View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1884R-Insertion-3 (Length: 990)

Name: NF1884R-Insertion-3
Description: NF1884R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1884R-Insertion-3
NF1884R-Insertion-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-980)||(52578117-52579081)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 784; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 784; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 980
Target Start/End: Complemental strand, 52579081 - 52578117
Alignment:
Q  9 agaacatatagggggtgtgtctgatccggttcgtcttcgtcttcaatttcgctctctatgtttaactttttattatcctttttcatgacatggtcaatct 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52579081 agaacatatagggggtgtgtctgatccggttcgtcttcgtcttcaatttcgctctctatgtttaactttttattatcctttttcatgacatggtcaatct 52578982  T
Q  109 ctattctctactgttctgcagacaaattcaagtttgattgagggtcgatggcagctcattttcactacaagacctggaacagcatcacccattcaggttg 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578981 ctattctcttctgttctgcagacaaattcaagtttgattgagggtcgatggcagctcattttcaccacaagacctggaacagcatcacccattcaggttg 52578882  T
Q  209 ttattattatgtcactgaaaagtaaatctctaatggaaagctgcatatactatttttctcatctataaatttagaaatatacttccaacttgataatacc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578881 ttattattatgtcactgaaaagtaaatctctaatggaaagctgcatatactatgtttctcatctataaatttagaaatatacttccaacttgataatacc 52578782  T
Q  309 tatctaacacaacaaggatcactcacctgttcaatagttcaacacatgcttaatcatcatatcatatgactctcaatatggtattctatattgctctttc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |               |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578781 tatctaacacaacaaggatcactcacctgttcaatagttcaacacatgcttaatga---------------ctcaatatggtattctatattgctctttc 52578697  T
Q  409 agagaacgtttgttggggttgannnnnnnagtgtatttcaagaggtttatcttcaaacaaatgatccacgcgtaaccaatattgtgtcattttctgatgc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578696 agagaacgtttgttggggttgatttttttagtgtatttcaagaggtttatcttcaaacaaatgatccacgcgtaaccaatattgtgtcattttctgatgc 52578597  T
Q  509 catcggtgagctcaaggttgaggtaatactaagtaacttcaattggagctatcataaatttaatacacacttctgtgttaaattccacttca----nnnn 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||            
T  52578596 catcggtgagctcaaggttgaggtaatactaagtaacttcaattggagctatcataaatttaatacacacttctgtgttaaattctacttcatttttttt 52578497  T
Q  605 nnnnnnaatactacgcgagacagactgaaactagtaaactttttagtttaagaggcttagtcaatatttgtgaaataaatcatgccacataaattcaaag 704  Q
          |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578496 ttttttaatactgcgcgagacagactgaaactagtaaactttttagtttaagaggcttagtcaata-ttgtgaaataaatcatgccacataaattcaaag 52578398  T
Q  705 gttggctatctcttcaaaaatttgttaaaagtattgttaaaaattacagctcatttaattgctatgtgcttctaaagaatcaagagttaatataatatgg 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578397 gttggctatctcttcaaaaatttgttaaaagtattgttaaaaattacagctcatttaattgctatgtgcttctaaagaatcaagagttaatataatatgg 52578298  T
Q  805 atagcattctggctttcttcgtgtatttcaggatagttgaattcccgtttgtgtttgtgcttgtcattcaaaaaacccttatatcatatagctg-tcata 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52578297 atagcattctggctttcttcgtgtatatcaggatagttgaattcccgtttgtgtttgtgcttgtcattcaaaaaacccttatatcatatagctgttcata 52578198  T
Q  904 tattttactattttattctctgatcta-tgat--ggttttcggtagagtcaattgatg-tgtttgatctatatgtctgacc 980  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  52578197 tattttactattttattctctgatctattgattggtttttcggtagagtcaattgatgttgtttgatctatatgtccgacc 52578117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University