View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18852_low_1 (Length: 913)

Name: NF18852_low_1
Description: NF18852
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18852_low_1
NF18852_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-897)||(45025277-45026156)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 821; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 821; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 897
Target Start/End: Original strand, 45025277 - 45026156
Alignment:
Q  18 gttattgggtcaatgtgttgttgatttcactctatgtaaaattttcttctacttgtaaacaaacatggacagggttttcaaagagagctctgcaggatct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025277 gttattgggtcaatgtgttgttgatttcactctatgtaaaattttcttctacttgtaaacaaacatggacagggttttcaaagagagctctgcaggatct 45025376  T
Q  118 ctttgttttccttaggcttgctataccttcagctctcatggtctggtaataatttctttgaactgccaaacaatagtataatttgggaaaaattgcatct 217  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025377 ctttgttttccttagacttgctataccttcagctctcatggtctggtaataacttctttgaactgccaaacaatagtataatttgggaaaaattgcatct 45025476  T
Q  218 gacgtcctttaagttatatgtttgtactgcatttgtcttttaaggacgggccacataacttaaaagatcaatatgatacaaacacatcatttaaaggata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025477 gacgtcctttaagttatatgtttgtactgcatttgtcttttaaggacgggccacataacttaaaagatcaatatgatacaaacacatcatttaaaggata 45025576  T
Q  318 gtaaatgcaactttgcctataaatttacacaaaactagatttttcagagttcttttgatgctggatattttgtgacagcttgaaagtgtggacttttgaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025577 gtaaatgcaactttgcctataaatttacacaaaactagatttttcagagttcttttgatgctggatattttgtgacagcttgaaagtgtggacttttgaa 45025676  T
Q  418 ttgatggttctcatgtctggtcttcttcctaatccagtaatagaaacttcagtgctttcaatatggttagtaatatatctcaagctcaaatattgacaac 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025677 ttgatggttctcatgtctggtcttcttcctaatccagtaatagaaacttcagtgctttcaatatggttagtaatatatctcaagctcaaatattgacaac 45025776  T
Q  518 attcttcaatgcacattaaagtgtctaattgtggatgtaaaactaaaaatcatttatttgcagccttaatacatttggtctagcttggatgatccctttt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025777 attcttcaatgcacattaaagtgtctaattgtggatgtaaaactaaaaatcatttatttgcagccttaatacatttggtctagcttggatgatccctttt 45025876  T
Q  618 gggtgcagttgtgctgtcaggtattctacagtcacttgctggaattannnnnnnnnnnnnaattacatacttgagcttatttatctctgaaagttaataa 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025877 gggtgcagttgtgctgtcaggtattttacagtcacttgctggaattatttttccttttttaattacatacttgagcttatttatctctgaaagttaataa 45025976  T
Q  718 aaatcaaaagcacactgcaatgcaaatgttgtgtagtttattattagttttgatggatttgtttgatagcatacgggtgtcgaatgaactgggaggtgga 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025977 aaatcaaaagcacactgcaatgcaaatgttgtgtagtttaatattagttttgatggatttgtttgatagcatacgggtgtcgaatgaactgggaggtgga 45026076  T
Q  818 aatccaaatagtgcaagtctagcagttcgtgtggcgttatcgatatccttcattgcagccttatttatggttttaagtat 897  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45026077 aatccaaatggtgcaagtctagcagttcgtgtggcgttatcgatatccttcattgcagccttatttatggttttaagtat 45026156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University