View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18887_low_15 (Length: 376)

Name: NF18887_low_15
Description: NF18887
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18887_low_15
NF18887_low_15
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (18-366)||(26646567-26646915)
chr3 (41-360)||(19989099-19989421)
chr3 (44-359)||(19955658-19955973)
chr3 (47-361)||(19818143-19818457)
chr3 (125-359)||(19848651-19848885)
chr3 (42-357)||(19811861-19812176)
chr3 (59-366)||(20016412-20016719)
chr3 (125-359)||(20036826-20037060)
chr3 (21-359)||(20045683-20046021)
chr3 (116-359)||(19853167-19853410)
chr3 (209-360)||(19950872-19951023)
chr3 (46-330)||(24840223-24840507)
chr3 (46-330)||(26651618-26651902)
chr3 (112-359)||(19838035-19838282)
chr3 (214-340)||(20005224-20005350)
chr3 (113-330)||(19943371-19943588)
chr3 (233-359)||(19857842-19857969)
chr3 (288-325)||(17114717-17114754)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (42-358)||(1716792-1717111)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (44-360)||(9814620-9814936)
chr5 (125-358)||(26355148-26355381)
chr5 (208-329)||(38435381-38435502)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (219-366)||(22652301-22652448)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (282-359)||(6397958-6398035)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 366
Target Start/End: Original strand, 26646567 - 26646915
Alignment:
Q  18 cttttgagtttaaacaatcatcgccatcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646567 cttttgagtttaaacaatcatcaccgtcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatg 26646666  T
Q  118 ggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646667 ggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaa 26646766  T
Q  218 aatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646767 aatcatgacttgctatatggggtagttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatca 26646866  T
Q  318 tggttttggggggttatcctgttattggggatcctgttttcatctcact 366  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  26646867 tggttttggggggttatcctattattggggatcctgttttcatttcact 26646915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 41 - 360
Target Start/End: Original strand, 19989099 - 19989421
Alignment:
Q  41 ccatcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgccc---acgcgccaaatgggttagatgggttgatcaac 137  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||   |   |  |||||||||   |||||||||||||    
T  19989099 ccatcttctctttttgacccagaggagtggcctttgaaaatcaacttcattggatggccacgccccgtaacagaaaaatgggtttattgggttgatcaac 19989198  T
Q  138 ttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatgg 237  Q
    |||||| ||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || | |||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||    
T  19989199 ttaaacccaaatttgaatatgtgtggaagaaagttggcatctttgaagctattatgagtaccaagtgttgcataaagaaagatcataacttgctatttgg 19989298  T
Q  238 ggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcct 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  || | |||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||||||| |||||||| |||    
T  19989299 ggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaacacatttgtttttccatttggtgaggcaactatcactttggaagatgttatggttttagggggttaccct 19989398  T
Q  338 gttattggggatcctgttttcat 360  Q
     || |||| ||||||||||||||    
T  19989399 attcttggtgatcctgttttcat 19989421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 44 - 359
Target Start/End: Original strand, 19955658 - 19955973
Alignment:
Q  44 tcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaac 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||     |||||||||   |||||| || |||||||||    
T  19955658 tcttctgtttttgaaccaaaggagcttcctttgaaaatcaacttcactggctggcgcctcacacaaaagaaatgggtttcttgggttcataaacttaaac 19955757  T
Q  144 tcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgt 243  Q
      || |||||| | || |||| ||||||||| |||||||| || |||||| | || |  |||  ||| ||||||||| |  ||||||||| ||| |||||    
T  19955758 aaaagtatgaatctgtttggaggaaagttggaatctttgatgctataatgagtactaaatgctacattcataaaaataaaaacttgctatttggagttgt 19955857  T
Q  244 tgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttatt 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  19955858 tgagaaatggtgttgtgagacaaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaacaatcactttggaagatgtcatggttttggggggttaccctgtcatt 19955957  T
Q  344 ggggatcctgttttca 359  Q
    || ||| |||||||||    
T  19955958 ggtgattctgttttca 19955973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 47 - 361
Target Start/End: Original strand, 19818143 - 19818457
Alignment:
Q  47 tctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaactca 146  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  | |||| ||| ||||| |  | ||  |  |||||| |||| ||||||||| |||||||||  |    
T  19818143 tctgtttttgatccaaatgagtgtcctttgaaaatacatttcaatggatggcgccaacaacaagagaaatggtttagttgggttgatgaacttaaaccaa 19818242  T
Q  147 aatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttga 246  Q
    | |||||| | ||||||||||||| | | |||||||| || || ||| | || |  |||  ||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  19818243 agtatgaatctgtgtggaagaaagctagaatctttgatgctattatgagtactaaatgctacattcataaaaatcaaaacttgctatttggggttgttga 19818342  T
Q  247 gaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttattggg 346  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||  || | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||     
T  19818343 gaaatggtgttgtgagactaacacctttgtttttccatttggtgaggcaactatcactttggaggatgtcatagttttggggggttatcctatcattggt 19818442  T
Q  347 gatcctgttttcatc 361  Q
    |||||||||||||||    
T  19818443 gatcctgttttcatc 19818457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 125 - 359
Target Start/End: Original strand, 19848651 - 19848885
Alignment:
Q  125 tgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatg 224  Q
    |||||| || |||||||||  || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| || || |||| ||| | ||||  | || ||||||||||      
T  19848651 tgggttcataaacttaaacaaaactatgaatctgtgtggaagaaagttggaatctttgatgctattatggccactaagtgctacttaaataaaaatcaaa 19848750  T
Q  225 acttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggtttt 324  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||  | | ||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |    
T  19848751 acttgctagttggggtagttgagaaatggtgtcctaatacaaatacctttgtgttttcctttggtgaagcaacaatcactttggaggatatcatggttct 19848850  T
Q  325 ggggggttatcctgttattggggatcctgttttca 359  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  19848851 agggggttatcctgttcttggtgatcctgttttca 19848885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 42 - 357
Target Start/End: Original strand, 19811861 - 19812176
Alignment:
Q  42 catcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaa 141  Q
    |||||||| ||||||| | ||| ||||| |||||||||||| | |||| ||| ||||||| |||||  |  || |||||||||||||||||| | |||||    
T  19811861 catcttctttttttgatcaaaatgagtgtcctttgaaaatccatttcagtggatggcgtcacccacaagagaagtgggttagatgggttgatgagcttaa 19811960  T
Q  142 actcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggtt 241  Q
    ||  || |||||| |  |||||||||||| | | |||||||| || || ||| | || | ||| | |||||  |||||||   | ||||| | |||||||    
T  19811961 accaaagtatgaatctttgtggaagaaagctagaatctttgatgctattatgagtaccaagtgtcacatactcaaaaatctaaaattgctctttggggtt 19812060  T
Q  242 gttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgtta 341  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||  || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |    
T  19812061 gttgagaaatggtgttgtgagactaacacctttgtttttccatttggtgaagcaactatcactttggaggatattatggttttggggggttaccctatca 19812160  T
Q  342 ttggggatcctgtttt 357  Q
    |||| |||||| ||||    
T  19812161 ttggtgatcctatttt 19812176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 59 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 20016719 - 20016412
Alignment:
Q  59 ccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacag 158  Q
    |||||||||| |||||||||  |  | |||||||| ||||| | |||||  | |||||||||| | ||||||||||| ||||||   || |||||| | |    
T  20016719 ccaaaggagtcgcctttgaagtttcatttcactgggtggcgccacccacaagacaaatgggtttgttgggttgatcagcttaaaacaaagtatgaatctg 20016620  T
Q  159 tgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttg 258  Q
    |||||||| | ||||| |||||||| || || ||| |||| | ||| |||||||  | ||||||  |||||||||||| |||||  |||||||||||||     
T  20016619 tgtggaagcaggttggaatctttgatgctattatgagcaccaagtgtcgcatactgagaaatcaaaacttgctatatgaggttgcggagaaatggtgttc 20016520  T
Q  259 tgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttattggggatcctgttttc 358  Q
    | |||||||||| |||||| || | |||| |||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  20016519 taagacaaatacatttgtgtttccatttgctgaagctacaatcactttggaggatattatggttttgggtggttaccctgtcattggcgatcctgttttc 20016420  T
Q  359 atctcact 366  Q
    ||||||||    
T  20016419 atctcact 20016412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 125 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 20037060 - 20036826
Alignment:
Q  125 tgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatg 224  Q
    |||||| || |||||||||  || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| || || |||| ||| | |||   |||||||||| ||||      
T  20037060 tgggttcataaacttaaacaaaactatgaatctgtgtggaagaaagttggaatctttgatgctattatggccactaagtgttacatacataaagatcaaa 20036961  T
Q  225 acttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggtttt 324  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||| |    
T  20036960 acttgctatatggggttgtggagaaatggtgttccaagacaaatacatttgtgttttcctttggtgaagcaacagtcattttggaggatatcatggttct 20036861  T
Q  325 ggggggttatcctgttattggggatcctgttttca 359  Q
     || |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  20036860 aggaggttatcctgttcttggtgatcctgttttca 20036826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 359
Target Start/End: Original strand, 20045683 - 20046021
Alignment:
Q  21 ttgagtttaaacaatcatcgccatcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggt 120  Q
    |||||||||| ||||  ||  |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |     ||||||||    
T  20045683 ttgagtttaaccaattttcatcatcttttgattttgaaccaaaggaatggcctttgaaaatcaacttcactgggtggcgccaccctcaacaaaaatgggt 20045782  T
Q  121 tagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaat 220  Q
    ||| ||| ||||| |||| ||||  |||| |||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||  | ||| |||  |||| | |||||||    
T  20045783 tagttggcttgataaactcaaaccaaaatttgaatcggtgtggaaggaagttggaatctttgaagctattatgaactcaaagtgttgcattcttaaaaat 20045882  T
Q  221 catgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatgg 320  Q
    ||  |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |  || ||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |    
T  20045883 cagaacttactacaaggggttgtggagaaatggtgttgtgatacaaatacatttatttttccctttggtgagacaacaataaccttggaggatatcattg 20045982  T
Q  321 ttttggggggttatcctgttattggggatcctgttttca 359  Q
    ||||||| ||||| ||| | ||||| |||| ||||||||    
T  20045983 ttttgggaggttaccctatcattggcgatcatgttttca 20046021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 116 - 359
Target Start/End: Original strand, 19853167 - 19853410
Alignment:
Q  116 tgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacata 215  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||| || || ||| | || | | || ||||| | |    
T  19853167 tgggttaagtgggttgatcaacttcaactcaaatatgaatcactatggaagaaagttggaatctttgatgctattatgagtactaagagctgcataaaga 19853266  T
Q  216 aaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatat 315  Q
    || ||||  ||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||| |  | |||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  19853267 aagatcaaaacttgttatgtggggttgttgacaaatggtgttctgagaccaatacatttgtgttcccatttggtgaagcaacaataactttggaggatgt 19853366  T
Q  316 catggttttggggggttatcctgttattggggatcctgttttca 359  Q
     ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||||||    
T  19853367 tatggttttggggggttaccctatcattggtgatcctattttca 19853410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 209 - 360
Target Start/End: Original strand, 19950872 - 19951023
Alignment:
Q  209 atacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttgg 308  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||| || | |||||||| |||||||| |||||||    
T  19950872 atacataaaaatcataacttgctttttggggttgttgagaaatggtgtactgagaccaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaactatcactttgg 19950971  T
Q  309 aggatatcatggttttggggggttatcctgttattggggatcctgttttcat 360  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  19950972 aggatgttatggttttggggggttaccctgttcttggtgatcctgttttcat 19951023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 46 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 24840507 - 24840223
Alignment:
Q  46 ttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaactc 145  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||    |||||  |  |||||| |||  ||||||||| ||||| | |||    
T  24840507 ttctgtttctgaagcaaaggagtggcctttgaaaatccatttcaatgggtggcactacccacatgagaaatggattaagtgggttgatgaacttcagctc 24840408  T
Q  146 aaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttg 245  Q
    ||||||||| | |||||||| |||| | ||||||||||| | |||||| | || | | || |||||  |||||| || |||||| | | |||||||||||    
T  24840407 aaatatgaatcggtgtggaaaaaagcttgcatctttgaacctataatgagtactaagagctgcataattaaaaaccaagacttggtttgtggggttgttg 24840308  T
Q  246 agaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttgggggg 330  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||   |||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  24840307 agaaatggtgttgtgaaacaaacaccttcgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaggatgtcattgttttgggggg 24840223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 46 - 330
Target Start/End: Original strand, 26651618 - 26651902
Alignment:
Q  46 ttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttca-ctggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaact 144  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||| ||||| |||||  ||||| | | ||||||||||  ||||||||||||||||| |     
T  26651618 ttctgtttttaaaccaaaggaatggcctttgaaaatccgtttcaactggt-ggcgttacccacacacgaaatgggttaagtgggttgatcaacttaagcc 26651716  T
Q  145 caaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgtt 244  Q
    ||| |||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| | |||||| | || | | ||||| ||   |||||||| |||||| | |||||| ||  |    
T  26651717 caagtatgaatcagtgtggaaaaaagccggcatctttgaacctataatgagtactaagagccgcgtaatgaaaaatcaagacttggtttatgggatttct 26651816  T
Q  245 gagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttgggggg 330  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||  || | |||||||| ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26651817 gagaaatggtgtagtgagacaaattgctttgtttttccttttggtgaggcaacaatcactttggaggatgtcattgttttgggggg 26651902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 112 - 359
Target Start/End: Original strand, 19838035 - 19838282
Alignment:
Q  112 caaatgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcata 211  Q
    |||||||||| | ||||||||| | |||||||  || |||||| | || |||| ||||||||| |||||||| || |||||| | || |  |||  |||     
T  19838035 caaatgggtttgttgggttgataagcttaaaccaaagtatgaatctgtttggaggaaagttggaatctttgatgctataatgagtactaaatgctacatt 19838134  T
Q  212 cataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggagg 311  Q
    ||||||||| |  ||||| ||| ||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| || | |||||||| ||||| || |||||||| |    
T  19838135 cataaaaataaaaacttgttatttgaagttgttgagaaatggtgctgtgagaccaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaacaatcactttggaag 19838234  T
Q  312 atatcatggttttggggggttatcctgttattggggatcctgttttca 359  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||    
T  19838235 atgtcatggttttggggggttaccctgtcattggtgattctgttttca 19838282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 214 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 20005350 - 20005224
Alignment:
Q  214 taaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggat 313  Q
    ||||||||| |||||| | | |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||   |||||||||||||| || |||||||| |||    
T  20005350 taaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaagat 20005251  T
Q  314 atcatggttttggggggttatcctgtt 340  Q
     |||| |||||||||||||||||||||    
T  20005250 gtcattgttttggggggttatcctgtt 20005224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 113 - 330
Target Start/End: Original strand, 19943371 - 19943588
Alignment:
Q  113 aaatgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatac 212  Q
    ||||||||||  ||||||||  ||||||| | |||||||||| |||| ||||| |||| | | ||||||||| | |||||| | |  | | || |||||     
T  19943371 aaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatctttgaacctataatgagtattaagagctgcataa 19943470  T
Q  213 ataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggagga 312  Q
     ||||||||| |||||| | | |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||   |||||||||||||| || |||||||| ||    
T  19943471 ttaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaaga 19943570  T
Q  313 tatcatggttttgggggg 330  Q
    | |||| |||||||||||    
T  19943571 tgtcattgttttgggggg 19943588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 233 - 359
Target Start/End: Original strand, 19857842 - 19857969
Alignment:
Q  233 tatggggttgttgagaaatggtgttgtgagaca-aatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggt 331  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||| || ||| || |||||||||||||||| |||||| | |||||| |  ||||||||||||||    
T  19857842 tatggggttgttgacaaatggtgttctgagacccaatacattcgtgtttccctttggtgaagcaacaattactatagaggatgttgtggttttggggggt 19857941  T
Q  332 tatcctgttattggggatcctgttttca 359  Q
    ||  || |  |||| |||||||||||||    
T  19857942 tactctctctttggtgatcctgttttca 19857969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 325
Target Start/End: Original strand, 17114717 - 17114754
Alignment:
Q  288 gtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttg 325  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  17114717 gtgaagcaaccataactttggaggatatcatggttttg 17114754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 42 - 358
Target Start/End: Original strand, 1716792 - 1717111
Alignment:
Q  42 catcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaa 141  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||| | |||| ||| ||||| |  | |  | | ||||||| ||  ||||||||| |||||||    
T  1716792 catcttttgtttctgaaccaaatgattggcctttgaaaatccatttcaatgggtggcgccaacaaaactcaaaatgggataagtgggttgatgaacttaa 1716891  T
Q  142 actcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgc---atacataaaaatcatgacttgctatatggg 238  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| ||    ||| | ||||||||  ||||| ||||||||    
T  1716892 actcaaacatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagctataatgagcaccaagtgtcgtcgtataaagaaaaatcaaaacttgttatatggg 1716991  T
Q  239 gttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctg 338  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||    
T  1716992 attgttgaaaaatggtgttgtgagacaaatacatttgtgtttccttttggtgaagccacaatcactttggaggatattatggttttaggggattaccctg 1717091  T
Q  339 ttattggggatcctgttttc 358  Q
    | ||||| ||||||||||||    
T  1717092 tcattggtgatcctgttttc 1717111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 44 - 360
Target Start/End: Original strand, 9814620 - 9814936
Alignment:
Q  44 tcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaac 143  Q
    |||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| || | |||| ||| ||||||  |||||  |  |||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  9814620 tcttatgtgtttgatccaaatgagtggcctttgaaattccatttcaatggatggcgttacccacaagagaaatggatttattgggttgatcaacttaaac 9814719  T
Q  144 tcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgt 243  Q
      || |||||| |  ||||||||||||| || |||||||| || |||||| | || | ||||||||||   ||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  9814720 caaagtatgaatctttgtggaagaaagtaggtatctttgatgctataatgagtaccaagtgccgcataatgaaagatcaaaacttgctatatggggttgt 9814819  T
Q  244 tgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttatt 343  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||| || | |||||||| || || |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||     
T  9814820 tgagaaatggtgttgtaagacgaatacatttgtgtttccgtttggtgaggcgacgattagtttggaggatgttatggttttggggggttatcctgtcatc 9814919  T
Q  344 ggggatcctgttttcat 360  Q
    || |||||| |||||||    
T  9814920 ggtgatcctattttcat 9814936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 125 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 26355381 - 26355148
Alignment:
Q  125 tgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatg 224  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||| ||| || ||||| || |||||| | || |  ||||||||||  ||||||||      
T  26355381 tgggttgatcaacttaagctcaaatatgaaccggtttggaagaaagctgggatttttgatgctataatgagtaccaaatgccgcatactgaaaaatcaaa 26355282  T
Q  225 acttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggtttt 324  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| || | |||||||| || ||  |   |||||||||| | |||||| |    
T  26355281 acttgctttacggggttgtggagaaatggtgttgtgagactaatacatttgtgtttccgtttggtgaggcgacggtaggtttggaggatgttatggttct 26355182  T
Q  325 ggggggttatcctgttattggggatcctgttttc 358  Q
     |||||||| ||||| ||||| |||||| |||||    
T  26355181 tgggggttaccctgtcattggtgatcctattttc 26355148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 208 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 38435502 - 38435381
Alignment:
Q  208 catacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttg 307  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| || |  |||||| |||||| || |||||     
T  38435502 catacataaaaatcataacttgttatttagggttgttgagaaatggtgttgtaagaccaatacatttgtgtttccacttggtgtagcaacaatcactttt 38435403  T
Q  308 gaggatatcatggttttggggg 329  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  38435402 gaagatatcatggttttggggg 38435381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 219 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 22652448 - 22652301
Alignment:
Q  219 atcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcat 318  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||| || | |||||||| |||||||| || || || ||| | ||    
T  22652448 atcataacttgctatttggggttgttgagaaatggtgctgtgagacaaactcatttgtgtttccatttggtgaggcaactatcaccttagaagatgttat 22652349  T
Q  319 ggttttggggggttatcctgttattggggatcctgttttcatctcact 366  Q
    | |||| | |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  22652348 gattttagagggttaccctgttcttggtgatcctgttttcatctcact 22652301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 282 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 6398035 - 6397958
Alignment:
Q  282 cctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttattggggatcctgttttca 359  Q
    |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||  || ||| | | |||||||||||||||||    
T  6398035 cctttggtgaggcaacaataactttggaggatatcattgtcttgggggtctaccctatcactggggatcctgttttca 6397958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University