View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18889_low_2 (Length: 698)

Name: NF18889_low_2
Description: NF18889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18889_low_2
NF18889_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (30-682)||(35801510-35802174)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 682
Target Start/End: Original strand, 35801510 - 35802174
Alignment:
Q  30 tagataatatcgtttatccacttgatatnnnnnnn-catgtcaagtatttgacacatgttatgttagtgtcatactacaccaacagtccaacacaataca 128  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35801510 tagataatatcgtttatccacttcatataaaaaaaacatgtcaagtatttgacacatgttatgttagtgtcatactacaccaacagtccaacacaataca 35801609  T
Q  129 tgattacat--------tcaaagtttcaaacacattccttttcttactacattattagaagtttttaagtgtaagtgtcattatgtgtggtttccaatga 220  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35801610 tgattacatatttacattcaaagtttcaaacacattccttttcttactacattattagaagtttttaagtgtaagtgtcattatgtgtggtttccaatga 35801709  T
Q  221 gaatgttttcatgtagtaagtttataa---agtaaagtaatattattattaatgaggtcgaaacaaatgtaactttttacatacgtataatgaataaccc 317  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35801710 gaatgttttcatgcagtaagcttataataaagtaaagtaatattattattaatgaggtcgaaacaaatgtaactttttacatacgtataatgaataaccc 35801809  T
Q  318 ataactagaagttgtttattaaattttaacctctcccttttcaagttaagaatatctcaaaggacaaatgctaccttagtttatgagtagtaagtgggtc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35801810 ataactagaagttgtttattaaattttaacctctcccttttcaagttaagaatatctcaaaggacaaatactaccttagtttatgagtagtaagtgggtc 35801909  T
Q  418 caacacccacctaacaacggtaaccacaaaacaagaggcatgggcccatattggaaggtactcttctttaaggaggatcaaaaccacgcgtgttatggtt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35801910 caacacccacctaacaacggtaaccacaaaacaagaggcacgggcccatattggaaggtactcttctttaaggaggatcaaaaccacgcgtgttatggtt 35802009  T
Q  518 gttggaccatggttctcaagaatttaaagaagcaaagttgttatgcacaaaacaaaagaataaccaaatgagctagtggagaatgaatgagatggcaagg 617  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35802010 gttggaccatgattctcaagaatttaaagaagcaaagttgttatgcacaaaacaaaagaataaccaaaggagctagtggagaatgaatgagatggcaagg 35802109  T
Q  618 gggacaagaaatgattttacacaacatatcacactctcaatacaaatgtcattaatgttgttctt 682  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35802110 gggacaagaaatgattttacacaacatatcacactctcaatacaaatgtcattaatgttgttctt 35802174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University