View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18811_low_1 (Length: 810)

Name: NF18811_low_1
Description: NF18811
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18811_low_1
NF18811_low_1
[»] chr1 (33 HSPs)
chr1 (15-658)||(10978931-10979574)
chr1 (10-792)||(10903031-10903810)
chr1 (27-792)||(10914208-10914973)
chr1 (57-789)||(11028336-11029070)
chr1 (15-792)||(11010507-11011274)
chr1 (135-792)||(11004748-11005405)
chr1 (160-789)||(11007480-11008109)
chr1 (160-789)||(11032933-11033562)
chr1 (304-790)||(10974142-10974628)
chr1 (29-308)||(10932590-10932870)
chr1 (115-410)||(10993814-10994109)
chr1 (386-549)||(10901567-10901730)
chr1 (662-792)||(10983768-10983898)
chr1 (135-312)||(10901380-10901557)
chr1 (344-668)||(8964448-8964772)
chr1 (414-642)||(9319908-9320136)
chr1 (344-701)||(8999599-8999956)
chr1 (344-659)||(9399568-9399883)
chr1 (414-642)||(9350225-9350453)
chr1 (344-659)||(9432696-9433011)
chr1 (344-659)||(9453683-9453998)
chr1 (396-642)||(9488538-9488784)
chr1 (414-705)||(9318103-9318394)
chr1 (344-642)||(8873944-8874242)
chr1 (404-659)||(9384221-9384476)
chr1 (416-534)||(9082523-9082641)
chr1 (418-534)||(9096793-9096909)
chr1 (572-659)||(9233918-9234005)
chr1 (575-642)||(9464285-9464352)
chr1 (343-642)||(9486065-9486364)
chr1 (572-642)||(49725157-49725227)
chr1 (572-705)||(9254841-9254974)
chr1 (570-647)||(49688032-49688109)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (414-705)||(15927009-15927300)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (414-537)||(9159598-9159721)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (572-612)||(40225245-40225285)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 524; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 524; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 658
Target Start/End: Original strand, 10978931 - 10979574
Alignment:
Q  15 aatatgatatgcaattcagccaagaaccaaaaagagatcaggttggtcccttggaatcactaactgatgtaccatacgaactccatgagttgatattatc 114  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     
T  10978931 aatatgatatgtaattcaaccaagaaccaaaaagagatcaggttggtcccttggaatcactaactgatgtaccatacgaactccatgagtttctattata 10979030  T
Q  115 atcatctgcaacatcctctactggtggatcttgtagacagaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaact 214  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10979031 atcatctccaacatcctctactggtggatcttgtaaacaaaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaacact 10979130  T
Q  215 ttatccattgaaggacgatcgttgggttttgtctgaatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatttc 314  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  10979131 ttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaattttatttcctgatctgtgtcatttt 10979230  T
Q  315 caatcgttacttcccttccatcatgtatctgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttct 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  10979231 caatcgttacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagccattgcattcaagttcctccttct 10979330  T
Q  415 acttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatcca 514  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10979331 acttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatcca 10979430  T
Q  515 atggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaa 614  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10979431 atggtccctcttgctgcagttaatgacacaaagcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaa 10979530  T
Q  615 gaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcata 658  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10979531 gaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcata 10979574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 792
Target Start/End: Original strand, 10903031 - 10903810
Alignment:
Q  10 cgaagaatatgatatgcaattcagccaagaaccaaaaagagatcaggttggtcccttggaatcactaactgatgtaccatacgaactccatgagttgata 109  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||    
T  10903031 cgaacaatatgatatgtaattcagccaagaaccaaaaagagattaggttggtcccttgggatcactaattgatgtaccataggaagtccatgagttgcta 10903130  T
Q  110 ttatcatcatctgcaacatcctctactggtggatcttgtagacagaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctcca 209  Q
    |||| ||||||| |||| ||  ||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10903131 ttattatcatctccaacgtctgctgttggtggatcttgtggacaaaagtaaggcttattaggaatttgtaagtccccatcttctttttcaagcatctcca 10903230  T
Q  210 aaactttatccattgaaggacgatcgttgggttttgtctgaatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10903231 aaactttatccattgaaggacgatcctcgggttttgtttgtatacaccacaaagccacggtcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtc 10903330  T
Q  310 atttccaatcgttacttcccttccatcatgtatctgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttc 409  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  10903331 attttcaatagttacttcccttccatcatgtaatcgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgttcggccaatgcattcaagttcttc 10903430  T
Q  410 cttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||   ||    
T  10903431 cttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatatcattccaacatttctgtagaaaagttcaggggc---at 10903527  T
Q  510 atccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10903528 atccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggagaaagtctggcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaactttc 10903627  T
Q  610 atcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaatg 709  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  10903628 atcaagaagaatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcacattgcatccgttatgcaagtacgcaatgcctcgagccacttcaacagaaatg 10903727  T
Q  710 gcatgcaatttttcacaactcaaaaaactactctcttcaatatgagaaaatatgtatttttccaatgacccatttggcatgaa 792  Q
    |||| ||| ||||||||||||||  ||  ||  || |   |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  10903728 gcatacaacttttcacaactcaaggaaaaacaatccttggtatgagaaaatatgtatttttcaagtgacccatttggcatgaa 10903810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 792
Target Start/End: Original strand, 10914208 - 10914973
Alignment:
Q  27 aattcagccaagaaccaaaaagagatcaggttggtcccttggaatcactaactgatgtaccatacgaactccatgagttgatattatcatcatctgcaac 126  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||  || ||||||| ||||    
T  10914208 aattcaaccaagaaccagaaagagatcaggttggtcccttgggataactaactgatgtaccataagaagtccatgaattgctacaattatcatctccaac 10914307  T
Q  127 atcctctactggtggatcttgtagacagaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaa 226  Q
    |||  ||  ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10914308 atctgctgttggtggatcttgtggacaaaaataaggcttattaggaatttgcaagtctccatcttcttcttcaagcatctccaaaactttttccattgaa 10914407  T
Q  227 ggacgatcgttgggttttgtctgaatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatttccaatcgttactt 326  Q
    |||||||| |  |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  10914408 ggacgatcctctggttttgtttgtatacaccacaaagctacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcattttcaatagttactt 10914507  T
Q  327 cccttccatcatgtatctgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctc 426  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  10914508 cccttccatcatgtaatcgatcataaatccaaaaagggaaataaatttcactagattgatcagccaatgcattcaaattcttccttctgcttgccatctc 10914607  T
Q  427 cattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctctt 526  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10914608 cattaacaacatcccaaagctatatacatcagctttgtgagatattgtgccgacatttctatagaataattcaggggccatatatccgatggttcctctt 10914707  T
Q  527 gctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttat 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10914708 gctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggagaaagcctggctagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttat 10914807  T
Q  627 gaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaatggcatgcaatttttcaca 726  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||| ||    
T  10914808 gaggctttatatcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaattgaatacaattgttcgca 10914907  T
Q  727 actcaaaaaactactctcttcaatatgagaaaatatgtatttttccaatgacccatttggcatgaa 792  Q
    ||| ||  ||  | ||||||   |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  10914908 acttaaggaataattctcttttgtatgagaaaatatgtatttttcgagtgatccatttggcatgaa 10914973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 57 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 11029070 - 11028336
Alignment:
Q  57 ttggtcccttggaatcactaactgatgtaccatacgaactccatgagttgatattatcatcatctgcaacatcctctactggtggatcttgtagacagaa 156  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| |||  || |||||||||||||| ||||||||||  |||| ||    
T  11029070 ttggtcacttgggatcgctaactgatgtaccataggaagtccatgagttgctactattatcgactccaacatcctctactagtggatcttgcggacaaaa 11028971  T
Q  157 gtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatcgttgggttttgtctgaatacac 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| || ||||||    
T  11028970 gtaaggcttattaggaatttgcaagtctccatcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatcctctggttttgtttgtatacac 11028871  T
Q  257 cacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatttccaatcgtta--cttcccttccatcatgtatctgatcataaat 354  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||  ||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  11028870 cacaaagccgcagtcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcattttcaatagatatacttcccttccatcatgtaatcgatcataaat 11028771  T
Q  355 ccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagaca 454  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11028770 ccagaaagggaaataaatttggctagattgttcagccaatgcattctaattcttccttctattcgcaatctccattaacaacatcccaaagctatagaca 11028671  T
Q  455 tcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttat 554  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  11028670 tcagctttgtaagatattgtgccaacatttctatagaatagttcaggggccatgtatccaatggttcttcttgctgcagttaatgacacaatgctattac 11028571  T
Q  555 ctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaatttt 654  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11028570 ctgtaggacaaagtctagctagtccgaaatcagaaacttttggattaaaattctcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaatttt 11028471  T
Q  655 catattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaaaaactactctcttcaatatga 754  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| || |||||||||||||||||    
T  11028470 catattacatccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatga 11028371  T
Q  755 gaaaatatgtatttttccaatgacccatttggcat 789  Q
    |||||||| |||||||| | | | |||||||||||    
T  11028370 gaaaatatatatttttcgagtaatccatttggcat 11028336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 792
Target Start/End: Original strand, 11010507 - 11011274
Alignment:
Q  15 aatatgatatgcaattcagccaagaaccaaaaagagatcaggttggtcccttggaatcactaactgatgtaccatacgaactccatgagttgatattatc 114  Q
    ||||||||||| ||||||  | |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || | |     
T  11010507 aatatgatatgtaattcaaacgagaaccaaaa-gagatcagtttggtcccttggaaccactaactgatgtaccatcggaagtccatgagttgctactgta 11010605  T
Q  115 atcatctgcaacatcctctactggtggatcttgtagacagaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaact 214  Q
    |         |||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11010606 a---------acatccgctattggtgaatcttgtggacaaaagtaaggcttattaggaatctgcaagtctccatcttcttcttcaagcatctccaaaact 11010696  T
Q  215 ttatccattgaaggacgatcgttgggttttgtctgaatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatttc 314  Q
    |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||      
T  11010697 ttatccattgaaggacgatcatcaggttttgtctgtatacaccataacgccacaatcatcattttctttgctagcttcatttcctgatctgtgtcgttct 11010796  T
Q  315 caatcgttacttcccttccatcatgtatctgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttct 414  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11010797 caattgttacttcacttccatcatgaaatttatcataaatccaaaaaggaaaataaatttggctggattgctcagccaatgcattcaagttcttccttct 11010896  T
Q  415 acttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatcca 514  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11010897 acttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatcca 11010996  T
Q  515 atggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaa 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11010997 atggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagctagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaa 11011096  T
Q  615 gaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaatggcatg 714  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||     
T  11011097 gaagaatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatattgcatccatgatgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaattgaata 11011196  T
Q  715 caatttttcacaactcaaaaaactactctcttcaatatgagaaaatatgtatttttccaatgacccatttggcatgaa 792  Q
    ||||| ||| ||||| ||  ||  | ||||||   |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  11011197 caattgttcgcaacttaaggaataattctcttttgtatgagaaaatatgtatttttcaagtgatccatttggcatgaa 11011274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 135 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 11005405 - 11004748
Alignment:
Q  135 ctggtggatcttgtagacagaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatc 234  Q
    ||||| |||||||| || | | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  11005405 ctggtagatcttgtggataaaggtaaggcttattaggcatttgcaaatccccatcttcttcttcaagcatctcaatcactttatccattgaaggacgatc 11005306  T
Q  235 gttgggttttgtctgaatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatttccaatcgttacttcccttcca 334  Q
        ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||| |||||||| ||||||    
T  11005305 acctggttttgtctgtatacaccataaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcttcatctgtgtcattctcaattgttacttcacttcca 11005206  T
Q  335 tcatgtatctgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaaca 434  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11005205 tcatgtaactgaccataaatccaaaaagggaaataaatttggcaagattgctcagccaatggattcaagttcttccttctacttgccatctccatcaaca 11005106  T
Q  435 acatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagt 534  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11005105 acatcccaaagctatagacatcagctttgtgagatattgtgccgacatttctgtagaatagttcaggggccatgtatccaatggttcctcttgctgcagt 11005006  T
Q  535 taatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggcttt 634  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| |||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11005005 taaggacacaatgcttttgtctgtaggagaaaccctagctaatccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggcttt 11004906  T
Q  635 atgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaaa 734  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||     
T  11004905 atatcaaagtgtagaattttcatattgcatccattatgcaagtatgcaatacctcgagctacaccaagagaaatggcatacaattttttacaactcaaag 11004806  T
Q  735 aactactctcttcaatatgagaaaatatgtatttttccaatgacccatttggcatgaa 792  Q
    |  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  11004805 agttactctcttcaataagagaaaatatgtatttttccagtgatccatttggcatgaa 11004748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 160 - 789
Target Start/End: Original strand, 11007480 - 11008109
Alignment:
Q  160 aggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatcgttgggttttgtctgaatacaccac 259  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  | ||||| |  ||||||||||||    
T  11007480 aggctgattaggcatttgcaaatcttcatcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattggaggacgatcactaggtttcgcttgaatacaccac 11007579  T
Q  260 aaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatttccaatcgttacttcccttccatcatgtatctgatcataaatccaaa 359  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||  ||||  |||| |||| ||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  11007580 aaagccactatcatcattttctttgccaatttcatctcatgatttgtagcattctcaattgttatttctcttccatcttgtaactgatcataaacccaaa 11007679  T
Q  360 aagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagc 459  Q
    ||||||||||||  |||||||||||  |||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11007680 aagggaaataaacctggctagattgaccagccaatacatccaagttcttccttctatttgccatctccattaacaacatcccaaaactataaacatcagc 11007779  T
Q  460 tttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgta 559  Q
    |||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11007780 tttgtaagatatcgtgccgacatttcggtagaatagttcaggggccatgtatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgta 11007879  T
Q  560 ggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatat 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11007880 ggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatat 11007979  T
Q  660 tgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaaaaactactctcttcaatatgagaaaa 759  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||| ||| ||||||||  ||  | |||||||  ||||||||||    
T  11007980 tgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagtgaaattgaatacaattgttcgcaactcaaggaataattctcttcggtatgagaaaa 11008079  T
Q  760 tatgtatttttccaatgacccatttggcat 789  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  11008080 tatgtatttttctagtgatccatttggcat 11008109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 160 - 789
Target Start/End: Original strand, 11032933 - 11033562
Alignment:
Q  160 aggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatcgttgggttttgtctgaatacaccac 259  Q
    |||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  | ||||| | |||||||||||||    
T  11032933 aggcttattaggcatttgcaaatcttcatcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattggaggacgatcactaggtttcgcctgaatacaccac 11033032  T
Q  260 aaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatttccaatcgttacttcccttccatcatgtatctgatcataaatccaaa 359  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||   ||| || | |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  11033033 aaagccactatcatcattttctttgccaatttcatttcatgatttgtatcattcagaattgtcatttcccttccatcttgtaactgatcataaacccaaa 11033132  T
Q  360 aagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagc 459  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11033133 aagggaaataaatctggcttgattgatcagccaatgcattcaagttcttccttctatttgccatctccatcaacaacatcccaaaactataaacatcagc 11033232  T
Q  460 tttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgta 559  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  11033233 tttgtaagatattgtgccgacatttcggtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgtgacaatgcttttatctgta 11033332  T
Q  560 ggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatat 659  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11033333 ggacaaagtctagctagtccaaaatcagaaacttttgggttgaaattctcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatat 11033432  T
Q  660 tgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaaaaactactctcttcaatatgagaaaa 759  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||| ||| ||||||||  ||  | | |||||| ||||||||||    
T  11033433 cgcatccattatgcaagtactcaatgcctcgagccactccaagagaaattgaatacaattgttcgcaactcaaggaataattttcttcattatgagaaaa 11033532  T
Q  760 tatgtatttttccaatgacccatttggcat 789  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  11033533 tatgtatttttcgagtgatccatttggcat 11033562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 304 - 790
Target Start/End: Original strand, 10974142 - 10974628
Alignment:
Q  304 tgtgtcatttccaatcgttacttcccttccatcatgtatctgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaag 403  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||     
T  10974142 tgtgtcattttcaatagatacttcccttccatcatgtaatcgatcataaatccagaaagggaaataaatttggctagattgatcggccaatgcattcaaa 10974241  T
Q  404 ttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcagggg 503  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  10974242 ttcttccttctactcgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgtgccaatatttctgtagaacagttcagggg 10974341  T
Q  504 ccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaa 603  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10974342 ccatgtatccaatcgttcctcttgcagcagttaatggcacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaa 10974441  T
Q  604 attttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaaga 703  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10974442 atattcatcaagaaggatggtatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgaaagtactcaattccacgagccaccccaaga 10974541  T
Q  704 gaaatggcatgcaatttttcacaactcaaaaaactactctcttcaatatgagaaaatatgtatttttccaatgacccatttggcatg 790  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  10974542 gaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactctcttcaatgtgagaaaatatgtatttttccagttacccatttggcatg 10974628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 29 - 308
Target Start/End: Original strand, 10932590 - 10932870
Alignment:
Q  29 ttcagccaagaaccaaaaagagatcaggttggtcccttggaatcactaactgatgtaccatacgaactccatgagttgatattatcatcatctgcaacat 128  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||  || |||| ||||||    
T  10932590 ttcaaccaagaaccaaaaagagattaggttggtcccttgggatcactaactgatgtaccataggaagtccatgagttgctactactattatctccaacat 10932689  T
Q  129 cctctactggtggatcttgtagacagaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctcc-aaaactttatccattgaag 227  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  10932690 cctctactggtggatcttgtggacaaaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctcctaaaactttttccattgaag 10932789  T
Q  228 gacgatcgttgggttttgtctgaatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgt 308  Q
    ||||||| | ||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10932790 gacgatcctcgggatttgtttgtatacaccacaaagccacgatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgt 10932870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 115 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10994109 - 10993814
Alignment:
Q  115 atcatctgcaacatcctctactggtggatcttgtagacagaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaact 214  Q
    |||||||  |||||| ||| |||||  ||||||| || | | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  10994109 atcatctctaacatcgtctgctggtatatcttgtggataaaggtaaggcttattaggcatttgcaaatccccatcttcttcttcaagcatctcaatcact 10994010  T
Q  215 ttatccattgaaggacgatcgttgggttttgtctgaatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatttc 314  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||      
T  10994009 ttatccattgaaggacgatcactaggttttgtctgaatacaccataatgccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcttcatctgtgtcattct 10993910  T
Q  315 caatcgttacttcccttccatcatgtatctgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttcc 410  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10993909 caattgttacttcacttccatcatgtaactgatcataaatccaaaaaggaaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttcc 10993814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 386 - 549
Target Start/End: Original strand, 10901567 - 10901730
Alignment:
Q  386 tcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttc 485  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  10901567 tcagccaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccatcaacaacattccaaaactatagacatcagctttgtgagatattgtgccgacatttc 10901666  T
Q  486 tgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgct 549  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  10901667 tgtagaataattcaggggccatgtatccaatggttcctcttgctgctgttaatgaaacaatgct 10901730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 662 - 792
Target Start/End: Original strand, 10983768 - 10983898
Alignment:
Q  662 catccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaaaaactactctcttcaatatgagaaaata 761  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  10983768 catccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactctcttcattatgagaaaata 10983867  T
Q  762 tgtatttttccaatgacccatttggcatgaa 792  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10983868 tgtatttttccagtgacccatttggcatgaa 10983898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 135 - 312
Target Start/End: Original strand, 10901380 - 10901557
Alignment:
Q  135 ctggtggatcttgtagacagaagtaaggcttattaggaatttgcaagtccccatcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatc 234  Q
    ||||| |||||||| || | | ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  10901380 ctggtagatcttgtggataaaggtaaggcttcttaggcatttgcaaatccccatcttcttatgcaagcatctcaatcactttatccattgaaggacgatc 10901479  T
Q  235 gttgggttttgtctgaatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgccaatttcatttcctgatctgtgtcatt 312  Q
      | |||||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  10901480 actaggttttgtctgagtacaccataatgccacaatcatcgttttctttgccaatttcatttcttcatctgtgtcatt 10901557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 344 - 668
Target Start/End: Original strand, 8964448 - 8964772
Alignment:
Q  344 tgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaa 443  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||  || || || ||||| |||   ||||| | ||| |||||| ||| |||||||||||| || | ||||||||    
T  8964448 tgatcataaatccataaaggaaaataaagctgacttgaatgctccgcttgggcatttaggtttttccttttacctgccatctccatcaaaagcatcccaa 8964547  T
Q  444 agctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacac 543  Q
    ||||||| |||||||| || || || | |   |||| |||| | ||||| | ||| || ||||||||||||||||| |||||||| || || | ||  ||    
T  8964548 agctataaacatcagccttataggacactcccccaatatttttatagaacaattctggagccatatatccaatggtacctcttgccgctgtcattgtgac 8964647  T
Q  544 aatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaag 643  Q
    |||||| || |||  |||| | ||  |||| | |||||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||     
T  8964648 aatgctattctctacaggatatagcttagccaatccaaagtcagagacttttggggtgaaattctcatcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaa 8964747  T
Q  644 tgtagaattttcatattgcatccat 668  Q
    || | ||| ||||| | ||||||||    
T  8964748 tgcaaaatcttcatttcgcatccat 8964772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 414 - 642
Target Start/End: Original strand, 9319908 - 9320136
Alignment:
Q  414 tacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatcc 513  Q
    |||||||||| ||||| || | ||| || |||||||| |||||||| ||||| |||| |   |||| |||| ||||||| | |||||| |||||||||||    
T  9319908 tacttgccatttccatcaaaagcattccgaagctatatacatcagccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaattcaggagccatatatcc 9320007  T
Q  514 aatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 613  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||  | ||  ||||| ||||  ||||||| ||||| || |||||||| ||  | || || ||||||    
T  9320008 aattgttcctcttgctgcagttaaagtgacaatgctaatctcattaggataaagcttagcaagaccaaagtctgaaactttggggataaagttctcatca 9320107  T
Q  614 agaaggatgttatgaggctttatgtcaaa 642  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  9320108 agaaggatgttatggggcttgatatcaaa 9320136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 344 - 701
Target Start/End: Original strand, 8999599 - 8999956
Alignment:
Q  344 tgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaa 443  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||  || || || ||||| |||    |||| | ||| |||||| ||| |||||||||||| || | ||||||||    
T  8999599 tgatcataaatccataaaggaaaataaagctgacttgaatgctccgcttggacatttaggtttttccttttacctgccatctccatcaaaagcatcccaa 8999698  T
Q  444 agctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacac 543  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| | |   |||| |||| | ||||| | ||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||  ||    
T  8999699 agctataaacatcagccttataagacactcccccaatatttttatagaacaattctggagccatatatccaatggtacctcttgccgcagtcattgtgac 8999798  T
Q  544 aatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaag 643  Q
    |||||| || ||    ||| | ||  |||| | ||| || ||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||     
T  8999799 aatgctattctccacgggatatagcttagccaatccgaagtcagagacttttggtgtgaagttttcatcaagaaggatgttgtgaggcttgatatcaaaa 8999898  T
Q  644 tgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaa 701  Q
    |||| ||| ||||| | |||||||| ||| |  ||  |||| |||||||| |||||||    
T  8999899 tgtaaaatcttcatttcgcatccatggtggagataagcaatcccacgagctactccaa 8999956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 344 - 659
Target Start/End: Original strand, 9399568 - 9399883
Alignment:
Q  344 tgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaa 443  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| || || ||||||||   || |||||| ||  | || |||||||| || || || || | ||| ||||    
T  9399568 tgatcataaatccaaaaggggaaataaagttgacttgaatgctcagcatgtgaattcaaatttcttctcctacttgcaatttcaatcaaaagcataccaa 9399667  T
Q  444 agctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacac 543  Q
    ||||||| |||||||| || || ||||||   |||| ||||  | |||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||  | || |   |    
T  9399668 agctatacacatcagccttatatgatattcccccaatattttggaagaacagttcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgccatcaaagtggc 9399767  T
Q  544 aatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaag 643  Q
    ||||||||| ||  ||||| ||||  | ||||| ||||| || |||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||     
T  9399768 aatgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccgaaactttagggatgaaattttcgtcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaa 9399867  T
Q  644 tgtagaattttcatat 659  Q
    || | ||||| |||||    
T  9399868 tgcaaaatttgcatat 9399883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 414 - 642
Target Start/End: Original strand, 9350225 - 9350453
Alignment:
Q  414 tacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatcc 513  Q
    ||||||| || ||||| || | ||| || |||||||| |||||||| ||||| |||| |   |||| |||| ||||||| |  ||||| |||||||||||    
T  9350225 tacttgcgatttccatcaaaagcattccgaagctatatacatcagccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaactcaggagccatatatcc 9350324  T
Q  514 aatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 613  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||  | ||  ||||| ||||  ||||||| ||||| || |||||||| ||  | || || ||||||    
T  9350325 aattgttcctcttgctgcagttaaagtgacaatgctaatctcattaggataaagcttagcaagaccaaagtctgaaactttggggataaagttctcatca 9350424  T
Q  614 agaaggatgttatgaggctttatgtcaaa 642  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  9350425 agaaggatgttatggggcttgatatcaaa 9350453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 344 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 9433011 - 9432696
Alignment:
Q  344 tgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaa 443  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| || || ||||||||   || |||||| ||  | ||||||||||| || || || || | ||| ||||    
T  9433011 tgatcataaatccaaaaggggaaataaagttgacttgaatgctcagcatgtgaattcaaatttcttcttctacttgcgatttcaatcaaaagcattccaa 9432912  T
Q  444 agctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacac 543  Q
    | ||||| ||||| || ||||  ||||||   |||| ||||  |||||| | |||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || || |   |    
T  9432911 aactatacacatcggccttgtgtgatattctcccaatattttggtagaacaattcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgccgtcaaagtggc 9432812  T
Q  544 aatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaag 643  Q
    ||||||||| ||  ||||| ||||  | ||||| ||||| || |||||||| ||  |||||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||     
T  9432811 aatgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccgaaactttagggatgaaattttcgtccagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaa 9432712  T
Q  644 tgtagaattttcatat 659  Q
    || | ||||| |||||    
T  9432711 tgcaaaatttgcatat 9432696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 344 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 9453998 - 9453683
Alignment:
Q  344 tgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaa 443  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| || ||||||||   || |||||| ||  | || |||||||| || || || |  | ||| ||||    
T  9453998 tgatcataaatccaaaaggggatataaagttggcttgaatgctcagcatgtgaattcaaatttctactcctacttgcaatttcaatcagaagcattccaa 9453899  T
Q  444 agctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacac 543  Q
    | ||||| ||||| || ||||  ||||||   |||| ||||  |||||| | |||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || || |  ||    
T  9453898 aactatacacatcggccttgtgtgatattctcccaatattttggtagaacaattcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgctgtcaaagcgac 9453799  T
Q  544 aatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaag 643  Q
    |||||| || ||  ||||| ||||  | ||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||     
T  9453798 aatgctattgtcaataggataaagctttgcaagaccaaaatctgaaactttagggatgaaattttcgtcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaa 9453699  T
Q  644 tgtagaattttcatat 659  Q
    || | ||||| |||||    
T  9453698 tgcaaaatttgcatat 9453683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 396 - 642
Target Start/End: Original strand, 9488538 - 9488784
Alignment:
Q  396 cattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatag 495  Q
    |||||| |||| | || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |   |||| |||  | ||||| |     
T  9488538 cattcatgttccttctcctactcgccatttccattaacaacattccaaagctataaacatctgctttgtacgatactcctccaatattcttatagaacaa 9488637  T
Q  496 ttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaactttt 595  Q
    ||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || || |  ||||||||||| || || || ||| | |   | || |||| |||||| ||||| |||    
T  9488638 ttctggtgccatgtatcccatagttcctcttgcagctgtaagagacacaatgctattgtccgttggatataactttgctagtctaaaatctgaaaccttt 9488737  T
Q  596 ggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaa 642  Q
    ||| |||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9488738 ggagtgaagtttacgtcaagaagaatgttatgaggctttatgtcaaa 9488784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 414 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 9318394 - 9318103
Alignment:
Q  414 tacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatcc 513  Q
    |||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||| |   |||| |||| ||||||| | |||||| ||||| |||||    
T  9318394 tacttgccatttccatcaaaagcattccaaagctatatacatcggccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaattcaggagccatgtatcc 9318295  T
Q  514 aatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 613  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| |  ||||||||  | ||  | ||| ||||  | || || ||||| || |||||||| ||| | || || ||||||    
T  9318294 aattgttcctctagctgcagttaaagtgacaatgctaatgtcatttggataaagctttgccagaccaaagtctgaaactttgggaataaagttctcatca 9318195  T
Q  614 agaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagaga 705  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||| || |  |||| ||| |  ||||| |  ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  9318194 agaaggatgttatggggcttgatatcaaaatgcaagatttgcatgtcacatccttcatgcaaataagcaattccacgagccactccaagaga 9318103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 344 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 8874242 - 8873944
Alignment:
Q  344 tgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaa 443  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||  || || || |||||||||   ||||| | ||| |||||| ||| ||||||| |||| || | ||||||||    
T  8874242 tgatcataaatccataaaggaaaataaagctgacttgaatgctcagcttgggcatttaggtttttccttttacctgccatcaccatcaaaagcatcccaa 8874143  T
Q  444 agctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacac 543  Q
    | ||||| |||||||| || || || | |   |||| |||| | || || | ||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||  ||    
T  8874142 aactataaacatcagccttataggacactccaccaatatttttataaaacaattctggagccatatatccaatggtacctcttgccgcagtcattgtgac 8874043  T
Q  544 aatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaa 642  Q
    |||||| || ||   |||| | ||  |||| | |||||| ||||| ||||| ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  8874042 aatgctattctccacaggatatagcttagccaatccaaagtcagagactttcggagtaaagttctcatcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaa 8873944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 404 - 659
Target Start/End: Original strand, 9384221 - 9384476
Alignment:
Q  404 ttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcagggg 503  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||| || | ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| | |   |||| |||| ||||||| |||||||| |    
T  9384221 ttcttccttttacctgccatttccatcaaaagcattccaaagctatatacatcagccttgtaagacactccaccaatatttttgtagaacagttcaggag 9384320  T
Q  504 ccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaa 603  Q
    |||| || || |  ||||||||||| |||||||| |  |||||||| |  |    |||| | ||  | |||||||||||||| ||||| ||||||   ||    
T  9384321 ccatgtaacccaaagttcctcttgccgcagttaaggtaacaatgctatcgttcacaggatatagctttgcaagtccaaaatccgaaacctttggaacaaa 9384420  T
Q  604 attttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatat 659  Q
     | ||| || ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||    
T  9384421 ctcttcgtctagaagaatattatgaggcttgatatcaaaatgtagaatttgcatat 9384476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 416 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 9082641 - 9082523
Alignment:
Q  416 cttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaa 515  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||||||| ||||| || | |   || | |||| |||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  9082641 cttgccatctccatcaaaagcatcccaaaactataaacatcagccttgtacgacactccccctatatttttgtagaataactcaggagccatatatccaa 9082542  T
Q  516 tggttcctcttgctgcagt 534  Q
    | || ||||||||||||||    
T  9082541 ttgtacctcttgctgcagt 9082523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 418 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 9096909 - 9096793
Alignment:
Q  418 tgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatg 517  Q
    |||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |   |||| |||| ||||||| | ||| || ||||||||||||||     
T  9096909 tgccatctccatcaaaagcatcccaaagctataaacatcagctttataggaaactcccccaatatttttgtagaacaattctggagccatatatccaatt 9096810  T
Q  518 gttcctcttgctgcagt 534  Q
    || |||||||| |||||    
T  9096809 gtacctcttgcagcagt 9096793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 572 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 9234005 - 9233918
Alignment:
Q  572 gcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatat 659  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||  ||||| ||| || ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||    
T  9234005 gcaagtccaaaatccgaaacctttggaacgaaatcttcgtctagaagaatattatgaggcttgatatcaaaatgtagaatttgcatat 9233918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 575 - 642
Target Start/End: Original strand, 9464285 - 9464352
Alignment:
Q  575 agtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaa 642  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| |||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9464285 agtcaaaaatccgaaacctttggagtgaagtttacgtcaagaagaatgttatgaggctttatgtcaaa 9464352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 343 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 9486364 - 9486065
Alignment:
Q  343 ctgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagctaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatccca 442  Q
    |||||||||||||||||| || || |||| ||| || || ||||||||   || |||||| ||  | |||||||||||||| || || || | ||| |||    
T  9486364 ctgatcataaatccaaaagggaaagtaaagttgacttgaatgctcagcatgtgtattcaaatttcttcttctacttgccatttcaatcaaaagcattcca 9486265  T
Q  443 aagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgaca 542  Q
    |||||||| |  ||||| ||||| ||||||   || | ||||  |||||| | |||||| ||||| || || || |||||||||||||| || || |       
T  9486264 aagctatacatgtcagccttgtatgatattcctccgatattttggtagaacaattcaggagccatgtaaccgattgttcctcttgctgctgtcaaggtgg 9486165  T
Q  543 caatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaa 642  Q
    |||||||||| ||  ||||| ||||  | ||||| ||||| || |||||||| ||    |||||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  9486164 caatgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccgaaactttagggacaaaattttcgtcaagaagaatgttgtgaggcttaatatcaaa 9486065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 572 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 49725227 - 49725157
Alignment:
Q  572 gcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaa 642  Q
    |||||||||||||| |||| | | || |||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  49725227 gcaagtccaaaatccgaaattctggggttgaaattctcatccaaaagaatgttatgaggttttatgtcaaa 49725157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 572 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 9254974 - 9254841
Alignment:
Q  572 gcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgt 671  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || || || || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || | ||||| ||| | |||||| |  |    
T  9254974 gcaagaccaaagtctgaaactttggggttaaagttctcatcgagaaggatgttatggggcttgatgtcaaaatgcaaaatttgcatttcgcatccttgat 9254875  T
Q  672 gcaagtactcaatgccacgagccactccaagaga 705  Q
    | || ||  |||| ||| ||||||||||||||||    
T  9254874 gtaaataagcaataccatgagccactccaagaga 9254841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 570 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 49688109 - 49688032
Alignment:
Q  570 tagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgta 647  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||   |||||| |||||||| |  || |||||||| ||||||||||| ||||    
T  49688109 tagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaattctcatcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgta 49688032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 414 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 15927300 - 15927009
Alignment:
Q  414 tacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatcc 513  Q
    |||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||| || || || || | |   |||| |||| ||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  15927300 tacttgccatttccatcaaaagcattccaaagctatatacatcggccttatacgaaactcctccaatatttttgtagaataattcaggagccatgtatcc 15927201  T
Q  514 aatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 613  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||  | ||  ||||| ||||  | ||||| ||||| || |||||||| ||  | || || ||||||    
T  15927200 aatcgttcctcttgctgcagttaaagtgacaatactaatctcattaggataaagctttgcaagaccaaagtcggaaactttggggataaagttctcatca 15927101  T
Q  614 agaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagaga 705  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| || | ||||| ||| || ||||| |  || |||||  | || |||||||| |||||||||||    
T  15927100 agaaggatgttatggggcttgatgtcaaaatgcaaaatttgcatgttacatccttgatgtaagtaagccataccacgagcaactccaagaga 15927009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 414 - 537
Target Start/End: Original strand, 9159598 - 9159721
Alignment:
Q  414 tacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgagccaacatttctgtagaatagttcaggggccatatatcc 513  Q
    |||||||||| ||||| || | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||| |   |||| |||| ||||||| |  || || |||||||| ||    
T  9159598 tacttgccatttccatcaaaagcattccaaaactataaacatcagccttgtatgatactccaccaatatttttgtagaacaactcgggagccatataacc 9159697  T
Q  514 aatggttcctcttgctgcagttaa 537  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
T  9159698 aattgttcctcttgctgcagttaa 9159721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 572 - 612
Target Start/End: Original strand, 40225245 - 40225285
Alignment:
Q  572 gcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatc 612  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  40225245 gcaagtccaaaatcagagagttttggattgaaattttcatc 40225285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University