View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18809_low_1 (Length: 1059)

Name: NF18809_low_1
Description: NF18809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18809_low_1
NF18809_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-1043)||(8080948-8081975)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 992; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 992; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1043
Target Start/End: Original strand, 8080948 - 8081975
Alignment:
Q  16 cactcgaataacttggcatgggctagagctttcaaacacaaccgttggggctcaccttaatttaaatagaaaaaacaaatctcaacatacctcggggggt 115  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8080948 cacttgaataacttggcatgggctagagctttcaaacacaaccgttggggctcaccttaatttaaatagaaaaaacaaatgtcaacatacctcggggggt 8081047  T
Q  116 ctgtaggcaggggttgtgtactttctgatattatcttcctcaattcccatttcttctggcttctcaaaacgtttgtgatttgtggaaatgcttccaaaat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081048 ctgtaggcaggggttgtgtactttctgatattatcttcctcaattcccatttcttctggcttctcaaaacgtttgtgatttgtggaaatgcttccaaaat 8081147  T
Q  216 cacacaatttccataaaccatctgaacccaacagaagattttctgctttcaagtctctgagaaacaaaaagaaaagtgatttactaataattctaaaagc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081148 cacacaatttccataaaccatctgaacccaacagaagattttctgctttcaagtctctgagaaacaaaaagaaaagtgatttactaataattctaaaagc 8081247  T
Q  316 accttacaaactcgtgctagatttatcaaacttctgaacaatgtcacgcaaaaataaagtaaaatcaggcatatcaaacagtacaattcaaataaacata 415  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081248 acctgacaaactcgtgctagatttatcaaacttctgaacaatgtcacgcaaaaataaagtaaaatcaggcatatcaaacagtacaattcaaataaacata 8081347  T
Q  416 tttaaagaagaatcactagtattgttaccggtgagcaataggcggggactggcagtgcatggcgaagactgcattacacacgtccctgaagattaaaaga 515  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081348 ttgaaagaagaatcactagtattgttaccggtgagcaataggcggggactggcagtgcatggcaaagactgcattacacacgtccctgaagattaaaaga 8081447  T
Q  516 acctgcctctcttcaaaataaccaacacctcggctctccagcacactaaccagagacttctcacaaaattccattacaaggaatgcctcttttgtcctac 615  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081448 acctgcctctcttcaaaataaccagcaccacggctctccagcacactaaccagagacttctcacaaaattccattacaaggaatgcctcttttgtcctac 8081547  T
Q  616 ccatatcatagatggcattggcatgaagggtgacaacattgggatgtccaatcaacaacttcatcacagctatctctttcttcactaatccaagtgattc 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081548 ccatatcatagatggcattggcatgaagggtgacaacattgggatgtccaatcaacaacttcatcacagatatctctttcttcactaatccaagtgattc 8081647  T
Q  716 ttcatcgttgcatattatgtgcttcaaagcatactgttttgacatatgtacagcatcacgagccaagtaaacacatgagaaccctccttcagcaatgagc 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081648 ttcatcgttgcatattatgtgcttcaaagcatactgttttgacatatgtacagcatcacgagccaagtaaacacatgagaaccctccttcagcaatgagc 8081747  T
Q  816 ttgtggacatgtagtttgagattcccaacgtctatagaacggccttcaagaccattttgctctttatgcgcgaatggcttaaatttccacatctttgaaa 915  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081748 ttgtggacatgtagtttgagattaccaacgtctatagaacggccttcaagaccattttgctctttatgcgcgaatggcttaaatttccacatctttgaaa 8081847  T
Q  916 aaatagactatgtttctgcatacataaatttaaattcaaatataaggcataacctcctcataaaaaattgcagattctctaactaacgaatagcatttct 1015  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081848 aaatagactatgtttctgcatacataaatttaaattcaaatataaggcataacctcctcataaaaaattgcagattctctaactaacgaatagcatttct 8081947  T
Q  1016 ttggcgcacatgacatcaaatcattttt 1043  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8081948 ttggcgcacatgacatcaaatcattttt 8081975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University