View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18846_low_1 (Length: 644)

Name: NF18846_low_1
Description: NF18846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18846_low_1
NF18846_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-631)||(7339922-7340557)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 7340557 - 7339922
Alignment:
Q  1 cacgacaatttttatcttctatatgggtgtctgttctcttgtaggttcatgatacccttgtcttgtggggttttaagattttgctcccatgtgacttaat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7340557 cacgacaaattttatcttctatatgggtgtctgttctcttgtaggttcatgatacccttgtcttgtggggttttaagattttgctcccatgtgacttaat 7340458  T
Q  101 cataggccatatttatgttatatccttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaagagaagaaaagatttttcaaaagtggaagaaaggttaggtaaa 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7340457 cataggccatatttatggtatatccttattttggcttttcttttccttttttctcaagagaagaaaagatttttcaaaagtggaagaaaggttaggtaaa 7340358  T
Q  201 tgtatacacgtagtagnnnnnnnnnatagtagctagctagtgtgttagagttaaatgtgtccaattgatgtactttttataggtgatgaattggatatat 300  Q
    ||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7340357 tgtatacacgtagtagtttttttt-atagtagctagctagtgtgttagagttaaatgtgtccaattgatgtactttttataggtgatgaattggatatat 7340259  T
Q  301 tttcttggacttttttcctcaagaaagaaaagaatgaattcatacgtatgttagcttttatgaataacttaaaagtttgtatgatggatataattttcta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7340258 tttcttggacttttttcctcaagaaagaaaagaatgaattcatacgtatgttagcttttatgaataacttaaaagcttgtatgatggatataattttcta 7340159  T
Q  401 gttaacgcgtcaaactaaaatactacatataggtgattagcttgtctatatatgtattatgtaggctatatgcaaattattttgtgtt-gaaaaagttaa 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7340158 gttaacgcgtcaaactaaaatactacatataggtgattagcttgtctatatatgtattatgtaggctatatgcaaattattttgtgttagaaaaagttaa 7340059  T
Q  500 attatattcccctcctaaaagagnnnnnnnnnaattacactttagctcattc-----tatcttatcttatgttattaaaattcacacacttcaacttctt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  7340058 attatattcccctcctaaaagagtttttttttaattacactttagctcattctatcttatcttatcttatgttactaaaattcacgcacttcaacttctt 7339959  T
Q  595 atggttcatcctaccttcaacatgtttaaagtatgat 631  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7339958 atggttcatcctgccttcaacatgtttaaagtatgat 7339922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University