View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18837_low_36 (Length: 210)

Name: NF18837_low_36
Description: NF18837
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18837_low_36
NF18837_low_36
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-199)||(20892231-20892429)
chr2 (21-176)||(42780320-42780476)
chr2 (22-176)||(14917284-14917439)
chr2 (22-176)||(45120534-45120689)
chr2 (25-176)||(30283355-30283507)
chr2 (22-176)||(17720428-17720583)
chr2 (21-175)||(716402-716557)
chr2 (36-105)||(20892207-20892277)
chr2 (35-87)||(716550-716602)
chr2 (70-141)||(16286003-16286075)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (21-179)||(35368802-35368961)
chr5 (35-176)||(13556219-13556361)
chr5 (21-176)||(2023101-2023256)
chr5 (36-178)||(43540699-43540839)
chr5 (22-176)||(9872326-9872481)
chr5 (22-176)||(9877441-9877596)
chr5 (22-176)||(39909105-39909260)
chr5 (22-176)||(39903992-39904147)
chr5 (21-154)||(43379557-43379686)
chr5 (5-105)||(35368727-35368828)
chr5 (22-105)||(2023230-2023314)
chr5 (2-154)||(43402013-43402168)
chr5 (113-171)||(4555772-4555830)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (2-176)||(49784633-49784808)
chr3 (22-176)||(5481390-5481545)
chr3 (22-176)||(4049955-4050110)
chr3 (22-176)||(5457913-5458068)
chr3 (22-176)||(1302146-1302301)
chr3 (22-176)||(4055089-4055244)
chr3 (22-176)||(8464897-8465052)
chr3 (22-176)||(10584760-10584915)
chr3 (22-176)||(10672840-10672995)
chr3 (21-179)||(29827548-29827706)
chr3 (22-176)||(8458458-8458614)
chr3 (22-176)||(6852854-6853009)
chr3 (22-176)||(6857957-6858112)
chr3 (22-176)||(10591197-10591352)
chr3 (22-176)||(31076304-31076459)
chr3 (22-176)||(31081409-31081564)
chr3 (22-176)||(33702501-33702656)
chr3 (22-176)||(10677953-10678110)
chr3 (117-176)||(33703447-33703506)
chr3 (22-105)||(49784763-49784847)
chr3 (21-105)||(29827680-29827765)
chr3 (113-167)||(18024174-18024228)
chr3 (113-168)||(20891182-20891237)
chr3 (47-105)||(20891354-20891413)
[»] chr4 (26 HSPs)
chr4 (21-173)||(3409509-3409662)
chr4 (5-179)||(34279398-34279573)
chr4 (21-179)||(30019749-30019907)
chr4 (2-176)||(32429175-32429350)
chr4 (21-178)||(54859078-54859237)
chr4 (22-176)||(35091062-35091217)
chr4 (22-176)||(35096175-35096330)
chr4 (21-178)||(18670975-18671133)
chr4 (21-173)||(14643646-14643799)
chr4 (5-179)||(22118849-22119026)
chr4 (5-178)||(47071530-47071710)
chr4 (2-183)||(25618189-25618364)
chr4 (78-179)||(34128218-34128320)
chr4 (16-117)||(18716686-18716788)
chr4 (21-117)||(18737359-18737456)
chr4 (22-105)||(18671107-18671191)
chr4 (22-105)||(32429136-32429220)
chr4 (35-105)||(25618163-25618234)
chr4 (22-105)||(18716757-18716841)
chr4 (22-106)||(3424215-3424300)
chr4 (113-173)||(3424704-3424764)
chr4 (22-105)||(18737430-18737514)
chr4 (21-142)||(34601945-34602061)
chr4 (22-105)||(3409451-3409535)
chr4 (21-105)||(34279355-34279440)
chr4 (21-72)||(3424273-3424324)
[»] chr1 (24 HSPs)
chr1 (22-176)||(43358890-43359045)
chr1 (21-180)||(10186482-10186642)
chr1 (5-176)||(21431566-21431739)
chr1 (21-178)||(16051330-16051488)
chr1 (22-176)||(28574444-28574599)
chr1 (22-176)||(28598456-28598611)
chr1 (22-179)||(19310957-19311115)
chr1 (22-176)||(3468215-3468370)
chr1 (2-197)||(1187938-1188133)
chr1 (35-164)||(13654468-13654598)
chr1 (39-173)||(35653172-35653307)
chr1 (75-199)||(44523986-44524112)
chr1 (21-105)||(10185907-10185992)
chr1 (113-169)||(3701492-3701548)
chr1 (22-105)||(43359020-43359103)
chr1 (21-109)||(35626334-35626423)
chr1 (22-105)||(3701367-3701451)
chr1 (21-62)||(10185892-10185933)
chr1 (2-47)||(16051403-16051448)
chr1 (106-171)||(17414555-17414620)
chr1 (22-82)||(3696233-3696293)
chr1 (35-105)||(21431537-21431608)
chr1 (21-105)||(10186423-10186508)
chr1 (21-73)||(1188217-1188269)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (21-176)||(43956751-43956907)
chr8 (21-176)||(10340868-10341024)
chr8 (22-176)||(14314813-14314968)
chr8 (22-176)||(14318517-14318672)
chr8 (22-176)||(18494079-18494233)
chr8 (22-176)||(34108378-34108533)
chr8 (5-154)||(25953059-25953210)
chr8 (22-176)||(26986891-26987046)
chr8 (5-178)||(1781963-1782134)
chr8 (24-178)||(18608554-18608708)
chr8 (22-176)||(26981777-26981932)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (40-192)||(21936606-21936759)
chr6 (20-177)||(24509846-24510007)
chr6 (21-173)||(20752039-20752192)
chr6 (35-192)||(21937697-21937855)
chr6 (22-176)||(21275920-21276075)
chr6 (21-173)||(24508761-24508914)
chr6 (21-143)||(11183088-11183211)
chr6 (5-89)||(21936512-21936596)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (22-176)||(12851823-12851978)
chr7 (22-176)||(12856936-12857091)
chr7 (22-176)||(26051168-26051323)
chr7 (22-176)||(26056281-26056436)
chr7 (22-176)||(26060527-26060682)
chr7 (22-176)||(26065640-26065795)
chr7 (37-178)||(5440217-5440359)
chr7 (37-178)||(5449227-5449369)
chr7 (75-179)||(4181358-4181463)
chr7 (21-178)||(35352221-35352380)
chr7 (22-140)||(14610512-14610631)
chr7 (80-173)||(37459823-37459917)
chr7 (17-47)||(5440256-5440286)
chr7 (17-47)||(5449266-5449296)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (22-176)||(1921-2076)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (21-173)||(173493-173646)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (35-164)||(144229-144359)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Original strand, 20892231 - 20892429
Alignment:
Q  1 gacatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaacattgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20892231 gacatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaacattgatt 20892330  T
Q  101 caagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttgaaagaacaacaacacagaatt 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20892331 caaatcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatgcactataaatacttgacatttgggcattagtttgaaagaacaacaacacagaatt 20892429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 21 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 42780476 - 42780320
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  42780476 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttggcaaatggtggcttaatgaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgtttt 42780377  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  42780376 ctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgattgacagttgggcattagtt 42780320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 14917284 - 14917439
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||   |||||||    
T  14917284 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaatagctgttttc 14917383  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14917384 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 14917439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 45120689 - 45120534
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  45120689 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaagaggtgctttc 45120590  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45120589 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 45120534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 176
Target Start/End: Original strand, 30283355 - 30283507
Alignment:
Q  25 tgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctct 123  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||  |||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||| | ||||||||| |    
T  30283355 tgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataatctttggcaaaagggtgcttaatgaaccataatattgattcaagttaaaggggtgttttcttt 30283454  T
Q  124 cgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  30283455 catgtgaagagtcatataatgcactataaatgtttggcatttgggcattagtt 30283507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 17720428 - 17720583
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  17720428 taatgaaccatgacattgattgaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 17720527  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17720528 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 17720583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 21 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 716557 - 716402
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||| | || |||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||| |  ||||||    
T  716557 ttaatgaagcttagcattgattcaagagtgtatgatcataacctttggcaaaaaggtgtttaatggaccgtaacattgattcaagtcaaagggatgtttt 716458  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagt 175  Q
    ||||| | ||||  |||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  716457 ctctcatatgaaaggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgggcattagt 716402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 36 - 105
Target Start/End: Original strand, 20892207 - 20892277
Alignment:
Q  36 attgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  20892207 attgattcaagtgtatatgatcatgacatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagt 20892277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 716602 - 716550
Alignment:
Q  35 cattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaa 87  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||  |||||||||||||    
T  716602 cattgattcaagtgtatatgattataacctttggtaaaggggtgcttaatgaa 716550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 16286075 - 16286003
Alignment:
Q  70 aaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatata 141  Q
    |||| |||| ||||||||| | ||| |||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  16286075 aaaatggtgtttaatgaactataacgttgattgaagttaaatgggtgttttctctcatgtgaagggtcatata 16286003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 108; Significance: 2e-54; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 179
Target Start/End: Original strand, 35368802 - 35368961
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368802 ttaatgaaccttagcattgattcaagtgtatatgatcataacatttgataaaaaggtgtttaatgaatcataacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 35368901  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttga 179  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  35368902 ctctcatgtgaaaagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattaatttga 35368961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 176
Target Start/End: Original strand, 13556219 - 13556361
Alignment:
Q  35 cattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaaga 133  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  13556219 cattgattcaagtgtatatgattataacctttggcaaaaaggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaatgggtgctttctctcatgtgaaga 13556318  T
Q  134 gtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13556319 gtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 13556361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 2023256 - 2023101
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||| |||||||| || ||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  2023256 ttaatgaatcataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttgacaaatgggtgtttaatgaatcataacattgattcaagtcaaagg-gtgcttt 2023158  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2023157 ctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatatgggcattagtt 2023101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 36 - 178
Target Start/End: Original strand, 43540699 - 43540839
Alignment:
Q  36 attgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagag 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |    
T  43540699 attgattcaagtgtatatgatcataacctttgacaaaa-ggtgcttaatgaaccataacattgactcaagtcaaatgagtgtt--ctctcatgtgaaggg 43540795  T
Q  135 tcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  43540796 tcatataatgcactataaatacttggcatctgggcattaatttg 43540839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 9872326 - 9872481
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||  ||| ||||    
T  9872326 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgctttc 9872425  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9872426 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 9872481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 9877441 - 9877596
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||  ||| ||||    
T  9877441 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgctttc 9877540  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9877541 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 9877596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 39909260 - 39909105
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||  ||| ||||    
T  39909260 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgctttc 39909161  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39909160 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 39909105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 39904147 - 39903992
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| |||||  |||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||  ||| ||||    
T  39904147 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaatagtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgctttc 39904048  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  39904047 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacattttggcattagtt 39903992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 43379686 - 43379557
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||  ||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43379686 ttaatgaaccgtagcattgattcaagtgtatatgatcataaactttggtaaaagagtgcttagtgaatcataacattgattcaagtaaaatgagtgtttt 43379587  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaat 154  Q
          ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  43379586 -----atgtgaagggtcatataatgcactataaat 43379557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 105
Target Start/End: Original strand, 35368727 - 35368828
Alignment:
Q  5 tttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacc-aaacattgattcaa 103  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  35368727 tttggcaaatgagtgcttaatgaaccttagcattgatttaagtgtatatgattataacctttgacaaagaggtgcttaatgaaccttagcattgattcaa 35368826  T
Q  104 gt 105  Q
    ||    
T  35368827 gt 35368828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 2023314 - 2023230
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  2023314 taatgaaccatgacattgattcaagtgtgtatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcataacattgattcaagt 2023230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 154
Target Start/End: Original strand, 43402013 - 43402168
Alignment:
Q  2 acatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattca--agtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattga 98  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||  |||||||||||||  || ||||||||| ||||| |||| ||||  | | |||||||||||| ||||||||    
T  43402013 acatttgacaaatgagtgtttaatgaacgttaacattgattcaacagcgtatatgattataacttttgacaaattgatacttaatgaaccataacattga 43402112  T
Q  99 ttcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaat 154  Q
    ||| | ||||||   |||||||| || | |||||  ||||||||| ||||||||||    
T  43402113 ttcgaatcaaattgatgttttctttcatatgaaggatcatataatgcactataaat 43402168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 4555830 - 4555772
Alignment:
Q  113 gtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcat 171  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  4555830 gtgttttctctcatgttaatagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcat 4555772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 5e-52; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 49784808 - 49784633
Alignment:
Q  2 acatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgatt 100  Q
    |||||||||||  | |||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||  ||||||||||||| || ||||||||||    
T  49784808 acatttggcaaaagggtgcataataaaccatatcattgattcaagtgtatatgatcataagctttggcaaatgggtgcttaatgaatcataacattgatt 49784709  T
Q  101 caagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49784708 caagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 49784633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 5481390 - 5481545
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||  ||| ||||    
T  5481390 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaataggtgctttc 5481489  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5481490 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 5481545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 4050110 - 4049955
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||||||||    
T  4050110 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgttttc 4050011  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4050010 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 4049955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 5457913 - 5458068
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||  ||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||  ||| ||||    
T  5457913 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacccttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaataggtgctttc 5458012  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5458013 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 5458068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 1302146 - 1302301
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  1302146 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 1302245  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1302246 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 1302301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 4055244 - 4055089
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  4055244 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 4055145  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4055144 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 4055089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 8465052 - 8464897
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  8465052 taatgaaccatgacattgactcaagtatatatggttataacctttggcaaaatggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaagaggtgctttc 8464953  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8464952 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 8464897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 10584760 - 10584915
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||||||||    
T  10584760 taatgaaccatgacattgattcaaatatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgttttc 10584859  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10584860 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 10584915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 10672840 - 10672995
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  10672840 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 10672939  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10672940 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 10672995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 21 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 29827706 - 29827548
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||  |||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  29827706 ttaatgaaccttagcattgattcaagtgtgtatggtcataatctttggcaaaatggtgcttaatgaatcataacattgattcaagtcaaaggggtgtttt 29827607  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttga 179  Q
    || || |||||| ||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  29827606 ctatcatgtgaa-agtcatataatgcattataaatgcttggcatttgggcattagtttga 29827548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 8458614 - 8458458
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| |||| |||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||||||||    
T  8458614 taatgaaccataacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtggttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgttttc 8458515  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgaca-tttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  8458514 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacattttgggcattagtt 8458458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 6852854 - 6853009
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||| ||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  6852854 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttgatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 6852953  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6852954 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 6853009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 6857957 - 6858112
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||| ||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  6857957 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttgatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgatttc 6858056  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6858057 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 6858112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 10591197 - 10591352
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  10591197 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggtaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 10591296  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10591297 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 10591352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 31076304 - 31076459
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  31076304 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 31076403  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31076404 tctcatgtgaagagtcatataatgcattataaatgcttgacatttgggcattagtt 31076459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 31081409 - 31081564
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  31081409 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 31081508  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31081509 tctcatgtgaagagtcatataatgcattataaatgcttgacatttgggcattagtt 31081564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 33702501 - 33702656
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||| | | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  33702501 taatgaaccatgacattgattcaagtatataaggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 33702600  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33702601 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 33702656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 10677953 - 10678110
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  10677953 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaaaaggtgctttc 10678052  T
Q  121 tctcgtgtgaagagt--catataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    | || ||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10678053 tttcatgtgaagagtcacatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 10678110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 117 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 33703506 - 33703447
Alignment:
Q  117 tttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33703506 tttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 33703447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 49784847 - 49784763
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||| |||| ||||| | |||||||||||||    
T  49784847 taatgaaccatgacattgattcaagtgtatatggttataacatttggcaaaagggtgcataataaaccatatcattgattcaagt 49784763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 29827765 - 29827680
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacc-aaacattgattcaagt 105  Q
    |||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  29827765 ttaatgaacctttgcattgattcaagtgtatatgattataacatttgacaaattggtgcttaatgaaccttagcattgattcaagt 29827680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 167
Target Start/End: Original strand, 18024174 - 18024228
Alignment:
Q  113 gtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgg 167  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  18024174 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttgacatttgg 18024228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 113 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 20891237 - 20891182
Alignment:
Q  113 gtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttggg 168  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  20891237 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttggcatttggg 20891182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 20891413 - 20891354
Alignment:
Q  47 tgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  20891413 tgtatatgaccataacctttggcaaaagggtgcttaatgaaccatagcattgattcaagt 20891354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 102; Significance: 8e-51; HSPs: 26)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 173
Target Start/End: Original strand, 3409509 - 3409662
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||    
T  3409509 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttggcaaaggggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaaggagtgtttt 3409608  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3409609 ctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatatttgacatttgggcatta 3409662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 179
Target Start/End: Original strand, 34279398 - 34279573
Alignment:
Q  5 tttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaa 103  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||| |||| | ||| ||||| |||||||||||||    
T  34279398 tttggcaaatgagtgcttaataaaccttaacattgatttaagtgtatatgatcataacctttggtaaaagggtgttcaattaaccataacattgattcaa 34279497  T
Q  104 gtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttga 179  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||| |||||    
T  34279498 gtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgctcgacatttgagcattaatttga 34279573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 179
Target Start/End: Original strand, 30019749 - 30019907
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||    
T  30019749 ttaatgaacctttgcattgattcaagtgtgtatgatcataacctttggcaaaaaggtgcttaatgaaccataaca-tgattcaagtcaaatgggtgcttt 30019847  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttga 179  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  30019848 ctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgggcattagtttga 30019907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 176
Target Start/End: Original strand, 32429175 - 32429350
Alignment:
Q  2 acatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgatt 100  Q
    |||||||||||  | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||| ||   ||||||||    
T  32429175 acatttggcaaaagggtgcttaatgaatcataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttgacaaaggggtgcttaatgaatcatggcattgatt 32429274  T
Q  101 caagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    ||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  32429275 caagtcaaaggggtgttttctctcatttgaagagtcatataatgcactataaatgcttggcatttgtgcattagtt 32429350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 178
Target Start/End: Original strand, 54859078 - 54859237
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaa-tgagtgttt 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||    
T  54859078 ttaatgaaacataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttggcaaatggatgcttaatgaaccataacattgattcaagtcaaagggggtgttt 54859177  T
Q  119 tctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  54859178 tctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttgatatttgggcattaatttg 54859237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 35091217 - 35091062
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  35091217 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 35091118  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35091117 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 35091062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 35096330 - 35096175
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  35096330 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 35096231  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35096230 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 35096175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 18671133 - 18670975
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||  ||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||    
T  18671133 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgaagataacctttggtaaaagagggcttaatgaaccatagcattgattcaagtcaaatgggtgcttt 18671034  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||||| |||| ||||    
T  18671033 ctctcatgtgaagggtcatataatggactataaatgcttggcatttgggaattaatttg 18670975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 173
Target Start/End: Original strand, 14643646 - 14643799
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacc-aaacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  14643646 ttaatgaaccttaacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgacaaaggagtgtttaatgaaccttagcattgattcaagtcaaatgggtgtttt 14643745  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    || || ||||||| |||||||||| | ||||||||  |||| ||||| ||||||    
T  14643746 ctatcatgtgaagggtcatataatgcgctataaatgtttgatatttgtgcatta 14643799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 22119026 - 22118849
Alignment:
Q  5 tttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaac-attgattcaa 103  Q
    |||||||| || ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||| || | ||||  |||||||||||||||| |  ||| ||||||    
T  22119026 tttggcaaatgggtgcttaatgaaccttagcattgattcaagtgtatatgatcgcaaccttcggcaaaggggtgcttaatgaaccatattattcattcaa 22118927  T
Q  104 gtcaaatgagtgt--tttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttga 179  Q
    |||||| | ||||  |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  22118926 gtcaaaggggtgtattttctctcatgtgaagggtcatataatatactataaatgcttgacatttgggcattaatttga 22118849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 47071710 - 47071530
Alignment:
Q  5 tttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaa 103  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  | ||||||||||||||   |||||||||||    
T  47071710 tttggcaaatgggtgcttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttggcaaatggatgcttaatgaaccattgcattgattcaa 47071611  T
Q  104 gtcaaatgagtgttttctc------tcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    ||||||  |||||||||||      || ||||||| ||||||||||  |||||||||  || |||||||||||||| ||||    
T  47071610 gtcaaaaaagtgttttctctcatgttcatgtgaagggtcatataatgtactataaatgtttaacatttgggcattaatttg 47071530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 183
Target Start/End: Original strand, 25618189 - 25618364
Alignment:
Q  2 acatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgatt 100  Q
    |||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||   | ||||||||||| || ||||||||||    
T  25618189 acatttggcaaaagggtgcttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttcgcaactggatgcttaatgaatcataacattgatt 25618288  T
Q  101 caagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttgaaaga 183  Q
    ||||||| |   |||||||||||| |       |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  25618289 caagtcacagaggtgttttctctcat-------gtcatataatgcactataaatgcttggcatttgggcattagtttgaaaga 25618364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 78 - 179
Target Start/End: Original strand, 34128218 - 34128320
Alignment:
Q  78 gcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  34128218 gcttaatgaactataacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctaatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttgacatttggccattaatt 34128317  T
Q  177 tga 179  Q
    |||    
T  34128318 tga 34128320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 18716788 - 18716686
Alignment:
Q  16 agtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagt 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||    
T  18716788 agtgcttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacttttggtaaaagagagcttaatgaaccatatcattgattcaagtcaaatgggt 18716689  T
Q  115 gtt 117  Q
    |||    
T  18716688 gtt 18716686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 21 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 18737456 - 18737359
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||    
T  18737456 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacttttggtaaaagagagcttaatgaaccatatcattgattcaagtcaaatgggtgtt 18737359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 18671191 - 18671107
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18671191 taatgaaccatgacattgatttaagtgtatatggttataacctttggcaaaatggtgcttaatgaaccataacattgattcaagt 18671107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Original strand, 32429136 - 32429220
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  32429136 taatgaaccatgacaatgattcaagtgtatatggttataacatttggcaaaagggtgcttaatgaatcataacattgattcaagt 32429220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 105
Target Start/End: Original strand, 25618163 - 25618234
Alignment:
Q  35 cattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25618163 cattgattcaagtgtatatggttataacatttggcaaaagggtgcttaatgaaccataacattgattcaagt 25618234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 18716841 - 18716757
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||| | |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18716841 taatgaaccatgacattgattcaagtgtatatggttataacctttggccaaatagtgcttaatgaaccataacattgattcaagt 18716757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 106
Target Start/End: Original strand, 3424215 - 3424300
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtc 106  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| |||| | ||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  3424215 taatgaaccatgacattgattcaaatgtgtatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaaccataacattgatttaagtc 3424300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 113 - 173
Target Start/End: Original strand, 3424704 - 3424764
Alignment:
Q  113 gtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  3424704 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatatttgatatttgggcatta 3424764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 18737514 - 18737430
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| |||| | |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18737514 taatgaaccatgacattgattcaagtgtatattgttataacctttggctaaattgtgcttaatgaaccataacattgattcaagt 18737430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 142
Target Start/End: Original strand, 34601945 - 34602061
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||| ||||  | || ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  34601945 ttaatgaaccataacattgata------tatatgatcataacctttgacaaatggatgtttaatgaactatagcattgattcaagtcaaatgagtgtttt 34602038  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataa 142  Q
     |||| ||||||  |||||||||    
T  34602039 ttctcatgtgaatggtcatataa 34602061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Original strand, 3409451 - 3409535
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| |||  | ||||| |||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  3409451 taatgaaccatgacattgattcaaatgtgtatagttataacctttggcaaaagggtacttaatgaaccataacattgattcaagt 3409535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 105
Target Start/End: Original strand, 34279355 - 34279440
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacc-aaacattgattcaagt 105  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||   ||||||||| ||||  |||||||||| ||||    
T  34279355 ttaatgaaccttagcattgattcaagtgtatatgattataacctttggcaaatgagtgcttaataaaccttaacattgatttaagt 34279440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 72
Target Start/End: Original strand, 3424273 - 3424324
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaa 72  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||| ||||    
T  3424273 ttaatgaaccataacattgatttaagtcgatatgatcataacctttgacaaa 3424324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 24)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 43359045 - 43358890
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43359045 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttggcaaaggggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaatgagtgctttc 43358946  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  43358945 tctcatgtgaagagtcctataatgcactataaatgcttggcatttgggcattagtt 43358890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 180
Target Start/End: Original strand, 10186482 - 10186642
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||| |||    
T  10186482 ttaatgaaccatagcattgattcaagtgtatatgatcataacctttgacaaaggggtgcttaatgaaccatagcattggttcaagtcaaatgggtgcttt 10186581  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttgaa 180  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  10186582 ctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcattaatttgaa 10186642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 176
Target Start/End: Original strand, 21431566 - 21431739
Alignment:
Q  5 tttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaa 103  Q
    |||||||| || ||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  21431566 tttggcaaatgggtgcttgatgaaccttaacattgattcaagtgtgtatgatcataacctttggcaaaagggtgcttaatgaaccataacattgatttaa 21431665  T
Q  104 gtcaaa-tgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    ||||||  | ||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21431666 gtcaaagggggtgctttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 21431739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 16051488 - 16051330
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||    
T  16051488 ttaatgaaccatagcattgattcaagtgtatatgatcataacatttggcaaatgagtgcttaatgaaccatatcattgattcaagtcaaaagggtgtttt 16051389  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    | ||| ||||||  |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  16051388 cactcatgtgaatggtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcattaatttg 16051330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 28574599 - 28574444
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  28574599 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgttttc 28574500  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28574499 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 28574444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 28598611 - 28598456
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  28598611 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgttttc 28598512  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28598511 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 28598456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 22 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 19311115 - 19310957
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  19311115 taatgaaccttagcattgattcaagtgtatatgatcataacctttggtaaaagggtgcttaatgaactataacattgattcaagtcaaaggggtgctttc 19311016  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttga 179  Q
    |||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  19311015 tctcatgtgaagggtcatgtaatgcactataaatgtttgacatttgggcattaatttga 19310957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 3468370 - 3468215
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  3468370 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaagatgtgctttc 3468271  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3468270 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 3468215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 1188133 - 1187938
Alignment:
Q  2 acatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgatt 100  Q
    |||||||||||  |  ||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||  |||| ||||||||||| |||||| |||    
T  1188133 acatttggcaaaaggatgattaatgaaccttagcattgatacaagtgtatatgatcataacctttggcaaatgggtgtttaatgaaccataacattaatt 1188034  T
Q  101 caagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttgaaagaacaacaacacagaa 197  Q
    ||||||||| | |||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||  |||| | |||| ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||    
T  1188033 caagtcaaaggggtgtttactctcatgtgtagagtcatataatccataataagtgcttgccatttgggcattaatttgacacaacaa-aacacagaa 1187938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 35 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 13654598 - 13654468
Alignment:
Q  35 cattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaaga 133  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||     
T  13654598 cattgactcaagtgtgtatgatcataacccttggcaaaagggtacttaatgaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatgtgaagg 13654499  T
Q  134 gtcatataatacactataaatacttgacatt 164  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  13654498 gtcatataatgcactataaatacttggcatt 13654468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 39 - 173
Target Start/End: Original strand, 35653172 - 35653307
Alignment:
Q  39 gattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtca 137  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||   ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  35653172 gattcaagtgtatatgatcataacctttgacaaaggagtgcttaatgaaccatatcattgattcaattcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtca 35653271  T
Q  138 tataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    ||||   |  |||||| |||||||||||||||||||    
T  35653272 tatatagccttataaacacttgacatttgggcatta 35653307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 199
Target Start/End: Original strand, 44523986 - 44524112
Alignment:
Q  75 ggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgt--gtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcat 171  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  44523986 ggtgcttaatgaaccataacattgattcaagtcaaatgggtgttttccctcatatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcat 44524085  T
Q  172 tagtttgaaagaacaacaacacagaatt 199  Q
    || |||| || |||||||||||| ||||    
T  44524086 taatttg-aacaacaacaacacacaatt 44524112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 10185992 - 10185907
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10185992 ttaatgaaccttagcgttgattcaagtgtatatggttataacctttggcaaaaaggtgcttaatgaaccatatcattgattcaagt 10185907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 169
Target Start/End: Original strand, 3701492 - 3701548
Alignment:
Q  113 gtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggc 169  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3701492 gtgttttctctcatgtgaagagtcacataatgcactataaatacttgacatttgggc 3701548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 43359103 - 43359020
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  43359103 taatgaaccatgatattgattcaagtgtatatggttataacatttggcaaaagggtgc-taatgaaccataacattgattcaagt 43359020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 35626423 - 35626334
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaa 109  Q
    |||||||||| || |||||||||||| || ||| |||||||| |||| ||||| |||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  35626423 ttaatgaaccttagcattgattcaagagtgtataatcataacttttggcaaaagggtgttaaatgaaccataacattgatgcaagtcaaa 35626334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Original strand, 3701367 - 3701451
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||  |||  | |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  3701367 taatgaaccatagcattgattcaagtgtatctgatcacaacctttggtaaattgatgcttaatgaaccataatattgattcaagt 3701451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 10185933 - 10185892
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataac 62  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10185933 ttaatgaaccatatcattgattcaagtatatatgatcataac 10185892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 16051448 - 16051403
Alignment:
Q  2 acatttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagt 47  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  16051448 acatttggcaaatgagtgcttaatgaaccatatcattgattcaagt 16051403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 171
Target Start/End: Original strand, 17414555 - 17414620
Alignment:
Q  106 caaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcat 171  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||    
T  17414555 caaatgggtggtttctctcatgtgaatggtcatataatgcactataaatgcttggcatttgggcat 17414620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 82
Target Start/End: Original strand, 3696233 - 3696293
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgctta 82  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||| |||| |||| |||||||||    
T  3696233 taatgaaccataatattgattcaagtttatatagtcataacctttggcaaataggtgctta 3696293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 105
Target Start/End: Original strand, 21431537 - 21431608
Alignment:
Q  35 cattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacc-aaacattgattcaagt 105  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||  ||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  21431537 cattgattcaagtgtatataattataacctttggcaaatgggtgcttgatgaaccttaacattgattcaagt 21431608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 105
Target Start/End: Original strand, 10186423 - 10186508
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagt 105  Q
    ||||||| || || |||||||| |||| |||||| |  |||| |||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10186423 ttaatgagccttatcattgattgaagtttatatggttgtaacttttggcaaaagggtgcttaatgaaccatagcattgattcaagt 10186508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 1188269 - 1188217
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaa 73  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  1188269 ttaatgaatcttaacattgatacaagtgtatattatcataacctttggcaaaa 1188217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 7e-48; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 21 - 176
Target Start/End: Original strand, 43956751 - 43956907
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||  | |||||||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||    
T  43956751 ttaatgaacatttacattgattcaaatgtatatgattataacctttggcaaaaaggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaatgagtgcttt 43956850  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43956851 ctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 43956907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 176
Target Start/End: Original strand, 10340868 - 10341024
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||   ||| |||    
T  10340868 ttaatgaatcataacattgattcaagtgtatatgatcataacctttgacaaaagggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaagaggtgcttt 10340967  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
     |||| |||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  10340968 ttctcatgtgaagagtcatataatgcaccataaatgcttggcatttgggcattagtt 10341024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 14314813 - 14314968
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  14314813 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgttttc 14314912  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14314913 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 14314968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 14318517 - 14318672
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  14318517 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgttttc 14318616  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14318617 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 14318672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 18494079 - 18494233
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||| | ||| ||||    
T  18494079 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaaag-gtgctttc 18494177  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18494178 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 18494233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 34108533 - 34108378
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  34108533 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaagaggtgctttc 34108434  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34108433 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 34108378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 5 - 154
Target Start/End: Original strand, 25953059 - 25953210
Alignment:
Q  5 tttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataaca-tttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattca 102  Q
    |||||||| |||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||| || ||||||| |    
T  25953059 tttggcaattgagtgcttgatgaaccttaatattgattcaagtgtatatgatcataacattttggcaaaaggatgcttaatgaaccataaaattgattta 25953158  T
Q  103 agtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaat 154  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  25953159 agtcaaatgggtgttttctctcatgtgaatggtcatataatgcactataaat 25953210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 26986891 - 26987046
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  26986891 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 26986990  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26986991 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 26987046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 1782134 - 1781963
Alignment:
Q  5 tttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaa 103  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||   |||   ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1782134 tttggcaaatcagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgat---aacatttagaaaatgcgtgcttaatgaaccataacattgattcaa 1782038  T
Q  104 gtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    ||||||  ||| ||||||||| ||||||  ||| |||| | ||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||    
T  1782037 gtcaaaatagtattttctctcatgtgaaaggtcgtatactgcactataaatgtttgacatttggacattaatttg 1781963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 178
Target Start/End: Original strand, 18608554 - 18608708
Alignment:
Q  24 atgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctc 122  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  18608554 atgaaccatagcagtgattcaagtgtatatgttcataacctttggcaaaggggtgcttaatgaaccataacattgattcaagttaaaggggtgttttctc 18608653  T
Q  123 tcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    || ||||||| |||||||||| ||||| ||||  ||| ||||| ||||||| ||||    
T  18608654 tcatgtgaag-gtcatataatgcactacaaatgtttggcatttaggcattaatttg 18608708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 26981777 - 26981932
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||| | | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  26981777 taatgaaccatgacattgattcaagtatatacggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 26981876  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26981877 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcattagtt 26981932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 21936606 - 21936759
Alignment:
Q  40 attcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcat 138  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||    
T  21936606 attcaagtgtatatgatcataacctttggcaaaaaggtgcttaataaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatgtgaagggtcat 21936705  T
Q  139 ataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttgaaagaacaacaaca 192  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| | | ||||||||||    
T  21936706 ataatgcactataaatgcttaacatttgggcattagtttaacacaacaacaaca 21936759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24510007 - 24509846
Alignment:
Q  20 attaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgat---cataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtg 115  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  24510007 attaatgaaccttaacattaattcaagtgtatatgatgatcataacatttgacaaaagtgtgtttaatgaaccataacattgattcaagtcaaatgggtg 24509908  T
Q  116 ttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagttt 177  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24509907 ttttctctcatgtgaaggttcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagttt 24509846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 173
Target Start/End: Original strand, 20752039 - 20752192
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20752039 ttaatgaaccttagcattgattcaagtgtatatggccataacctttgacaaaatggtgcttaatgaaccataacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 20752138  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    ||||| ||||||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  20752139 ctctcatgtgaaaggtcatctaatgcactataaatacttggcatttaggcatta 20752192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 35 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 21937855 - 21937697
Alignment:
Q  35 cattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaaga 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||     
T  21937855 cattgattcaagtgtatatgatcataacctttggcaaaagggtgtttaatgaaccatcacattgattcaagtcaaaggggtattttctctcatgtgaagg 21937756  T
Q  134 gtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttgaaagaacaacaaca 192  Q
    |||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||    
T  21937755 gtcatataacgcactataaatgtttggcatttgggcattagtttaacacaacaacaaca 21937697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 21276075 - 21275920
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  21276075 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 21275976  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21275975 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 21275920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 21 - 173
Target Start/End: Original strand, 24508761 - 24508914
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  24508761 ttaatgaaccttagcattaattcaagtgtataagatcataacctttggcaaaagggtgcttaatgaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgtttt 24508860  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    ||||| || |||| ||||||| ||  ||| |||||  ||| |||||||||||||    
T  24508861 ctctcatgagaagggtcatattatgtactgtaaatgtttggcatttgggcatta 24508914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 143
Target Start/End: Original strand, 11183088 - 11183211
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  | || ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  11183088 ttaatgaaccttagccttgattcaagtgtatatgatcataacctttgacaaagggatgtttaatgaaccataacactgattcaagtcaaatgggtgtgtt 11183187  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataat 143  Q
    ||| | |||||||  |||||||||    
T  11183188 ctcccatgtgaaggctcatataat 11183211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 89
Target Start/End: Original strand, 21936512 - 21936596
Alignment:
Q  5 tttggcaagtgagtgattaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacc 89  Q
    |||||||| || ||| |||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||  |||| ||| ||||||    
T  21936512 tttggcaaatgggtgcttaatgaacctttgcattgattcaagtttatatgatcatgacctttggcaaaggggtgtttagtgaacc 21936596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 12851978 - 12851823
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaa-acattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||  ||| ||||    
T  12851978 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaataggtgctttc 12851879  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12851878 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatacttgacatttgggcattagtt 12851823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 12857091 - 12856936
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  12857091 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 12856992  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12856991 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 12856936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 26051323 - 26051168
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  26051323 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 26051224  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  26051223 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttaggcattagtt 26051168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 26056436 - 26056281
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  26056436 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 26056337  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  26056336 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttaggcattagtt 26056281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 26060682 - 26060527
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  26060682 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 26060583  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  26060582 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttaggcattagtt 26060527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 26065795 - 26065640
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||| ||||    
T  26065795 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttc 26065696  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  26065695 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttaggcattagtt 26065640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 37 - 178
Target Start/End: Original strand, 5440217 - 5440359
Alignment:
Q  37 ttgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagt 135  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  5440217 ttgatttaagtgtatatggtcataacttttgggaaaggggtgattaatgaaccataacattgattcaagtcaaatgggtgttttctctcatgtgaagggt 5440316  T
Q  136 catataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    |||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||    
T  5440317 catataatgcactataaatgcttggcatttgggctttaatttg 5440359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 37 - 178
Target Start/End: Original strand, 5449227 - 5449369
Alignment:
Q  37 ttgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagt 135  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  5449227 ttgatttaagtgtatatggtcataacttttgggaaaggggtgattaatgaaccataacattgattcaagtcaaatgggtgttttctctcatgtgaagggt 5449326  T
Q  136 catataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    |||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||    
T  5449327 catataatgcactataaatgcttggcatttgggctttaatttg 5449369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 179
Target Start/End: Original strand, 4181358 - 4181463
Alignment:
Q  75 ggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||   |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4181358 ggtgcttaatgaaccttaacattgattcaagtcaaaatggtgttttctctcatatgaagagtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcatta 4181457  T
Q  174 gtttga 179  Q
     |||||    
T  4181458 atttga 4181463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 178
Target Start/End: Original strand, 35352221 - 35352380
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgag-tgttt 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||  |||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||   |||    
T  35352221 ttaatgaatcataacattgattcaagtgtatataatcataacctttgataaatgggtgcttaatgaaccaaatcgttgaatcaagtcaaa-gagacattt 35352319  T
Q  119 tctctc-gtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtttg 178  Q
    ||||||  | ||||| |||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  35352320 tctctcattttgaagggtcatataatgcaccatatatgcttgacatttgggcattaatttg 35352380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 14610631 - 14610512
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   |||||||||||||||||   ||| ||||    
T  14610631 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagtcaaagaggtgctttc 14610532  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatat 140  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  14610531 tctcatgtgaagagtcatat 14610512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 80 - 173
Target Start/End: Original strand, 37459823 - 37459917
Alignment:
Q  80 ttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    ||||||||||| |||||  |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37459823 ttaatgaaccataacatcaattcaaatcaaatgcgtgttttctctcatgtgaatggacatataatgcactataaatacttgacatttgggcatta 37459917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 47
Target Start/End: Original strand, 5440256 - 5440286
Alignment:
Q  17 gtgattaatgaaccataacattgattcaagt 47  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5440256 gtgattaatgaaccataacattgattcaagt 5440286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 47
Target Start/End: Original strand, 5449266 - 5449296
Alignment:
Q  17 gtgattaatgaaccataacattgattcaagt 47  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5449266 gtgattaatgaaccataacattgattcaagt 5449296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Original strand, 1921 - 2076
Alignment:
Q  22 taatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaaccaaa-cattgattcaagtcaaatgagtgttttc 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||   ||||||||    
T  1921 taatgaaccatgacattgattcaagtatatatggttataacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgttttc 2020  T
Q  121 tctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcattagtt 176  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2021 tctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtt 2076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 173646 - 173493
Alignment:
Q  21 ttaatgaaccataacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacc-aaacattgattcaagtcaaatgagtgtttt 119  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  173646 ttaatgaaccttaacattgattcaagtgtatatgatcataacatttgacaaaggagtgtttaatgaaccttagcattgattcaagtcaaatgggtgtttt 173547  T
Q  120 ctctcgtgtgaagagtcatataatacactataaatacttgacatttgggcatta 173  Q
    || || ||||||| |||||||||| | ||||||||  |||| ||||| ||||||    
T  173546 ctatcatgtgaagggtcatataatgcgctataaatgtttgatatttgtgcatta 173493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 71; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 35 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 144359 - 144229
Alignment:
Q  35 cattgattcaagtgtatatgatcataacatttgccaaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcgtgtgaaga 133  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||     
T  144359 cattgactcaagtgtgtatgatcataacccttggcaaaagggtacttaatgaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatgtgaagg 144260  T
Q  134 gtcatataatacactataaatacttgacatt 164  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  144259 gtcatataatgcactataaatacttggcatt 144229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University