View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18871_low_4 (Length: 411)

Name: NF18871_low_4
Description: NF18871
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18871_low_4
NF18871_low_4
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (19-401)||(34233010-34233392)
chr5 (19-376)||(34240808-34241165)
chr5 (19-376)||(41713800-41714157)
chr5 (21-376)||(42122973-42123328)
chr5 (18-400)||(42117222-42117604)
chr5 (19-400)||(42128365-42128746)
chr5 (19-298)||(41572339-41572618)
chr5 (19-298)||(41617978-41618257)
chr5 (153-362)||(41443970-41444179)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-400)||(11117634-11118015)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (19-388)||(25523264-25523633)
chr6 (134-400)||(24140436-24140702)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-376)||(8522596-8522951)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-400)||(12247930-12248311)
chr2 (19-400)||(11994618-11995000)
chr2 (234-400)||(32682134-32682306)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 34233392 - 34233010
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233392 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 34233293  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34233292 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaag 34233193  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233192 tttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 34233093  T
Q  319 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatccctttg 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233092 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatccctttg 34233010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 34241165 - 34240808
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241165 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 34241066  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34241065 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaag 34240966  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34240965 tttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 34240866  T
Q  319 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttt 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||    
T  34240865 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaacattgttggaatttt 34240808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 19 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 41714157 - 41713800
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41714157 tcttggacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 41714058  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||| | | ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41714057 gttattagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaag 41713958  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 318  Q
    ||| ||||||||   |||||||| |||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  41713957 tttatcaagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataacatctggaa 41713858  T
Q  319 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttt 376  Q
    |  | |||| ||| || |||||||| ||||||||| || ||||| || ||||||||||    
T  41713857 tctccccatcaaatttatttcttgaaaaatcaatacttgcaaagatttttggaatttt 41713800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 21 - 376
Target Start/End: Original strand, 42122973 - 42123328
Alignment:
Q  21 tttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42122973 tttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggt 42123072  T
Q  121 tattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtt 220  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||  |  ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  42123073 tatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttagttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtt 42123172  T
Q  221 tgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaatt 320  Q
    || ||||| |   || ||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || | ||| ||| ||||||||||     
T  42123173 tgacaagtatccaattgattggggaataggaccattgagtctgttatgggaaaggttaagccctatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaatc 42123272  T
Q  321 cctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttt 376  Q
     |||| | ||| ||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  42123273 tctccttcaaatttgtttcttgacatatcaatacttacaaacttttttggaatttt 42123328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 400
Target Start/End: Original strand, 42117222 - 42117604
Alignment:
Q  18 atctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagat 117  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||| |||||||| ||| |||    |||||||||||| |||||| ||||    
T  42117222 atctttgacaacggaaatccacataaacccaagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgtatcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagat 42117321  T
Q  118 ggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaa 217  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42117322 ggttattggaaagattcaagacttgaagaaagtctaaattggttaattctgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaa 42117421  T
Q  218 gtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttgga 317  Q
    ||||| |||||||   |||||||  |||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||    
T  42117422 gtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgcatggaggtctccaatagcatttgga 42117521  T
Q  318 attcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 400  Q
    ||  |||| | ||| |||||| |||| ||||||||| |||||||  |  |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  42117522 atctctccctcaaatttgttttttgacaaatcaataattacaaaaatgtttggaattttcaccaatgtcattttgctcccttt 42117604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Original strand, 42128365 - 42128746
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  42128365 tctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggtatttctcccactagatg 42128464  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||     ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| | |||||| |||||||||||  ||||||||    
T  42128465 gttatttgaaagatctaagacttcaagaaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgagagatccaaccattccaag 42128564  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 318  Q
    ||||||||||||   |||||||  |||||||| ||| | ||| ||||||| |||||||| || ||| | ||||| ||||| || || | |||||||||||    
T  42128565 tttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctcaccaaaatcatttggaa 42128664  T
Q  319 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 400  Q
    |  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |  |||||||||| ||||||||| | ||| |||||||    
T  42128665 tatctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagatatttggaattttcaccaatgtccttttgttcccttt 42128746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 41572618 - 41572339
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41572618 tctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatg 41572519  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    |||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  41572518 gttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatg 41572419  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaag 298  Q
    |||| |||||||  || |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41572418 tttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaag 41572339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 41618257 - 41617978
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41618257 tctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatg 41618158  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    |||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  41618157 gttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatg 41618058  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaag 298  Q
    |||| |||||||  || |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41618057 tttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaag 41617978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 153 - 362
Target Start/End: Original strand, 41443970 - 41444179
Alignment:
Q  153 aaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggac 252  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| | |||| |||| |||   | |||||||||||| | ||    
T  41443970 aaattggttaactctgtaggaatcctaccagtgagcatatttgaggagagatccattgattcgatgtttatcaaatttccaaaggattgaggaatcgcac 41444069  T
Q  253 cagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaat 352  Q
    |||| ||| | || || |||||||| || ||| ||| ||| ||||| || || ||| ||||||||||  |||| | ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  41444070 cagtaagtttattgtgggaaaggttgagtcctatgattgcatgaagctcaccaataacatttggaatgtctccttcaaatttgtttcctgaaaaatcaat 41444169  T
Q  353 agttacaaag 362  Q
    | ||||||||    
T  41444170 acttacaaag 41444179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Original strand, 11117634 - 11118015
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11117634 tctttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatg 11117733  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||| ||  || |  |||||||| || |||||||| |||||||||    
T  11117734 gttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatcacactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaag 11117833  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 318  Q
    | || |||||||  |||||| |  |||||| ||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| ||    
T  11117834 tatgccaagtttcctatggagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagattaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaa 11117933  T
Q  319 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 400  Q
    |  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||    
T  11117934 tctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatacttactaactttattggaattttcaccagtgtcattttgttcccttt 11118015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 25523633 - 25523264
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||    
T  25523633 tctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatg 25523534  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||| ||| || |  |||||    || |||||||  |||||||||    
T  25523533 gttattggaaagattcatgacttcaagaaagtttaaattggttaattccgcaggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaag 25523434  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 318  Q
    | ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||    
T  25523433 tatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaa 25523334  T
Q  319 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcat 388  Q
    |  |||| | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  25523333 tctctccttcaaatttgtttcttgaaaaatcaatagatacaaactttattggaattttcaccaatttcat 25523264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 134 - 400
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140702
Alignment:
Q  134 caagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagt 233  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  || || |  |||||||| || |||| ||| |||||||||| |||||| |||       
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  234 atggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaact 333  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||  |||| | ||| |    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaaatt 24140635  T
Q  334 tgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 400  Q
    |||||||||| | ||| ||| ||||||| ||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||    
T  24140636 tgtttcttgacatatcgatacttacaaacttttttggaattttcaccagtgtcattttggtcccttt 24140702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 21 - 376
Target Start/End: Original strand, 8522596 - 8522951
Alignment:
Q  21 tttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggt 120  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |    
T  8522596 tttgacaagggtaatccacataaatccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgat 8522695  T
Q  121 tattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||||||| | | || |  |||||||| || |||||||| ||||||||||     
T  8522696 tattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagta 8522795  T
Q  221 tgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaatt 320  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||| || || |||   ||||||||     
T  8522796 tgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatc 8522895  T
Q  321 cctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttt 376  Q
     | || | ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  8522896 tcgccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagttgtttggaatttt 8522951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Original strand, 12247930 - 12248311
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatg 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||| |||||| | ||| || |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  12247930 tctttgacaagggaaatccacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatg 12248029  T
Q  119 gttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaag 218  Q
    |||||||||||  || || ||| |||||  |  |||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||    
T  12248030 gttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaag 12248129  T
Q  219 tttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaa 318  Q
    ||||||||||||   |||||||  |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||  | ||| |||||||||    
T  12248130 tttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaa 12248229  T
Q  319 ttcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 400  Q
    |  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| |  |||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||    
T  12248230 tctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtcattttgttcccttt 12248311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 11995000 - 11994618
Alignment:
Q  19 tctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg-aattgctttccttgaggtatttctcccacaagat 117  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||| |||||| | | || || |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  11995000 tctttgacaagggaaattcacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagat 11994901  T
Q  118 ggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaa 217  Q
    ||||||||||||  || || ||| |||||  |  |||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||   |||||||    
T  11994900 ggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaa 11994801  T
Q  218 gtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttgga 317  Q
    |||||||||||||   |||||||  |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||  | ||| ||||||||    
T  11994800 gtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttgga 11994701  T
Q  318 attcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 400  Q
    ||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| |  |||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||    
T  11994700 atctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtcattttgttcccttt 11994618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 234 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 32682306 - 32682134
Alignment:
Q  234 atggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttga------gtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccat 327  Q
    |||||||| |||||| || | || ||||||||||| ||||||||||||||| |||      |||| ||||| || || ||| ||||||||||  |||| |    
T  32682306 atggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctctcctt 32682207  T
Q  328 taaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 400  Q
     |||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| || | |||||| ||| |||||||    
T  32682206 caaatctgtttcttgacaaatcaatacttacaaagtttcttggaattttcactagtgtcattttgctcccttt 32682134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University