View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18852_high_4 (Length: 616)

Name: NF18852_high_4
Description: NF18852
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18852_high_4
NF18852_high_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (18-611)||(13897521-13898114)
chr1 (23-611)||(13887090-13887684)
chr1 (22-314)||(7295556-7295853)
chr1 (368-438)||(7295876-7295946)
chr1 (104-151)||(7291699-7291746)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-611)||(1034578-1035171)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (23-475)||(28666863-28667315)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 611
Target Start/End: Original strand, 13897521 - 13898114
Alignment:
Q  18 caaccaaccagaaaaaccagcttaaagcaactgaagaagtgtctctcccagctaatatgaaatttacacaaatatccctcaaaaacttatctgaataaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13897521 caaccaaccagaaaaaccagcttaaagcaactgaagaagtgtctctcccagctaatatgaaatttacacaaatatccctcaaaaacttatctgaataaga 13897620  T
Q  118 ctttccattctcatccttaagcctcataaacacagttaacaaatccgatttttccttattgtcttcattttgcaaagaaagttctttctttctttccctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13897621 ctttccattctcatccttaagcctcatgaacacagttaacaaatccgatttttccttattgtcttcattttgcaaagaaagttctttctttcttgccctt 13897720  T
Q  218 ataacattctcagcaaattcatcaactttttgtattgatttcttgagctttctttccatacctaagttaagaaacctcatagccttccatacacaaaccg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13897721 ataacattctcagcaaattcatcaactttttgtattgatttcttgagctttctttccatacctaagttaagaaacctcatagccttccatacacaaaccg 13897820  T
Q  318 gcatgacaaatcgaaacaaagtagcttctgttgcatcctcaaaagctgcagcaaagggaatttcaggcaaatgaggttgtaaacaaccaggatcaacacc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13897821 gcatgacaaatcgaaacaaagtagcttctgttgcatcctcaaaagctgcagcaaagggaatttcaggcaaatgaggttgtaaacaaccaggatcaacacc 13897920  T
Q  418 aaaagctatcatacaaacattatcaaaagttagtctcaacaaaatatcttgaagatctattgcaacatttttcttcaatgatgattctaagacaggtatg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13897921 aaaagctatcatacaaacattatcaaaagttagtctcaacaaaatatcttgaagatctattgcaacatttttcttcaatgatgattctaagacaggtatg 13898020  T
Q  518 agcctattgttcacaagctcaaaaattgactcaattgttaacttcctaaaatttgtcgaatgaaactcgatactcgctattttcctttgcttct 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13898021 agcctattgttcacaagctcaaaaattgacttaattgttaacttcctaaaatttgtcgaatgaaactcgatactcgctattttcctttgtttct 13898114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 13887684 - 13887090
Alignment:
Q  23 aaccagaaaaaccagcttaaagcaactgaagaagtgtctctcccagctaatatgaaatttacacaaatatccctcaaaaacttatctgaataagactttc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  13887684 aaccagaaaaaccagcttaaagcaactgaagaagtgtctctcccagctaatataaaacttacacatatatccctcaagaacttatctgaataagcctttc 13887585  T
Q  123 cattctcatccttaagcctcataaacacagttaacaaatccgatttttccttattgtcttc------attttgcaaagaaagttctttctttctttccct 216  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||  |||||      || || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  13887584 cattctcatctttaagcttcataaacacagttaacaaatctgattttcgcttatcatcttccatatcatgttccaaagaaagttctttctttcttgccct 13887485  T
Q  217 tataacattctcagcaaattcatcaactttttgtattgatttcttgagctttctttccatacctaagttaagaaacctcatagccttccatacacaaacc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13887484 tataacattctcagcaaattcatcaactttttgtattgattccttcaactttctctccatacctaagttaagaaacctcatagccttccatacacaaact 13887385  T
Q  317 ggcatgacaaatcgaaacaaagtagcttctgttgcatcctcaaaagctgcagcaaagggaatttcaggcaaatgaggttgtaaacaaccaggatcaacac 416  Q
    |||  ||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||   ||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||||||     
T  13887384 ggcgcgacaaatcgaagcaaagttgcttcggttgcatcttcaaaagctcttgcaaaaggtatttcaggtaaatgaagttgcaaacaagaaggatcaacat 13887285  T
Q  417 caaaagctatcatacaaacattatcaaaagttagtctcaacaaaatatcttgaagatctattgcaacatttttcttcaatgatgattctaagacaggtat 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||   ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13887284 caaaagctatcatacaaacattatcaaaagttagtctcaacaaaatatcttgaagatcgatggaaaccgatttcttcaacgatgaatctaagacaggtat 13887185  T
Q  517 gagcctattgttcacaagctcaaaaattgactcaattgttaacttcctaaaatttgtcgaatgaaactcgatactcgctattttcctttgcttct 611  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  13887184 gagcctattgttcacaagctcaaacaatgaatcagttgttaatttcctaaactttgttgaatgaaactcgatactcgctgttttcctttgtttct 13887090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 22 - 314
Target Start/End: Original strand, 7295556 - 7295853
Alignment:
Q  22 caaccagaaaaaccagcttaaagcaact---gaagaagtgtctctcccagctaatatgaaatttacacaaatatccctcaaaaacttatctgaataagac 118  Q
    ||||||||||| ||  || |||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||| |  ||||||||| || ||     
T  7295556 caaccagaaaagccgcctcaaagcaactaaagaagaagtgtctctcccggctaatatgaaattcaaacatatatccctcaca--cttatctgagtatgaa 7295653  T
Q  119 tttccattctcatccttaagcctcataaacacagttaacaaatccgatttttccttattgtcttcattttgcaaagaaagttctttctttctttccctta 218  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  7295654 attccattctcatccgtaagcctcattaacacagttaacaaatttgatttttccttatcatcttaattttgcaaagaaagttccttctttcttgccctta 7295753  T
Q  219 taacattctcagcaaattcatcaactttttgtattgatttctt--gagctttctttccatacctaagttaag--aaacctcatagccttccatacacaaa 314  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||   |||||||||  |||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| |||||||    
T  7295754 taatattctcagcaaattcatcagctttttgtattgttttcttaaaagctttcttgtcatacctaagttaagaaaaacgtcatagctttccacacacaaa 7295853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 368 - 438
Target Start/End: Original strand, 7295876 - 7295946
Alignment:
Q  368 gcaaagggaatttcaggcaaatgaggttgtaaacaaccaggatcaacaccaaaagctatcatacaaacatt 438  Q
    ||||| || ||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  7295876 gcaaatggtatttcaaacaaatgtggttgtgaacaaccaggatcaacaccaaaagatatcatgcaaacatt 7295946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 151
Target Start/End: Original strand, 7291699 - 7291746
Alignment:
Q  104 ttatctgaataagactttccattctcatccttaagcctcataaacaca 151  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7291699 ttatctgaatatgaattttcattctcatccttaagcctcataaacaca 7291746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 611
Target Start/End: Original strand, 1034578 - 1035171
Alignment:
Q  18 caaccaaccagaaaaaccagcttaaagcaactgaagaagtgtctctcccagctaatatgaaatttacacaaatatccctcaaaaacttatctgaataaga 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1034578 caaccaaccagaaaaaccagctcaaagcaactgaagaagtgtctctcccagctaatataaaatttacacaaatatccctcaaaaacttatctgaataaga 1034677  T
Q  118 ctttccattctcatccttaagcctcataaacacagttaacaaatccgatttttccttattgtcttcattttgcaaagaaagttctttctttctttccctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1034678 ctttccattctcatccttaagcctcataaacacagttaacaaatccgatttttccttatcgtcttcattttgcaaagaaagttctttctttcttgccctt 1034777  T
Q  218 ataacattctcagcaaattcatcaactttttgtattgatttcttgagctttctttccatacctaagttaagaaacctcatagccttccatacacaaaccg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  1034778 ataacattctcagcaaattcatcaactttttgtatggatttcttaagctttctttccatacctaagttaagaaacctcatagctttccatacacaaatcg 1034877  T
Q  318 gcatgacaaatcgaaacaaagtagcttctgttgcatcctcaaaagctgcagcaaagggaatttcaggcaaatgaggttgtaaacaaccaggatcaacacc 417  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1034878 gcacgacaaatcgaaacaaaatagcttctgttgcatcctcaaaagctcctgcaaagggaatttcaggcaaatgaggttgtaagcaaccaggatcaacacc 1034977  T
Q  418 aaaagctatcatacaaacattatcaaaagttagtctcaacaaaatatcttgaagatctattgcaacatttttcttcaatgatgattctaagacaggtatg 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  1034978 aaaagctatcatacaaacattatcaaaagttagtctcagcaaaatatcttgaagatctatggcaacatttttcttcaatgataattctaagactggtatg 1035077  T
Q  518 agcctattgttcacaagctcaaaaattgactcaattgttaacttcctaaaatttgtcgaatgaaactcgatactcgctattttcctttgcttct 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  1035078 agcctattgttcacaagctcaaaaattgactcatttgttaactttctaaaatttgtcgaatgaaactcgatactagctattttcctttgtttct 1035171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 23 - 475
Target Start/End: Original strand, 28666863 - 28667315
Alignment:
Q  23 aaccagaaaaaccagcttaaagcaactgaagaagtgtctctcccagctaatatgaaatttacacaaatatccctcaaaaacttatctgaataagactttc 122  Q
    ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||    
T  28666863 aaccaaaaaaaccaactcaaagccacagaagaagtgtctctcccagctagtataaaattcacacatatatccctcagaaacttatctgaataagcacttc 28666962  T
Q  123 cattctcatccttaagcctcataaacacagttaacaaatccgatttttccttattgtcttcattttgcaaagaaagttctttctttctttcccttataac 222  Q
    ||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||| ||  |||  || || || |||  || |||||| ||||| || |||||   |||||| ||    
T  28666963 cattctcatccttcatcttcataaaaacagttaacaaatctgacctttgtttcttttcatcaacttccaaagatagttccttttttctagtccttatgac 28667062  T
Q  223 attctcagcaaattcatcaactttttgtattgatttcttgagctttctttccatacctaagttaagaaacctcatagccttccatacacaaaccggcatg 322  Q
    ||||   ||||||||||||||   ||  |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||   ||||||  ||||    |||||     
T  28667063 attcattgcaaattcatcaacccctttaattgatttcttgagttttctttctacacctaagttaagaagcctcatgaacttccaagcacacgtaggcata 28667162  T
Q  323 acaaatcgaaacaaagtagcttctgttgcatcctcaaaagctgcagcaaagggaatttcaggcaaatgaggttgtaaacaaccaggatcaacaccaaaag 422  Q
    || || |||| ||  || |||||||||||||||||||| |||   ||||| || || ||||| |  |   |    |||||||||||||||||||||||||    
T  28667163 acgaaacgaagcacggtggcttctgttgcatcctcaaaggcttttgcaaatggtatctcaggaagtttttgactcaaacaaccaggatcaacaccaaaag 28667262  T
Q  423 ctatcatacaaacattatcaaaagttagtctcaacaaaatatcttgaagatct 475  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||| ||||||||||||    
T  28667263 ctatcatacaaacattgtcaaaagttagtcttaaaagaatgtcttgaagatct 28667315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University