View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18812_low_3 (Length: 433)

Name: NF18812_low_3
Description: NF18812
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18812_low_3
NF18812_low_3
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (1-433)||(7592489-7592921)
chr7 (1-356)||(15172802-15173157)
chr7 (1-347)||(15202228-15202571)
chr7 (1-237)||(4118893-4119129)
chr7 (362-433)||(15174385-15174455)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-433)||(3242560-3242992)
chr4 (1-433)||(3917549-3917981)
chr4 (1-433)||(26811991-26812423)
chr4 (1-433)||(26821458-26821890)
chr4 (1-433)||(54690186-54690618)
chr4 (1-433)||(54699617-54700049)
chr4 (1-427)||(37058570-37058995)
chr4 (11-427)||(15843177-15843591)
chr4 (128-235)||(18125875-18125981)
[»] scaffold0028 (2 HSPs)
scaffold0028 (1-433)||(94704-95136)
scaffold0028 (1-433)||(104145-104577)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-433)||(24412311-24412743)
chr5 (1-433)||(18568521-18568953)
chr5 (1-433)||(30445102-30445534)
chr5 (1-433)||(30454474-30454906)
chr5 (1-433)||(30459532-30459964)
chr5 (17-427)||(22488686-22489094)
chr5 (1-433)||(24421771-24422192)
chr5 (18-427)||(4635463-4635854)
chr5 (26-200)||(24278813-24278987)
chr5 (26-200)||(24383227-24383401)
chr5 (256-360)||(22118443-22118545)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (1-423)||(28352004-28352426)
chr3 (1-423)||(28367937-28368358)
chr3 (1-423)||(28375755-28376176)
chr3 (1-423)||(28383577-28383998)
chr3 (18-319)||(38529524-38529825)
chr3 (86-424)||(4951164-4951502)
chr3 (320-433)||(24794819-24794932)
chr3 (97-301)||(7784561-7784764)
chr3 (128-362)||(27168983-27169216)
chr3 (128-235)||(4361979-4362085)
[»] scaffold0482 (1 HSPs)
scaffold0482 (1-433)||(3016-3448)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-433)||(7789351-7789783)
chr8 (266-427)||(20713818-20713978)
chr8 (283-362)||(15833720-15833798)
chr8 (283-352)||(15827408-15827476)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-433)||(18420035-18420466)
chr6 (1-427)||(23895895-23896321)
chr6 (97-350)||(14101770-14102022)
chr6 (128-233)||(12173040-12173144)
chr6 (284-351)||(12173195-12173260)
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (1-427)||(31102-31512)
scaffold0040 (30-359)||(9559-9887)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-423)||(24023025-24023428)
chr2 (18-427)||(31710745-31711141)
chr2 (62-352)||(14272600-14272889)
[»] scaffold0233 (1 HSPs)
scaffold0233 (11-427)||(26400-26798)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (1-306)||(412781-413086)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (26-377)||(15810309-15810659)
chr1 (83-248)||(41000835-41001003)
chr1 (283-377)||(40999361-40999455)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 7592489 - 7592921
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7592489 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 7592588  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7592589 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 7592688  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7592689 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 7592788  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7592789 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 7592888  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7592889 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 7592921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Original strand, 15172802 - 15173157
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15172802 tcatcagaagtgagcagcaagttatacagctcattatagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 15172901  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15172902 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 15173001  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15173002 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 15173101  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttg 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  15173102 caaacaaagctcttcgcaaacaaagaaaattccatgctctctcactatatctcttg 15173157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 15202228 - 15202571
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  15202228 tcatcagaagtgggcagcaagttatacaactcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgcttttaaagccagacaaatcagaaagaa 15202327  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15202328 cattcatagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 15202427  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15202428 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaag---atatctctctaagtgaaaatcatcacta 15202524  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcacta 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  15202525 caaacaaagctcttcgcaaacaaaggaaattccaagctctctcacta 15202571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4119129 - 4118893
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4119129 tcatcagaagtgagcaacaagttatacagctcattaaagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 4119030  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4119029 cattctgagaacgttttggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 4118930  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaaggg 237  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4118929 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaaggg 4118893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 362 - 433
Target Start/End: Original strand, 15174385 - 15174455
Alignment:
Q  362 tctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  15174385 tctctcttgaatttgc-tcttgtaaaactcaaacaaagatttgagtatttatttgatccaaacaaatctctt 15174455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 3242992 - 3242560
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3242992 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 3242893  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3242892 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 3242793  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3242792 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 3242693  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3242692 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 3242593  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3242592 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 3242560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 3917549 - 3917981
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3917549 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 3917648  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3917649 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 3917748  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3917749 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 3917848  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3917849 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 3917948  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3917949 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 3917981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 26811991 - 26812423
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26811991 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 26812090  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26812091 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 26812190  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26812191 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 26812290  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26812291 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 26812390  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26812391 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 26812423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 26821458 - 26821890
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26821458 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 26821557  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26821558 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 26821657  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26821658 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 26821757  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26821758 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 26821857  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26821858 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 26821890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 54690618 - 54690186
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54690618 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 54690519  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54690518 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 54690419  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54690418 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 54690319  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54690318 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 54690219  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54690218 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 54690186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 54700049 - 54699617
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54700049 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 54699950  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54699949 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 54699850  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54699849 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 54699750  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54699749 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 54699650  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54699649 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 54699617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 37058570 - 37058995
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37058570 tcatcagaagtgggcacaaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaaacaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 37058669  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37058670 cattttgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 37058769  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37058770 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 37058869  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  37058870 caaacagagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctctcttgaatttg-ctcttgtaaaactcaaacaaaga 37058968  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaa 427  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  37058969 tttgagtatttatttgatccaaacaaa 37058995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 15843591 - 15843177
Alignment:
Q  11 tgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgaga 110  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  15843591 tgggcagcaaattatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaacattatgaga 15843493  T
Q  111 acgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaa 210  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15843492 acgttatggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttgaacagctataaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaa 15843393  T
Q  211 gacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagc 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15843392 gacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagc 15843293  T
Q  311 tcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatt 410  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15843292 tcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctctcttgaatttg-ctattgtaaaactcaaacaaagatttgagtatt 15843194  T
Q  411 tattcgatccaaacaaa 427  Q
    |||| ||||||||||||    
T  15843193 tatttgatccaaacaaa 15843177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18125981 - 18125875
Alignment:
Q  128 aagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctata 227  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||| | |||| |||| ||| |||||| ||  ||||    
T  18125981 aagaagaaaagtgaaaccaattgaagctttggacagctg-caaaaatgtgtccaacaactcttttttcacacttgatcactaagtcactccacatatata 18125883  T
Q  228 aatacaag 235  Q
    ||||||||    
T  18125882 aatacaag 18125875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 95136 - 94704
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  95136 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 95037  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  95036 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 94937  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94936 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 94837  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  94836 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 94737  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  94736 tttgagtatctattcgatccaaacaaatctctt 94704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028; HSP #2
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 104577 - 104145
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  104577 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 104478  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104477 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 104378  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104377 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 104278  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  104277 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 104178  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  104177 tttgagtatctattcgatccaaacaaatctctt 104145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 24412311 - 24412743
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24412311 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 24412410  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24412411 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 24412510  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24412511 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 24412610  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24412611 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactgtatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 24412710  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24412711 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 24412743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 18568521 - 18568953
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568521 tcatcagaagtggactgcaagttacacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 18568620  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568621 cattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 18568720  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568721 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 18568820  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18568821 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 18568920  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18568921 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 18568953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 30445534 - 30445102
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445534 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 30445435  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445434 cattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 30445335  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445334 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 30445235  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30445234 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 30445135  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  30445134 tttgagtatttattctatccaaacaaatctctt 30445102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 30454906 - 30454474
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454906 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 30454807  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454806 cattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 30454707  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454706 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 30454607  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30454606 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 30454507  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  30454506 tttgagtatttattctatccaaacaaatctctt 30454474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 30459964 - 30459532
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459964 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 30459865  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459864 cattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 30459765  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459764 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 30459665  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30459664 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 30459565  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  30459564 tttgagtatttattctatccaaacaaatctctt 30459532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 427
Target Start/End: Original strand, 22488686 - 22489094
Alignment:
Q  17 gcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22488686 gcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttc 22488784  T
Q  117 tggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacact 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22488785 tggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacact 22488884  T
Q  217 cctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcg 316  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22488885 cctcacctataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcg 22488984  T
Q  317 caaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatttattcg 416  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22488985 caaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctctcttgaatttg-ctattgtaaaactcaaacaaagatttgagtatttatttg 22489083  T
Q  417 atccaaacaaa 427  Q
    |||||||||||    
T  22489084 atccaaacaaa 22489094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 24421771 - 24422192
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24421771 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 24421870  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24421871 cattct-----------ggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccagcagctctattttctccct 24421959  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24421960 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 24422059  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24422060 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactgtatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 24422159  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24422160 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 24422192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Original strand, 4635463 - 4635854
Alignment:
Q  18 caagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttct 117  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  4635463 caagttatacaactcattacaactggttctctcacgcgcaagcaa-gcaatagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaacattttgagaacattct 4635561  T
Q  118 ggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactc 217  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4635562 agctattttaaagaagaaaagaaaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgcatccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactc 4635661  T
Q  218 ctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgc 317  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||                ||    
T  4635662 ctcacctataaatacaagggtctttgaaggtcataagctagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcact----------------gc 4635745  T
Q  318 aaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatttattcga 417  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| || |||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||    
T  4635746 aaacaaagcaaattccaagctccctcactatatctcttggatcttctctttcgaatttg-ctattgtaaaactcaaacaaagaattaagtatttatttga 4635844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 24278987 - 24278813
Alignment:
Q  26 acagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattt 125  Q
    |||| |||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||||| |||   |||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  24278987 acagttcattacaactggtactctcatgcacaagcaa-gcaacaatgcaagcaaagttaggcaaatcagacacaacatt-tgagaacgttctggctattt 24278890  T
Q  126 t-aaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatca-aaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24278889 ttaaagaagaagagagaaatcaactgagattttggacagctatcaaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 24278813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 200
Target Start/End: Original strand, 24383227 - 24383401
Alignment:
Q  26 acagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattt 125  Q
    |||| |||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||||| |||   |||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  24383227 acagttcattacaactggtactctcatgcacaagcaa-gcaacaatgcaagcaaagttaggcaaatcagacacaacatt-tgagaacgttctggctattt 24383324  T
Q  126 t-aaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatc-aaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    | ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24383325 ttaaagaagaagagagaaatcaactgagattttggacagctatcaaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 24383401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 256 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 22118545 - 22118443
Alignment:
Q  256 aagagttttgcaagctaatat-ctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| |||||||||    
T  22118545 aagagttttgaaagcaaatattctctcaa-gtgaaaatcatcactacatacaaagctcttcacaaacaaatcaaattccaag--ctctcattatatctct 22118449  T
Q  355 tggatc 360  Q
    ||||||    
T  22118448 tggatc 22118443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 28352426 - 28352004
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28352426 tcatcagaagtgggctgcaagttatacaactcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 28352327  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28352326 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 28352227  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28352226 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 28352127  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28352126 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 28352027  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaa 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  28352026 tttgagtatttattcgatccaaa 28352004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 28368358 - 28367937
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28368358 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 28368259  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28368258 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 28368159  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28368158 tggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 28368060  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28368059 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 28367960  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaa 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  28367959 tttgagtatttattcgatccaaa 28367937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 28376176 - 28375755
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28376176 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 28376077  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28376076 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 28375977  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28375976 tggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 28375878  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28375877 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 28375778  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaa 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  28375777 tttgagtatttattcgatccaaa 28375755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 28383998 - 28383577
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28383998 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 28383899  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383898 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 28383799  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383798 tggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 28383700  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28383699 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 28383600  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaa 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  28383599 tttgagtatttattcgatccaaa 28383577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 38529825 - 38529524
Alignment:
Q  18 caagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttct 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  38529825 caagttaaacaactcattacagctggttctctcacgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagtcagacaattcagaaagaacattctgagaacggtct 38529727  T
Q  118 ggctattttaaagaagaaaaga-gaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacact 216  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38529726 ggctattttaaagaagaaaaaaagaaatcaattgagactttggacaactataaaaaacgtgtccaacaactctattttctcccttgatcaccaagacact 38529627  T
Q  217 cctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcg 316  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38529626 cctcgcctataaatacaagggcctttgaagattataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcg 38529527  T
Q  317 caa 319  Q
    |||    
T  38529526 caa 38529524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 86 - 424
Target Start/End: Original strand, 4951164 - 4951502
Alignment:
Q  86 gcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacag 185  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  4951164 gcaaatcagacataacattatgagaacgttcttcctatttttaagaagaaaagagaaatcaattgagactttagacagttatcaaaaacgtgtccaacaa 4951263  T
Q  186 ctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaag-agttttgcaagctaata-tctctcaa 283  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||  || |||||||||||  |||| |||||| |    
T  4951264 ctctagtttctcccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagtggttttgaaggtta-aagatagaagttttgcaagtaaatattctctc-a 4951361  T
Q  284 agtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttg 383  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||| || |||    
T  4951362 agtgaaaatcaccactacaaacaaaactctttgcaaacaaagcaaattccaagttctctcactatgtctcttggatcttctctttcgaatttg-ctattg 4951460  T
Q  384 ttaaa-ctcaaacaaagatttgagtatttattcgatccaaac 424  Q
    | ||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  4951461 taaaatctcaaacaaagtgttgagtatttatttgatccaaac 4951502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 320 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 24794932 - 24794819
Alignment:
Q  320 acaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatttattcgatc 419  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24794932 acaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaagatttgagtatttattcgatc 24794833  T
Q  420 caaacaaaactctt 433  Q
    |||||||| |||||    
T  24794832 caaacaaatctctt 24794819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 97 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 7784764 - 7784561
Alignment:
Q  97 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 196  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||     
T  7784764 agaacattctaagaacattctgtctgttt-aaagaagaaaagtgaaatcaattgaagctttggaaagctgccaaaaacatgtccaacaacactattttca 7784666  T
Q  197 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcat 295  Q
    | |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | |||||||   ||| |||||||||  |||| | || |||||| |||||||||||||    
T  7784665 ctcttgatcaccaaggcactgctcacctataaatacaagtggttatgaaggttgaaagtaagagttttaaaagcaagtattctctc-aagtgaaaatcat 7784567  T
Q  296 cactac 301  Q
    ||||||    
T  7784566 cactac 7784561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 128 - 362
Target Start/End: Original strand, 27168983 - 27169216
Alignment:
Q  128 aagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctata 227  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||     |||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27168983 aagaagaaaagtgaaatcaattgaatcgttggacagctgcactaaacgtgtccaacacctctattttcactcttgatcaccaagtcactcctcacctata 27169082  T
Q  228 aatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagc 326  Q
    || ||||| |   | ||||||   |   |||||||||| |||  |  | |||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||      
T  27169083 aacacaagtggtctagaaggttctatataagagttttgaaagtaagcattctctc-aagtgaaaatcatcactacatacaaagttcttcacaaacaaa-a 27169180  T
Q  327 aaattctaagctctctcactatatctcttggatcat 362  Q
    |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  27169181 aaatttcaagctctctcattatatcttttggatcat 27169216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4362085 - 4361979
Alignment:
Q  128 aagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctata 227  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||| | |||| |||| ||| |||||| ||  ||||    
T  4362085 aagaagaaaagtgaaaccaattgaagctttggacagctg-caaaaatgtgtccaacaactcttttttcacacttgatcactaagtcactccacatatata 4361987  T
Q  228 aatacaag 235  Q
    ||||||||    
T  4361986 aatacaag 4361979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0482 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0482
Description:

Target: scaffold0482; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 3016 - 3448
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3016 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 3115  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3116 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaaagatactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 3215  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3216 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctgtcaaagtgaaaatcatcacta 3315  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3316 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 3415  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3416 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 3448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 7789783 - 7789351
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7789783 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 7789684  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7789683 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaaagatactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 7789584  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7789583 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctgtcaaagtgaaaatcatcacta 7789484  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7789483 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 7789384  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7789383 tttgagtatttattcgatccaaacaaatctctt 7789351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 266 - 427
Target Start/End: Original strand, 20713818 - 20713978
Alignment:
Q  266 caagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctc 365  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20713818 caagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagaaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctc 20713917  T
Q  366 tcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatttattcgatccaaacaaa 427  Q
    | | ||||||| || |||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  20713918 tttcgaatttg-ctattgtaaatctcaaacaaagaattgagtatttatttgatccaaacaaa 20713978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 362
Target Start/End: Original strand, 15833720 - 15833798
Alignment:
Q  283 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcat 362  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||  |||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  15833720 aagtgaaaatcatcactacatacaaagctcctcacaaacaaa-caaattgcaagccctctcattatatcttttggatcat 15833798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 283 - 352
Target Start/End: Original strand, 15827408 - 15827476
Alignment:
Q  283 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatct 352  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  15827408 aagtgaaaatcatcactacatacaaagtttttcacaaacaaa-caaattccaagctatctcattatatct 15827476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Original strand, 18420035 - 18420466
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18420035 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 18420134  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18420135 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 18420234  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18420235 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 18420334  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  18420335 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattcaaagctctctcactatatctcttggatcttctcacttgaatttg-ctcttgtaaaactcaaacaaaga 18420433  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaaactctt 433  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  18420434 tttgagtatttatttgatccaaacaaatctctt 18420466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 23896321 - 23895895
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23896321 tcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 23896222  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23896221 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 23896122  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23896121 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 23896022  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23896021 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 23895922  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaa 427  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  23895921 tttgagtatttatttgatccaaacaaa 23895895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 97 - 350
Target Start/End: Original strand, 14101770 - 14102022
Alignment:
Q  97 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 196  Q
    |||||||||||||||||||||  |  |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||     
T  14101770 agaacattctgagaacgttcttcccgttttaatgaagaaaagtgaaatcaattgaagctttggacagctgccaaaaacgtatccaacaactctattttca 14101869  T
Q  197 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcat 295  Q
    | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |  |||||| || | | |||||||||||  |||| |||| | |||| |||||||||||||    
T  14101870 ctcttgatcaccaaggcactcctcacctataaatacaattggttttgaatgttaaatgcaagagtttttaaagcaaatattatctc-aagtgaaaatcat 14101968  T
Q  296 cactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatat 350  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||  ||| |||| || || ||||||||||||||    
T  14101969 cactacatacaaaactcttcacaattaaaacaaactccaa-ctctctcactatat 14102022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 128 - 233
Target Start/End: Original strand, 12173040 - 12173144
Alignment:
Q  128 aagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctata 227  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||| ||||| ||| |||||| ||||||||||    ||  ||||||| ||||||| || |||||    
T  12173040 aagaagaaaagtgaaatcaattgaaactttggatatctat-aaaaatgtgcccaacaactctattttcatagtttatcaccaacacactccacatctata 12173138  T
Q  228 aataca 233  Q
    ||||||    
T  12173139 aataca 12173144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 351
Target Start/End: Original strand, 12173195 - 12173260
Alignment:
Q  284 agtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatc 351  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  12173195 agtgaaaatcatcactatatacaaa-ctcttcacaaacaaa-caaattctaagttctctcaatatatc 12173260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 31512 - 31102
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31512 tcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 31413  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31412 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 31313  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31312 tgttcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 31213  T
Q  301 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaaga 400  Q
    ||||||                |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31212 caaaca----------------aagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctctcttgaatttgcctcttgtaaaactcaaacaaaga 31129  T
Q  401 tttgagtatttattcgatccaaacaaa 427  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  31128 tttgagtatttatttgatccaaacaaa 31102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 359
Target Start/End: Original strand, 9559 - 9887
Alignment:
Q  30 ctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattttaaa 129  Q
    ||||||| |||||||| | |||  ||||||||| ||||||| ||   |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  9559 ctcattatagctggttctttcactcgcaagcaa-gcaacagagcaagcaaagctaggcaaatcagacagaacattctgagaacgttctagctatttttaa 9657  T
Q  130 gaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctataaa 229  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  9658 gaagaaaagtgaaaacaaatgagactttggacagctatcaaaaatgtgtccatcaactctattttcacccttgatcaccaagacactcctcacctatata 9757  T
Q  230 tacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaa 328  Q
    |||||     ||||||||| | | |||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9758 tacaaatagttttgaaggttaaaggcaagagttttgaaagaaaatattctctc-aagtgaaaaacatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaa 9856  T
Q  329 attctaagctctctcactatatctcttggat 359  Q
    |||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  9857 atttcaagctctctcactatatcacttggat 9887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 24023428 - 24023025
Alignment:
Q  18 caagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttct 117  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  24023428 caagttaaacagctcattacagttggttctctcacgcgcaag-aaagcaacagtgctttcaaagtaaggcaattcagacagaacattctaagaacgttct 24023330  T
Q  118 ggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  24023329 ggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggatagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctcccttgatcactaagacactc 24023230  T
Q  218 ctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgc 317  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24023229 ctcacctataaatacaagggcttttgaaggttataaccaagacttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgc 24023130  T
Q  318 aaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatttattcga 417  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| || |||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||    
T  24023129 aaataaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctctttcgaatttg-ctattgtaaaactcaaacaaagtattgagtatttatttga 24023031  T
Q  418 tccaaa 423  Q
    ||||||    
T  24023030 tccaaa 24023025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 31711141 - 31710745
Alignment:
Q  18 caagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttct 117  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||              
T  31711141 caagttatacagctcattacaactggttctctcacgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggaaaatcagaaagaacattctg---------- 31711053  T
Q  118 ggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactc 217  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  31711052 -gctatttttaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgcgtccaacaactctattttctcacttgatcaccaagacactc 31710954  T
Q  218 ctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31710953 ctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagtaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgc 31710854  T
Q  318 aaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatttattcga 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  31710853 aaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctctttcgagtttg-ctattgtaaaactcaaacaaagaattgagtatttatttga 31710755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 62 - 352
Target Start/End: Original strand, 14272600 - 14272889
Alignment:
Q  62 aagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggac 161  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14272600 aagcaacaatgctttcaaagttaggcaattcagacagaacattctgaaaacgttctggctatttataagtagaaaagagaaatcaattgagactttggac 14272699  T
Q  162 agctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagt 261  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | | ||||||    
T  14272700 agctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggtctttgaaggttaaaggtaagagt 14272799  T
Q  262 tttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatct 352  Q
    |||| |||| || | |||||  || ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| || || ||||||||||||||||    
T  14272800 tttgaaagcaaacattctcttgaa-tgaaaatcatcactacatacaaaactcttcacaaacaaaacaaactccaa-ctctctcactatatct 14272889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0233 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: scaffold0233
Description:

Target: scaffold0233; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 26798 - 26400
Alignment:
Q  11 tgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgaga 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26798 tgggcagcaagttatacagctcattacagctgattaactcatgcgcatacaa-gcaacagtgctttcaaagccagacaaatcagaaagaacattctgaga 26700  T
Q  111 acgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  26699 acgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggatagctatcaaaaatgtgtccaacatctctattttctcccttgatcaccaa 26600  T
Q  211 gacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagc 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||        
T  26599 gacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagtaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaaca---- 26504  T
Q  311 tcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgcctcttgttaaactcaaacaaagatttgagtatt 410  Q
                |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26503 ------------aagcaaattccaagctctctcactatatcccttggatcttctctcttgaatttg-ctcttgtaaaactcaaacaaagatttgagtatt 26417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 412781 - 413086
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  412781 tcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaaagcaatagtgctttcaaagtcagacaaatcagaaagaa 412880  T
Q  101 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  412881 cattatgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaaagagtccaacaactctattttctccct 412980  T
Q  201 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  412981 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 413080  T
Q  301 caaaca 306  Q
    ||||||    
T  413081 caaaca 413086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 153; Significance: 6e-81; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 26 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 15810659 - 15810309
Alignment:
Q  26 acagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattt 125  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||   |||||| | |||||||||| | |||||||||||| | ||||| ||||||    
T  15810659 acagctcattacagctggttctctcactcgcaagcaa-gcaacagtgcaagcaaagttatgcaaatcagacataacattctgagatcattctgtctattt 15810561  T
Q  126 taaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcaccta 225  Q
    | ||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | || ||| |||||||||||||| |||||||    
T  15810560 ttaagaagaaaaatgaaatcaattaggactttggacagctatcaaaaatgtgtccaacaactctatttgcaccattgatcaccaagacactcatcaccta 15810461  T
Q  226 taaatacaagggcctttgaaggtcacaagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaa 324  Q
    |||||||||| |  ||||||  | | | |||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15810460 taaatacaagtggttttgaattttaaaggcaagagttttgaaagaaaatattctctc-aagtgaaaaacatcactacaaacaaagctcctcgcaaacaaa 15810362  T
Q  325 gcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgc 377  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||    
T  15810361 gcaaatttcaagctctctcactatatctcttgcatcttctctttcgaatttgc 15810309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 83 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 41001003 - 41000835
Alignment:
Q  83 caggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaa---cgtgtc 179  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| | | ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||   ||||||    
T  41001003 caggcaaatcagacataacattctgagatctttctgcccaattttaagaagaaaagtgaaatcaaatgagactttggacatctataaaaaaaaacgtgtc 41000904  T
Q  180 caacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggt 248  Q
    ||||| |||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  41000903 caacatctctattttcactcttgatcaccaaggcactcctcacctataaatacaagtggttttgaaggt 41000835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 283 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 40999455 - 40999361
Alignment:
Q  283 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattctaagctctctcactatatctcttggatcatctctcttgaatttgc 377  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  40999455 aagtgaaaaacatcactacatacaaagctcttcgcaaacaaagtaaattccaagctctctcactatatctcttggatcttctctttcgaatttgc 40999361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University