View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18890_low_3 (Length: 631)
Name: NF18890_low_3
Description: NF18890
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18890_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 6316942 - 6316321
Alignment:
| Q |
1 |
tttcgacttctattcaatgatgatagaatatgatacatatagcatttcataaaaatgaaggccactatggtttttctcgtagtttttgaactgactacac |
100 |
Q |
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| T |
6316942 |
tttcgacttctattcaatgatgatagaatatgatacatatagcatttcataaaaatgaaggccactatggtttttctcgtagtttttgaactgactacac |
6316843 |
T |
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| Q |
101 |
taagaaccaaaacttctttttcacttacttatataattccgttactactttcatgttttagattaaaatagaccaggacacaatacaa--ccgatacgtg |
198 |
Q |
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| T |
6316842 |
taagaaccaaaacttctttttcacttacttatataattccgttactactttcatgttttagattaaaatagaccaagacacaatacaataccgatacgtg |
6316743 |
T |
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| Q |
199 |
tctggggttaatatggtttcaatatgatgcagactgaggttatgatatagttttcggcagtgaatatggttatttttctctatttgcattgatctttagt |
298 |
Q |
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| T |
6316742 |
tctggggttaatatggtttcaatatgatgcagactgaggttatgatatagttttcggcagtgaatatggttatttttctctatttgcattgatctttagt |
6316643 |
T |
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| Q |
299 |
ttcctatttataaagtctgatatgatatctctgtttgatttggtgggtgatgattgatagatatatccatactcttactctttgaatctttagtttccag |
398 |
Q |
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| T |
6316642 |
ttcctatttataaagtctgatatgatatctctgcttgatttggtgggtgatgattgatagatatatccatactcttactctttgaatctttagtttccag |
6316543 |
T |
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| Q |
399 |
cagagatctgaatgtagataactaataaaaccatcggtaataaacaaccttatgttgcaagatatgtacaaaacggtggctcattttttaactaatatgg |
498 |
Q |
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| T |
6316542 |
cagagatctgaatgtagataactaataaaaccatcggtaataaacaaccttatgttgcaagatatgtacaaaacggtggctcattttttaactaatatgg |
6316443 |
T |
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| Q |
499 |
ttggataaatcattttaattgtgatttatgtgttgatttcatgcctctgccttgagtgtaatgtccattttgtgtatttagtatgatggaggaactagct |
598 |
Q |
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| T |
6316442 |
ttggataaatcattttaattgtgatttatgtgttgatttcatgcctctgccttgagtgtaatgtccattttgtgtatttagtatgatggaggaactagct |
6316343 |
T |
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| Q |
599 |
ttacacaaagtattgtgatgat |
620 |
Q |
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| T |
6316342 |
ttacacaaagtattgtgatgat |
6316321 |
T |
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