgatgatggt |
11119518 |
T |
|
| Q |
313 |
gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatg |
388 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11119517 |
gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatg |
11119442 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 12206311 - 12205970
Alignment:
| Q |
16 |
gatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatgcaa |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12206311 |
gatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacgtcaagccaatcaggaatgatactgatgcaa |
12206212 |
T |
|
| Q |
116 |
ctacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgctgatgttat |
215 |
Q |
| |
|
| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12206211 |
ccttaatgtctgattatgctcgtgataagaactgtgatgttgaa------------cctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgctgatgttat |
12206124 |
T |
|
| Q |
216 |
cggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggtgat |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12206123 |
cggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggattaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacagtgatgatgaagatgttagtagtgatgatggtgat |
12206024 |
T |
|
| Q |
316 |
tcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggtt |
369 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12206023 |
tcaattaaaggcgcacactttaatgatagtgaagaagagaggatggctggggtt |
12205970 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 13 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 32741521 - 32741144
Alignment:
| Q |
13 |
atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32741521 |
atggatgatacttttgatgaatagttagtaaagctatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacctcaagccattcaggaatgatactgatg |
32741422 |
T |
|
| Q |
113 |
caactacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgctgatgt |
212 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
32741421 |
caactgcaatgtctgattatgctcgtgataacaagtgcgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataattgttgctgatgt |
32741322 |
T |
|
| Q |
213 |
tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggt |
312 |
Q |
| |
|
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32741321 |
tattggggaacaaaagggaaagggtgtagtggcggatgaaattgaaggcgatgttggtgaagtagacatcgatggtggagatgttagtagtgatgatggt |
32741222 |
T |
|
| Q |
313 |
gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatgtc |
390 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
32741221 |
gatttaattaaaggcacacgctttgatgatagtgaagaagagaagatggctgcggttgatgatgggtttgataatgtc |
32741144 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University