View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18819_low_46 (Length: 239)

Name: NF18819_low_46
Description: NF18819
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18819_low_46
NF18819_low_46
[»] chr5 (29 HSPs)
chr5 (1-239)||(11223325-11223563)
chr5 (1-239)||(33955499-33955738)
chr5 (1-239)||(20035948-20036187)
chr5 (1-234)||(20834380-20834614)
chr5 (1-239)||(13815372-13815610)
chr5 (1-239)||(42732576-42732811)
chr5 (9-231)||(24244050-24244272)
chr5 (9-231)||(24290674-24290896)
chr5 (102-238)||(22448330-22448467)
chr5 (52-239)||(18569039-18569228)
chr5 (52-239)||(24412828-24413017)
chr5 (52-238)||(30454201-30454389)
chr5 (52-239)||(22489185-22489374)
chr5 (52-239)||(24422277-24422466)
chr5 (6-239)||(26652577-26652807)
chr5 (6-239)||(26924162-26924392)
chr5 (52-238)||(30459259-30459447)
chr5 (52-238)||(30444829-30445017)
chr5 (52-239)||(4635945-4636134)
chr5 (33-206)||(22118134-22118310)
chr5 (55-223)||(31150651-31150820)
chr5 (55-223)||(5600580-5600749)
chr5 (55-223)||(5610226-5610395)
chr5 (99-162)||(22457723-22457788)
chr5 (155-239)||(37514858-37514942)
chr5 (31-223)||(16110860-16111058)
chr5 (181-238)||(22457666-22457723)
chr5 (33-87)||(35727978-35728032)
chr5 (157-202)||(1693703-1693748)
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (1-239)||(42712177-42712416)
chr8 (1-239)||(20044767-20045006)
chr8 (6-239)||(20030133-20030367)
chr8 (1-239)||(12925303-12925542)
chr8 (6-239)||(12767585-12767821)
chr8 (1-239)||(18143428-18143666)
chr8 (1-239)||(4843721-4843961)
chr8 (1-238)||(25037026-25037263)
chr8 (1-238)||(25051063-25051300)
chr8 (1-238)||(31575411-31575645)
chr8 (9-235)||(18883163-18883389)
chr8 (9-231)||(18251787-18252009)
chr8 (92-239)||(12915499-12915647)
chr8 (9-231)||(18232885-18233107)
chr8 (9-231)||(18242336-18242558)
chr8 (52-239)||(20714069-20714258)
chr8 (52-239)||(7789077-7789266)
chr8 (99-238)||(33592134-33592274)
chr8 (99-238)||(33601773-33601913)
chr8 (99-228)||(24634015-24634145)
chr8 (99-213)||(42896174-42896289)
chr8 (33-237)||(15833931-15834137)
chr8 (173-239)||(20714417-20714483)
chr8 (33-236)||(24096077-24096282)
chr8 (177-235)||(26194048-26194106)
chr8 (32-89)||(21372790-21372846)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-239)||(14634777-14635016)
chr7 (1-239)||(14644477-14644716)
chr7 (1-239)||(15947372-15947611)
chr7 (9-239)||(33292176-33292407)
chr7 (1-239)||(9736895-9737134)
chr7 (1-239)||(32817946-32818184)
chr7 (9-231)||(11634337-11634559)
chr7 (99-238)||(13874433-13874572)
chr7 (52-239)||(7593006-7593195)
chr7 (52-239)||(15174540-15174729)
chr7 (116-239)||(48710006-48710131)
chr7 (54-238)||(19352589-19352775)
chr7 (1-78)||(28344155-28344232)
chr7 (6-120)||(48711401-48711514)
chr7 (155-223)||(4306573-4306641)
[»] scaffold0206 (1 HSPs)
scaffold0206 (6-239)||(2063-2297)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-236)||(23884441-23884677)
chr6 (1-239)||(22066242-22066481)
chr6 (1-239)||(17512222-17512460)
chr6 (52-239)||(23895615-23895804)
chr6 (52-239)||(18420551-18420740)
chr6 (54-239)||(14102308-14102496)
chr6 (74-238)||(10259779-10259945)
chr6 (96-238)||(11421451-11421594)
chr6 (54-215)||(23110242-23110405)
chr6 (7-129)||(13218308-13218429)
chr6 (155-239)||(12173525-12173609)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (1-239)||(20884448-20884687)
chr4 (6-239)||(11482269-11482503)
chr4 (1-239)||(50516497-50516735)
chr4 (52-239)||(3242286-3242475)
chr4 (52-239)||(26812508-26812697)
chr4 (52-239)||(26821975-26822164)
chr4 (52-239)||(37059086-37059275)
chr4 (52-239)||(54689912-54690101)
chr4 (52-239)||(54699343-54699532)
chr4 (52-239)||(3918066-3918255)
chr4 (52-239)||(15842897-15843086)
chr4 (55-223)||(23622919-23623088)
chr4 (33-239)||(18125411-18125616)
chr4 (30-120)||(21667754-21667845)
chr4 (30-120)||(21676518-21676609)
chr4 (29-115)||(41902641-41902726)
chr4 (29-87)||(28256210-28256268)
chr4 (180-239)||(28256098-28256157)
chr4 (55-118)||(16489961-16490025)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (1-235)||(5385639-5385874)
chr3 (1-239)||(46305573-46305811)
chr3 (7-238)||(13328278-13328510)
chr3 (1-239)||(23486990-23487231)
chr3 (52-239)||(24794545-24794734)
chr3 (52-239)||(28367652-28367841)
chr3 (52-239)||(28375470-28375659)
chr3 (52-239)||(28383292-28383481)
chr3 (52-239)||(28351719-28351908)
chr3 (52-239)||(38529176-38529365)
chr3 (33-146)||(7784101-7784215)
chr3 (54-239)||(4951595-4951782)
chr3 (55-223)||(48978670-48978835)
chr3 (55-223)||(48988210-48988375)
chr3 (55-223)||(17529877-17530046)
chr3 (55-223)||(32877870-32878039)
chr3 (55-223)||(54624655-54624824)
chr3 (33-239)||(4361515-4361720)
chr3 (155-223)||(19388868-19388936)
chr3 (164-239)||(7783988-7784063)
chr3 (155-201)||(24285491-24285537)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (1-239)||(35877465-35877704)
chr2 (1-239)||(35884954-35885193)
chr2 (1-239)||(36724667-36724906)
chr2 (1-236)||(3396872-3397108)
chr2 (52-239)||(31710465-31710654)
chr2 (52-239)||(14273204-14273393)
chr2 (52-239)||(24022741-24022930)
chr2 (55-223)||(22632402-22632571)
chr2 (55-223)||(1790999-1791164)
chr2 (55-223)||(1800493-1800662)
chr2 (155-226)||(16446668-16446739)
chr2 (167-239)||(18578802-18578874)
chr2 (168-239)||(29911278-29911349)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-239)||(14272017-14272256)
chr1 (1-234)||(14281888-14282122)
chr1 (7-226)||(3470949-3471169)
chr1 (33-239)||(5378423-5378632)
chr1 (99-238)||(21919431-21919571)
chr1 (8-239)||(21633538-21633768)
chr1 (37-239)||(40999034-40999239)
chr1 (8-239)||(26906245-26906474)
chr1 (6-238)||(15809976-15810216)
chr1 (30-237)||(30676766-30676976)
[»] scaffold0021 (3 HSPs)
scaffold0021 (48-239)||(124043-124235)
scaffold0021 (1-121)||(143118-143238)
scaffold0021 (63-223)||(99991-100152)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (9-235)||(256916-257142)
[»] scaffold0053 (1 HSPs)
scaffold0053 (99-239)||(2260-2401)
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (52-239)||(30822-31011)
scaffold0040 (52-239)||(10042-10230)
[»] scaffold0028 (2 HSPs)
scaffold0028 (52-239)||(94430-94619)
scaffold0028 (52-239)||(103871-104060)
[»] scaffold0482 (1 HSPs)
scaffold0482 (52-239)||(3533-3722)
[»] scaffold0334 (1 HSPs)
scaffold0334 (99-238)||(12548-12688)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (52-239)||(408328-408517)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (9-213)||(27078-27289)
[»] scaffold0269 (1 HSPs)
scaffold0269 (55-223)||(14830-14999)
[»] scaffold0247 (1 HSPs)
scaffold0247 (55-223)||(24593-24762)
[»] scaffold0101 (1 HSPs)
scaffold0101 (29-87)||(42120-42178)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 29)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 11223325 - 11223563
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11223325 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacaggggttacaga 11223424  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11223425 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtag 11223524  T
Q  201 ccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  11223525 ccgagtttggtgaaccaggataactcttttgtgttattc 11223563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 33955738 - 33955499
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |    
T  33955738 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgta 33955639  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33955638 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 33955539  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33955538 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 33955499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 20035948 - 20036187
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||    
T  20035948 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaaccttttttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctaaggttgataatatagtggttatgga 20036047  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  20036048 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactatagtggataatctcacatgatgtgtggggactggaagta 20036147  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20036148 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctatgttattc 20036187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 20834380 - 20834614
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||  |    
T  20834380 ttgggcttaatagtttgacataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattggagaagcctgctgaggttgattatacagtggttacgaa 20834479  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20834480 ctgatctggtatgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacggagtgtggggactggaagta 20834579  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgt 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20834580 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgt 20834614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13815610 - 13815372
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacag 99  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  13815610 ttgggcttaatagtttaagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaagcctgttgaggttgataatacaagggttacag 13815513  T
Q  100 actgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagt 198  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13815512 aatgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgaatactatagtggataatctcacatgaagtgtggggactggaagt 13815413  T
Q  199 agccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13815412 agccggatttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 13815372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 42732811 - 42732576
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||     |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   ||    
T  42732811 ttgggcttaatagtttgagatag-aagagtttcaacctttcttgtgtgatc---aagaattgtagaagcctgttgaggttgataatacaggggttctgga 42732716  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42732715 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgctagttagaagtttctactagctgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 42732616  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42732615 gccgggtttggtgaaccaggataactctcttgtgttattc 42732576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 24244272 - 24244050
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||     
T  24244272 aatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaatcctgctgaggttgataatacagaggttacaaactgatcg 24244175  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24244174 ggtgtgatcaagacgttgtagtgttgattagaagtttctgccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggat 24244075  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctg 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  24244074 ttggtgaaccaggataactctcctg 24244050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 24290896 - 24290674
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||     
T  24290896 aatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaatcctgctgaggttgataatacagaggttacaaactgatcg 24290799  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24290798 ggtgtgatcaagacgttgtagtgttgattagaagtttctgccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggat 24290699  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctg 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  24290698 ttggtgaaccaggataactctcctg 24290674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 102 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22448467 - 22448330
Alignment:
Q  102 tgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22448467 tgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtag 22448368  T
Q  201 ccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22448367 ccggattgggtgaaccaggataactctcttgtgttatt 22448330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 18569039 - 18569228
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  18569039 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 18569138  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18569139 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 18569228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 24412828 - 24413017
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  24412828 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacagactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 24412927  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24412928 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccggatttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 24413017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30454389 - 30454201
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  30454389 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacaggtgttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 30454290  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454289 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 30454201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 22489185 - 22489374
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||| ||||||||| | || | ||||||||   |     
T  22489185 gcaaagaattgtagaagtctgctgaggttgataatacaggtgtaacggactgatctggtgtgatcaagatcttatagtgctagtcataagtttctgttag 22489284  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||    | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22489285 caagaca-actatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 22489374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 24422277 - 24422466
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  24422277 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 24422376  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24422377 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccggatttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 24422466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 239
Target Start/End: Original strand, 26652577 - 26652807
Alignment:
Q  6 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgat 105  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||     |||||||||||||| |  | ||||||||||||| | |||||    ||||||    
T  26652577 cttaatagtttgagatag-aagagttacaacctttcttgtgtgatc---aagaattgtagaagtccaccgaggttgataatacaagggttctgaactgat 26652672  T
Q  106 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgg 204  Q
     ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  26652673 atggtgtgatcaagacctaatagtgctagttagaagtttctattagctgaatactatagtggattatctcacacgaagtgtggggactggaagtagtcag 26652772  T
Q  205 gtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26652773 gtttggtgaaccagcataactctcctgtgttattc 26652807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 239
Target Start/End: Original strand, 26924162 - 26924392
Alignment:
Q  6 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgat 105  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||     |||||||||||||| |  | ||||||||||||| | |||||    ||||||    
T  26924162 cttaatagtttgagatag-aagagttacaacctttcttgtgtgatc---aagaattgtagaagtccaccgaggttgataatacaagggttctgaactgat 26924257  T
Q  106 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgg 204  Q
     ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  26924258 atggtgtgatcaagacctaatagtgctagttagaagtttctattagctgaatactatagtggattatctcacacgaagtgtggggactggaagtagtcag 26924357  T
Q  205 gtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26924358 gtttggtgaaccagcataactctcctgtgttattc 26924392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 52 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30459447 - 30459259
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  30459447 gcaaagaattgtataagcctgccgaggttgataatacaggtgttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 30459348  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459347 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 30459259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 52 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30445017 - 30444829
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  30445017 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacaggtgttatggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 30444918  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30444917 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaatcaggataactctcctgtgttatt 30444829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 4635945 - 4636134
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttc---tac 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||   ||     
T  4635945 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataaaacaggtgtaacggactgatatggtgtgatcaagatcttatagtgctggtcagaagtttctgttag 4636044  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  |   |||||| |||||||||||||  || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4636045 ca-agacaactatagtggataatctcacgtgaggtgtggggactgaaaatagccgggtttggtgaaccaggataactctcatgtgttattc 4636134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 33 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 22118310 - 22118134
Alignment:
Q  33 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgt 131  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22118310 caacgtttcttgtgcgaaagcaaataattgtagaagcatgctgatgttgataatacaggatgtaacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgt 22118211  T
Q  132 tggttagaagtttc---taccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |  | |||||||||   || ||  |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  22118210 tattcagaagtttctgttagca-agacaactataatggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagtcgggt 22118134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 31150820 - 31150651
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ct 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||   | |     
T  31150820 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 31150721  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  31150720 ggatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 31150651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 5600580 - 5600749
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatatag-gggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct-accact 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | |||||||||| |   |     
T  5600580 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 5600679  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  5600680 ggatactatagtggataatctcacacgtggtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 5600749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 5610226 - 5610395
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatatag-gggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct-accact 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | |||||||||| |   |     
T  5610226 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 5610325  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  5610326 ggatactatagtggataatctcacacgtggtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 5610395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 99 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 22457788 - 22457723
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc--actgtatactata 162  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  22457788 gactgatctggtgtgatcatgaccttatagtgttggttagaagtttctacccaactgtatactata 22457723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 37514942 - 37514858
Alignment:
Q  155 atactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  37514942 atactatagtggataatctcacacaaggtgtggggactagaagtagccggctttgatgaaccagtataaatctcatgtgttattc 37514858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 223
Target Start/End: Original strand, 16110860 - 16111058
Alignment:
Q  31 tccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagt 129  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||| || |||| ||| |||||||||| ||   || ||||| || |||||||||||||||| | ||||||    
T  16110860 tccaacctttcttgaacgaaagcaaataattgtataaacctgttgatgttgataatacagaatgtaacagattggtctggtgtgatcaagaacatatagt 16110959  T
Q  130 gttggttagaagtttctaccact-gtatactataatggat---aatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgg-gtttggtgaaccaggataa 223  Q
    |||  |   |||||| |   | | | ||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  16110960 gttattccaaagtttttgatagtaggatactataatggatggtaatctcacacgaagtgtcgggactggaagtagccggcttttggtgaaccatgataa 16111058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 181 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22457723 - 22457666
Alignment:
Q  181 agtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  22457723 agtgtggggactggaagtagccggattgggtgaacaaggataactcttctgtgttatt 22457666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 33 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 35728032 - 35727978
Alignment:
Q  33 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataata 87  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||||| ||||||    
T  35728032 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaactgtagaagcatgtttaggttaataata 35727978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 157 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 1693748 - 1693703
Alignment:
Q  157 actataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagcc 202  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  1693748 actataatggaaaatctcacacaaagtgtggggactagacgtagcc 1693703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 42712416 - 42712177
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  42712416 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 42712317  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42712316 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 42712217  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42712216 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 42712177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 20044767 - 20045006
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  20044767 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacaggggttacgga 20044866  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20044867 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactatcgtggataatctcacacgaagtgtggggactggatgta 20044966  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20044967 gccgggtttggtgaaccaggataactctcatgtgttattc 20045006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 6 - 239
Target Start/End: Original strand, 20030133 - 20030367
Alignment:
Q  6 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgat 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  20030133 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagggattacggactgat 20030232  T
Q  106 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20030233 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttataccaactgtatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgg 20030332  T
Q  205 gtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20030333 gtttggtgaaccaggataactctcttgtgttattc 20030367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 12925303 - 12925542
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  12925303 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaaacaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 12925402  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12925403 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 12925502  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12925503 gtcgggtttcgtgaaccaggataactctcctgtgttattc 12925542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 6 - 239
Target Start/End: Original strand, 12767585 - 12767821
Alignment:
Q  6 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgat 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  12767585 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacaggggttacggactgat 12767684  T
Q  106 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggac--tggaagtagcc 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||    
T  12767685 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgaatactatagtggataatctcacacgaaatgtggggactgtggaagtaacc 12767784  T
Q  203 gggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12767785 gggattggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 12767821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18143666 - 18143428
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacag 99  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  18143666 ttgggcttaatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaagcctactgaggttgataatacaagggttacag 18143569  T
Q  100 actgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagt 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18143568 actgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttttaccaactgaatgctatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagt 18143469  T
Q  199 agccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18143468 agccggatttggtgaaccaagataactctcctgtgttattc 18143428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4843961 - 4843721
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatatag--gggttac 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||   |||||||    
T  4843961 ttggccttaatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaagcctgatgaggttgataatatacaagggttac 4843864  T
Q  98 agactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaa 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4843863 agactgatctggtgtgatcaagaccttatagtcttggttagaaatttctaccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaa 4843764  T
Q  197 gtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4843763 gtagccggatttagtgaaccaggataactctcctttgttattc 4843721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25037263 - 25037026
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacag 99  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  25037263 ttgggcttaatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaagcctgctgaggttgataatacagaggttacag 25037166  T
Q  100 actgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagt 198  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25037165 actgatctggtgtgatcaagactttatagtgttggttagaagtttctaccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagt 25037066  T
Q  199 agccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    |||| | || ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  25037065 agccagattgggtgaaccaagataactctcttgtgttatt 25037026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25051300 - 25051063
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacag 99  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  25051300 ttgggcttaatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaagcctgctgaggttgataatacagaggttacag 25051203  T
Q  100 actgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagt 198  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25051202 actgatctggtgtgatcaagacattatagtgttggttagaagtttctaccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagt 25051103  T
Q  199 agccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    |||| | || ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  25051102 agccagattgggtgaaccaagataactctcttgtgttatt 25051063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 31575645 - 31575411
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||     ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||   ||    
T  31575645 ttgggcttaatagtttgagatag-aagagttccaacctttcttgtgtgatc---aagaattgtagaagcttgctgaggttgataatacaggggttctgga 31575550  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31575549 ctgatttggtgtgatcaagaccttatagtgctagttagaagtttctactagctgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 31575450  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31575449 gccggatttggtgaaccaggataactctcttgtgttatt 31575411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18883389 - 18883163
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||  ||||||||    
T  18883389 aatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaagcctgctgaggttgataatacagagggtacgaactgatct 18883292  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18883291 ggtgtgatcaagactttatagtgttggttagaattttctaccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggat 18883192  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctgtgtt 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18883191 ttggtgaaccaggataactctcctgtgtt 18883163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Original strand, 18251787 - 18252009
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||     
T  18251787 aatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaatcctgctgaggttgataatacagaggttacaaactgatcg 18251884  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18251885 ggtgtgatcaagacgttatagtgttggttagaagtttctgccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggat 18251984  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctg 231  Q
    |||||||| ||||||||||||||||    
T  18251985 ttggtgaatcaggataactctcctg 18252009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 12915499 - 12915647
Alignment:
Q  92 ggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtgggga 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12915499 ggttacggactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtgggga 12915598  T
Q  191 ctggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12915599 ctggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 12915647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Original strand, 18232885 - 18233107
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||     
T  18232885 aatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaatcctgctgaggttgataatacagaggttacaaactgatcg 18232982  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18232983 ggtgtgatcaagacgttgtagtgttgattagaagtttctgccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggat 18233082  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctg 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  18233083 ttggtgaaccaggataactctcctg 18233107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Original strand, 18242336 - 18242558
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||     
T  18242336 aatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaatcctgctgaggttgataatacagaggttacaaactgatcg 18242433  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18242434 ggtgtgatcaagacgttgtagtgttgattagaagtttctgccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggat 18242533  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctg 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  18242534 ttggtgaaccaggataactctcctg 18242558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 20714069 - 20714258
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||   |     
T  20714069 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacaggtgtaacagactgatctggtgtgatcaagatcttatagtgctagtcagaagtttctgttag 20714168  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||    | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20714169 caagaca-actataatggataatgtcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcatgtgttattc 20714258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 7789266 - 7789077
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  7789266 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacagactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 7789167  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||    | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  7789166 caagaca-actatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccagaataattctcctgtgttattc 7789077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 99 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 33592274 - 33592134
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 197  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33592274 gactgatctagtgtgatcaagaccttatagtgttggtcagaagtttctgtcaactgaaaactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 33592175  T
Q  198 tagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33592174 tagccggattgggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 33592134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 99 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 33601913 - 33601773
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 197  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33601913 gactgatctagtgtgatcaagaccttatagtgttggtcagaagtttctgtcaactgaaaactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 33601814  T
Q  198 tagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33601813 tagccggattgggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 33601773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 99 - 228
Target Start/End: Original strand, 24634015 - 24634145
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24634015 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgctagttagaagtttctactagctgaatactatagtggataatatcacacgaagtgtggggactggaag 24634114  T
Q  198 tagccgggtttggtgaaccaggataactctc 228  Q
    ||| ||||||||  |||||||||||||||||    
T  24634115 tagtcgggtttgaggaaccaggataactctc 24634145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 99 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 42896289 - 42896174
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttcta-ccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42896289 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctatcaactgaaatctatagtggataatctcacacgaagtgtggagactggaag 42896190  T
Q  198 tagccgggtttggtga 213  Q
    ||||||| || |||||    
T  42896189 tagccggattgggtga 42896174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 33 - 237
Target Start/End: Original strand, 15833931 - 15834137
Alignment:
Q  33 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgt 131  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||| || ||  ||| ||||||| || |||||| |||||||||     
T  15833931 caacctttcatgtgtgaaagcaaagaattgtagaaacctactgatgttgataatacagggagtaacgaacttatctggtatggtcaagaacttatagtgc 15834030  T
Q  132 tggttagaagtttc---taccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctc 228  Q
    | || |||||||||   || || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  15834031 tagtcagaagtttcagttagca-tg-atactataatggataatctcacacgaggtgtgtggactgaaagtagccggatttggtgaaccaagataaatctc 15834128  T
Q  229 ctgtgttat 237  Q
     ||||||||    
T  15834129 ttgtgttat 15834137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 173 - 239
Target Start/End: Original strand, 20714417 - 20714483
Alignment:
Q  173 tcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20714417 tcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcatgtgttattc 20714483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 24096282 - 24096077
Alignment:
Q  33 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgtt 132  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||||||||||| | ||   |  ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| |    
T  24096282 caaccttccttgtgcgaaatcaaagaattgaagaagtttgttgaggttgataatacaaggaaaatggactgatatggtgtaatcaagaacttgtagtgct 24096183  T
Q  133 ggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtgggg-actggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcct 230  Q
     || | |||||| |   | |   |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||    
T  24096182 agtcaaaagtttatgttagcaagatactatagtggataatctcacacgaggtgtgggggactggaagtagtcgagtttggtgaaccagaataaatctcct 24096083  T
Q  231 gtgtta 236  Q
    ||||||    
T  24096082 gtgtta 24096077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 177 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 26194106 - 26194048
Alignment:
Q  177 acgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgtt 235  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  26194106 acgaagtgtggggactagaagtagttgggtttgatgaaccaggataactctcatgtgtt 26194048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 32 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 21372846 - 21372790
Alignment:
Q  32 ccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatata 89  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||    
T  21372846 ccaacatttcttgtgtgaaa-caaagaattgtaaaagccttctaaggttgataatata 21372790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 14635016 - 14634777
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  14635016 ttgggcttaatagtttgagataggaaaagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 14634917  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14634916 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccagctgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 14634817  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14634816 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 14634777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 14644716 - 14644477
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  14644716 ttgggcttaatagtttgagataggaaaagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 14644617  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14644616 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 14644517  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14644516 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 14644477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 15947611 - 15947372
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  15947611 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 15947512  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15947511 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggtgactggaagta 15947412  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15947411 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 15947372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 33292407 - 33292176
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  33292407 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacggactgatctg 33292308  T
Q  109 gtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33292307 gtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtt 33292208  T
Q  208 tggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33292207 tggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 33292176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 9736895 - 9737134
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9736895 ttgggcttaatagtttgagataggaaaagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacaggggctacaga 9736994  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctac-cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9736995 ctgatctggtgtgatcaaggccttatagtgttggttagaagtttctacaaactgaatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 9737094  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9737095 gccgggtttagtgaaccaggataactctcctgtgttattc 9737134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 32817946 - 32818184
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  32817946 ttgggcttaatagtttaagataggaa-agttcgaacctttcttgtgcgaaaacaaaaaattgtagaagcctgcggaggttgataatacaggggttacaga 32818044  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32818045 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggaccggaagta 32818144  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32818145 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 32818184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 11634559 - 11634337
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||     
T  11634559 aatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaagcctgctgaggttgataatacagaggttacaaactgatcg 11634462  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11634461 ggtgtgatcaagacgttatagtgttggttagaagtttctgccaactgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggat 11634362  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctg 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  11634361 ttggtgaaccaggataactctcctg 11634337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 99 - 238
Target Start/End: Original strand, 13874433 - 13874572
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13874433 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgaaaactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 13874532  T
Q  198 tagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13874533 tag-cggattgggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 13874572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 7593006 - 7593195
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  7593006 gcaaagaattgtataagcctgatgaggttgataatacaggtgttacggactgatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 7593105  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7593106 caa-gaaaactataatggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccaggtttggtgaaccaggataactctcttgtgttattc 7593195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 15174540 - 15174729
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || |||||||| |   |     
T  15174540 gcaaagaattatataagcctgctgaggttgataatacaggtgtaacggactgatctggtgtgatcaagatcttgtagtgctagtcagaagtttttgttag 15174639  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15174640 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataaatctcctgtgttattc 15174729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 116 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 48710131 - 48710006
Alignment:
Q  116 caagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtgggg-actggaagtagccgggtttggtga 213  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  48710131 caagaccttatagtgctagttagaagtttctactagctgaatactatagtggataatctcacacgaagtgtgggggactggaagtatccgagtttggtga 48710032  T
Q  214 accaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  48710031 accagaatatctctcctgtgttattc 48710006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 54 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 19352775 - 19352589
Alignment:
Q  54 aaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-c 151  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||| || || ||  ||||||||||||||| ||  |||||||    || ||||||||||   | |    
T  19352775 aaagaagtgtagaagcctgatgaggttcataatacagggtgtaacggaaagatctggtgtgatcaggaatttatagtacaagtcagaagtttctgttagc 19352676  T
Q  152 tgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
     | | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  19352675 aggagactatagtggataatctcacacgaagtgtgaggactggaagtagccgaatttggtgaaccagtataactctcctgtattatt 19352589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 78
Target Start/End: Original strand, 28344155 - 28344232
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgagg 78  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  28344155 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccagcctttcttgtgcaaaagcaaataattgtagaagtctgctgagg 28344232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 6 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 48711514 - 48711401
Alignment:
Q  6 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgat 105  Q
    |||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | | ||| |  ||||||    
T  48711514 cttaatagtttgagatagaaa-agttttaacctttcttgtgtgaaagcaaagaattatagaagcctgttgaggttgataatacatgtgttccgaactgat 48711416  T
Q  106 ctggtgtgatcaaga 120  Q
     ||||||||||||||    
T  48711415 atggtgtgatcaaga 48711401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 4306641 - 4306573
Alignment:
Q  155 atactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  4306641 atactatagtagaaaatctcactcgaagtgtgggaactggaagtagctggctttggtgaactaggataa 4306573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0206 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0206
Description:

Target: scaffold0206; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 6 - 239
Target Start/End: Original strand, 2063 - 2297
Alignment:
Q  6 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgat 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  2063 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagggattacggactgat 2162  T
Q  106 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2163 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttataccaactgtatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgg 2262  T
Q  205 gtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2263 gtttggtgaaccaggataactctcttgtgttattc 2297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 23884441 - 23884677
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  23884441 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 23884540  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23884541 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggacaatctcacacgaagtgtggggactggaagta 23884640  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgtta 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23884641 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgtta 23884677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 22066242 - 22066481
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  22066242 ttgggcttaatagtttgagataggaaaagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 22066341  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22066342 ctgatctagtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 22066441  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22066442 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 22066481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 17512460 - 17512222
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  17512460 ttgggcttaatagttttagataggaaaagttccaacctttctcgtgcgtaaacaaagaattgtagaagcctgctaaggttgataatacaggg-ttacaga 17512362  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  17512361 ctgatctagtgtgatcaagactttatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactatagtggataatctcacaagaagtgtggggactgaaagta 17512262  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17512261 gccgagtttggtgaaccaggataactcttctgtgttattc 17512222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 23895804 - 23895615
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  23895804 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacaggtgtaacggactgatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 23895705  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23895704 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 23895615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 18420551 - 18420740
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||  |  ||||| | || ||||||||||   |     
T  18420551 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacaggtgtaacggactgatctggtgtgatcaagatttgttagtgctagtcagaagtttctgttag 18420650  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18420651 caa-gaaaactatagtgtataatctcacacgaggtgtcgggactggaagtagccgggttttgtgaaccaggataactatcctgtgttattc 18420740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 54 - 239
Target Start/End: Original strand, 14102308 - 14102496
Alignment:
Q  54 aaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---acc 149  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || |||| |||||||| |||||||||||||||| |||| | || | ||||||||   | |    
T  14102308 aaagaattgtagaagtctgctgaggttaataatacagggtgtaacaggctgatctgttgtgatcaagaccttacagtgctagtcaaaagtttctgttagc 14102407  T
Q  150 actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |    | |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  14102408 aagaca-actatagtggataatctcacaagaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataattcttcagtgttattc 14102496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10259945 - 10259779
Alignment:
Q  74 tgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataat 171  Q
    ||||||| |||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||  |||||||| | || ||||||||||   | | | |||||||| |||| |||    
T  10259945 tgaggtttataatacagggtgtaacggactgatctggtgtgatcaagaatttatagtgctagtcagaagtttctcttagcaggatactatagtggagaat 10259846  T
Q  172 ctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  10259845 cccacacgaagtgtgaggactggaagtagctggatttggtgaaccagaataattctcctgtgttatt 10259779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 11421594 - 11421451
Alignment:
Q  96 acagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccactgt-atactataatggataatctcacacgaagtgtggggactgg 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |   |   | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11421594 acagactgatctggtgtgatcaagatcttatagtgttagtcagaattttttgttaacatgatactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactgg 11421495  T
Q  195 aagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||| | || |||||||||    
T  11421494 aagtagccggatttgatgaactaggataattatcttgtgttatt 11421451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 23110405 - 23110242
Alignment:
Q  54 aaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-c 151  Q
    |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||| || | ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | || ||||||||||   | |    
T  23110405 aaagaattttagaagcctgttgatgttgataatattgggtgtaatagacttatctggtgtgatcaagaacatatagtgctagtcagaagtttctgttagc 23110306  T
Q  152 tgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaac 215  Q
     | |||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  23110305 cgaatactatagtggataatctaacacggggtgtggggactggaagtagctggttttcgtgaac 23110242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 129
Target Start/End: Original strand, 13218308 - 13218429
Alignment:
Q  7 ttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatc 106  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| |  |||||| |||| || ||||||||||||||||| | || |  |||| ||    
T  13218308 ttaataatttgagatagaaa-agttccaacttttcttgtgcaaaagcataagattgtataagcttgttgaggttgataatatagtgattccgaactggtc 13218406  T
Q  107 tggtgtgatcaagaccttatagt 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  13218407 tggtgtgatcaataccttatagt 13218429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 239
Target Start/End: Original strand, 12173525 - 12173609
Alignment:
Q  155 atactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||  |||||||||    
T  12173525 atactatagtggataatcttacacaaggtgtggggactgaaagtagccgagtttggtgaactatgataaatctcaggtgttattc 12173609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 20884687 - 20884448
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  20884687 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 20884588  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20884587 ctgatctggtgtgatcaaaaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 20884488  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20884487 gccgggtttggggaaccaggataactctcctgtgttattc 20884448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 6 - 239
Target Start/End: Original strand, 11482269 - 11482503
Alignment:
Q  6 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgat 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  11482269 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagccggctgaggttgataatacaggggttacggactgat 11482368  T
Q  106 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgg 204  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11482369 atggtgtgataaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactagaagtagccgg 11482468  T
Q  205 gtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||  |||||||    
T  11482469 gtttggacaaccaggataactctcctacgttattc 11482503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 50516735 - 50516497
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  50516735 ttgggcttaatagtttgagataggaa-agttccaacctttcttgagcgaaagcaaagaattgtaacagcctgctgaggttgataatacaagggttacgga 50516637  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50516636 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaaatttctaccaacggaatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 50516537  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50516536 gtcgggtttggggaaccaggataactctcctgtgttattc 50516497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 3242475 - 3242286
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  3242475 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 3242376  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3242375 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 3242286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 26812508 - 26812697
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  26812508 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacaggtgttacggactgatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 26812607  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26812608 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 26812697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 26821975 - 26822164
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  26821975 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacaggtgttacggactgatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 26822074  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26822075 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 26822164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 37059086 - 37059275
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || ||||||||||   |     
T  37059086 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacaggtgtaacggactgatctggtgtgatcaagatcttgtagtgctagtcagaagtttctgttag 37059185  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37059186 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 37059275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 54690101 - 54689912
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  54690101 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 54690002  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54690001 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 54689912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 54699532 - 54699343
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  54699532 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 54699433  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54699432 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 54699343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 3918066 - 3918255
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || || || | || ||||||||||   |     
T  3918066 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtaatgctagtcagaagtttctgttag 3918165  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3918166 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 3918255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 15843086 - 15842897
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||   |     
T  15843086 gcaaagaattgtagaagcctgcttaggttgataatacaggtgtaacagactgatctgatgtgatcaagatcttatagtgctagtcagaagtttctgttag 15842987  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||    | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15842986 caagaca-actatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgagtttggtgaaccaagataactctcctgtgttattc 15842897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 23622919 - 23623088
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatatag-gggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct-accact 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | |||||||||| |   |     
T  23622919 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacagactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 23623018  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  23623019 ggatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 23623088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 33 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18125616 - 18125411
Alignment:
Q  33 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataata-taggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgt 131  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| || ||||| ||||||| |||||||||    ||  | ||     
T  18125616 caacctttcttgtgcgaaagtaaagaattgaagaagtctgctgaggttgataatacaaggtgtaacagaatgatctgttgtgatcaa---ttttcaatgc 18125520  T
Q  132 tggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcct 230  Q
    |||| |||||||| |   | | | |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | || || |||| |||  ||||||||||||| |||| |    
T  18125519 tggtaagaagtttttgttagcaggatactataatggataatctcacacgaggtgtggagaccgaaaataaccggatttaatgaaccaggataaatctctt 18125420  T
Q  231 gtgttattc 239  Q
    |||| ||||    
T  18125419 gtgtcattc 18125411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 21667845 - 21667754
Alignment:
Q  30 ttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataata-taggggttacagactgatctggtgtgatcaaga 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||  | | || | |||||||||| ||||||||||||    
T  21667845 ttccaacctttcttgtgcgaaaacaaagaattgtagaagcttactgaagttgacaatacaatgtgtaatagactgatctagtgtgatcaaga 21667754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 21676609 - 21676518
Alignment:
Q  30 ttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataata-taggggttacagactgatctggtgtgatcaaga 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||  | | || | |||||||||| ||||||||||||    
T  21676609 ttccaacctttcttgtgcgaaaacaaagaattgtagaagcttactgaagttgacaatacaatgtgtaatagactgatctagtgtgatcaaga 21676518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 41902726 - 41902641
Alignment:
Q  29 gttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgat 115  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||| | | || || |||||||||||||||||    
T  41902726 gttccaacctttcctgtgcaaaagcaaagaattgtataagcatgttgaagttgataataga-gtgtaactgactgatctggtgtgat 41902641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 28256268 - 28256210
Alignment:
Q  29 gttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataata 87  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  28256268 gttccaacctttcttttgcaaaaacaaagaattgtagaagcctaatgaggttgacaata 28256210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28256157 - 28256098
Alignment:
Q  180 aagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||||| ||||||||   |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  28256157 aagtgtggggactgaaagtagccaactttgatgaaccacgataaatctcctgtgttattc 28256098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 16490025 - 16489961
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataata-taggggttacagactgatctggtgtgatcaa 118  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||| |  | || |||||||||| ||||||||||||    
T  16490025 aagaatcgtagaagtctgctgaggttgataatactgagtgtaacagactgatatggtgtgatcaa 16489961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 5385639 - 5385874
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |    
T  5385639 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgatgatacagtggttacata 5385738  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5385739 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctatcagctgtatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 5385838  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgtt 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5385839 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgtt 5385874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 46305811 - 46305573
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  46305811 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacaga 46305712  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46305711 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactaaagtggataatctca-acgaagtgtggggactggaagta 46305613  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46305612 gccgggtttgatgaaccaagataactctcctgtgttattc 46305573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 7 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13328510 - 13328278
Alignment:
Q  7 ttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  13328510 ttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcttgctgaggttgataatacaagggttacggactgatc 13328411  T
Q  107 tggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggg 205  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13328410 tggtgtgatcaagacctaatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagtcggg 13328311  T
Q  206 tttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13328310 tttggtgaaccaagataactctcctgtgttatt 13328278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 23486990 - 23487231
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  23486990 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaagctttcttgtgcaaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacaagggttacaga 23487089  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggac--tggaag 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  23487090 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgaatactatagtggataatctcacacgaaatgtggggactgtggaag 23487189  T
Q  198 tagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23487190 taaccgggattggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 23487231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 24794734 - 24794545
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  24794734 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 24794635  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24794634 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 24794545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28367841 - 28367652
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  28367841 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 28367742  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28367741 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 28367652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28375659 - 28375470
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  28375659 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 28375560  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28375559 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 28375470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28383481 - 28383292
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  28383481 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 28383382  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383381 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 28383292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28351908 - 28351719
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  28351908 gcaaagaattgtataagcctgctaaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 28351809  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28351808 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccagcataactctcctgtgttattc 28351719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 38529365 - 38529176
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | || |||| |||||   |     
T  38529365 gcaaagaattgtagaagcctactgaggttgataatacaagtgtaacagactcatctggtgtgatcaagatcttatagtgctagtcagaaatttctgttag 38529266  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||    | |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  38529265 caagaca-actatagtggataatctcacacgaggtgtgggcactggaagtagccgggtttggtgaactatgataactctcctgtattattc 38529176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 33 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 7784215 - 7784101
Alignment:
Q  33 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgt 131  Q
    |||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7784215 caacctttcttgtaggaaggaaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagggtgtaacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgt 7784116  T
Q  132 tggttagaagtttct 146  Q
    | || | ||||||||    
T  7784115 tagtcataagtttct 7784101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 54 - 239
Target Start/End: Original strand, 4951595 - 4951782
Alignment:
Q  54 aaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---acca 150  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| | || |||| |||||   | ||    
T  4951595 aaagaattgtagaaggctgttgaggttgataatacaggtgtaacagactgatctggtgtgaccaataccttgtagtgctagtcagaaatttctgttagca 4951694  T
Q  151 ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
        | | |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  4951695 agacaaa-tatagtggataatctcacacgaggtgtgaggacttgaagtagtcgagtttggtgaaccaagataactctcatgtgttattc 4951782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 48978670 - 48978835
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccactg 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||     ||    
T  48978670 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctga---tg 48978766  T
Q  154 tatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
     |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  48978767 gatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 48978835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 48988210 - 48988375
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccactg 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||     ||    
T  48988210 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctga---tg 48988306  T
Q  154 tatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
     |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  48988307 gatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 48988375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 17530046 - 17529877
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ct 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||   | |     
T  17530046 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 17529947  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  17529946 ggatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 17529877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 32877870 - 32878039
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatatag-gggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct-accact 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  | |||||||| | |   |     
T  32877870 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacagactgatctggtgtgatcaacaaattatagtgttattcagaagtttatgatagca 32877969  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
      |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  32877970 tgatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 32878039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 54624655 - 54624824
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ct 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||   | |     
T  54624655 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacagactgatctggtatgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 54624754  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  54624755 ggatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 54624824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 33 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4361720 - 4361515
Alignment:
Q  33 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataata-taggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgt 131  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| || ||||| ||||||| |||||||||    ||  | ||     
T  4361720 caacctttcttgtgcgaaagtaaagaattgaagaagtctgctgaggttgataatacaaggtgtaacagaatgatctgttgtgatcaa---ttttcaatgc 4361624  T
Q  132 tggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcct 230  Q
    |||| |||||||| |   | | | |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | || || |||| |||  ||||||||||||| |||| |    
T  4361623 tggtaagaagtttttgttagcaggatactataatggataatctcacacgaggtgtggagaccgaaaataaccggatttaatgaaccaggataaatctctt 4361524  T
Q  231 gtgttattc 239  Q
    |||| ||||    
T  4361523 gtgtcattc 4361515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 223
Target Start/End: Original strand, 19388868 - 19388936
Alignment:
Q  155 atactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  19388868 atactatagtcgataatctcacacgaagtgtggggacttgaagtagccgattttggtgaaccaggataa 19388936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 7784063 - 7783988
Alignment:
Q  164 tggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| | |  |||||||||||||||    
T  7784063 tggataatctcacatgtggtgtgggaactggaagtagtcaggtttggtgaaccagaacagttctcctgtgttattc 7783988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 155 - 201
Target Start/End: Original strand, 24285491 - 24285537
Alignment:
Q  155 atactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagc 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  24285491 atactatagtggataatctcacacgaagtgtagggagtggaagtagc 24285537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 35877465 - 35877704
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |    
T  35877465 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgaa 35877564  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35877565 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 35877664  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35877665 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctatgttattc 35877704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 35884954 - 35885193
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |    
T  35884954 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgaa 35885053  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35885054 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 35885153  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35885154 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctatgttattc 35885193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 36724667 - 36724906
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |    
T  36724667 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgaa 36724766  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36724767 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 36724866  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36724867 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctatgttattc 36724906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 3396872 - 3397108
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  3396872 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattttagaagtctgctgaggttgataatacaatggttacgga 3396971  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3396972 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactagaagta 3397071  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgtta 236  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3397072 gctgggtttggtgaaccatgataactctcctgtgtta 3397108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 31710654 - 31710465
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||   |     
T  31710654 gcaaagaattgtagaagtctgctgaggttgataatacaggtgtaacggactgatctggtgtgatcaagatcttatagtgctagtcagaagtttctgttag 31710555  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||    | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  31710554 caagaca-actatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaacaaggataactctcatgtgttattc 31710465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 14273204 - 14273393
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttc---tac 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| | || |||||||||   ||     
T  14273204 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggtgtaacagactgatatggtgtgattaagatcttatagtgctagtcagaagtttctgttag 14273303  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  |   |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  14273304 ca-agacaactatagtggataatctcacacgaggtgtggagactgaaagtagccgggtttggtgaaccaggataattctcgtgtgttattc 14273393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 24022930 - 24022741
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttc---tac 148  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||   ||     
T  24022930 gcaaagaattgtagaagcctgttgaggttgataatacaggtgtaacggactgatctggtgtgatcaagatcttatagtgctagtcagaagtttctgttag 24022831  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  |   |||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  24022830 ca-agacaactatagtggataatctcacacgaggtgtgggaattggaagtagccgggtttggtgaacgaggataactctccaatgttattc 24022741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 22632402 - 22632571
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatatag-gggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct-accact 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||||| || |||||||||| |   |     
T  22632402 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgttagtcagaagtttctgatagca 22632501  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  22632502 ggatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 22632571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 1790999 - 1791164
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccactg 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||     ||    
T  1790999 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctga---tg 1791095  T
Q  154 tatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
     |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  1791096 gatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 1791164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 1800493 - 1800662
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ct 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||   | |     
T  1800493 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 1800592  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  1800593 ggatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 1800662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 155 - 226
Target Start/End: Original strand, 16446668 - 16446739
Alignment:
Q  155 atactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactc 226  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||| |||| ||||||||||||    
T  16446668 atactatagtggataatctcacacgaaatgtggggactgaaagtagtcggatttagtgatccaggataactc 16446739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 167 - 239
Target Start/End: Original strand, 18578802 - 18578874
Alignment:
Q  167 ataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||| |||| ||||||||||    
T  18578802 ataatctcacacaaggtgtggggactgaaagtagtcgggtttgatgaacatggataaatctcatgtgttattc 18578874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 239
Target Start/End: Original strand, 29911278 - 29911349
Alignment:
Q  168 taatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| || |||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  29911278 taatctcacacgaggtgaggggactggaagcagctggatttggttaaccatgataaatctcatgtgttattc 29911349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 14272256 - 14272017
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  14272256 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacatttcctgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 14272157  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14272156 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgtttgttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 14272057  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14272056 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 14272017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 14282122 - 14281888
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  14282122 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacatttcctgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 14282023  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14282022 ctgatctggtgtgatcaagaccttatagtgtttgttagaagtttctaccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagta 14281923  T
Q  200 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgt 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14281922 gccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgt 14281888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 7 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3471169 - 3470949
Alignment:
Q  7 ttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  3471169 ttaatagtttgagataggaagagttctaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacggactgatc 3471070  T
Q  107 tggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggg 205  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  3471069 tggtgtgatcaagaccttataatgttggttagaagtttctaccaattgtatactacagtggataatctcacatgaagtgtgggggctggaagtaaccggg 3470970  T
Q  206 tttggtgaaccaggataactc 226  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  3470969 tttggtgaaccaggataactc 3470949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 33 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 5378632 - 5378423
Alignment:
Q  33 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgt 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5378632 caacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagtctgctgaggtttataatatagggtgtaacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgc 5378533  T
Q  132 tggttagaagtttc---taccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctc 228  Q
    | ||||||||||||   || ||  |   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5378532 tagttagaagtttctgttagca-agacaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataattctc 5378434  T
Q  229 ctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||    
T  5378433 ctgtgttattc 5378423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 99 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 21919571 - 21919431
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21919571 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgaaaactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 21919472  T
Q  198 tagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21919471 tagccggattgggtgaatcaggataactctcctgtgttatt 21919431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 239
Target Start/End: Original strand, 21633538 - 21633768
Alignment:
Q  8 taatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| | |||||||||    
T  21633538 taatagtttgagatagaaa-agttccaacatttcttgtgtgaaagcaaggaatt-tagaagcctgctgaggttgataatacagttgttccggactgatct 21633635  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccact-gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    ||||||| |||||||||||| || | || |||||||||||| | | | |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||    
T  21633636 ggtgtgaccaagaccttataatgctagtcagaagtttctactagtagaatactatagtggataatctcacaaaaagtgtggggactagacgtagccgggt 21633735  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||| |||  | || ||||||||||    
T  21633736 ttggtgaaccagaatatttatcttgtgttattc 21633768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 37 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 40999239 - 40999034
Alignment:
Q  37 ctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggt 135  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | || || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||    
T  40999239 ctttcttgtgtgaaagcaaagaattgtagaagtctgttgaggttgataatacatggtgtaacaaactgatctggtgtgatcaaaaccttatagtgctagt 40999140  T
Q  136 tagaagtttc---taccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgt 232  Q
     | |||||||   || ||    | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  40999139 cataagtttccgttagcaagaca-actatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagttgtcgggtttggtgaaccaggataactcttatgt 40999041  T
Q  233 gttattc 239  Q
    |||||||    
T  40999040 gttattc 40999034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 26906474 - 26906245
Alignment:
Q  8 taatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatc 106  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||| ||     |||||||||| ||| |||||||||||||||||| || | || |||||||||||    
T  26906474 taatagtttgagaaag-aattgttccaacctttcttgtgtgatc---aagaattgtaaaagtctgctgaggttgataatacagagtgtaacagactgatc 26906379  T
Q  107 tggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccggg 205  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||   | |   ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||    
T  26906378 tggtgtgaccaagaacttatagtgctagtcagaagtttctgttaacaagatattataatggataatctcacacgaggtatggggactagaagtagcctgg 26906279  T
Q  206 tttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  26906278 tttggtgaaccaggataaatctcgtgtgttattc 26906245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 15810216 - 15809976
Alignment:
Q  6 cttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgat 105  Q
    |||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||     ||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||| || || |||||||    
T  15810216 cttaatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctggttcaaagaattgtagaagcatgccgaagttgataatacaggtgtaacggactgat 15810119  T
Q  106 ctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttc---taccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtgggga--------ctgg 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||   |||||   || | |||| ||||||||||||||||| |||||||||        ||||    
T  15810118 ctggtgtgatcaagaccttatagtgctactcagaagtttctgttaccaagata-attatagtggataatctcacacgaggtgtggggactcgaactctgg 15810020  T
Q  195 aagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15810019 aagtagtcggatttggtgaaccaggataattctcttgtgttatt 15809976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 30 - 237
Target Start/End: Original strand, 30676766 - 30676976
Alignment:
Q  30 ttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatatag-gggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatag 128  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  || |||| ||||||||| || | || |||||||||||| |||||||||||| | |||||    
T  30676766 ttccaacctttcttgtgtgaaagcaaagaattatataagtatgttgagattgataatacagagtgtaacagactgatcttgtgtgatcaagaacatatag 30676865  T
Q  129 tgttggttagaagtttc-taccactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttg-gtgaaccaggataactc 226  Q
    || |  | | ||||||| ||   ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||| |||||||| ||||| ||    
T  30676866 tgctattcataagtttcttatagctgaatattgtaatggataatctcacacgaagtgtggggactgaaagtagtctgctttgtgtgaaccatgataaatc 30676965  T
Q  227 tcctgtgttat 237  Q
    |  ||||||||    
T  30676966 ttgtgtgttat 30676976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 3)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 48 - 239
Target Start/End: Original strand, 124043 - 124235
Alignment:
Q  48 gaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttcta 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  124043 gaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacggactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttcta 124142  T
Q  148 cc-actgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    || |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  124143 ccaactgcatactatagtggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtaacaggatttgatgaaccaggataactctcctgtgttattc 124235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Original strand, 143118 - 143238
Alignment:
Q  1 ttggccttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  143118 ttgggcttaatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatacagtggttacgga 143217  T
Q  101 ctgatctggtgtgatcaagac 121  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  143218 ctgatctggtgtgatcaagac 143238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 63 - 223
Target Start/End: Original strand, 99991 - 100152
Alignment:
Q  63 tagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatacta 160  Q
    ||||||| || |||||||||||||| || | || |||||||||| |||||||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||   | | | ||||||    
T  99991 tagaagcttgttgaggttgataatacagagtgtaacagactgatttggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagcaggatacta 100090  T
Q  161 taatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||| || ||||||||||||    
T  100091 taatggataatctcacacgtagtgtggggactggacatagcc-ggttaggcgaaccaggataa 100152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 235
Target Start/End: Original strand, 256916 - 257142
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgta-gaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatct 107  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||    
T  256916 aatagtttgagatagaaaa--ttccaacctttcttttgctagtgcaaagaattgtaagaagcttgctgaggttgataatacagaggttacgaactgatct 257013  T
Q  108 ggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggt 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  257014 ggtgtgatcaagactttatagtgttggttagaagtttctaccaactgaatactatagtggataatttcacacgaagtgtggggactggaagtagccggat 257113  T
Q  207 ttggtgaaccaggataactctcctgtgtt 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  257114 ttggtgaaccaggataactctcctgtgtt 257142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0053
Description:

Target: scaffold0053; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 99 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 2401 - 2260
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2401 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactgtatactatagtggataatctcacaagaagtgtggggactagaag 2302  T
Q  198 tagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2301 tagccggattgggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 2260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040 (Bit Score: 105; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 31011 - 30822
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |  || ||||||| || ||||||||||   |     
T  31011 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacaggtgttactgactgatctggtgtgatcaaaatattgtagtgttagtcagaagtttctgttag 30912  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30911 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 30822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 10042 - 10230
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttc---tac 148  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||   ||     
T  10042 gcaaagaattgtagaagcctattgaggttgataatacaggtgtaacagactgatctggtgtgatctagaccttatagtgctagtcagaagtttctgttag 10141  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  |   |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  10142 ca-agacaactatagtggataatctcacacggggtgtggggactggaa-tagccgtgtttggtgaaccaagataactctcatgtgttattc 10230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 2)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 94619 - 94430
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  94619 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 94520  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94519 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttagtgaaccaggataactctcctgtgttattc 94430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 104060 - 103871
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  104060 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacggactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 103961  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  103960 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaattagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 103871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0482 (Bit Score: 97; Significance: 8e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0482
Description:

Target: scaffold0482; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 3533 - 3722
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  3533 gcaaagaattgtataagcctgctgaggttgataatacagaggttacagactgatctggtgtgatcaagaaattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 3632  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||    | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  3633 caagaca-actatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccagaataattctcctgtgttattc 3722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0334 (Bit Score: 97; Significance: 8e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0334
Description:

Target: scaffold0334; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 99 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 12688 - 12548
Alignment:
Q  99 gactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ctgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaag 197  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12688 gactaatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctaccaactaaaaactatagtggataatctcacacgaagtgtagggactggaag 12589  T
Q  198 tagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttatt 238  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12588 tagccggattgggtgaaccaggataactctcctatgttatt 12548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 408328 - 408517
Alignment:
Q  52 gcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct---ac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||   |     
T  408328 gcaaagaattgtataagcctgaagaggttgataatacaggtgttacggactaatctggtgtgatcaagatattgtagtgctagtcagaagtttctgttag 408427  T
Q  149 cactgtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 239  Q
    ||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  408428 caa-gaaaactatagtggataatctcacacgaggtgtggggactggaagtagacgggtttggtgaaccaggataactctcctgtgttattc 408517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27289 - 27078
Alignment:
Q  9 aatagtttgagataggaagagttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgt-agaagcctgctgaggttgataatatag-gggttacagactgatc 106  Q
    |||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| || | || ||  | |||||    
T  27289 aatagtttgagagagaaattgttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtaataagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacgaattgatc 27190  T
Q  107 tggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct-accactgtatactata----atggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagc 201  Q
    | |||||||||||| | |||||||||  | |||||||||| |    || ||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27189 tagtgtgatcaagaacatatagtgttattaagaagtttctgatagttggatactatagtggatggataatctcacacgaagtatggggactggaagtagc 27090  T
Q  202 cgggtttggtga 213  Q
    ||  ||||||||    
T  27089 cgactttggtga 27078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0269 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0269
Description:

Target: scaffold0269; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 14999 - 14830
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatataggg-gttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttctacca-ct 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | ||||||||||   | |     
T  14999 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacagactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 14900  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  14899 ggatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtagcc-ggttaggcgaaccaggataa 14830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0247 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0247
Description:

Target: scaffold0247; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 24593 - 24762
Alignment:
Q  55 aagaattgtagaagcctgctgaggttgataatatag-gggttacagactgatctggtgtgatcaagaccttatagtgttggttagaagtttct-accact 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |  | |||||||||| |   |     
T  24593 aagaatcgtagaagcctgctgaggttgataatacagagtgtaacggactgatctggtgtgatcaacatattatagtgctattcagaagtttctgatagca 24692  T
Q  153 gtatactataatggataatctcacacgaagtgtggggactggaagtagccgggtttggtgaaccaggataa 223  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||| || ||||||||||||    
T  24693 ggatactatagtggataatctcacacgtagtgtggggactggacgtag-ctggttaggcgaaccaggataa 24762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0101 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0101
Description:

Target: scaffold0101; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 42178 - 42120
Alignment:
Q  29 gttccaacctttcttgtgcgaaagcaaagaattgtagaagcctgctgaggttgataata 87  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| | |||||||||||||||    
T  42178 gttcaaacctttcttgtgcgaaagcaaggaaatttagaagcttactgaggttgataata 42120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University