View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1883_low_3 (Length: 707)

Name: NF1883_low_3
Description: NF1883
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1883_low_3
NF1883_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (32-675)||(38819900-38820546)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 38820546 - 38819900
Alignment:
Q  32 aatctacatgcacaaactagatgatattcttaggggatctctaatggtaatgcatgtgcaaccta-----gccttaagttatatctaataatgtacttat 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38820546 aatctacatgcacaaactagatgatattcttaggggatctctaatggtaatgcatgtgcaacctaacctagccttaagttatatctaataatgtgcttat 38820447  T
Q  127 tatagtgacgcgatttcaatttacacggttgcaaaaattatcatactctacaccacgagtgttattgtgggtgtgtgtgatatatttgcttgagcagaca 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38820446 tatagtgacgcgatttcaatttacacggttgcaaaaattatcatactctacac---gagtgttattgtgggtgggtgtgatatatttgcttgagcagaca 38820350  T
Q  227 cttgaattgtaacacaatttatgtcgtgtatattgtttgtttggtggtcgatgttgttgaataactaaaatattgctgtacattattaattcaatatgga 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38820349 cttgaattgtaacacaatttatgtcgtgtatattgtttgtttggtggtcgatgttgttgaataactaaaatattgctgtacattattaattcaatatgga 38820250  T
Q  327 atatgctttatatattttgcacacacatcctttcctttcctttatttatcaaagaagaataatatgctaaccaagatccatgcctaattgccttttgttg 426  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38820249 atatgttttatatattttgcacacacatcctttcctttcctttatttatcaaagaagaataatatgctaaccaagatccatgcctaattgccttttgttg 38820150  T
Q  427 gtgcttggtataaaaatctacctctt-ttaacatgtatgcgcattcatgtgacaaacaattggatattcagctataacannnnnnnnnnnnacgtagggg 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||            ||||||||     
T  38820149 gtgcttggtataaaaatctacctcttgttaacatgtatgcgcattcatgtgacaaacaattggatattcggctataacattttttgtttttacgtaggga 38820050  T
Q  526 atgaatttactctataaggaatttactttcaggagttatatataaacgagggtgtgaggttcgtggtggtgacagttagttttttattcgtgtgccctta 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38820049 atgaatttactctataaggaatttactttcgggagttatatttaaacgagggtgtgaggtccgtggtggtgacagttagttttttattcgtgtgccctta 38819950  T
Q  626 aacctttggaaaaaatatttgtattaaatatatttcagaagaatgtttaa 675  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38819949 aacctttggaaaaaatatttgtattaaatatatttcagaataatgtttaa 38819900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University