View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18823_low_2 (Length: 688)

Name: NF18823_low_2
Description: NF18823
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18823_low_2
NF18823_low_2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-680)||(20632667-20633335)
chr5 (12-680)||(20648763-20649428)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 20633335 - 20632667
Alignment:
Q  9 gacatcatcaacaagtccttaacagcaaaagcactttcttcaaatcttgaatccattcctgaagttccttatatgacagctagaatctttcaatctcaat 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633335 gacatcatcaataagtccttaacagcaaaagcactttcttcaaatcttgaatccattcctgaagttccttatatgacagctagaatctttcaatctcaat 20633236  T
Q  109 ttacatatagatttaatgtaacttccggtccgaaattcattcgccttcatttctacccttattcttatttggacttcaacatctcaaaagctttcttatc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633235 ttacatatagatttaatgtaacttccggtccgaaattcattcgccttcatttctaccctttttcttatttggacttcaacatctcaaaagctttcttatc 20633136  T
Q  209 tgtcactgctggtaacttcactcttctgcataactttagtgtttctctaaatgtagattactttaacatagcatatttaatgaaagaattcattgtgcat 308  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633135 tgtcactgccggtaacttcactcttctgcataactttagtgtttctctaaatgtagattactttaacttagcatatttaatgaaagaattcattgtgcat 20633036  T
Q  309 gtaaaaggaaatagtttggaacttactttcactccatcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633035 gtaaaaggaaatagtttggaacttactttcactccatcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatg 20632936  T
Q  409 gtttatacattggtggtgatgattcccctattgctttagttggccaggatgcaaatgttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatag 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632935 gtttatacattggtggtgatgattcccctattcctttcgctggccacgatacaa---ttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatag 20632839  T
Q  509 attgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatttgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttatgagatatggtatt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||    
T  20632838 attgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatatgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttgggggatatgatttt 20632739  T
Q  609 aaacgcttcaataagagcattgaagttttgtatactgatcatgttcccgagtatactgctcctgatgatgtc 680  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20632738 aaacacttcaataagagcatgaaagttttgtatactgatcatgttccggagtatactgctcctgatgatgtc 20632667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 20649428 - 20648763
Alignment:
Q  12 atcatcaacaagtccttaacagcaaaagcactttcttcaaatcttgaatccattcctgaagttccttatatgacagctagaatctttcaatctcaattta 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649428 atcatcaacaagtccttaacagcaaaagcac---cttcaaatcttcaatccattcctgaagttccttatatgacagctagaatctttcaatctcaattta 20649332  T
Q  112 catatagatttaatgtaacttccggtccgaaattcattcgccttcatttctacccttattcttatttggacttcaacatctcaaaagctttcttatctgt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20649331 catatagatttaatgtaacttccggtccgaaattcattcgccttcatttctaccctttttcttatttgaatttcaatatctcaaaagctttcttatctgt 20649232  T
Q  212 cactgctggtaacttcactcttctgcataactttagtgtttctctaaatgtagattactttaacatagcatatttaatgaaagaattcattgtgcatgta 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649231 cactgctggtaacttcactcttctgcataactttagtgtttctctaaatgtagattactttaacttagcatatttaatgaaagaattcattgtgcatgta 20649132  T
Q  312 aaaggaaatagtttggaacttactttcactccatcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649131 aaaggaaatagtttggaacttactttcactccatcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtt 20649032  T
Q  412 tatacattggtggtgatgattcccctattgctttagttggccaggatgcaaatgttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagatt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649031 tatacattggtggtgatgattcccctattcctttagttggccacgatacaaaagttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagatt 20648932  T
Q  512 gaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatttgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttatgagatatggtattaaa 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||  ||||||    
T  20648931 gaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatatgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttggggtagatgaaattaaa 20648832  T
Q  612 cgcttcaataagagcattgaagttttgtatactgatcatgttcccgagtatactgctcctgatgatgtc 680  Q
    | |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20648831 cccttcaataggagcatgaaagttttgtatactgatcatgttccggagtatactgctcctgatgatgtc 20648763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University