View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18891_low_1 (Length: 925)

Name: NF18891_low_1
Description: NF18891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18891_low_1
NF18891_low_1
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (10-907)||(3056488-3057385)
chr8 (179-907)||(3035620-3036348)
chr8 (215-905)||(3069732-3070428)
chr8 (284-525)||(3048840-3049081)
chr8 (184-293)||(3048326-3048436)
chr8 (53-164)||(3036322-3036432)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (569-825)||(21457475-21457736)
chr2 (597-741)||(28445438-28445582)
chr2 (597-741)||(28488045-28488189)
chr2 (597-741)||(28466284-28466428)
chr2 (689-741)||(28437989-28438041)
chr2 (437-468)||(28445708-28445739)
chr2 (440-481)||(28488302-28488343)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 890; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 890; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 3057385 - 3056488
Alignment:
10 gagatgaacaacatatgattgaggggtacgtggagatgaactaatattggaacctaccataatatggaaacaacatcttgatacacaaacataaatgcaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
3057385 gagatgaacaacatatgattgaggggtacgtggagatgaactaatattggaacctaccataatatggaaacaacatcttgatacacaaaaataaatgcaa 3057286  T
110 atattacggtacacttaaaagagcacaacaagtatcagcacaagttgtcaatcttagaaaagagcacaacaagtattagcacaagttgccaatcttagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3057285 atattacggtacacttaaaagagcacaacaagtatcagcacaagttgtcaatcttagaaaagagcacaacaagtattagcacaagttgccaatcttagct 3057186  T
210 tacagacttattaatttagagaatattgaatactaatttgtgaggggtatggtggaacttgcacttcaacagtaccttcaagcatatgtaccacatctct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3057185 tacagacttattaatttagagaatattgaatactaatttgtgaggggtatggtggaacttgcacttcaacagtaccttcaagcatatgtaccacatctct 3057086  T
310 catgtttggtctaagatatggatcctcttgaacacaccaaagagcaatcattaccaatttctccaaattttccttgtcctccaatgcttcattgtcaccc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3057085 catgtttggtctaagatatggatcctcttgaacacaccaaagagcaatcattaccaatttctccaaattttccttgtcctccaatgcttcattgtcaccc 3056986  T
410 tcaaccaatgcacctaaagcaccatctttgtagcaatcataagcccaatcagttaaaattgctttgtcttcatcttcttcatccatttcttcaacacatt 509  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3056985 tcaaccaatgcacataaagcaccatctttgtagcaatcataagcccaatcagttaaaattgctttgtcttcatcttcttcatccatttcttcaacacatt 3056886  T
510 ttctacatgaaattatctcaagtagcactacaccataactatacacatccaccttagctgtgataggcatgtttttaaaccattcaagtgcaacataccc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3056885 ttctacatgaaattatctcaagtagcactacaccataactatacacatccaccttagctgtgataggcatgtttttaaaccattcaagtgcaacataccc 3056786  T
610 ttttgttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacaacttggctaatccaaaatcagaaattcttgcattgaaataatcatccagg 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3056785 ttttgttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacaacttggctaatccaaaatcagaaattcttgcattgaaataatcatccagg 3056686  T
710 agtatgttttgaggctttatgtcacaatggataatcctagtgatgcactcttcatgtaaatacacaagtcctctagctattcctattgcaagttctagcc 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3056685 agtatgttttgaggctttatgtcacaatggataatcctagtgatgcactcttcatgtaaatacacaagtcctctagctattcctattgcaagttctagcc 3056586  T
810 ttagtttccaatttggcttctgtttttcttcattgaaaagaaaacttgccaaagtgctattgctcatgtactcataaacaagcaatctttcacttcca 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3056585 ttagtttccaatttggcttctgtttttcttcattgaaaagaaaacttgccaaagtgctattgctcatgtactcataaacaagcaatctttcacttcca 3056488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 179 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 3036348 - 3035620
Alignment:
179 caagtattagcacaagttgccaatcttagcttacagacttattaatttagagaatattgaatactaatttgtgaggggtatggtggaacttgcacttcaa 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
3036348 caagtattagcacaagttgccaatctttgcttcccaacttattaatttagagaatattgaatactaattggtgaggggtatggtggaacttgcacttcaa 3036249  T
279 cagtaccttcaagcatatgtaccacatctctcatgtttggtctaagatatggatcctcttgaacacaccaaagagcaatcattaccaatttctccaaatt 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3036248 cagtaccttcaagcatatgtaccacatttctcatggttggtctaagacatggatcctcttgaacacaccaaagagcaatcattaccaatttctccaaatt 3036149  T
379 ttccttgtcctccaatgcttcattgtcaccctcaaccaatgcacctaaagcaccatctttgtagcaatcataagcccaatcagttaaaattgctttgtct 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3036148 ttccttgtcctccaatgcttcattgtcaccctcaaccaatgcatctaaagcaccatcattgtagcaatcataagcccaatcagttaaaattgctttgtct 3036049  T
479 tcatcttcttcatccatttcttcaacacattttctacatgaaattatctcaagtagcactacaccataactatacacatccaccttagctgtgataggca 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3036048 tcatcttcttcatccatttcttcaacacattttctacatgaaattatctcaagtagcactacaccataactatacacatccaccttagctgtgataggca 3035949  T
579 tgtttttaaaccattcaagtgcaacatacccttttgttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacaacttggctaatccaaaatc 678  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
3035948 tgtttttaaaccattcaagtgcaacatacccttttattcctcttatgccggtgttggttttgctttgattcatgttcaacaactttgctaatccaaaatc 3035849  T
679 agaaattcttgcattgaaataatcatccaggagtatgttttgaggctttatgtcacaatggataatcctagtgatgcactcttcatgtaaatacacaagt 778  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3035848 agaaattcttgcattgaagtaatcatcaaggagtatgttttgaggctttatgtcacaatgaatgatcctagtgatgcactcttcatgtaaatacacaagt 3035749  T
779 cctctagctattcctattgcaagttctagccttagtttccaatttggcttctgtttttcttcattgaaaagaaaacttgccaaagtgctattgctcatgt 878  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3035748 cctctagctattcctattgcaagttctagccttagtttccaatttggcttctgtttttcttcattgaaaagaaaacttgccaaagtgctattgctcatgt 3035649  T
879 actcataaacaagcaatctttcacttcca 907  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||    
3035648 actcataaacaagcagtctttcacttcca 3035620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 215 - 905
Target Start/End: Original strand, 3069732 - 3070428
Alignment:
215 acttattaatttagagaatattgaatactaatttgtgaggggtatggtggaacttgcacttcaacagtaccttcaagcatatgtaccacatctctcatgt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||     
3069732 acttattaatttagagaatattgaatactaaacggtgaggggtttaacggagcttgcacttcaacagtaccttcaagcatatgtatcacatttctcatgg 3069831  T
315 ttggtctaagatatggatcctcttgaacacaccaaagagcaatcattaccaatttctccaaattttccttgtcctccaatgcttcattgtcaccctcaac 414  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
3069832 ttgatctaagacatgcatcctcttgaacacaccaaatagcaatctttaccaatttctccaaattttccttgtcctccaatgcctcattgtcaccctcaac 3069931  T
415 caatgcacctaaagcaccatctttgtagcaatcataagcccaatcagttaaaattgctttgtcttcatcttcttcatccatttcttcaacacattttcta 514  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3069932 caatgcacctaaagcaccatatttgtagcaatcataagcccaatcagttaagatagctttgtcttcatcttcttcatccatttcttcaacacattttcta 3070031  T
515 catgaaattatctcaagtagcactacaccataactatacacatccaccttagctgtgataggcatgtttttaaaccattcaagtgcaacatacccttttg 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3070032 catgaaattatctcaagtagcactacaccataactatacacatcaaccttagctgtgataggcatgtttttaaaccattcaagtgcaacatacccttttg 3070131  T
615 ttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacaacttggctaatccaaaatcagaaattcttgcattgaaataatcatccaggagtat 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
3070132 ttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacagctttgctaatccaaaatcagaaattcttgcattgaagtaatcatcaaggagtat 3070231  T
715 gttttgaggctttatgtcacaatggataatcctagtgatgcactcttcatgtaaatacacaagtcctctagctattcctattgcaagttctagccttagt 814  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
3070232 gttctgaggctttatgtcacaatggatgatcctagtgatgcactcttcatgtaaatacacaagtcctctagctatacctattgcaagttctagccttagt 3070331  T
815 ttccaatttggcttctgtttttctt------cattgaaaagaaaacttgccaaagtgctattgctcatgtactcataaacaagcaatctttcacttc 905  Q
    |||||| |||| || ||||| || |      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3070332 ttccaacttggtttttgtttctcatcatcagcattgaaaagaaaacttgccaaagtgccattgctcatgtactcataaacaagcaatctttcacttc 3070428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 284 - 525
Target Start/End: Original strand, 3048840 - 3049081
Alignment:
284 ccttcaagcatatgtaccacatctctcatgtttggtctaagatatggatcctcttgaacacaccaaagagcaatcattaccaatttctccaaattttcct 383  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
3048840 ccttcaagcatatgtatcacatttctcatggttggtctaagatatggatcctcttgaacacaccaaatagcaatctttaccaatttctccaaattttcct 3048939  T
384 tgtcctccaatgcttcattgtcaccctcaaccaatgcacctaaagcaccatctttgtagcaatcataagcccaatcagttaaaattgctttgtcttcatc 483  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||| | | ||| |  ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||     
3048940 tgtccttcaatgcctcattgtcaccctcaaccaagggatctagaataccttctttgtagcagtcataagcccattcagttaagatagctttgtattcatt 3049039  T
484 ttcttcatccatttcttcaacacattttctacatgaaattat 525  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
3049040 ttcttgatccatttcttcaacacatcttctacatgaaattat 3049081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 184 - 293
Target Start/End: Original strand, 3048326 - 3048436
Alignment:
184 attagcacaagttgccaatcttagcttacagacttattaatttagagaatattgaatactaatttgtgaggggt--atggtggaacttgcacttcaacag 281  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
3048326 attagcacaagctgccaatcttc-cttacaaagttattaatttagagaatattcaatactaattggtgaagggtgtatggtggaacttgcacttcaacag 3048424  T
282 taccttcaagca 293  Q
    ||||||||||||    
3048425 taccttcaagca 3048436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 3036432 - 3036322
Alignment:
53 atattggaacctaccataatatggaaacaacatcttgatacacaaacataaatgcaaatatt--acggtacactt-aaaagagcacaacaagtatcagca 149  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    ||||||| ||||    
3036432 atattgggacctaccttaatatggaaatcacatcttga-acacaaacataaatgcaaatattacacggtacacttaaaaagagc---gcaagtattagca 3036337  T
150 caagttgtcaatctt 164  Q
    ||||||| |||||||    
3036336 caagttgccaatctt 3036322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 4e-53; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 569 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 21457736 - 21457475
Alignment:
569 gtgataggcatgtttttaaa-ccattcaagtgcaacatacccttttgttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacaacttggct 667  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| |||| |||||| |||||||||||| |||   ||||||||||||||| || |||    
21457736 gtgatatgcatgtttttaaaaccattcaagtgaaagataccattttcttccccttatggcagtgttggtttcgctcaaattcatgttcaacaattttgct 21457637  T
668 aatccaaaatcagaaattcttgcattgaaataatcatccaggagtatgttttgaggctttatgtcacaa-----tggataatcctagtgatgcactcttc 762  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||     | ||| |||||| ||||| |||||||    
21457636 aatccaaagtcagaaattcttgcattgaagtaatcatcaatgggtatgttttgaggctttatgtcacaagtcaatagatgatcctattgatggactcttc 21457537  T
763 atgtaaatacacaagtcctctagctattcctattgcaagttctagccttagtttccaatttgg 825  Q
    ||||||| | || ||| |||||||||| |||||||||  ||| || |||||||||||||||||    
21457536 atgtaaa-ataccagtactctagctatccctattgcattttcaagtcttagtttccaatttgg 21457475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 597 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 28445582 - 28445438
Alignment:
597 gtgcaacatacccttttgttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacaacttggctaatccaaaatcagaaattcttgcattgaa 696  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| ||||| | ||| | ||||||||| ||   ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |    
28445582 gtgcaacatatcccttagttcctcttattccagtttcggtatggctttgattaatcaacaataactttgctaatccaaaatctgaaattcttgcattgta 28445483  T
697 ataatcatccaggagtatgttttgaggctttatgtcacaatggat 741  Q
     | |||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||    
28445482 ttgatcatctagaagtatattttgtggctttatatcgcaatggat 28445438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 597 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 28488189 - 28488045
Alignment:
597 gtgcaacatacccttttgttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacaacttggctaatccaaaatcagaaattcttgcattgaa 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |  || | ||||||||| ||   ||| | ||| | |||||||||||| ||||| ||||||||| |    
28488189 gtgcaacatacccttttgttcctctaattccagtttcagtgtggctttgattaatcaacaatagctttgataatccaaaatctgaaatccttgcattgta 28488090  T
697 ataatcatccaggagtatgttttgaggctttatgtcacaatggat 741  Q
     | |||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
28488089 ttgatcatctagaagtatattttgtggctttatatcacaatggat 28488045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 597 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 28466428 - 28466284
Alignment:
597 gtgcaacatacccttttgttcctcttatgccagtgttggttttgctttgattcatgttcaacaacttggctaatccaaaatcagaaattcttgcattgaa 696  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || ||||| |  || | ||||||||| ||   ||| | ||| | |||||||||||| ||||| ||||||||| |    
28466428 gtgcaacataccctttggttcctctaattccagtttcagtgtggctttgattaatcaacaatagctttgataatccaaaatctgaaatccttgcattgta 28466329  T
697 ataatcatccaggagtatgttttgaggctttatgtcacaatggat 741  Q
     | |||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
28466328 ttgatcatctagaagtatattttgtggctttatatcacaatggat 28466284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 689 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 28438041 - 28437989
Alignment:
689 gcattgaaataatcatccaggagtatgttttgaggctttatgtcacaatggat 741  Q
    |||||| ||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
28438041 gcattgtaatcatcatctagaagtatgttttgtggctttatgtcacaatggat 28437989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 437 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 28445739 - 28445708
Alignment:
437 ttgtagcaatcataagcccaatcagttaaaat 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
28445739 ttgtagcaatcataagcccaatcagttaaaat 28445708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 440 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 28488343 - 28488302
Alignment:
440 tagcaatcataagcccaatcagttaaaattgctttgtcttca 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
28488343 tagcaatcataagcccaatcagttaaaatccctttttcttca 28488302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University