View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18858_low_3 (Length: 767)

Name: NF18858_low_3
Description: NF18858
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18858_low_3
NF18858_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-748)||(5684662-5685400)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 5685400 - 5684662
Alignment:
Q  10 gaagaatatagctaactcggtaaagtgatatcgtttattaaaatatctcaacaaatacctacatagtaaaatttgattgaacggcggtgtaagtgcatag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5685400 gaagaatatagctaactcggtaaagtgatatcgtttattaaaatatctcaacaaatacctacatagtaaaatttgattgaacggcggtgtaagtgcatag 5685301  T
Q  110 ttatcaaaatctattgtaatttgtaagtacatgaaattttacattacatacaataagaacttataccaacataatatcaaaattataacctacgcgaaca 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5685300 ttatcaaaatctattgtaatttgtaagtacatgaaattttacattacatgcaataagaacttacaccaacataatatcaaaattataacctacgcgaaca 5685201  T
Q  210 ttgaagtaaaattataacttacttgacaggtccttctctatccctcctcacaatcttatccatattatcataaggaaatatcaaattctgtaaactggca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5685200 ttgaagtaaaattataacttacttgacaggtccttctctatccctcctcacaatcttatccatattatcataaggaaatatcaaattctgtaaactggca 5685101  T
Q  310 gctttaatccatttaggcaaattctccttcccaatcaacccataaactctctccctcatcggaccaggcaattccctcggatacctctgcaaaaagaatt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5685100 gctttaatccatttaggcaaattctccttcccaatcaacccataaactctctccctcatcggaccaggcaattccctcggatacctctgcaaaaagaatt 5685001  T
Q  410 cagccaatgccaattccagcacatattgccctaagaaaaacaacctggaatgcccagacctaacatgcttctgcttcgttctctcacacgaaggatgctg 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5685000 cagccaatgccaattccagcacatattgccctaagaaaaacaacctggaatgcccagacctaacatgcttctgcttcgttctctcacacgaaggatgctg 5684901  T
Q  510 aaaagccaaatacaacaaagtatcaaactgtttagcaggattatcatcctgtaatgtctctgatggttcaagtgagtatccaagggcttgtttcgcttcg 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5684900 aaaagccaaatacaacaaagtatcaaactgtttagcaggattatcatcctctaatgtctctgatggttcaagtgagtatccaagggcttgtttcgcttcg 5684801  T
Q  610 agtaaatactcatcgatccataatttatcggcattgttaaggcgcgatgaaggtagacaagaacttaacaatgggaatgattttagtgaaagttgtggac 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5684800 agtaaatactcatcgatccataatttatcggcattgttaaggcgcaatgaaggtagacaagaacttaacaatgggaatgattttagtgaaagttgtggac 5684701  T
Q  710 tgttgagaaatctttctgcgagttttttatcgtctagtg 748  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5684700 tgttgagaaatctttctgcgagttttttatcgtctagtg 5684662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University