View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18886_low_7 (Length: 410)
Name: NF18886_low_7
Description: NF18886
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18886_low_7 |
 | |
|
| [»] scaffold1453 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Original strand, 30049390 - 30049791
Alignment:
| Q |
16 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30049390 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
30049489 |
T |
|
| Q |
116 |
gctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
215 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30049490 |
gctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
30049589 |
T |
|
| Q |
216 |
tgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagc |
292 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
30049590 |
tgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagc |
30049689 |
T |
|
| Q |
293 |
taagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttat |
392 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30049690 |
taagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttat |
30049789 |
T |
|
| Q |
393 |
tg |
394 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
30049790 |
tg |
30049791 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Original strand, 7162343 - 7162743
Alignment:
| Q |
16 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7162343 |
atggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaaaaaaggcacttgctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
7162442 |
T |
|
| Q |
116 |
gctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7162443 |
gctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
7162542 |
T |
|
| Q |
216 |
tgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgcac---------------------aagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagct |
293 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7162543 |
tgtgtaatcattttaacttattttgttagtaaaactatgctgcacaagtaataaggttatctgcacaagttaagcaggtttatgtcatatgacatcagct |
7162642 |
T |
|
| Q |
294 |
aagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttatt |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7162643 |
aagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtttgtattaaatttgcagcatagtaaacattgttatt |
7162742 |
T |
|
| Q |
394 |
g |
394 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
7162743 |
g |
7162743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 150 - 394
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045388
Alignment:
| Q |
150 |
tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa-- |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30045121 |
tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa |
30045220 |
T |
|
| Q |
248 |
-----------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc |
326 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30045221 |
ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc |
30045320 |
T |
|
| Q |
327 |
tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30045321 |
tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
30045388 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Original strand, 3945644 - 3946045
Alignment:
| Q |
16 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3945644 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
3945743 |
T |
|
| Q |
116 |
gctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
215 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3945744 |
gctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
3945843 |
T |
|
| Q |
216 |
tgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagc |
292 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
3945844 |
tgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagc |
3945943 |
T |
|
| Q |
293 |
taagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttat |
392 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3945944 |
taagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttat |
3946043 |
T |
|
| Q |
393 |
tg |
394 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
3946044 |
tg |
3946045 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 148 - 394
Target Start/End: Original strand, 3941377 - 3941646
Alignment:
| Q |
148 |
agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3941377 |
agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa |
3941476 |
T |
|
| Q |
248 |
-------------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg |
324 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3941477 |
aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg |
3941576 |
T |
|
| Q |
325 |
gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3941577 |
gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
3941646 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Original strand, 22365272 - 22365669
Alignment:
| Q |
16 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22365272 |
atggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
22365371 |
T |
|
| Q |
116 |
gctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22365372 |
gctgggagtattccagataagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
22365471 |
T |
|
| Q |
216 |
tgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaag |
296 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
22365472 |
tgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcataagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcaactaag |
22365571 |
T |
|
| Q |
297 |
cataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22365572 |
cataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgatatgtatcaaatttgcagtatagtaaacattgttattg |
22365669 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 150 - 394
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361282
Alignment:
| Q |
150 |
tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa-- |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22361019 |
tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaag |
22361118 |
T |
|
| Q |
248 |
-----------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata |
330 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
22361119 |
ctatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata |
22361218 |
T |
|
| Q |
331 |
agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22361219 |
agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
22361282 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 253 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 23397298 - 23397192
Alignment:
| Q |
253 |
tctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatgg |
352 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| ||| | | ||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
23397298 |
tctgtacaagttaaataggtttatgtcgtatgacatcaacaaagtataagttatgtcattactaagtatttgactctaaatatgtaagaaagatgtatgg |
23397199 |
T |
|
| Q |
353 |
atggtat |
359 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
23397198 |
atggtat |
23397192 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 23397404 - 23397337
Alignment:
| Q |
169 |
aaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctta--tgtgtgtaattattttaactt |
234 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
23397404 |
aaaacttttctgaatatttcgttgttaatgttactttattgcctatgtgtgtgtaatgattttaactt |
23397337 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 39949786 - 39949391
Alignment:
| Q |
16 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39949786 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
39949687 |
T |
|
| Q |
116 |
gctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39949686 |
gctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
39949587 |
T |
|
| Q |
216 |
tgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgca----------------caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagca |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
39949586 |
tgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaaca |
39949487 |
T |
|
| Q |
299 |
taggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39949486 |
taggctgagttattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgatatataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
39949391 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 149 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 39954045 - 39953783
Alignment:
| Q |
149 |
gtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaag |
248 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39954045 |
gtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaa |
39953946 |
T |
|
| Q |
249 |
attat-ctgcacaagt----------------taagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataa |
331 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
39953945 |
actatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacatagactgagttattactaagtatttggctataa |
39953846 |
T |
|
| Q |
332 |
gtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39953845 |
gtatgtaagaaggatgtatggatgatatataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
39953783 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 196625 - 196239
Alignment:
| Q |
16 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
196625 |
atggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaa |
196526 |
T |
|
| Q |
116 |
gctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatg |
215 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
196525 |
gctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaa-----------ttatgttactttattgtttatg |
196437 |
T |
|
| Q |
216 |
tgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaag |
296 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
196436 |
tgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgcacgagttaagtaggtttacgtcatatgacatcagctaag |
196337 |
T |
|
| Q |
297 |
cataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
196336 |
cataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
196239 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 148 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 200872 - 200618
Alignment:
| Q |
148 |
agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
200872 |
agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat-----------tatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaa |
200784 |
T |
|
| Q |
248 |
ga-------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggcta |
328 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
200783 |
aactatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttacctcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggcta |
200684 |
T |
|
| Q |
329 |
taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
200683 |
taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
200618 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 150 - 394
Target Start/End: Original strand, 1330569 - 1330832
Alignment:
| Q |
150 |
tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaga |
249 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
1330569 |
tgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttactctattgcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaa |
1330668 |
T |
|
| Q |
250 |
-------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata |
330 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| | |||||||| ||||| |
|
|
| T |
1330669 |
ctatactgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagtataggttgagtcattagtaagtatttgactata |
1330768 |
T |
|
| Q |
331 |
agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1330769 |
agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
1330832 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1453 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold1453
Description:
Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 302 - 394
Target Start/End: Original strand, 1 - 93
Alignment:
| Q |
302 |
gctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1 |
gctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattg |
93 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University