View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18818_high_4 (Length: 406)

Name: NF18818_high_4
Description: NF18818
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18818_high_4
NF18818_high_4
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (5-401)||(2905996-2906392)
chr8 (5-401)||(2853968-2854364)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 2906392 - 2905996
Alignment:
Q  5 gatggacatcatccaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 104  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906392 gatgaacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 2906293  T
Q  105 aatccccttctcattcccctattggtggtggcggtggagagcgtcgcgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 204  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906292 aatccccttctcattcccctgttggtggcggcggtggagagcgtcgtgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 2906193  T
Q  205 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacattagtctaga 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2906192 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacactagtctaga 2906093  T
Q  305 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatgatgt 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906092 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatgatgt 2905996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 2854364 - 2853968
Alignment:
Q  5 gatggacatcatccaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 104  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854364 gatgaacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 2854265  T
Q  105 aatccccttctcattcccctattggtggtggcggtggagagcgtcgcgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 204  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854264 aatccccttctcattcccctgttggtggtggcggtgaggagtgtcgggttcaatttggcacagttgtggagatgggagatgaatttggtggcggcagcga 2854165  T
Q  205 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacattagtctaga 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2854164 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacactagtctaga 2854065  T
Q  305 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatgatgt 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854064 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatgatgt 2853968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University