View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18819_low_3 (Length: 510)

Name: NF18819_low_3
Description: NF18819
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18819_low_3
NF18819_low_3
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (12-493)||(3585111-3585592)
chr6 (12-493)||(3575626-3576107)
chr6 (16-493)||(3572346-3572823)
chr6 (12-493)||(3563647-3564128)
chr6 (12-493)||(3569295-3569776)
chr6 (16-340)||(13275583-13275903)
chr6 (424-493)||(3577894-3577963)
chr6 (426-493)||(13275987-13276054)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (165-469)||(38356815-38357119)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 3585592 - 3585111
Alignment:
Q  12 aatactacaatggctgcttcaacaatggctctctcatcttcatcaatggttggaaaggaaatcaagctttccccttccactccagaccttgtgatgggaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3585592 aatactacaatggctgcttcaacaatggctctctcatcttcatcaatggttggaaaggcaatcaagctttccccttcgactccagaccttgtgatgggaa 3585493  T
Q  112 gaatcatcatgaggaaaacaaccaccaagaagacctcttcttctggaagctagtggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtga 211  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3585492 gaatcaccatgaggaaaacaaccaccaagaagactgctccttctggaagccagtggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtga 3585393  T
Q  212 agctccatcttacctcacgagagaaattcccggtgattatggtcgggacaatgttgggctttctgccgacccagagacatttgccaaaaaccatgaactc 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3585392 agctccatcttacctcacgggagaatttcctggtgattatggttgggatactgctgggctttctgccgacccagagacatttgccaaaaaccgtgaactc 3585293  T
Q  312 gaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttcccagagctcttggctcacaattgtgtgaaattcggtgaggctatatggt 411  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||    
T  3585292 gaggtcattcatagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttcccagaactcttggctcgcaatggtgtgaaattcggtgaggctgtgtggt 3585193  T
Q  412 ttaaggcagaatctcaaatctttattgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgaacaaagcatcct 493  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3585192 ttaaggcaggatctcaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcacaaagcatcct 3585111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 12 - 493
Target Start/End: Original strand, 3575626 - 3576107
Alignment:
Q  12 aatactacaatggctgcttcaacaatggctctctcatcttcatcaatggttggaaaggaaatcaagctttccccttccactccagaccttgtgatgggaa 111  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3575626 aatactagaatggctacatcaacaatggctctctcttcttcaacaatggttgggaaggcaatcaagctttccccttccactccagaccttgtgatgggaa 3575725  T
Q  112 gaatcatcatgaggaaaacaaccaccaagaagacctcttcttctggaagctagtggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtga 211  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3575726 gaatcaccatgaggaaaacaaccaacaagaagaacgtcccttctggaagcccgtggtacggtccagatcgtgtcaaatacttgggtccattctctggtga 3575825  T
Q  212 agctccatcttacctcacgagagaaattcccggtgattatggtcgggacaatgttgggctttctgccgacccagagacatttgccaaaaaccatgaactc 311  Q
    |||||||||||| |||||  | ||| |||| ||||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  3575826 agctccatcttatctcactggtgaatttcctggtgactatggttgggacactgctgggctttctgctgacccagagacatttgccaagaaccgtgaactc 3575925  T
Q  312 gaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttcccagagctcttggctcacaattgtgtgaaattcggtgaggctatatggt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||| |||||| | ||||    
T  3575926 gaggtcatccacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaatggtgtgaaattcggcgaggctgtgtggt 3576025  T
Q  412 ttaaggcagaatctcaaatctttattgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgaacaaagcatcct 493  Q
    | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  3576026 tcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccacgcacaaagtatcct 3576107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 16 - 493
Target Start/End: Original strand, 3572346 - 3572823
Alignment:
Q  16 ctacaatggctgcttcaacaatggctctctcatcttcatcaatggttggaaaggaaatcaagctttccccttccactccagaccttgtgatgggaagaat 115  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  3572346 ctaccatggctgcttcaacaatgtctctctcttcttcatcattggttgggaaggcaatcaagctttccccctctactccagaccttgtcatgggaagaat 3572445  T
Q  116 catcatgaggaaaacaaccaccaagaagacctcttcttctggaagctagtggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtgaagct 215  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3572446 taccatgaggaaaacaaccaccaagaagaatgttccttctggaagcccatggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtgaagct 3572545  T
Q  216 ccatcttacctcacgagagaaattcccggtgattatggtcgggacaatgttgggctttctgccgacccagagacatttgccaaaaaccatgaactcgagg 315  Q
    ||||||||||| ||  | ||| |||||||||| |||||  |||||| || ||| |||||||| || || ||||| ||  | ||||||| |||||| ||||    
T  3572546 ccatcttaccttactggtgaatttcccggtgactatggatgggacactgctggactttctgctgatccggagaccttctctaaaaaccgtgaactagagg 3572645  T
Q  316 tcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttcccagagctcttggctcacaattgtgtgaaattcggtgaggctatatggtttaa 415  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||  | ||||| ||    
T  3572646 tcattcacagtaggtgggctatgttgggagccttgggatgtgtcttccctgagctcttggctcgcaatggtgttaaattcggtgaggccgtgtggttcaa 3572745  T
Q  416 ggcagaatctcaaatctttattgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgaacaaagcatcct 493  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3572746 ggcaggatctcaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggaaatccaagtctagtccatgcacaaagcatcct 3572823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 12 - 493
Target Start/End: Original strand, 3563647 - 3564128
Alignment:
Q  12 aatactacaatggctgcttcaacaatggctctctcatcttcatcaatggttggaaaggaaatcaagctttccccttccactccagaccttgtgatgggaa 111  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| | || || |||| ||||||||||||||| ||||| | |||| ||| | ||||||    
T  3563647 aatactaaaatggcggcttcaacaatgtctctctcttcttcatcatttgtagggaaggcaatcaagctttccccatccacccaagacattggggtgggaa 3563746  T
Q  112 gaatcatcatgaggaaaacaaccaccaagaagacctcttcttctggaagctagtggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtga 211  Q
    || |||  ||||||||| |||||||||||||| |   | ||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  3563747 gagtcacaatgaggaaagcaaccaccaagaagtctgttccttctggaagtccttggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggcccattctccggtga 3563846  T
Q  212 agctccatcttacctcacgagagaaattcccggtgattatggtcgggacaatgttgggctttctgccgacccagagacatttgccaaaaaccatgaactc 311  Q
    ||| ||||| ||||||||  | ||| |||| ||||| || ||| |||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3563847 agccccatcctacctcaccggtgaatttcctggtgactacggttgggacactgctggactttctgctgacccagagacatttgccaaaaaccgtgaactc 3563946  T
Q  312 gaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttcccagagctcttggctcacaattgtgtgaaattcggtgaggctatatggt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||||    
T  3563947 gaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttgggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaatggtgtcaaattcggcgaggctgtatggt 3564046  T
Q  412 ttaaggcagaatctcaaatctttattgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgaacaaagcatcct 493  Q
    | ||||||| ||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3564047 tcaaggcaggatcccaaatttttagtgagggtgggcttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcacaaagcatcct 3564128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 12 - 493
Target Start/End: Original strand, 3569295 - 3569776
Alignment:
Q  12 aatactacaatggctgcttcaacaatggctctctcatcttcatcaatggttggaaaggaaatcaagctttccccttccactccagaccttgtgatgggaa 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| | || || |||| |||||| |||||||| ||||||| |||| ||| | ||||||    
T  3569295 aataccacaatggctgcttcaacaatgtccctctcttcttcatcatttgtcgggaaggcaatcaaactttccccatccactcaagacattggggtgggaa 3569394  T
Q  112 gaatcatcatgaggaaaacaaccaccaagaagacctcttcttctggaagctagtggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtga 211  Q
    || |||  |||||||||||||||||||||||| ||  | | |||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  3569395 gagtcacaatgaggaaaacaaccaccaagaagtccgttccgtctggaagcccatggtacggtccagaccgtgtgaagtacttgggcccattctccggtga 3569494  T
Q  212 agctccatcttacctcacgagagaaattcccggtgattatggtcgggacaatgttgggctttctgccgacccagagacatttgccaaaaaccatgaactc 311  Q
    ||| ||||| ||||||||  | ||| | || ||||| || ||| |||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  3569495 agccccatcctacctcacaggtgaattccctggtgactacggttgggacactgctggactttctgctgacccagagacatttgccaagaaccgtgaactc 3569594  T
Q  312 gaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttcccagagctcttggctcacaattgtgtgaaattcggtgaggctatatggt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||| |||| ||||  |||||||||||||  | ||||    
T  3569595 gaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttgggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaatggtgtacaattcggtgaggccgtgtggt 3569694  T
Q  412 ttaaggcagaatctcaaatctttattgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgaacaaagcatcct 493  Q
    | ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3569695 tcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcacaaagcatcct 3569776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 340
Target Start/End: Original strand, 13275583 - 13275903
Alignment:
Q  16 ctacaatggctgcttcaacaatggctctctcatcttcatcaatggttggaaaggaaatcaagctttccccttccactccagaccttgtgatgggaagaat 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||  ||| || || | ||||||||  || |||||  |    
T  13275583 ctacaatggctgcctcaacaatgtctctctcttcttcatcattggttggaaaggcaatcaaacttaacccctctacccaagaccttggtattggaagggt 13275682  T
Q  116 catcatgaggaaaacaaccaccaagaagacctcttcttctggaagctagtggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtgaagct 215  Q
    || |||||  ||||||||||| |||||      |||||| |||||    ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||     
T  13275683 caccatgaa-aaaacaaccacaaagaaagt---ttcttcaggaagtccatggtatggtccagaccgtgtcaagtacctgggcccattctttggtgaggcc 13275778  T
Q  216 ccatcttacctcacgagagaaattcccggtgattatggtcgggacaatgttgggctttctgccgacccagagacatttgccaaaaaccatgaactcgagg 315  Q
    ||||||||| | ||  | ||| | || |||||||||||| || | | || ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  13275779 ccatcttacttgactggtgaattccctggtgattatggttggaatactgctggactttctgctgatccagagacatttgcaaaaaaccgtgaacttgagg 13275878  T
Q  316 tcatccacagtagatgggctatgtt 340  Q
    | ||||||  ||||||||| |||||    
T  13275879 ttatccactctagatgggccatgtt 13275903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 424 - 493
Target Start/End: Original strand, 3577894 - 3577963
Alignment:
Q  424 ctcaaatctttattgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgaacaaagcatcct 493  Q
    |||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  3577894 ctcaaatctttagtgatggagggcttgactacttgggtaacccaagcctagtccacgcacaaagcatcct 3577963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 426 - 493
Target Start/End: Original strand, 13275987 - 13276054
Alignment:
Q  426 caaatctttattgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgaacaaagcatcct 493  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || |||| ||||||||||||    
T  13275987 caaatctttagtgagggtgggctagactatttgggcaacccaagtcttgtacatgcacaaagcatcct 13276054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 165 - 469
Target Start/End: Original strand, 38356815 - 38357119
Alignment:
Q  165 tggtacggtccagaccgtgtcaagtacttgggtccattctctggtgaagctccatcttacctcacgagagaaattcccggtgattatggtcgggacaatg 264  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||  | || |||||| | ||  ||||  | || ||||| || ||  |||||| ||    
T  38356815 tggtacggcccagaccgtgttaagtacttaggcccattctctggtgagcccccgtcttacttgactggagagttcccaggtgactacggatgggacactg 38356914  T
Q  265 ttgggctttctgccgacccagagacatttgccaaaaaccatgaactcgaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttccc 364  Q
     ||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  38356915 ctggactttctgctgacccagagacattcgccaagaaccgtgaacttgaagtcatccatagtaggtgggctatgttgggagccttgggatgtgttttccc 38357014  T
Q  365 agagctcttggctcacaattgtgtgaaattcggtgaggctatatggtttaaggcagaatctcaaatctttattgagggtggacttgactacttgggtaac 464  Q
    |||||| ||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  38357015 agagcttttgtctcgcaatggtgttaaattcggtgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaac 38357114  T
Q  465 ccaag 469  Q
    |||||    
T  38357115 ccaag 38357119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University