View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1883-Insertion-7 (Length: 908)

Name: NF1883-Insertion-7
Description: NF1883
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1883-Insertion-7
NF1883-Insertion-7
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-908)||(28493503-28494401)
chr8 (74-258)||(28506647-28506834)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 28494401 - 28493503
Alignment:
Q  7 actagcttgttggaccaccttagaagtattccttagttttaattaagtaatttcttctttcttgttactgcattcattaataaggtccaccaaatttctc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28494401 actagcttgttggaccaccttagaattattccttagttttaattaagtaatttcttcttccttgttactgcattcattaataaggtccaccaaatttctt 28494302  T
Q  107 tatctttcatttatattcaatcttgttgttcacatattgttagaactaaaaagattcgtaagccaagactttcaatgattttgatgatagcacacggatt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28494301 tatctttcatttatattcaatcttgtt---cacatattgttagaagtaaagagattggtaagccaagactttcaatgattttgatgatagcacacggatt 28494205  T
Q  207 gttagtgaatatgttatcgtttgctattcagcaaagttatttcaagtgtggacttttagattttcgagtgaatgattcaaatgattaaatttatcttt-g 305  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  28494204 gttagggaatatgttatggtttgctattcagcaaagttatttcaagagtggacttttaaattttcgtgtgaatgattcaaatgattaagtttatcttttg 28494105  T
Q  306 atatttcggtggatataccagaatcatgatgatctatcatgattttcaaaagttgtattttatagttactgcaaaatcacggtgaatcaccgagaatcag 405  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| || |||||||    
T  28494104 atattttggtggatatgccagaatcatgatgatctatcatgattttcaaaagctgtactttatagtttctgtaaaatcacggtgagtcatcgggaatcag 28494005  T
Q  406 taccactatcgttctgatctcatatataagtaaaaacatttgttaaatagagtttgtatatttatttcaaatttcgaccacatacatcaaattatttaac 505  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28494004 taccactgtcgttctgat-tcatatataagtaaaaacattggttaaatagagtttgtatatttatttcaaatttcgaccacatacatcaaattatttaac 28493906  T
Q  506 tatattttacatttatttgagatttgagagagtactttagactttgtaggatgtgggagtagtacctgtttgttgtgttcttcaatagctaaagttgggt 605  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  28493905 tattttttacatgtatttgagatttgagagagtactttagactttgtaggatgtggaagtagtacctgtttggtgtgtccttcaatagttaaagttgggt 28493806  T
Q  606 ccttaaactatatataagtataatgaacaatctatatagtatnnnnnnntggtcaatttaattcatctttaagtatatgaaaaatcctatgctnnnnnnn 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  28493805 ccttaaactatatataagtataatgaacaatctatatagtataaaaaattggtcaatttaattcatctttaagtatatgaaaaatcctatgctaaaaaaa 28493706  T
Q  706 ngtatatgaaatagtcatcaatttaatctttaacatcttattaaaaaagattaaattaagggaattcatctattttgagcattaattactattannnnnn 805  Q
     |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||          
T  28493705 agtatatgaaaaattcatcaatttaatctttcacatcttattaataaagattaaattaagggaattcatcaattttgagcaataattactattatttttt 28493606  T
Q  806 ngtcaatagtttaatgtttagaaattcatcaatttattttttatctctgtatgattggttgt-atcaggtggaggacgcaagtcatttgtttttatagtg 904  Q
        |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||  || ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  28493605 gtcaaatagtttaatggttagaaattcatcaattta-ttttcatctttgtgtgtctgattgtggtcagatggaggacgcgagtcatttgtttttatcgtg 28493507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 74 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 28506834 - 28506647
Alignment:
Q  74 ctgcattcattaataaggtccaccaaatttctctatctttcatttatattcaatctt---gttgttcacatattgttagaactaaaaagattcgtaagcc 170  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  || | | ||   ||| |||| ||  ||||||||||||| |||||  ||||||    
T  28506834 ctgcattcattaataaggttcaccaaatttctttatctttcttttagttttattattatggttattcaaatgctgttagaactaaagagattgataagcc 28506735  T
Q  171 aagactttcaatgattttgatgatagcacacggattgttagtgaatatgttatcgtttgctattcagcaaagttatttcaagtgtgga 258  Q
     | | ||||||||||||||||||||  ||||  ||| | |||||||| |||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  28506734 gatagtttcaatgattttgatgataatacacttattctaagtgaataagttatcctttcccattcaacaaagttatttcaagtgtgga 28506647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University