View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18809_low_4 (Length: 767)

Name: NF18809_low_4
Description: NF18809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18809_low_4
NF18809_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-749)||(24778733-24779464)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 24779464 - 24778733
Alignment:
Q  19 atggcgaagatgttgaagtgtgctggtaatgatgatatcattaccattaaggctgatgatgggagtgatactgttaccttcatgtttgaaagccctagta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24779464 atggcgaagatgttgaagtgtgctggtaatgatgatatcattactattaaggctgatgatgggagtgatactgttaccttcatgtttgaaagccctagta 24779365  T
Q  119 agtttcgttttctttaccaattctgtagttttagtgttaattagggttttaattgggttaattagggttttgggttcattgttgtatgattatttcgtgc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24779364 agtttcgttttctttaccaattctgtagttttagtgttaattagggttttaattgggttaattagggttttgggttcattgttgtatgattatttcgtgc 24779265  T
Q  219 taattgggttttgggttttaattgggttaatttgaaatcttagggttttgtgttaattgattgaatactaatttcgtgctgttttgggtttagggcttgg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24779264 taattgggttttgggttttaattgggttaatttgaaatcttagggtttagtgttaattgattgaatactaatttcgtgctgttttgggtttagggcttgg 24779165  T
Q  319 tgttcaatgttaattctttgtgggattgagttaattgattgaatctttagtttctgtttgattttagtttgaaacctatataagggtctttttaatgggt 418  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24779164 tattcaatgttaattctttgtgggattgagttaattgattgaatctttagtttctgtttgattttagtttgaaacctatataagggtctttttaatgggt 24779065  T
Q  419 ttagtgttgaaatatcacgtctg--atttattttcttgatattggagtagtttttcttatttctcatttgtaaaaatgttcttgtaactgttctttaaga 516  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24779064 ttagtgttgaaatatcacgtctgatatttattttcttgatattggagtagtttttcttatttctcatttgtaaaaatgttcttgtaactgttctttaaga 24778965  T
Q  517 ttttagaagcttgtatgctgagcagggannnnnnnngctaaagaatgggtttttgttgcatgcttaactgatatatgatttgaattttagggattaatgt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24778964 ttttagaagcttgtatgctgagcagggattttttttgctaaagaatgggtttttgttgcatgcttaactgatatatgatttgaattttagggattaatgt 24778865  T
Q  617 ttaattctttaatatttgtatgtgccctgttttgagatattataatcttgcatgtggattatggaacatatgttcttttttatgaacgttttca-nnnnn 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          
T  24778864 ttaattctttaatatttgtatgtgccctg--ttgagatattataatcttgcatgtggattatggaacatatgttcttttttatgatcgttttcatttttt 24778767  T
Q  716 nngcatgcttaactggtctagagcttggtgctta 749  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24778766 ttgcatgcttaactggtctagagcttggtgctta 24778733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University