View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18875_high_7 (Length: 383)

Name: NF18875_high_7
Description: NF18875
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18875_high_7
NF18875_high_7
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-376)||(19665335-19665689)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (86-376)||(48618046-48618333)
chr1 (86-364)||(48653134-48653409)
chr1 (88-376)||(11547233-11547518)
chr1 (59-314)||(48628930-48629184)
chr1 (61-214)||(48661716-48661866)
chr1 (61-236)||(48667289-48667461)
chr1 (86-252)||(48585453-48585616)
chr1 (118-252)||(48640026-48640160)
chr1 (19-313)||(48656633-48656924)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (64-308)||(27228237-27228484)
chr8 (64-308)||(27224046-27224281)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (124-292)||(44044493-44044661)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 376
Target Start/End: Original strand, 19665335 - 19665689
Alignment:
Q  19 gatgatcccattagaagaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagt 118  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||    
T  19665335 gatgatcccattagagcaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcataatga---gt 19665431  T
Q  119 caaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattca 218  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665432 caaacaaacctatttcttgcatcataaacaatccttttcttccatgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattca 19665531  T
Q  219 atccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaattacctttcgta 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665532 atccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaattacctttcgta 19665631  T
Q  319 gctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcatttc 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665632 gctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcatttc 19665689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 86 - 376
Target Start/End: Original strand, 48618046 - 48618333
Alignment:
Q  86 tttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctca 185  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  | |    
T  48618046 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgat---tcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaatccttttgttccatgggtttgtgatgtagctgatga 48618142  T
Q  186 acatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaa 285  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||  ||| |    
T  48618143 acatggtattccttctgctttgttatggattcaatcaactgctgttttttctgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcacaaaca 48618242  T
Q  286 gaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcatttc 376  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||   || ||||||| | || ||||| || |||||||| |||||||||||| ||| | ||||||    
T  48618243 gaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagttcttaaatacaatgaaatcccagattttcttcatccttttagtcaatttccatttc 48618333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 86 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 48653409 - 48653134
Alignment:
Q  86 tttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctca 185  Q
    ||||||||||||| |||||||||   | ||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  | |    
T  48653409 tttctcaaatgatcaagaatcat---gctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatga 48653313  T
Q  186 acatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaa 285  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||| | || |||||||| |||||||| || |||  |||||||||||||||  |  ||    
T  48653312 acatggtattccttctgttttattatgggttcaatccaccgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaa 48653213  T
Q  286 gaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagta 364  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  48653212 gaaccttatattgatgttcaattaccttttgtagttcttaaacataatgaaatcccagattttctgcatccttttagta 48653134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 88 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 11547518 - 11547233
Alignment:
Q  88 tctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctcaac 187  Q
    ||||||||||| |||||||||   | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||    
T  11547518 tctcaaatgatcaagaatcat---gttgagtcaaacaaaccaatttcttgtatcataaacaatccttttgttccttgggtttgtgatgtagctcatgaac 11547422  T
Q  188 atgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaaga 287  Q
    ||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||  | |||  ||||| ||| |||| |||||||||    
T  11547421 atggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgcagtttttgctgcttactataactatttcaacaaactggtacattttcctttggaaaaaga 11547322  T
Q  288 accttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcatttc 376  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||   ||  |||||| | || ||||| || |||||||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  11547321 accttatattgatgttcaattaccttttcaagtccttaaatacaatgaaatcccagattttcttcatccttttagtccatatccatttc 11547233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 48629184 - 48628930
Alignment:
Q  59 agcttgagcttgttgggacaaagtttctttctc--aaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatcctttt 156  Q
    ||||||||||||||||||   ||||| ||| ||  ||||||| |||||||||  ||||   ||||  ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  48629184 agcttgagcttgttgggaggcagtttttttttctaaaatgatcaagaatcatgctgat---tcaagtaaaccaatttcatgtatcatatacaatcctttt 48629088  T
Q  157 cttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttc 256  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||||||| | ||||| | | || | |||||||||| |  |||||||||||||| | |    
T  48629087 cttccatgggtttgcgatgtagcttttgaacatgacattccttctgctttatcatggaataattctagtgctgttttcgccacttactataactatgtcc 48628988  T
Q  257 ataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaattaccttt 314  Q
    | |||   |||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  48628987 acaaacttgtaccttttccttcagaaacagaaccttatattgatgttcatttgccttt 48628930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 48661866 - 48661716
Alignment:
Q  61 cttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttc 160  Q
    ||||||| | |||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  48661866 cttgagcgtattgggagacagtttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgat---tcaaacaaaccaatttcatgtgtcataaacaatccatttcttc 48661770  T
Q  161 cttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatgga 214  Q
    | |||||||||||| |||||| | ||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  48661769 catgggtttgtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttattatgga 48661716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 61 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 48667461 - 48667289
Alignment:
Q  61 cttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttc 160  Q
    |||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||  ||||   || || ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| |||    
T  48667461 cttgagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgat---tcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaaccctttttttc 48667365  T
Q  161 cttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcac 236  Q
    | |||||| ||||| |||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||| | | || | ||||||||||||    
T  48667364 catgggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattctagtgctgttttcac 48667289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 86 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 48585616 - 48585453
Alignment:
Q  86 tttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctca 185  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||   | ||| |||||  |||| |||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||||| |||  | |    
T  48585616 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgat---ttaaacaaaccattttcatgtatcataaacaattatttttttccatgggtttgtgatgttgctaatga 48585520  T
Q  186 acatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactat 252  Q
    |||  |||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  48585519 acacaatattccttctgttttatcatggactaattccgctgctgttttcaccacttactataactat 48585453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 118 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 48640160 - 48640026
Alignment:
Q  118 tcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattc 217  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||||||||||   |||| |||| ||||||||||| || |||  | ||||  |||||||||||| ||||| ||||| |     
T  48640160 tcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaactatttttttccatgggtttgtgacgttgctaatgaacacaatattccttctgttttgtcatggacta 48640061  T
Q  218 aatccactgctgttttcactgcttactataactat 252  Q
    | ||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  48640060 attccgctgctgttttcaccacttactataactat 48640026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 48656924 - 48656633
Alignment:
Q  19 gatgatcccattagaagaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagt 118  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||  ||| || |||||||||||| ||| |||| |   | | |||| ||| |||| || ||||||   | |||||    
T  48656924 gatgatcccatgagaacaagtcttggtgactacacatcacagcttgagcatgtcgggaaactatatgtttcccaattgatcaaaaatcat---gctgagt 48656828  T
Q  119 caaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttc-ttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattc 217  Q
    |||| | ||| |||||||| ||||||||||| | ||||| || | |||||||||||||||||  |  ||||  | ||||||| |||| | || |  | |     
T  48656827 caaaaacaccaatttcttgcatcataaacaa-cattttcatttcatgggtttgtgatgtagccacagaacacaaaattccttttgctattttgtttaatg 48656729  T
Q  218 aatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaattacctt 313  Q
    |||| | |||||||||||||  ||||||||||||||| || |||  ||| | |||||||||  ||| |||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  48656728 aatctagtgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgcctt 48656633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 64 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 27228484 - 27228237
Alignment:
Q  64 gagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatca---tcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttc 160  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||   |  |||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27228484 gagctcgttgggaaaaagtttctttctcaaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacactgatttcttgtatcataaacaatccttttcttc 27228385  T
Q  161 cttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataa 260  Q
    | |||||| ||||||||||| || |||  || |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||    
T  27228384 catgggttagtgatgtagctgctgaactcgagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagcttactataactattttcacaa 27228285  T
Q  261 aacggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaatt 308  Q
    |  |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||    
T  27228284 actggtacgtttcccttcgaatgcagaaccttatattgatgttcaatt 27228237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 64 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 27224281 - 27224046
Alignment:
Q  64 gagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttcctt 163  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||         |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27224281 gagcttgttgggaaacagtttctttctcaaatgatcaagaat---------gagtcaaatacaccgatttcttgtatcataaacaatccttttcttccat 27224191  T
Q  164 gggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaac 263  Q
    |||||||||||||||||  | || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||| || |||      
T  27224190 gggtttgtgatgtagctgttgaaaatgagattccttctgctttattatgggttcaatctagtgctgttttcgccgcttactataactatttccacaaact 27224091  T
Q  264 ggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaatt 308  Q
    |||||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||||    
T  27224090 ggtacgtttcccttcggttgaagaaccatatattgatgttcaatt 27224046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 124 - 292
Target Start/End: Original strand, 44044493 - 44044661
Alignment:
Q  124 aaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatcca 223  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||  | |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  44044493 aaaccaatttcatgtatcataaacattccttttgttccatgggtttgtgacgtagctgatgaacatggtattccttatgctttgttatgaattcaatcca 44044592  T
Q  224 ctgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaacctt 292  Q
    ||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| |||  |||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  44044593 ctgttgtttttgctgctaactataactattttcacaaactggtatgtttcccttcagaaacagaacctt 44044661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University