View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1880_low_1 (Length: 777)

Name: NF1880_low_1
Description: NF1880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1880_low_1
NF1880_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-756)||(7653934-7654682)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 619; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 756
Target Start/End: Original strand, 7653934 - 7654682
Alignment:
Q  9 caataatatctcgaataggattacttcttgtgcaagaaacatattagaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcttgtgcaagaaacccacttgaagga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7653934 caataatatctcgaataggattacttcttgtgcaagaaacatattagaaaccaaaaagtaaaaaagaaaaccatcttgtgcaagaaacccacttgaagga 7654033  T
Q  109 tactattgatacattgatgattaatatgaaagtatatgtggctagcaatcatgatttacttttctaacactcgtatacaaaatgtctccttactcatgtc 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654034 tattattgatacattgatgattaatatgaaagtatatgtgattagcaatcatgatttacttttctaacactcgtatacaaaatgtctccttactcatgtc 7654133  T
Q  209 acaacacaatttataatatatatcacactcattccattgcatcgccactatattattttgaaactaaaatgcattaaaaataaacttggtcagttctgtt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654134 acaacacaatttataatatatatcacactcattccattgcatcgccactatattattttgaaactaaaatgcattaaaaataaacttggtcagttctgtt 7654233  T
Q  309 tgtcctcaaatgttaaggctacccgttactttcggtgaaaatattacactatcataatcaaccaatggtttttactatgatctccaatttcacctacagc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7654234 tgtcctcaaatgttaaggctacccgttactttcggtgaaaatattacactatcataatcaaccaatggtttttactgtgatctccaatttcacctacagc 7654333  T
Q  409 tacatcaattcacagccacatacatgtcaaaactatgaccaagtagctcactcacttcactagctgcatgca----tggcacatataattgaaacctata 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||||||||||    
T  7654334 tacatcaattcacagccacatacatgtcaaaactatgaccaagtagctcactcacttcactagctgcatgcatagcttgcacatataattgaaacctata 7654433  T
Q  505 cagtctcacacagtgaccgtttccttggccgtttattttggtatttaaacactaaacaaagctcttatagtttccccttaatttcaaccaaattatacag 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||       
T  7654434 cagtctcacacagtgaccgtttccttggccgtttattttggtatttaaacactaaacaaagctcttatagtgtccccttaatttcaaccaaattata--- 7654530  T
Q  605 aaaagaaatataatcaagaaacacataaataagaatctgatcttctcttttgatctgtttctataggttctgattcttgagataattaataataataatg 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  7654531 aaaagaaatataatcaagaaacacataaataagaatctgatcttctctttttatctgtttctataagtttcgattcttgaactaattaataataataatg 7654630  T
Q  705 gcaatccatagaattgcaattggatctcctggagaggctggtcaacctgatg 756  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654631 gcaatccatagaattgcaattggatctcctggagaggctggtcaacctgatg 7654682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University