View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18886_low_2 (Length: 588)

Name: NF18886_low_2
Description: NF18886
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18886_low_2
NF18886_low_2
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (13-572)||(37359833-37360392)
chr8 (13-572)||(37367670-37368231)
chr8 (66-464)||(37374763-37375163)
chr8 (56-494)||(37382067-37382508)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (184-492)||(41230223-41230531)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (186-452)||(39243279-39243545)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 37360392 - 37359833
Alignment:
Q  13 cctgtgatatcgcaagaaaaggtcaataaggataaaaagaaaattagattatgtgtctctttgaattgccttattttgaaattgcttattcgagtttatc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360392 cctgtgatatcgcaagaaaaggtcaataaggataaaaaaaaaaatagattatgtgtctctttgaattgccttattttgaaattgcttattcgagtttatc 37360293  T
Q  113 tactgatatacttgtgaatgtataatgcataaatatatatagaagataaagttatagcagaaaatcaaaataataccgttgttgtatctaggataggggt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360292 tactgatatacttgtgaatgtataatgcataaatatatatagaagataaagttatagcagaaaatcaaaataataccgttgttgtatctaggataggggt 37360193  T
Q  213 gtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatgaattccaaacttcaaacctaagctatgtactttcttagctatttcagtgaatccattc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37360192 gtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatgaattccaaacttcaaacctaagctatgtactttcttagctatttcggtgaatccattc 37360093  T
Q  313 ccacttttggatgaaggccaccttactggatcaggggccatccttccccattgatcgatcacgtcgaatccaagagaattactatgagcacccgggactt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360092 ccacttttggatgaaggccaccttactggatcaggggccatccttccccattgatcgatcacgtcgaatccaagagaattactatgagcacccgggactt 37359993  T
Q  413 tcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactacaaatgtagaaacaaataaatcaatctatatctataacaaaagtattgctaacacggaaagta 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37359992 tcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactacaaatgtagaaacaaataaatcaatctatatctataacaaaagtattgctaacacggaaagta 37359893  T
Q  513 aaagcatccacaaataatagttcctttcaaaatttatacctcatatccgtgagcaaggag 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37359892 aaagcatccacaaataatagttcctttcagtatttatacctcatatccgtgagcaaggag 37359833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 572
Target Start/End: Original strand, 37367670 - 37368231
Alignment:
Q  13 cctgtgatatcgcaagaaaaggtcaataaggataaaaagaaaa--ttagattatgtgtctctttgaattgccttattttgaaattgcttattcgagttta 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367670 cctgtgatatcgcaagaaaaggtcaataaggataaaaaaaaaaaattagaatatgtgtctctttgaattgccttattttgaaattgcttattcgagttta 37367769  T
Q  111 tctactgatatacttgtgaatgtataatgcataaatatatatagaagataaagttatagcagaaaatcaaaataataccgttgttgtatctaggataggg 210  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367770 tctactgatatacttgtgtatgtataatgcataaatatatatagaagataaagttatagcagaaaatcaaaataataccgttgttgtatctaggataggg 37367869  T
Q  211 gtgtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatgaattccaaacttcaaacctaagctatgtactttcttagctatttcagtgaatccat 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37367870 gtgtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatgaattccaaacttcaaacctaagctatgtactttcttagctatttctgtgaatccat 37367969  T
Q  311 tcccacttttggatgaaggccaccttactggatcaggggccatccttccccattgatcgatcacgtcgaatccaagagaattactatgagcacccgggac 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367970 tcccacttttggatgaaggccaccttactggatcaggggccatccttccccattgatcgatcacgtcgaatccaagagaattactatgagcacccgggac 37368069  T
Q  411 tttcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactacaaatgtagaaacaaataaatcaatctatatctataacaaaagtattgctaacacggaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37368070 tttcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactacaaatgtagaaacaaataaatcaatctatatctataacaaaagtattgctaacacggaaag 37368169  T
Q  511 taaaagcatccacaaataatagttcctttcaaaatttatacctcatatccgtgagcaaggag 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37368170 taaaagcatccacaaataatagttcctttcagtatttatacctcatatccgtgagcaaggag 37368231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 66 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 37375163 - 37374763
Alignment:
Q  66 tgtctctttgaattgccttattttgaaattgcttattcgagtttatctactgatatacttgtgaatgtataatgcataaata--tatatagaagataaag 163  Q
    ||||||| ||||||  |||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||| |||||||    
T  37375163 tgtctctctgaatttgcttattttaaagttgcttatttgagttaatctactgacatacttgtgaatttataatacataaataaatatatagatgataaag 37375064  T
Q  164 ttatagcagaaaatcaaaataataccgttgttgtatctaggataggggtgtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatgaattccaaa 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37375063 ttatagcagaaaatcaaaataataccgttgctgtatctaggataggggtgtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatgaattccaaa 37374964  T
Q  264 cttcaaacctaagctatgtactttcttagctatttcagtgaatccattcccacttttggatgaaggccaccttactggatcaggggccatccttccccat 363  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  37374963 ctttaaacctaagctatgcactttcttagctacttcactgaatccatttccaccattggaagaaggccacctgactggatcagggaccatccttccccat 37374864  T
Q  364 tgatcgatcacgtcgaatccaagagaattactatgagcacccgggactttcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactacaaatgtagaaaca 463  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37374863 tgatcaatcacgtcgaatccaagagaattcatattagcacccgggacattcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactacaaaggtagaaaca 37374764  T
Q  464 a 464  Q
    |    
T  37374763 a 37374763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 56 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 37382508 - 37382067
Alignment:
Q  56 ttagattatgtgtctctttgaattgccttattttgaaattgcttattcgagtttatctactgatatacttgtgaatgtataatgcataaatatatataga 155  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||| | |||| ||||||| |||||| || || || ||   ||    
T  37382508 ttaggttacgtgtctctttgaattggcttattttgaattcgcttatttgagtttatccacttacatacatgtgaatttataatacagaattaaatt--ga 37382411  T
Q  156 agataaagttatagcagaaaatcaaaataataccgttgttgtatctaggataggggtgtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatga 255  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||    
T  37382410 agataaagttatagcagagaatcaaaataataccgttgt---atctaggataggggtgtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctctcataacatga 37382314  T
Q  256 attccaaacttcaaacctaagctatgtactttcttagctatttcagtgaatccattcccacttttggatgaaggccaccttactggatcaggggccatcc 355  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||    
T  37382313 attccaaatttcaaacctaagctatgtactttcttagctacttcactgaatccattcccacctttggaagaaggccaccttcctggatcaggaaccatcc 37382214  T
Q  356 ttccccattgatcgatcacgtcgaatccaagagaattactatgagcacccgggactttcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactac----- 450  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||         
T  37382213 ttccccatttatcaatcacgtcgaatccaagggaatcactataagcacccgggactttcttcctataccagaggtaatccaccacaacatactacaaggg 37382114  T
Q  451 ---aaatgtagaaacaaataaatcaatctatatctataacaaaagta 494  Q
       ||  |||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37382113 tagaacagtagaagcaaataaatcaatctatatatataaccaaagta 37382067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 8e-81; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 184 - 492
Target Start/End: Original strand, 41230223 - 41230531
Alignment:
Q  184 aataccgttgttgtatctaggataggggtgtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatgaattccaaacttcaaacctaagctatgta 283  Q
    |||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41230223 aatacctttgatgtatctagaataggggtatttgcatccacagcttgtgtgcttatccctctcataatatgaattccaaactttaaacctaagctatgta 41230322  T
Q  284 ctttcttagctatttcagtgaatccattcccacttttggatgaaggccaccttactggatcaggggccatccttccccattgatcgatcacgtcgaatcc 383  Q
    |||||||||||| |||| | || ||||||||||  | ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||    
T  41230323 ctttcttagctacttcacttaacccattcccaccatgggaagaaggccaccttcctggatcagggaccatccttccccattcatcaatcacgtcaaatcc 41230422  T
Q  384 aagagaattactatgagcacccgggactttcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactacaaatgtagaaacaaataaatcaatctatatcta 483  Q
    | |||||| |  || |||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  41230423 acgagaatcaacattagcacctgcaactttcttcctataccagaggaaatccaccacaacaaactacaagggtagaaacaaagaaatcaatatatatcta 41230522  T
Q  484 taacaaaag 492  Q
    |||| ||||    
T  41230523 taaccaaag 41230531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 186 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 39243545 - 39243279
Alignment:
Q  186 taccgttgttgtatctaggataggggtgtttgcattcacagcttgtgtgctaatccctgccataatatgaattccaaacttcaaacctaagctatgtact 285  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||| |||||| |||||||| ||||| | | |||| |||    
T  39243545 taccgttgttgtatctaggataggcgtgtttgcattgacagcttgtgtgcttatccctctcataacatgaatcccaaactttaaacccatgttatgcact 39243446  T
Q  286 ttcttagctatttcagtgaatccattcccacttttggatgaaggccaccttactggatcaggggccatccttccccattgatcgatcacgtcgaatccaa 385  Q
       ||||||| |||  |||| || ||||||  ||  || |||||||||||| |||| |||||   |||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  39243445 cgattagctacttcgctgaaccctttcccatcttgtgaagaaggccacctttctgggtcaggaatcatcctcccccattcatcaatcacatcgaatccaa 39243346  T
Q  386 gagaattactatgagcacccgggactttcttcctataccagaggtaatcgacgacaacatactacaa 452  Q
    |||||| |  || ||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  39243345 gagaatcatgataagcaccctgaactttccttctataccagagataatccaccacaacatactacaa 39243279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University